皮埃尔回到巴黎之后，当初，他一直和神父罗斯在一起，为穷苦人做些好事。当地有个老工人，名叫拉伏，他为资本家干了五十多年，结果赤贫如洗，眼看挨饿致死。皮埃尔怀着对穷人的强烈同情心，解囊相助，想方设法帮助拉伏一家度过难关。为了将老工人送进残疾院，他到上流社会四处奔波，登门求情，可是每每碰壁。上流社会的豪门贵户，不是忙于在政界争权谋私，就是沉溺于情场争风吃醋。男爵居维阿为了勾引一个女演员不惜挥金如土。
男爵的夫人夏娃忙于和年轻小伙子热拉尔伯爵幽会，他们的女儿赛米尔则在盘算怎样将母亲的情人夺过来，充当自己的丈夫。上流社会的这批人，个个自顾不暇，哪有精力和时间去同情穷人呢？老工人拉伏终于在贫病中悲惨死去。这种惨剧，使皮埃尔深感富人的缺德和穷人的不幸。
皮埃尔的长兄纪尧姆是个富有怜悯之心的人。他同情失业工人萨尔伐，收留他干几天活。萨尔伐出于对社会不平的抗议，他从纪尧姆家里偷了一包炸药，炸毁了男爵家的大门，自己被迫潜逃；一直关怀注视着萨尔伐行动的纪尧姆，不幸在爆炸时受伤。在危急之中，皮埃尔冒着风险将哥哥接回自己家里疗养。自此以后，一度疏远了的兄弟情谊，又恢复如常了。
纪尧姆伤愈后，出于感激之情，他邀请皮埃尔到自己家里去生活。纪尧姆的妻子早年病故，家中除了岳母和三个儿子外，尚有一个姑娘，名叫玛丽。
她原系纪尧姆朋友的女儿，惟因父亲去世，临终前托孤于纪尧姆抚养。现在她已长大成人，但不愿离开纪尧姆的家。尽管纪尧姆比她大二十多岁，可是她出于对他们一家的挚爱，本已打算嫁给纪尧姆为妻。
来自不同方面的人员组合在一起生活，皮埃尔颇不习惯，但年轻天真的玛丽的存在，又使这个复杂的家庭充满欢乐。皮埃尔经历严峻的思想斗争之后，毅然决定脱离教士生活，陪同玛丽一道游玩，一起工作。他开始省悟到，他的痛苦在于失去了青年时代的玛丽，可是眼前的这个玛丽，已经用热情治愈了他的心灵创伤，给他带来了生活的希望。他们之间真挚而纯洁的感情，又自然地发展成为爱情。纪尧姆得知后，一时感到非常痛苦，但崇高的友情毕竟克服了个人的内心矛盾，理性战胜了感情，他终于决定将玛丽嫁给皮埃尔。
纪尧姆不仅在爱情上作出牺牲，而且还决心为被当局拘捕处死的萨尔伐报仇。他认为，只是因为资产阶级的黑暗的存在，才造成无政府主义者的破坏。他声明自己是一个无政府主义的科学家，为了对抗这不公正的社会，他想发明一种烈性炸药，不惜以生命为代价，来摧毁巴黎圣心大教堂的建筑。
此事被皮埃尔觉察后，皮埃尔一直跟随着他，在关键时刻，阻止了他的行动。
纪尧姆在皮埃尔的开导下，省悟到炸毁大教堂的设想和做法，只能造成更大的破坏，无益于人类。于是，他遂热衷于科学发明，以改进人类的物质生活条件，去创造世界的幸福生活。
在经历种种曲折之后，皮埃尔成了一个自食其力的手工业工人，他进一步懂得了工作和生活的真正意义。过去，巴黎曾为自由而斗争，现在，它带来科学；明天，它将孕育着规模更大的暴风雨的洗礼。在人民的中心地巴黎，皮埃尔和玛丽有了一个可爱的孩子，他们把美好的理想和希望，寄托在一代新人身上。
左拉完成了以反宗教为主题的《三名城》，这是九十年代左拉思想更为成熟的一大标志。作者通过神父皮埃尔在三个地方的不同生活，表现了一个宗教职业者对宗教认识的三个不同阶段。当初，他欲以宗教救世，继而又欲以改革宗教来解救人世的苦难，最后，他宣告与宗教决裂，以信仰科学取代对宗教的信仰。这个曾经身穿黑袍，以教义蒙骗世人的皮埃尔，最后，他觉醒还俗，当其他神父再次来劝说时，他说：“我从那里出来是我的意志的自由，正如一个从墓道中出来急于寻找新鲜的空气和灿烂阳光的人一样。上帝并不在这个教堂里。这教堂简直是对理性、正义和真理的一种挑衅。”左拉以遒劲的笔力，借用笔下人物之口，真可谓把宗教这棵参天大树一手连根拔除了。
煤气中毒之谜
当左拉完成《三名城》的创作计划的时候，他已经快六十岁了，但他并不因鬓发增白而止步。勤奋多产的左拉又立即提出了第三个创作计划，这就是《四福音书》。它包括《繁殖》、《劳动》、《真理》、《正义》四部小说。这个创作计划惟因左拉煤气中毒，未能如数完成。
《四福音书》的创作，开始于一八九八年流亡英国时期。这部系列小说，均以探索社会理想为课题，反映了左拉晚年执意变革现实的伟大思想。他想用《繁殖》来描写理想的家庭，宣扬父爱、母爱和家庭间的子女之爱；用《劳动》来描写理想的城市生活，由劳动的社会化来促成人们之间和睦相处的关系；用《真理》来描写理想的国家，借教育以促进各民族的友爱合作；用《正义》来描写理想的世界，以人道主义精神和正义事业，共同发展和增进人类和平、友谊的崇高感情。
当时的欧洲，圣西门、傅立叶和欧文的空想社会主义学说广为流行；与此同时，厌世悲观的欧洲“世纪末”思潮也日趋泛滥，尤其在法国，占国民大多数的拉丁民族，从十九世纪中叶以来，人口逐年减少，这在法国人们中间引起极大的恐慌，以为这样下去，拉丁民族行将全部灭亡，因而滋长了“人种末”的恐惧心理。在社会政治方面，人生只有忧虑，没有出路，痛感人生无常，虚幻凄苦，到头来死路一条，因而悲观厌世，或者玩世不恭，或者堕落颓废，这就促使“世纪末”思潮泛起。
面对这种复杂的现实，左拉并不赞同“世纪末”思潮。他认为，每当世纪末的年代到来，人们应以最后的努力，来弥补本世纪失去了的时间，正如长跑竞赛到达终点前的冲刺一样。在世纪末年代，人们应为着解决如何生活，怎样追求理想的问题而坦率地开展各种精神活动。因此，他接受了当时的空想社会主义学说，企图变革现实，创建美好的未来，为世纪末找出一条新路。
现在看来，左拉笔下的这种空想社会主义，只不过是一种改良主义而已。在小说《繁殖》中，左拉主张封闭酒店，开办学校，增加工资；他反对马尔萨斯的“人口论”，也反对节欲、堕胎和卖淫。主张多生多养子女，子女越多，家庭的感情越笃。他提出减少弃婴的惟一办法，就是设法找到孩子的母亲，鼓励她们，给她们以做母亲的生活条件。在小说《劳动》中，左拉曾经描绘出一幅空想社会主义的图景：主人公吕克·佛洛芒在阅读了傅立叶的著作后，便按照理想办起一所工厂，实践傅立叶提出的资本、劳动和才能三结合的主张。在这里，废除了工资制度，工人、工程师、厂长、会计、技术员，人人都成为工厂的主人，共议大计，共享成果。工人们不以劳动为痛苦，反以劳动为享乐，人人快乐无比。
《四福音书》的艺术构思，反映了左拉晚年寄希望于国家繁荣，社会安定，人民幸福的美好理想，表明他也是一个伟大的理想主义者。一八九九年，左拉在伦敦撰写的《繁殖》出版了，一九零一年，《劳动》也按预期计划与读者见面，《四福音书》的第三部《真理》于一九零二年夏季脱稿。接着，左拉入手撰写第四部《正义》。可是，意想不到的事故终于发生了。
一九零二年九月二十八日，左拉在巴黎近郊的梅塘别墅度过夏季之后，回到巴黎布鲁塞尔街二十一号的寓所。不巧那天天气特别潮湿，他的夫人身体不适，晚间点燃起卧室内的壁炉，炉火很旺。入睡后，由于壁炉的烟囱阻塞，煤气倒灌进来，致使左拉夫妇和房内的那只小狗一齐中毒窒息。
次日上午十时许，仆人深感迷惑，呼叫后不见动静，遂破门而入，才发现左拉已失去知觉，倒在卧室的地毯上。经过多方抢救，体弱多病的夫人和那只小狗都救活了，惟有素来以身体健壮著称的左拉却始终没有苏醒过来。
当时，地方警察局写了一份检查报告，认定他是煤气中毒的自然死亡，新闻报纸也照此披露。但是人们对此仍疑团重重，猜测其间必有奥秘。
就在出事的那天，报丧人雨塞·法斯格先生和费尔南·德穆兰先生一出现在左拉的女友让娜·罗泽罗面前时，人们尚未开口，她就立刻预感到发生一件不幸的事情，她失声呼叫：“别人把他杀死了吗？”人们联系到德莱菲斯事件的暴风雨时期，便发生过保皇党徒和军事当局的走狗妄图暗杀左拉的事。人们一直在猜测，可能是当时反动集团收买了几个人，预先密谋将左拉卧室的出烟孔封闭起来，以便谋杀左拉，报复他对德莱菲斯事件的干预，破坏左拉的整个社会生活和文学活动。这难道不是一起政治性的谋杀事件吗？
对左拉颇为熟悉的都鲁日医生，也深感左拉死得意外。他在《医学及心理的考查》一书中，认为左拉那奇特和强健的体质，既没有任何器官上的疾病，也没有内在的病症，是完全能够活到高龄的，可是一个塞满渣滓的壁炉烟囱，竟夺去了他的生命，这几乎成了一场无法解释的灾难。人们叹息着，这煤气中毒之谜，究竟何时才能揭开呢？
只有一种事实：左拉确实死了。可怖的惨痛，不幸的噩耗，使周围的人们震惊不已。左拉的妻子、儿子、女儿怀着沉痛的心情，在布鲁塞尔街向遗体告别。爱弥尔·左拉像一座美丽的大理石雕塑像似地躺卧着，仪表威严，神情自若。亲人们相对无言，泣不成声。此年十月五日，在巴黎举行左拉的葬礼，含泪的民众从四面八方汇集拢来，怀着敬仰的心情，护送堆满鲜花的柩车，徐徐走向蒙马特墓地。
在墓地，左拉生前的好友纷纷发表演说，安那托·法朗士的声音尤为洪亮有力，他的演说，时时被群众的含泪的口号声所打断。
一九零三年九月二十九日，当左拉逝世一周年之际，左拉生前的一大群朋友和崇拜者不约而同地聚集到梅塘别墅，人们倡议建立一个为纪念这位有名望的小说家的巡礼会。从那时起，这个巡礼会定于每年九月二十九日举行，后来又改在十月的第一个星期日。它成为团结文学家，造就培养青年一代的特别仪式。
左拉去世之后，声誉倍增。法国众议院曾作出决议，要把左拉的遗骸从蒙马特公墓迁葬至国葬院。就在他死后的第六个年头，一九零八年六月五日，左拉的遗骸终于迁葬了，雕塑家爱米尔·德锐为左拉雕成一座半身石像。一九二四年一月二十七日，人们又在左拉的诞生地圣·若瑟夫街的旧居里，为左拉建起一块纪念碑。
在左拉活着的时候，他并没有什么奢望，“惟一的野心，就是使自己有一部广为流传而且万古长存的作品”。其实，这种广为流传而且万古长存的作品又何止一部呢？左拉的作品已被译成欧美各国六十多种语言文字，流传于全世界。他的手稿，除《娜娜》的原稿放在美国的纽约图书馆，《三名城》
的原稿放在爱克斯城的麦沙勒图书馆外，其余手稿差不多全部存放在法国国立图书馆内。多少个文人学者慕名前来巴黎，瞻仰左拉的遗像；数不尽计的文学青年，正在继承和研究他给后人留下的丰富而有益的文学遗产。