面对摩根一次比一次更为疯狂的洗劫，西班牙人再也无法容忍了，他们发誓要对摩根进行报复，并要将其置于死地。为此，西班牙人的船队在牙买加岛的北部登陆，并计划向罗亚尔港方向推进。面对西班牙人的步步紧逼，牙买加岛上的富人和政客们感到了从未有过的恐惧，他们纷纷攻击英国驻牙买加总督托马斯·莫迪福特处事不力，此时的总督托马斯·莫迪福特真是坐卧不安，但在极短的时间内，又无法找到打退西班牙人的具体策略，正在这时，摩根率海盗舰队从马拉开波城回来，他利用总督莫迪福特的困境，要求后者授予他全权，并供给他炸弹等武器装备。火烧眉毛之下，总督莫迪福特答应了他的要求，使摩根成了牙买加海盗的无冕之王。
摩根公开打出征兵旗号，征召海盗入伍，很快就征集到了2000多人。摩根船长粗鲁无礼、残忍好战并且极不诚实，但是他看上去却似乎拥有一种强大的力量，能够让野蛮的海盗们心甘情愿地把一切决策权都交给他，完全听从他的指挥。尽管很明显，大部分钱财都进了他的腰包，但是，仍然会有新的海盗源源不断地向他涌来，要求加入他的队伍，因此，他的海盗队伍规模越来越大，装备也越来越好。他决定采取“围魏救赵”的办法，迫使西班牙人撤军。一个睿智的想法萦绕在他的脑海中：攻击西班牙的属地巴拿马。
很多人都得知了伟大的摩根船长正在筹划一次前无古人的巨大冒险，因此纷至沓来，聚集到他的旗下听从他的指挥。不久，他的身边就聚集了大约2000多个暴徒和海盗，这些人全部都是自愿加入到这次冒险中的，但是，所有人都不知道这次行动的具体计划。伊斯帕奥拉岛的科伦港背靠着伊勒德拉瓦切，是这次行动的集合地，这群乌合之众从四面八方聚集到了这里。他们掠夺了所有可以掠夺的地方，筹集到了这次行动所需的各种物资。1670年10月24日，一切准备都已经就绪，行动马上就要开始了。
1670年1月9日，摩根率领着由35艘战船、1800名海盗组成的海盗征战船队出发，然后在巴拿马的达连湾登陆。双方在查格雷斯河口的圣洛伦索（今属厄瓜多尔）发生第一次遭遇战。 海盗们将一艘从马拉开波带过来的巨大船只改造成了一艘“火船”，在上面树起了无数根戴着布帽、穿着水手服的木桩，并且在船上装满了硫磺、沥青和浸透了油的棕榈叶。然后，海盗们把这艘火船驶出了港口，直接冲向了西班牙人的战舰。此时，海盗集团中最不怕死、最勇敢的志愿者当起了火船的舵手，戴着布帽的木桩则立在舱门处。尽管西班牙战舰上枪炮四射，但是这些海盗还是冲了上去。直到此时，西班牙人才发现形势不妙，原来自己所面对的对手竟然是一群如此凶悍可怕的人物，但是等他们明白过来的时候，一切都已经太晚了。 这个司令想尽力摆脱火船，但是滚滚的浓烟和熊熊的烈火立即把两只船包围起来，很快司令就不见踪影了。第二只战舰不愿意坐等海盗的到来，因此便驶进了堡垒，在枪炮声中，这些懦夫弃船逃跑了。第三艘战舰根本没有机会逃走，连反抗的能力都没有，轻易地被海盗们拿下了。
摩根以绝对优势的兵力拿下了这座有200人守卫的要塞，他留下一部分部队把守在这里，以防自己的后路被切断，然后沿查格雷斯河上溯，他们一路前进，中途偶尔停下来休息一下，放松放松僵硬的腿脚。后来，他们到了一个叫克鲁兹·德·圣胡安·加利西亚的地方。由于这里的水太浅，他们只能弃船步行，穿越热带丛林，这一路可把海盗们整惨了。
密林里荆棘丛生，鲜鱼、毒蛇、美洲豹、美洲狮频频出没，还有毒蚊肆虐，这些强盗分子还从未有过如此的跋涉。曾经参与过这些事的一个冒险者讲述道：“后来，他们为了想让胃里有点东西，不得不吃那些皮口袋。” 就在这种物资极度匮乏的状态下，他们顽强地前进了十天，他们饿得头昏眼花，虚弱憔悴，有的还发起了高烧。终于，从高山顶上，透过森林中高大的树木，他们看到了巴拿马城中的塔尖。除了还要和西班牙人进行一对四的战斗外，他们离自己的目标已经很近了。而对于这种实力悬殊的战斗，海盗们早就习以为常了，这对他们来说并不是一件难事。经过3天的强行军，摩根他们终于看到了湛蓝的巴拿马湾海水和海边上美丽的巴拿马城。
“太棒了！”海盗们欢呼着向前冲去。
摩根让队伍停住，仔细地观察了所处的地势。
“他们搞什么鬼？”他自言自语道，地上是些杂乱的动物脚印。
没想到守城者却采用了极为愚蠢的办法：他们驱赶来几百头野兽当头阵——400匹马和2000头牛，企图打乱海盗们的编队和秩序或者击溃他们。等到枪声大作时，这群野兽东跑西窜，有的反而掉头向压后阵的西班牙骑兵队冲过去，结果搅乱了西班牙人自己的阵脚。
海盗们对城堡展开了十分凶猛、血腥的进攻，他们不顾一切，一心只想攻下城堡。然而，巴拿马的防卫却也毫不逊色。海盗们一次又一次地发起进攻，又一次又一次地被挡了回来，因此，直到清晨，海盗们似乎仍然没有攻下这座城堡的迹象。就在这个关键时刻，城堡内一些用棕榈叶造的房屋突然失火，引发了一场大火灾，并将一个弹药库引燃，发生了巨大的爆炸。趁着城堡内人心惶惶、混乱不堪之时，海盗们杀出了一条血路，冲进要塞占领了这座堡垒。大多数西班牙人从城墙上跳了下去，有的掉到河里，有的掉在下面的山石上。他们宁愿死，也不愿被抓住后遭受折磨。留在城里的大多数人也被海盗们杀害了，只有极少数人幸存下来，成为海盗的奴隶。
双方混战后不久，西班牙人就不得不弃城，撤退到船上，连存放在教堂里的金银宝石都未来得及运走。胜利后的海盗照例要痛饮一番。
“不醉不归！”他们欢呼着。
老谋深算的摩根却保持着清醒的头脑，他担心万一西班牙人杀个回马枪，醉醺醺的海盗是根本无法抵挡的。于是他散布了一条谣言。
“西班牙人肯定在酒里放了什么东西。”他故意蛊惑道，“他们料定咱们会喝个酩酊大醉。”
这一招果然奏效，海盗们只好望酒兴叹。然后，他们继续向城里进发。经过三个小时的战斗，他们来到了街道上，他们号叫着，兴奋地四处抢掠，他们放纵着燃烧在心里的肮脏的欲望之火。接下来依次上演了对于海盗而言最为平常的事情：抢劫、残杀、勒索。这次唯一的不同是，海盗们没有向这个城市索要赎金，因为摩根已经下令将这座城市彻底毁掉。他们点燃了这座新大陆里最大的城市，巴拿马从此在地球上消失了。摩根船长为什么要这样做？也许除了他自己以外没有任何人知道真正的原因。可能是因为所有秘密的藏宝所都已经被发现，但是不论是什么原因，都只有这位伟大的船长自己才知道。剩下的三周里，摩根和他的同伴就住在这个可怕的地方，他们用175头牲畜驮着成袋的金银珠宝，以及大量货物和600名用来勒索赎金的俘虏，离开了这座废墟。
海盗们顺原路回到查格雷斯河口。按照海盗惯例，在赃物上船之前，先要依照规定的原则进行分赃，而摩根破坏了先前的传统做法，一人独得大头，而为数众多的普通海盗什么也没分到。分赃不匀引起海盗们的内讧，许多海盗拔刀威胁要杀死摩根。
“这是不公平的！你不能这么做！”他们怒吼着。
“在我的船上就要遵从我的规矩。”摩根狡辩。
话虽如此，这次亨利·摩根船长也感到害怕了。晚上，他和四个同伴趁着夜晚起锚，逃到了海上。据说他们四个人瓜分了大部分的战利品，他们在巴拿马抢到的这批战利品的总价值绝对不少于150万美元。我们大体做一个合理的估算，亨利·摩根在巴拿马西印度群岛抢到的各种各样的财宝如下：巴拿马，150万美元；贝略港，80万美元；普林西比港，70万美元；马拉开波和直布罗陀，40万美元；其他地方掠夺来的钱财，25万美元。这些战利品的总额已经达到了365万美元。
他抛弃了1000多名海盗。更恶毒的是，摩根临走前没给海盗们留下任何给养、船只和武器，让他们自生自灭。
牙买加总督摩根：残酷镇压 冷酷无情
海盗的劫掠活动自然危及西欧列强之间的殖民利益。早在巴拿马事件之前，英王查理二世已同西班牙政府签署了一项和平协议，而摩根的暴行，大大激怒了西班牙政府。于是，西班牙政府致函英国，对他们纵容海盗的行径提出了强烈抗议，并要求英国政府交出摩根。当时的西班牙毕竟是海上霸主，英国政府不得不和西班牙人达成暂时的妥协，并表示严惩摩根。