袁世凯篡夺大总统权位以后，迫于革命力量的压力，违心地按照约法的规定任命了首届责任内阁。在南北和谈中对和平有贡献的北方代表唐绍仪被任命为内阁总理，负责在北京组阁。宋教仁被任命为没有实权的农林总长，与被任命为教育总长的蔡元培一同加入第一届责任内阁。宋教仁一向致力于研究政法组织，已经享有盛名，袁世凯却委任他管理农林，不过是搪塞同盟会分享胜利成果的要求而已。袁世凯的诡计，宋教仁是知道的，但他认为，成为阁员以后，不管怎么说总是制订大方针政策的人中的一员，对实施自己的政见有便利的地方，于是姑且受职。4月20日，他和蔡元培一起连袂北上赴任。
在农林总长任上，宋教仁保持了他一贯的孜孜不倦的工作精神，制定了大量的积极政策。他打算设立有关学校和教育机关，建立实验场，对农民进行知识教育。他深深感到，中国的财政力量薄弱，农民缺乏生产资金，所以他又想建立拓殖金融机关和劝农金融机关，以便给农民发放贷款。同时他也主张酌量输入外资，作为对农业生产资金的补充。除此之外，他还拟订了边境开垦、移民与植林等法律草案，计划在东北等地设置垦殖机关，对于当时的其他内政与外交，他同样提出过积极的意见。唐绍仪十分欣赏宋教仁的才识，有事总喜欢同他商量。很快地，宋教仁就以自己出色的才能改变了自己的处境，他的影响远远超出了农林总长的范围，人们都称这届内阁为“唐宋内阁”。
6月，袁世凯自感位置已经坐稳，即无理地剥夺责任内阁的权力。唐绍仪无法忍受袁世凯的逼迫和打击，于6月17日留下一道辞呈，愤然离京赴津。为了表示对唐的支持，宋教仁也拒绝了袁世凯的一再挽留，于7月8日提出辞呈。
唐绍仪内阁的倒台实际上已经充分说明，无论是临时约法，还是责任内阁，都不能对袁世凯起到任何限制作用。要对付袁世凯，只有依靠强大的政治、经济和军事力量，首先在战场上打败袁世凯。但是唐内阁的垮台，没有影响宋教仁对责任内阁制的信心。他认为唐内阁的垮台原因是因为意见不能一致，不能显示责任内阁的巨大威力，于是他谋求建立由一个政党组成的纯粹政党内阁。宋教仁以西方英、美两国的议会政治为蓝本，认为要组成纯粹的政党责任内阁，就一定要有一个能在议会中占有多数席位的强大政党才能成功。特别是黄兴被迫辞去南京留守府的职务，遣散军队和唐绍仪内阁垮台以后，同盟会由于在国内政治斗争中连续受挫，不能控制参议院中的多数席位的形势，已经十分明显，这更使宋教仁感到，组织一个强大的政党，在将来的正式国会里造成强大声势，是革命党人组织纯粹政党责任内阁的一大关键。
这时候，章士钊在上海《民立报》发表文章，宣扬“毁党造党”之说，主张将所有政党尽行毁弃，然后经过研究，求出一个大同大异之点来，组成相互对立的两大政党，作为实现纯粹政党内阁的良好基础。这一主张在社会上引起了强烈反响，也完全符合宋教仁的政治理想，于是他便施展自己丰富的政治学识和机敏的外交技巧，在政党林立的情况下，开始组党建党工作。
正当宋教仁为组织一个强大的政党而努力奔波的时候，北京的政局发生了一些微妙的变化。由于袁世凯的专横跋扈，不顾临时参议院的多次反对，硬要碌碌无能的原外交总长陆征祥继唐绍仪之后出任内阁总理，并依据自己的意愿组织内阁，损害了不少党派的利益。本来不同意同盟会意见，想参加陆征祥内阁的统一共和党，因要求没有得到满足，就想方设法把陆征祥推翻，结果不仅不能如愿，而且还遭到共和党和军警界的嘲弄和诽谤。统一共和党的许多党员都非常气愤，便决定与同盟会携手，共同参加正式国会的竞选。
8月5日，双方代表就新党的名称、纲领以及组织等问题开始在北京谈判。国民公党、国民共进会、共和实进会得到消息，也表示愿意一同合并，先后派代表前来参加，使合并的范围进一步扩大。5个政党的代表经过反复讨论，决定以“国民党”作为新党的名称，并且拟订了保持政治统一等5条纲领。8月10日，同盟会本部召开职员会议，宋教仁汇报了5方谈判的基本情况，在到会的70多个同盟会领导中，只有5人表示反对，其他全部投票予以通过。其他4党的代表也都回去报告本党，都得到了各自政党的同意。
8月25日，国民党借北京湖广会馆举行成立大会，孙中山到会并发表了关于民生主义的长篇演说。会上推举孙中山、黄兴、宋教仁等9人为理事，胡汉民、柏文蔚、李烈钧、蒋翊武等29人为参议，另外还有7名名誉理事和300多名各部的干事。随后，黄兴和宋教仁等7名理事又共推孙中山为理事长，旋因孙中山忙于他事，党务无暇顾及，便委托宋教仁代理。
国民党的建成，使宋教仁感到十分得意。他以满怀喜悦的心情，写信给海外的同盟会员说：“自斯而后，民国政党，唯我独大，共和党虽横，其能与我争乎！”然后，随着正式国会竞选的开始，他又积极地投入竞选斗争中。
从1913年1月开始，由长沙到武汉，过九江到上海，又到杭州和南京，他到处都发表竞选演说，到处都受到热烈欢迎。并且，随着形势的发展，宋教仁已经不再以组织一个纯粹政党责任内阁而满足了。因为他很清楚地了解到，要使阴险狡诈、野心勃勃的袁世凯担任一个并没有什么实权的总统是根本不可能的，只有选举“最为愚呆脆弱之黎元洪”为总统，才能充分发挥责任内阁的应有作用。因此，当他在武昌访问黎元洪的时候，就对黎元洪十分明白地说道：“我们不能使袁世凯做我们听话的工具，我要我的党员选你当总统”。他想通过这条途径，把袁世凯踢出中央政府的大门以外。这个消息很快透露了出去，在社会上广泛流传开来。2月18日，北京《亚细亚日报》对此作了公开的报道。
宋教仁的这一计划若是实现，对袁世凯无疑是致命的一击，况且国会选举已经揭晓，国民党在每个选区都高奏凯歌，在参、众两院870个议席当中，国民党独得392席，占议席总数的45%，而共和、民进、统一三党所得议席总和只有223个，还不到议席总数的26%。国民党取得了压倒多数，宋教仁的这个计划是很有可能实现的。袁世凯下决心杀害宋教仁了。