自“间岛事件”以后，日本政府对宋教仁大为不满，把他看作是清政府派来的密探，对他多方刁难，他并没有把这些事情放在心上。而同盟会组织的逐步涣散，革命党人所发动和领导的武装起义的接连失败，则使他感到心情非常压抑。1908年《民报》被日本政府封闭。1909年陶成章和章太炎等人重组光复会，公开与同盟会分庭抗礼，革命队伍内部更趋分裂。1910年6月，孙中山化名Al aha医生潜返日本，宋教仁去见孙中山，商量整顿党务问题。但几天以后，日本警察发现孙中山在日本的活动，迫使孙中山匆匆离去，使得同盟会整顿工作没有获得任何进展。这年的年底，宋教仁接受了内田良平、北一辉、清藤幸等日本黑龙会成员为他举行盛大送别会。宋教仁抱着在大江南北开展革命运动的决心，离开日本归国，并于1911年1月初回到了他离开6年之久的上海。
当时上海已成为中国的第一大都市，经济文化有很大的发展，也是革命党人宣传革命思想的中心，有不少全国闻名的进步报刊，其中规模最大，发行量最多，影响也最广泛的一家，是于右任创办的《民立报》。早在于右任创办《民呼报》时，他就想请几位撰稿人，正好康宝忠从东京回沪，于右任就请他在同盟会总部中，推荐一位能文善写之士，康宝忠即推荐宋教仁。当时正是间岛问题交涉最困难的时候，康宝忠告诉于右任说：“您试着读一下《间岛问题》这本小册子，就可以知道宋君的学问气度与见识了。”这番话使于右任对宋教仁这个名字留下了深刻的印象。
宋教仁回到了上海后，也因为早已慕于右任的大名，遂与谭价人、刘成禺一起主动拜访于右任。在于右任的寓所，他们两人一见如故，抵掌而谈。当谈及中国外交形势危急的时候，宋教仁侃侃而谈，旁证博引，把列强各国间的关系，以及我国应取的策略分析得头头是道，居然令一向才气横溢的于右任为之折服。宋教仁又谈及报社的宗旨和倾向，报社的具体工作办法。于右任当即力请宋教仁留下担任《民立报》编撰。宋教仁认为自己是被清政府通缉的“要犯”，有些为难地说：“上海危险之邦，恐怕不能久住。”于右任也是被通缉的“要犯”，回答说：“处境的危险，我与您是同样的。但一定会有保证安全的办法。”宋教仁见于右任这样说，也就慨然地答允了。于是，于右任在法租界三茅阁桥畔另外租了一间屋，作为宋教仁的编纂室。后来《民立报》社房子着火，同事之间互相解嘲，都说是因为宋教仁想搬到租界去的缘故。有一人得联云：“桃源渔父真逃世，一炬居然避祖龙”。《民立报》社的新屋也就因为他才开始营造。
当时上海各界的人士中没有人知道宋教仁这个名字。报社同行称他为“桃先生”，外面寄来的函件也是寄给“桃先生”，写的文章则署名“渔父”。时间长了，认识他的逐渐增多，但也只知道他是《民立报》的渔父先生，不知是大名鼎鼎的宋教仁。“间岛”交涉期间，中国内地报纸有很多激愤的文章，但并不能搞清“间岛”的地理位置。后来搞清楚这个问题，是到宋教仁陈书披图，考以历史，亲手绘制地图予以公布以后。当时，全国为之震动，上海的外文报纸也竞相转载。但那时宋教仁署名“宋练”，旁人也不知“宋练”即是渔父。宋教仁主持《民立报》笔政之后，“间岛”的交涉还没有最后结案。这一时期上海的民气很旺，集会结社演说极为盛行。可惜大多数演讲者因为限于知识与依据的缺乏，不能击中要害。于右任于是介绍宋教仁到各处演说。宋教仁在上层人物经常聚集的西园演讲了两次，效果异常的好，只要他登上讲台，听众的情绪一下就会热烈起来。在场的和不在场的当时上海名流都向于右任打听演讲人的名字、籍贯，于右任回答说他即是渔父。宋教仁自己也签名为“宋渔父”。从此，宋渔父的大名渐渐传播开去。
中俄界约纠纷发生后，举国激愤，但清政府昏聩，毫无外交策略。宋教仁发愤著《二百年来之俄患史》，将新旧条约逐一研究，发表交涉办法，洋洋数万言。交涉过程中，外文报纸转载俄人要求在撒拉时美驻兵，在库尔札驻领的消息。西报地名的音译，与我国地名全然相异，当时举国报纸，莫能辨明，又是宋教仁引经据典，指明撒拉时美为承化寺，库尔札是伊犁附近的宁远城，俗称金顶寺。一时读者翕然拜服，钦佩他的博学，惊叹无人能与之抗衡。
宋教仁痛斥清政府的昏聩无能，指出那些外交政策的制订者和执行者对国际形势一无所知，而且“因循苛且，视国事若传舍，无复公忠之义，至于其极，则且不恤营私罔上，学秦桧、严嵩之所为而毫无顾忌”，从而把中国一步一步推向更加危险的境地。除了《二百年来之俄患史》，他还在《西方之第二满洲问题》、《东亚最近二十年时局论》、《讨俄横议》、《清政府借日本债款十兆元论》以及《论近日政府之倒行逆施》等文中，全面分析了中国在当时的世界上所处的地位和面临的危机，认为日俄战争以后，帝国主义各国之所以对中国维持均势主义，绝对不是因为它们热爱中国，实在是因为分割中国的时机尚未成熟。实际上，帝国主义各国是各怀鬼胎的：日本时刻都在想着独吞中国；沙俄在日夜觊觎中国新疆和东北的大片土地；英国想继续控制长江中下游，并且窥伺云南与西藏，而美国则正在利用其强大的经济力量，拼命向中国内地扩张侵略势力，所以，中国有被瓜分豆剖的危险。宋教仁从当时各国的相互关系来看中国的处境，发出一系列为别人所不及的独到见解，不愧为一个卓有见识的政治家。
对于清政府的“立宪”骗局，宋教仁也进行了毫不留情的揭露和深刻尖锐的批判。他专门写了《宪政梦可醒矣》、《中国古宪法复活》和《希望立宪者其失望矣》等文章。他指出：“现政府之所谓立宪，伪也，不过欲假之以实行专制者也。”可谓一针见血，希望人们尽快丢掉对清政府的幻想。
就这样，在不到1年的时间里，他共发表了文章80余篇，内容涉及到内政外交等各个方面。这是宋教仁一生中的重要时期。他高举民主革命的旗帜，以《民立报》为主要阵地，在政治思想领域以各种不同的方式同帝国主义和封建势力进行斗争。他那不屈不挠的精神，切中时弊的精辟议论，他以丰富的学识，使人为之耳目一新。