盛宣怀办的洋务企业，虽然采取的多为官督商办的形式，但由于盛宣怀的身份既代表“官”，又代表“商”，所以这种企业对封建统治者有很大的依赖性；如果盛宣怀没爬到那么高的位置，没有李鸿章这样的大官支持，他的企业是一天也维持不下去的。而且盛宣怀所处的时代，又是列强侵略和瓜分中国的时期，盛宣怀在开始办企业时，虽然也有争夺主权、抵御外国侵略势力的意图，但随着中国半殖民地化的增强，外国侵略势力对中国政治和经济控制的强化，他的企业如果不与外国侵略势力妥协，甚至让一部分利益给外国侵略势力，他也难以维持下去。所以当1900年义和团运动兴起和八国联军入侵中国的时候，他就在政治上采取了坚决反对义和团的态度，而对外国侵略者则妥协退让，以求得保住自己既得的经济利益和政治地位。
义和团运动爆发后，因为对一切洋务都采取了全面反对的态度，所以盛宣怀办的铁路和架的电线，都受到了冲击和破坏。义和团运动直接涉及到他的切身利益，所以他一再向清政府建议，要进行血腥的镇压，而镇压的目的是保护外国侵略者的在华利益。
盛宣怀的洋务企业主要集中在长江流域。当八国联军进攻北京，眼看北方的清政府已无力抵抗的时候，盛宣怀借助他与东南督抚李鸿章、刘坤一、张之洞等人的密切关系，与他们酝酿，要进行“东南互保”。所谓“东南互保”，就是以东南的三个主要督抚李鸿章、刘坤一、张之洞为首，明确向西方列强宣布，他们不支持清朝政府反对八国联军的斗争，而愿与列强合作，共同保护东南一带的局势，不受战火的影响。这无疑是在外国侵略者面前表示不抵抗，不反对侵略的一种投降妥协的作法。
“东南互保”的方案是盛宣怀支持上海道余联沅出面提出的，很快得到了江督刘坤一、苏抚鹿传霖、粤督李鸿章、鄂督张之洞、闽督许应骙等实力派人物的支持。以后，山东巡抚袁世凯、川督奎俊等人，也表示了参加“东南互保”的意愿，所以实际上“互保”的范围已从东南发展到中南乃至西南了。
盛宣怀为了稳定“东南互保”的局面，他一方面要求各督抚对境内的义和团，要尽力镇压，以保护外国商民及其财产，以免引发外国人出兵的口舌；另一方面对外国侵略者的侵扰和挑衅，步步退让妥协，以免扩大事端。由于“东南互保”保护了外国的在华利益，所以得到了外国侵略者的支持，最终果然达到了“东南互保”的目的。
在“东南互保”的目的实现后，盛宣怀又以“东南”为基地，力促清政府与八国联军谈判，达到和约的签订。盛宣怀借他掌握着电报局这一通讯中枢的有利条件，通过与各方势力的协调，向清朝政府推荐由李鸿章出面负责与八国联军的和谈。清朝政府这时已感危机四伏，无计可施，因而也就接受了盛宣怀等人的建议，任命李鸿章为直隶总督，以全权大臣资格与列强进行和谈。
盛宣怀主张由李鸿章出面议和的目的达到后，接着他又建议，用严惩祸首的办法，以达到和议的速成。但是谁是祸首呢？主要的祸首是慈禧太后，这当然不能惩办。要找下边的替死鬼，又因各督抚中的利害关系，也有矛盾，最后集中在首先利用义和团的前山东巡抚毓贤、率军围攻使馆的董福祥和军机大臣刚毅等人的头上。杀毓贤容易，可董福祥因有兵权在手，杀之恐引起兵变，最后只给了个革职留任的处分。清朝政府在协调处理这些问题的过程中，很多是先与盛宣怀商量，然后再由盛出面协调督抚们意见的，所以盛宣怀当时实际上处于一个十分重要而又微妙的地位。
在戊戌变法的时候，盛宣怀是康有为和梁启超的坚决反对者。但时隔两年，到了八国联军入侵中国的时候，他一下子又来了个180度的大转弯，积极主张变法了。因为这时盛宣怀认为，变法能迎合列强的胃口和利益，有利于促进停战的谈判。至于怎么样变法，他认为不能全变，也不能急变，所以只能进行一些如改官制、变科举等枝节的小变，这既不会动摇清朝统治者的根本利益，又有利于像盛宣怀这样人士进入政界掌握实权，他完全是从少数洋务派的利益为出发点考虑的。清政府1901年进行的所谓“变法”，正是在盛宣怀这样的指导思想下进行的，能变到什么程度也就可想而知了。
在李鸿章与八国联军谈判签订了屈辱的《辛丑条约》后，总算把清朝政府的统治暂时稳定下来，但摆在清朝面前最棘手的问题，是如何筹措4.5亿两的巨额赔款了。清朝政府的一些大臣们，都对从哪儿搞到这笔赔款一筹莫展，而唯独盛宣怀认为，这笔赔款数额并不很大，有办法筹措。从哪里筹措呢？无非是不顾人民的死活，加重民众的负担，在田赋、盐课、印花、土货等上边加税等。于是盛宣怀就被清朝政府任命会办商务大臣，专门负责赔款和商约谈判了。
所谓商约谈判，就是《辛丑条约》签订后，要根据条约的原则对某些具体条例进行谈判签约，如内河行船、商务等。签订商约的首席谈判代表是当时的商务大臣吕海寰，但直接具体进行谈判的负责人却是商务副大臣盛宣怀。
《辛丑条约》有11个签约国，首先进行商约谈判的是英国。谈判的焦点集中在加税免厘上。厘金是商品流通税，中国的商品在流通中一直上这种税。口岸开放后外国货大举进入，进口商品要上关税，交了关税后是否还要上厘金，这是当时双方争议的焦点。盛宣怀主张税厘并征，就是上了关税还要征厘金，但外国人一直主张，只上关税，不征厘金，商品上了关税后就可以在中国市场上流通，不应再征其它的税。这个问题当然涉及到国家税收主权的问题，但在西方的压力下，盛宣怀被迫退让妥协，最后答应外国商品进入中国，只征关税12.5%后，免征厘金。在谈判中的另一个焦点，是关于内河航行权的问题。过去盛宣怀创办内河轮船公司，一直主张内河航运要由中国独占，不许外人插手。在不平等条约的压力下，盛宣怀也不得不出卖内河航运主权，允许外国轮船不但可以在内河航行，而且可以租用河道两岸的栈房和码头。对于这种出卖主权的作法，他还在向清政府报告中自我安慰说，租期只有25年，并可随时更改，而且招商局还准备购置新船以与外轮竞争。这完全是一派自欺欺人之辞了。
盛宣怀1902年与英国谈判签订这个出卖国家主权的商约和内河航行的章程后，按照这一出卖主权的原则，随后于1903年与美、日，1904年与葡萄牙也签订了类似的商约。这三个商约虽然在内容上不尽相同，但在加税免厘和出卖内河航行权上，都与英国签订的商约一样，并不像盛宣怀所说的，没有侵犯我主权。