第三，部门的管理半径过长。作为中央领导机关的部高居莫斯科，与其所属的基层生产单位远隔数千公里，管理的有效性也就无从谈起。
针对部门管理体制的以上问题，斯大林逝世后，苏联采取了一系列措施，力求革除弊端，提高效率。此一时期的改革，从企业制度安排的意义上看，可以分为前后四个阶段：
（一）第一阶段是1957年2月工业、建筑业体制改组以前的局部性改革
首先，精简、调整机构，裁减冗员。1953—1956年间，撤销了一半以上部的和主管部门的司、处、管理局和总管理局，又根据最高苏维埃主席团的命令，把苏联部长会议国家计划委员会改组为两个机构：一个是苏联部长会议国民经济长期计划委员会（它不再是个职能机构，而是国民经济综合计划工作的“全国经济和计划的科学机关”），另一个是苏联部长会议国民经济年度计划国家经济委员会；成立了苏联部长会议国家劳动和工资问题委员会、苏联部长会议国家新技术委员会；期间，还精简了90多万名行政管理干部。
其次，下放企业。把15000多个中央直属“企业”下放给地方管理。
其三，扩大加盟共和国和“企业”经理的权限。1955年一1957年，苏共中央、苏联部长会议和苏联最高苏维埃主席团相继通过了一系列法令和决议，其中主要有：1955年5月苏联部长会议通过的《关于扩大苏联各部部长权限的某些补充规定》、《关于改变加盟共和国经济计划管理和财政拨款工作》的决议；同年8月，苏联部长会议通过的《关于扩大厂长权限》的决议；1956年12月，苏共中央通过的《关于改进苏联国民经济领导问题》的决议；1957年2月，苏联最高苏维埃主席团通过的《关于扩大加盟共和国权限》的法令，等等。这些决议和法令对各级管理机关的权限作了重新调整和划分，特别是扩大了加盟共和国和厂长的权限。就加盟共和国的经济管理权限的扩大来看，无非是全苏联中央政府经济管理权限在较小范围（加盟共和国）的重置，它虽然在调整中央与地方的关系方面意义重大，但考虑到它毕竟不是企业制度安排本身的调整，我们不妨把它略去。“企业”经理的权限在以下几方面有所扩大：（1）计划方面，经理可以在国家年度计划指标的基础上批准本企业扩大的技术、生产、财务计划，在订货单位同意下，可以改变季度内的供货日期，在不影响完成原定产品计划的条件下，可以自由接受其他企业和组织的订货，有权规定一部分产品的价格和劳务费率；（2）在基本建设方面，经理有权根据已确定的年度基建计划自行确定月度基建计划和限额以下的工程项目；（3）在资产处理方面，可以自行出售本企业多余不用的原材料、设备、运输工具和其他物资，在完成计划的前提下，可以将一部分基金、材料、小型设备转让给其他企业；（4）在劳动和工资方面，有权在上级规定的总编制范围内改变车间和科室人员的编制，根据本企业的工资基金总额和职务工资表，调整车间和科室人员的工资。此外，经理还有权使用10％的行政管理费。
（二）第二阶段是1957年2月以后的工业和建筑业管理体制的改组
1952年2月，赫鲁晓夫在苏共中央全会上作了《关于进一步改进工业和建筑业的管理组织》的报告，全会根据该报告通过了相应的决议，决定改组工业和建筑业的管理体制，将工业和建筑业的业务管理重心转移到地方。这次改组废弃了部门管理体制，改为经济行政区管理体制，经济行政区国民经济委员会代替主管部对工业和建筑业实施具体的领导。
1．撤销中央和加盟共和国的部，改变保留的部分职能。撤销的10个全联盟部是：汽车工业部、机器制造部、仪器制造与自动化工具部、机床制造与工具工业部、建筑筑路机器制造部、石油工业企业建筑部、拖拉机与农业机器制造部、运输机器制造部、重型机器制造部、电子器材工业部。撤销的15个联盟兼共和国部是：造纸与木材加工工业部、城乡建筑部、轻工业部、森林工业部、石油工业部、肉乳制品工业部、渔业部、食品工业部、建筑材料工业部、建筑部、冶金与化学工业企业建筑部、煤炭工业企业建筑部、煤炭工业部、有色冶金工业部和黑色冶金工业部。同时，还撤销了许多加盟共和国部。保留的全联盟工业部和建筑部有：航空工业部、造船工业部、无线电工业部、化学工业部、中型机器制造部和交通运输建筑部。此外，把电站部和电站建设部合并为全联盟电站部，把国防工业部和普通机器制造部合并为全联盟国防工业部。保留和合并的那些部的工作性质也发生了根本变化，它们的主要任务是制定本部门的发展计划和保证这些部门生产的高度技术水平，编制科学研究计划和设计工作计划并监督这些计划的执行。这些部门的职能是通过经济行政区国民经济委员会来实现的，因此它们也不对“企业”进行直接的管理。
2．建立经济行政区，把工业和建筑业“企业”下放给经济行政区的国民经济委员会管理。苏联把全国划分成105个经济行政区，每区设立一个国民经济委员会。无论是撤销的还是保留的全联盟部，其原属工业“企业”和建筑业“企业”（少数除外）一律移交给国民经济委员会管理。过去属于非工业部系统的“企业”也移交给国民经济委员会管理。撤销的加盟共和国部所属的“企业”，一部分移交给国民经济委员会，一部分转交给地方苏维埃。
经济行政区国民经济委员会是国家管理工业和建筑业的基本组织形式。1957年9月，苏联公布的《经济行政区国民经济委员会条例》规定，国民经济委员会是一种综合性的工业管理机构，它统一管理经济行政区范围内它所属的一切工业和建筑业“企业”。在其职权范围内，可以根据苏联和加盟共和国法律，苏联部长会议和加盟共和国部长会议的决议和命令，发布自己的决议和命令。它拥有进行生产经营和财务活动的一切权利。并对国民经济计划的执行和它所属工业和建筑业“企业”的经营活动的结果负全部责任。它有权在国家计划范围内解决过去由部解决的各种重大经济问题。例如，在保证完成规定的积累和预算缴款的前提下，有权修改所属“企业”和组织的生产任务、基建投资和其他指标；有权在本经济行政区各工业部门之间重新分配利润和和流动资金，建立必要的财政后备；有权自行编制国民经济年度计划（国家计委只编制中、长期计划）；有权在其分配权限范围内自行编制物资分配和供应计划。国民经济委员会对“企业”的具体领导是通过专业管理局和职能处（局）实现的。专业管理局或（托拉斯）直接领导各个“企业”的经营活动，它是解决生产中所有业务问题的全权机构。它的任务是保证物资技术供应，制定和执行各种措施来改进技术、提高生产能力，加强物质资源和劳动资源的利用，保证所属“企业”有计划地不间断地进行生产，并对“企业”执行国家计划的情况负全部责任。国民经济委员会的职能机构是处或局，其主要任务是执行计划和履行与各类“企业”都有关的职能。
改组后的工业和建筑业管理结构为：苏联部长会议加盟共和国部长会议一经济行政区国民经济委员会一专业管理局和职能处一工业和建筑业“企业”。“企业”形式从原来的从属于全联盟、联盟兼共和国、共和国、地方四种变成了从属于联盟兼共和国、地方两种。前者受国民经济委员会管理，是国民经济的主导力量，全部产值占工业总产值的75％以上；后者属地方苏维埃管理，是地方“企业”。
改组后，中央直属“企业”的产值占全苏工业总产值的比重从45％下降为6％，经济行政区国民经济委员会管辖了几乎全部的石油、化肥、汽车、冶金设备、煤、布匹、钢材、水泥的生产。
3．国家计划体制和物资供应体制也作了相应的改革。一方面，苏联改变了国民经济计划的制定方法，减少了计划指标的数量。根据苏共中央和苏联部长会议1958年5月4日通过的《关于改进国民经济计划管理工作》的决议，苏联从1959年起废除了原有的制定和批准国民经济年度计划的办法，把国民经济年度计划由各主管部和国家经济委员会制定改为由经济行政区国民经济委员会和加盟共和国国家计委制定。强调“企业”、国民经济委员会和加盟共和国根据五年计划或七年计划控制数字自行编制的计划是整个计划体系的基础。同时大大减少了控制数字指标和苏联国民经济计划指标，也减少了各加盟共和国部长会议批准的计划指标。1958年，苏联国家计划指标比1956年减少了一半，七年计划（1959一1965）又比1958年减少三分之二。另一方面，苏联于1958年4月对物资技术供应体制也作了改革，即由主管部门供应体制改为经济行政区供应体制，撤销了各部的供应总局和销售总局，按地区原则建立物资技术供销总局，负责物资的供销工作。同时把相当大一部分物资分配权下放给国民经济委员会和加盟共和国。改组后，苏联国家计委负责分配1，100种物资，其余5，000种物资下放给加盟共和国分配。其中，4，000多种由俄罗斯联邦共和国分配，600种由乌克兰共和国分配，近400种由其他加盟共和国分配。
4．调整了中央国家管理结构及其职能。苏联部长会议是领导和管理整个国民经济的最高执行机构，它通过加盟共和国部长会议领导国民经济委员会的经济活动。改组后，苏联国家计委的使命是保证在主要工业部门的发展中执行集中统一的政策，负责“企业”的合理配置，指导和监督工业部门改善各项经济指标。国家科委负责国家的科技发展，研究国内外的科技成就和先进的生产经验并予以广泛宣传，出版科技书籍，监督新技术在国民经济中足够的运用等。苏联国家计委则负责解决建筑和设计中的一般问题。中央统计局则要分析“企业”和国民经济委员会的工作结果，揭露经济活动中的矛盾和问题，挖掘各种潜力。
（三）第三阶段，调整和补救
工业和建筑业管理体制的改组，调动了经济行政区以及加盟共和国的积极性，但也造成了严重的负面后果，所以，在此后的一段时间里，苏联又针对改组带来的问题，作了补救性的调整。问题主要是：
1．国家（中央政府）丧失了对国民经济的有效领导权。撤销部门，下放“企业”，中央直接掌握的经济力量大大减少，中央政府领导经济的各种渠道阻断，结果是地方割据，国民经济陷于混乱。
2．技术标准地方化，生产的专业化被地区分割所肢解。同类“企业”由于身处不同的经济区而无法进行必要的经济技术联系。科研和设计力量分散，产品设计重复而又标准难以统一，结果是产品（机器、设备）型号、牌号繁杂，零部件无法通用。
3．地方主义泛滥。105个国民经济委员会个个都想建立独立的国民经济体系，搞自己的“小而全”，为此，一些地区的领导人一切从本地区的利益出发，想干什么就干什么，破坏国家生产和物资供应计划，侵占、挪用国家资金，争抢投资，乱上项目。
4．专业化领导水平降低。众多的经济区，区内复杂的经济生活，稀缺的专业领导干部，导致的后果是包括多部门的综合管理局和非熟练技术干部对经济实施低水平、低效率的管理。
5．管理结构大大增加。105个国民经济委员会及其下属的管理局（处），加上后来不断增设的垂直和平行的机构，使其数目比改组前增加了三倍。
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针对以上问题，苏联采取了一系列补救的措施，总的看来，是重新强化了中央政府对国民经济的集中统一领导。
第一，重新调整国民经济行政区及其领导机构。1960年7月，苏联最高苏维埃主席团决定将原有的105个经济行政区调整为100个，并规定境内有几个经济行政区的加盟共和国可以建立共和国国民经济委员会（俄罗斯、乌克兰和哈萨克）。1961．年4月，苏共中央和苏联部长会议决定把全国划分为17个大经济区（后改为19个），每一个大经济区设立一个国民经济委员会工作协调和计划委员会。1963年2月，苏联最高苏维埃主席团决定在中亚4个共和国的经济行政区基础上建立中亚国民经济委员会，作为领导这几个共和国工业的统一机构。同时，苏联部长会议又决定把100个经济行政区合并为47个，每区建立一个国民经济委员会管理工业，而建筑业由另设的加盟共和国建筑部领导。此外，还建立了苏联国民经济委员会和许多工业的部门性委员会。1963年3月，苏共中央主席团和苏联部长会议联席会议决定成立苏联部长会议最高国民经济委员会，作为领导苏联工业和建筑业的最高国家领导机关，它直接领导苏联国家计委、苏联国民经济委员会、苏联国家建设委员会、国家科学工作协调委员会、国家航空技术委员会、国家国防技术委员会、国家通讯技术委员会、国家电力技术委员会、国家造船委员会、国家原子能利用委员会，以及一些新建的国家委员会，如国家中型机器制造委员会、国家动力和电力委员会、国家天然气工业委员会和国家地质委员会等。苏联部长会议最高国民经济委员会颁布的决议和决定，一切国家机关都必须执行。
第二，改组党的领导机构。为了使党的领导机关能及时正确地处理经济发展中经常出现的极为重要的问题，正确地计划和协调各地区、各部门、各“企业”的生产活动，1962年苏共中央通过《关于苏联经济的发展和改组党对国民经济的领导》的决议，按照生产原则自上而下地改组和建立党的领导机构，即建立工业党和农业党，以“使党对国民经济的领导更加干练、具体和有目的性，使领导接近‘企业’、建筑工地、集体农庄和国营农场”（赫鲁晓夫，1963）。
第三，从1961年开始，苏联重新调整了国民经济的物资技术供应工作和物资消耗的定额工作，扩大苏联国家计委分配的产品种类，建立和完善各级物资消耗定额的审定机构，以克服地区供应制度造成的地区本位主义和消耗定额中的严重缺点。
（四）第四阶段，利别尔曼建议后的改革试验