盛宣怀和袁世凯都是李鸿章提拔起来的亲信，但是因为盛宣怀长期在李鸿章身边工作，所以盛宣怀与李鸿章的关系，要比袁世凯更为亲近。
盛宣怀和袁世凯没有在一起共过事，但由于他们都自认为是李鸿章的门生，而且在对时局的一些认识和评价上，又往往意见相同，因而在当时复杂的斗争和人际关系中，彼此互认为知己，在一些问题上常常互相支持，彼此声援，从而达到共同的目的。比如在甲午战争后，改革军制、筹练新兵成为一时朝野的共同呼声。袁世凯和盛宣怀都是上述主张的积极支持者。后来袁世凯获准在天津小站训练新军，盛宣怀给予热情支持，并且在皇帝面前十分推崇袁世凯的作为。他认为袁世凯在小站所练的新兵太少，应该予以增加。这当然正合袁世凯的愿望。再如对于戊戌变法，他们都持反对的态度。他们俩人也主张变法，但变的只是工商之法，对政治上的变革都是反对的。所以在变法过程中，盛宣怀持不合作的态度，而袁世凯则表面上支持，背后却出卖了维新派。
1901年李鸿章病故。谁来接替李鸿章的直隶总督和北洋大臣的重要空缺，成为当时朝野关注的大事。盛宣怀在李鸿章去世之前，就曾对袁世凯说过，李鸿章老了，以后他的大业只有袁世凯可继任。李鸿章死后，盛宣怀马上公开推荐袁世凯出任北洋大臣。但袁世凯另有他的打算。天津是清朝重臣荣禄的地盘，他不愿离开自己经营多年的山东巡抚的职位，而去就一个空头的北洋大臣之任。所以袁世凯提出，要他去当直隶总督和北洋大臣，必须仍保留其山东巡抚的职位，他才能够去接任新职，否则他怕一离开山东，在当地引发混乱。这在当时是没有先例的，显然是一种要挟。但盛宣怀却胸有成竹地向袁保证，他一定向清朝政府游说为袁争取到不解任山东巡抚的调任。盛宣怀对荣禄做工作后，果然完满地达到了袁世凯的愿望和要求。
盛宣怀极力推荐和支持袁世凯为李鸿章的继任人，其目的很明显，是希望袁世凯权力到手后，利用其政冶的地位和军事的实力，保护和支持盛宣怀在经济领域的发展和地位。但是盛宣怀的这一如意算盘打错了，他万万没有想到，袁世凯在政治上达到自己的目的后，为进一步发展势力而充实财源，首先开刀的是盛宣怀所经营和控制的洋务企业，特别是赢利丰厚的招商局和电报局。
1902年盛宣怀的父亲盛康病故。按照当时的规定，父母故后，要在家守孝三年，照例应免去原来的各种官职。盛宣怀一守孝，清政府即派张翼（此人为出卖开平煤矿给英国的罪魁）为招商、电报二局的督办，企图将此二局的收入划归户部筹饷。盛宣怀对此当然坚决反对，但又不好说自己不解职，因而只得求援于袁世凯，希望他出面主持公论。
袁世凯早已垂涎招商、电报二局的收益。盛宣怀来求他，正好可以将计就计，将此二局吞并在自己手里。他一方面支持盛宣怀反对张翼督办二局的主张，另一方面又以二局原来就归北洋大臣所管为理由，希望维持现状。后来反对张翼督办的目的虽然达到了，招商、电报二局却也落入了袁世凯之手。袁世凯派自己的亲信杨士琦代替盛宣怀当了招商局的督办，电报局由商办改为官办的企图，虽然在盛宣怀的全力反对下一时没有得逞，但也被袁世凯派原直隶布政使吴重喜为驻沪会办大臣，接受了电报局，最终将二局控制在自己的手中。
电报局虽已掌握在袁世凯手中，但仍属商本而官办，盛宣怀一再坚持，如要改为官本官办，一定要发还商本，这对清政府虽然有利，却因拿不出还商本之款，所以一直未能施行。1908年盛宣怀升任邮传部右侍郎，这时邮传部决定收购电报局的商股，仍要官本官办时，因为盛宣怀正好分管邮电，如果电报局收归官办，等于又归了自己控制，因而一改原来的主张，不再坚持商办了。这时官方与股商争论的焦点变成股价问题，政府希望以每股170元收购，而实际股值是290元，盛宣怀想以200元折中的办法解决，清政府不同意，最后才决定以每股180元的价格收购。盛宣怀自己掌握着900股，收购的价格高一点当然对他有利。但当他看到再抬价会招致清朝统治者对自己的不满时，就带头接受了这个价格，从而进一步取得了清政府的信任。所以盛宣怀在电报局的得失上，虽然经济有所失，而政治上并无所失，还有所得。
对于招商局被袁世凯拿走，盛宣怀当然也不甘心，他一直在等待收回的机会。1908年，光绪和慈禧太后先后死去，靠逢迎慈禧发迹的袁世凯，被赶回老家养病，盛宣怀看准时机，积极开始了收回招商局的活动。这时的招商局已遍布袁世凯的亲信，而管招商局的邮传部尚书徐世昌更是袁的骨干，由于徐世昌与港商的关系密切，而港商在招商局又占有相当的股份，所以盛宣怀很担心徐世昌依赖这部分股东稳定其对招商局的控制。为了争取招商局中股东的支持，盛宣怀抓住广东商股中的领袖人物郑观应，要他私下拉拢和争取广东的股东，大力争取招商局的商办事宜。郑观应和盛宣怀的意见一致，都主张招商局应归商办，所以他积极支持盛宣怀的活动，很快争取到股东中十分之六的支持。条件成熟后，1909年在上海召开了招商局的股东大会，会上选盛宣怀、郑观应等九人为董事，盛宣怀任董事会主席，这样盛宣怀就以招商局完全商办的名义，又从袁世凯手中将招商局的大权夺了回来。
在招商局和电报局的问题上，袁世凯倾向官办，而盛宣怀则主张商办，在很大程度上其矛盾虽然是从个人的私利出发的，但从客观上来说，商办总比官办好。因为一官办，就难免会将官场的一些腐败习气带入企业，不利于企业的发展，而商办却有利于民族工业的复兴。所以盛宣怀与袁世凯的斗争，盛宣怀还是站在进步的方面，因而应予以一定的肯定。