1883年11月，孙中山同陆皓东来到香港，同入拔翠书室。12月，两人同受洗礼，成为基督教徒。1884年3月，孙中山转学到香港书院，即后来的皇仁书院，用乳名孙帝象注册。这所学校的办学宗旨是沟通中西文化，每天上午讲中文课，下午讲英文课。
1884年5月，孙中山奉父母之命，回翠亨村结婚。新娘名叫卢慕贞，小孙中山一岁，是同县一个商人的女儿。结婚后，他在家住了三个月，再回香港读书。
就在1884年发生了中法战争。这次战争是中国人民反抗法国侵略者侵略中国的正义战争。刘永福率领黑旗军，顽强奋战，老将冯子材率部在谅山大败敌军。但是，腐败的清政府却在战争取得很大胜利的时候，派李鸿章代表中国在天津同法国侵略者签订了丧权辱国的不平等条约。清政府的腐败无能，卖国媚外，给年轻的孙中山很大刺激。
1886年，孙中山从香港到广州，在博济医院附设的医科学校学医。他学医的意愿在檀香山时已经萌发，经过中法战争的刺激，便决心学医，作一名医生。其目的，依他自己的话说，是在于“以学堂为鼓吹之地，借医术为入世之媒”。
1887年，孙中山转学到香港丽雅氏西医书院。该校设备较好，师资雄厚，学制为五年，毕业后即可以行医。为了以熟练的医术，作为“入世之媒”，在校期间，他各科成绩都名列前茅，同时，还广泛阅览历史、地理、农学、达尔文进化论等。他对中国地理尤其感兴趣，时常面对宿舍里的一副中国地图，感叹祖国山河的沦丧，激励自己爱国的情怀。
孙中山在学习医术的同时，对政治的兴趣也与日俱增。在香港，他同尤列、陈少白、杨鹤龄结为好友。尤列，字少纨，广东顺德人，出身书香世家，他曾到过日本朝鲜，也游历了、北京、上海、江苏等地的是一位会党成员。从而目睹了清政府的腐败，坚定了反清意志。1886年尤列在广州同孙中山相识，1888年到香港，在华民政务司任书记，同孙中山往来日益密切。陈少白，原名闻韶，广东新会人，原为广州格致书院的学生，1889年经孙中山介绍，转入香港西医书院。杨鹤龄，与孙中山同村，自幼相识，其父在香港经商。他们四个人时常在杨鹤龄家的商店里议论时政，抨击朝廷，探讨革命道理。他们的言论和行为被当时人称为大逆不道，亲友们则称他们为“四大寇”。他们都十分仰慕洪秀全，孙中山称洪秀全是反清第一英雄。四个人都把自己同洪秀全相比，也乐意接受“四大寇”的称号。但当时这“四大寇”，只是在口头上议论反对清政府，并没有付诸行动。
1892年7月，孙中山以第一名的成绩毕业于丽雅氏西医书院。在毕业典礼上，他因成绩优异，获得了三本医书，由教务长英国人康德黎颁发毕业执照。
毕业后，孙中山到澳门，被聘为镜湖医院的西医师，成为该院第一个用西医治病的医师。1892年11月，他离开镜湖医院，借钱在澳门开办中西药局行医。孙中山医术高超，为一个患者开刀取出肾结石，从此，声名鹊起，前来求医的人络绎不绝。葡萄牙藉医生嫉恨孙中山，对他进行种种刁难，排挤。不得已，孙中山于1893年将药局迁到广州，改名东西医局。
孙中山对待病人态度和霭可亲，遇有贫穷的病人，便不收诊金。他的声名很快又在广州传开，业务也蒸蒸日上，开设了分药局。1893年12月，广州的《中西日报》刊载了一篇感谢中山先生的启事。署名武泌的启事称赞孙中山“济世为怀，轻财重义，药金不受，礼物仍辞，耿耿私心，无以图报。”
通过行医，孙中山结识了社会上各个阶层的人士，有政府官僚富、商、地方绅士，也结识了许多志同道合的同志。由于接近官场的机会多了，孙中山对清政府的腐败有了深一层的了解，认为“欲救国救人，非锄去此恶劣政府不可。”他毅然决定放弃医人的职业，而专门从事医国的事业。