袁世凯早在“间岛事件”时已经听说了宋教仁的才华，也亲眼见识了他的文章，送过他1000元钱，自以为是慧眼的伯乐，宋教仁理应感激他。在北京期间，他再一次看出宋教仁的雄才和魄力，几次想收买他，并亲自约见，送他价值3000元的全套西装，连尺寸都是事先调查好了的，刚好合身。听说他将南下，又赠支票一张，计洋50万元。宋教仁不动声色，直到第二天，写了一封信，派一个可靠的人送呈袁世凯。信里说：“绨袍之赠，感铭肺腑。长者之赐，仁何敢辞。但惠赐50万元，笑不敢受。仁退居林下，耕读自娱，有钱亦无用处。原票奉还，伏祈鉴原。”袁世凯接信后说：“他藐视我了。他显然在表示要和我做对头。”国民党竞选的胜利，宋教仁谋选黎元洪为总统的消息，使袁世凯非常惊慌，他阴谋杀害宋教仁的罪恶计划要付诸实施了。
袁世凯的喽啰们一直追踪着宋教仁的行程，宋教仁的一举一动，都逃不过袁世凯的眼睛。所以当宋教仁在上海兴致勃勃，信心十足，为其即将在政治舞台上大显身手而作全面准备的时候，袁世凯则在北京为暗杀他而进行精心布置。3月19日，袁世凯向上海负责暗杀的凶手下达了“事速进行”的命令。于此同时，袁又公开致电宋教仁，要他迅速赴京，商讨国事。
宋教仁不知道其中的杀机，便于3月20日乘夜车同其他几个新当选的议员一起北上。这天晚上，他来到《民立报》社，向他的朋友们辞行话别。他的好友徐血儿紧紧握着他的手说：“先生此行，责任甚重，恐前途有不测之危险，愿先生慎重防卫。”他却若无其事地微笑着回答：“无妨。我此行统一全局，调和南北，正正堂堂，何足畏惧。国家之事，虽有危险，仍当全力以赴。”
10时45分，宋教仁和黄兴、廖仲恺、于右任等走出上海火车站议员休息室，准备上车。他们刚刚走到检票口，只听得一声低沉的枪响，随后又是第二声，第三声。宋教仁摇晃了一下，跌倒在铁栅栏上，低声说：“我中枪矣。”脸色异常地痛苦。
宋教仁被送进附近的铁路医院，因伤势很重，知道自己已经没有生还的希望，便把老友于右任的头抚在自己胸上，以三事相嘱：一、将书籍赠南京图书馆；二、请故人抚恤其家，善待其母；三、嘱同志勿生悲观，宜奋力图事，复兴民族。22日凌晨，这个有抱负的堂堂正正的政治家与世长辞了，年仅31岁。虽然国民党人在孙中山的领导下发动了“二次革命”，兴兵讨伐袁世凯，但是不久也以失败告终。
在中国近代史上，宋教仁是一个典型的资产阶级政治家，向西方寻找真理的先进人物。他怀着对祖国的热爱，从西方资产阶级的武器库中寻找思想武器，希望使中国走向独立自主，繁荣昌盛。但是，由于时代和阶级的局限性，他无法懂得，西方资产阶级革命时代的思想武器已经过时，整个时代已经进入帝国主义的时代，中国沦为一个半殖民地半封建的国家。宋教仁用他的鲜血和生命向中国人民证明：资产阶级的议会道路在中国是走不通的，要解决中国的问题，必须探求新的途径，即必须走无产阶级领导的新民主主义革命以建立人民民主共和国的道路。