对于中国古代的统治者来讲，杀知识分子，是一个技术活儿，你不能蛮干，不能像秦始皇焚书坑儒那样愣杀，这会遭到后世的口诛笔伐，留下千古骂名。别人问你为什么杀孔融呀？你说这个人成天在我耳边婆婆妈妈、唧唧歪歪，成天跟我唱反调、说我坏话，我实在受不了，我就把他给杀了，别人就要骂你是暴君，就要骂你专制独裁。这样就算杀了孔融，也要被溅一身血，划不来。
所以曹操为了杀死孔融，可以说是用心良苦，他想了两个办法。
第一个办法，为自己制造不在场证明。
公元208年七月，曹操率领大军南下，说我去打南方的刘备和孙权了，那么后面的事情都交给你们来处理了，跟我没关系，我走了。到了下一个月，也就是八月份，才有人举报孔融的一系列罪名，然后走司法程序，把孔融给杀了，满门抄斩。曹操就是想以这样一个障眼法来掩天下人的耳目，表示孔融死的时候我正在前线打仗，这事儿跟我没什么关系。
第二个办法，用不孝罪杀死孔融。
曹操不但要从肉体上消灭孔融，还打算从精神上摧毁孔融。曹操要想杀孔融，有很多莫须有的罪名，比如心怀篡逆、诽谤朝廷、不修边幅、违反朝仪等等。但是曹操还精心构造了一个罪名，就是不孝罪。理由是孔融曾经发表过一个大逆不道的观点：“父母对于子女没有什么恩情可言。首先父亲对于子女就没有恩情，大家觉得这父亲生下子女难道是为了爱护他吗？不是，而是父亲当时性欲发泄的一个副产品而已；母亲对于子女也没有恩情可言，你别看母亲十月怀胎那么辛苦，也没有恩情。这就好像是从瓶子里面往外倒一个东西一样，你说这瓶子对于倒出来的东西有什么恩情可言吗？也没有。所以父母对于子女都没有恩情可言。”（《后汉书?孔融传》：父之于子，当有何亲？论其本意，实为情欲发耳。子之于母，亦复奚为？譬如寄物缶中，出则离矣。）
这样的言论，在价值多元化的今天看来，即便我不同意你说的每一个字，但是我坚决捍卫你说话的权利。但是在当时看来，可以说是惊世骇俗、大逆不道。《孝经》上说：“五刑之属三千，罪莫大于不孝。” 这不孝罪是中国古代最严重的一个罪名了。所以曹操就以不孝罪为罪名，把孔融本人弃市，砍头，全家满门抄斩，妻儿老小全都死了。
孔融作为当时儒家士大夫的一个领袖人物，在当时的主流社会颇具影响力和号召力，可让人费解的是，儒家思想弘扬孝道，孔融却公开宣扬有违孝道的言论，而他这一骇人听闻的言论，最终给自己招来了杀身之祸。那么孔融公然挑战儒家思想的背后，到底有着怎样不为人知的原因呢？