根据康有为的指示，唐才常宣布将不久前成立的“正气会”改名为“自立会”，并宣布成立“自立军”，这里的自立二字，就是自行独立与慈禧太后的北京进行分庭抗礼。他们将南方的独立及新政府的建立的希望放在了几个朝廷大官身上，尤其是两广总督李鸿章、湖广总督张之洞及两江总督刘坤一身上，指望他们能与保皇派合作，抛弃慈禧改投光绪。尤其是三大臣宣布“东南互保”，不承认朝廷对联军的宣战而继续与洋人合作以后，鼓动他们独立的希望似乎更大了。
为了能使自立军尽快地师出有名地北上勤王，1900年7月唐才常以“保国保种”为名，邀请在上海的社会各界名流共80多人在英租界的张园开会，这次会议名称冠以“中国议会”，或称“国会”。会议选举了中国第一个留美学生美籍华人容闳为会长，老牌维新宣传家严复为副会长，唐才常则担任了总干事，负责制订会议章程等具体事务，他是会议的实际操纵者，到会的这80多人大都是冲着“保国保种”的招牌乘兴而来的，他们并不知道自立军的秘密以及保皇会的打算，所以会议的目的并不明确。唐才常宣布了这次会议所要达到的三个目标，这些目标与唐才常组织的正气会、自立会一样自相矛盾。这三个目标是：第一，保全中国自主独立之权；第二，决定不认满洲政府有统治中国之权；第三，请光绪皇帝复辟。否认清政府就不该保存大清帝国与光绪皇帝，要保存帝国与皇帝又何来自立新国呢？这个自相矛盾的宣言刚一出笼，就引起了参加会议的名士章太炎的大为不满，他对唐才常的勤王主张大为不满，认为当时形势再讲忠君爱国已不合时宜，苦口婆心劝唐才常放弃康有为的保皇主张，不要被康有为利用。其实，唐才常勤王的目的并非仅仅是帮助光绪重掌政权，他也不是康有为那样津津乐道圣上如何英明的死心塌地的保皇派。他和康有为的关系也是相互利用的关系。康有为认为虽然他和唐才常的主张不尽相同，但唐才常能够号令一大批从湖南出来的参加过湖南维新运动的学生，如果失去了唐才常以及湖南学生，保皇势力便是势单力薄难成气候，所以康有为认为“勤王之业，舍唐莫属”。而唐才常也想利用康有为的保皇会为他的武装变法提供物质支持。他依赖康有为的经费粮饷，所以必须打出忠君爱国的旗号。而唐才常这点想法又不宣讲给别人听，只好听凭章太炎误解，一味敷衍，二人各唱各调。最后气极了的章太炎在会上就当众剪掉了自己那条代表满清子民的辫子，脱下长袍换成西装，宣布退会，并与唐才常绝交。章太炎后来东渡日本加入了革命派阵营。但有意思的是章太炎在辛亥革命胜利后写了一篇文章，为唐才常昭雪，称他庚子自立军起义，是“托名勤王而志在革命”。对唐才常的思想行为表示了谅解。另一个不满意唐才常这种骑墙态度还有唐才常的老朋友华永年，他指出唐才常的宗旨不明，名义不顺，难以服人，二人整整辩论了一天，唐才常仍然不改初衷，华永年不得要领，只能不欢而散。
不管反对的人如何，国会算是开过了，勤王的政治准备工作完成了，剩下的就是准备起义进行最后一击了。唐才常开过国会后，匆匆赶赴汉口，他准备将武汉作为起义的中心地区，因此在汉口的英国租界内成立了自立军的指挥机关。
我们在谈自立军起义的时候，也许读者朋友会问，自立军究竟是一种什么样的武装呢？唐才常究竟依靠什么人去完成他行大改革的理想呢？
自立军主要有两部分人组成——各地的会党、各省的防军，这是唐才常所有借助的主要力量；另一部分是唐才常的旧同事、学生等。唐才常组织自立军再举大旗，使这些当年在湖南一起携手战斗过的战友又都义无反顾地投身到自立军的旗下，他们是这支队伍的骨干领导力量。
唐才常所起用的会党多数是长江流域的哥老会成员。会党也就是我们所称的“绿林好汉”，在清朝乾隆盛世时就有了秘密会党组织，他们活跃在社会底层，劫富济贫行侠仗义而又行踪不定，故被称为“绿林”。到了近代，清政府依靠湘、淮二军镇压太平天国后，不想让曾国藩、李鸿章拥兵自重对朝廷形成威胁，大量遣散这两支军队。这些已经离开了土地的士兵们被遣散后生活失去了保障，成为失业人口，为了能生存下去只能组织团体相互接济，团体成员之间相互平等，这些团体渐渐有了会党的雏形，发展成游离于主体社会的秘密社会——会党。会党拥有严密的组织，也有相对稳定的活动范围，在长江流域这些会党被称为哥老会，而在两广地区，会党的名称成了三合会。哥老会或者三合会都不是一个统一的组织，它们里面有许多相对独立的地方帮派，帮派之间以名称不同的山堂相区别。一个山堂就是一派，其首领被尊为“龙头”。这些龙头大哥就是会党中最受人尊敬、最有权威的人。会党拒绝接受清政府的统治权威，是反清组织。参加会党的人都是一些社会底层从事被人看不起的工作如挑夫、矿工等，看起来他们和唐才常这样的知识分子似乎隔着一道很深的社会鸿沟，他们是怎么走到一起来的呢？
中国近代知识分子在探索救国民之路时，很早就把眼光投向这一部分人身上，看了这些江湖豪侠身上有着知识分子没有的力量，开始突破以士农工商划分社会等级的旧观念，向下层寻求新鲜血液。唐才常本人在1895年中日甲午战争以后就萌发了这种想法，为此特地叮嘱在乡间的兄弟“如有江湖游侠豪杰之人，当隐识之”。结交这些绿林英雄的想法反映了唐才常开始对他所信奉的民本思想作更多的探索。唐才常在信中将他这个想法说得很清楚：“又处乡间，宜多与各田户、乡民来往，而结其心。不可自恃为读书人，以藐视愚氓，盖兵乱将起，先能得若辈之心，则仓卒中或犹有为之援者，可以保性命身家于乱也。”他要兄弟们多与下层人民来往，不要高高在上，以为自己是读书人而自命不凡，因为今后乱世到来时还得靠这些人才能保全自己的身家性命。个人是这样，国家要保全种族、文化又何尝不需要这些人呢？唐才常从自身利益出发，到是得出了一个很有见地的看法。
无独有偶，唐才常的想法到了谭嗣同那里变成了身体力行的行动。当谭嗣同在北方游历时，他曾拜北方著名的豪侠“大刀王五”为师练就了一身过人武功，为世人称奇。
革命领袖孙中山在这一点上也是最早的实践者，在他发动的早期反清政府起义中，会党一直是主力军。为了加强会党与兴中会的联系孙中山还在1899所成立了主要由南方会党各派成员参加的组织“兴汉会”，孙中山被选为该会的总理，被会党成员遥拜为极峰。
总之，在中国近代社会中，知识分子与绿林好汉奇妙地组合在一起，上演了幕幕悲喜剧。
从1899年冬唐才常和孙中山约定在长江流域，珠江流域同时起兵，到1900年夏唐才常在上海开国会完成政治准备。这段时间除唐才常在上海统筹各项事务外，他的部下早已在两湖及其它地区进行秘密的发动工作了。为了便于行动，唐才常将自立军分为7个军，分别是前、后、左、右、中军以及总会军、先锋军，它们分别布置在长江流域沿岸各地及军事重镇。起义的准备工作在各地同时进行。前军驻扎在安徽大通，由吴禄贞、秦力山领导。秦力山认识驻扎在当地的清军军官，利用这层关系，他从清军那里得到了一批武器，这是一个很大的收获。他的活动也渗透到当地水师中，秦力山鼓动他们在起义时一起发难，参加自立军。经过他细致的工作，这里的人对自立军起义的目的有了较多的了解，老百姓们对自立军十分支持。起义前夕，大通城内各商点的短衫短裤已被人们抢购一空，作为起义时统一的着装。在准备起义时，秦力山看到义和团在北方发展得很快，就想与他们合作，使得大江两岸能彼此呼应。带着这个想法他一个人北上天津，求见义和团大师兄，晓以利害，动以情理，希望能与之合作，劝他们将“扶清灭洋”改为“勤王排满”，无奈义和团对光绪皇帝或者留洋学生都无好感，称他们是“二毛子”，将他们看成是洋人的一路货色。双方没什么好谈的，秦力山被义和团人轰出门去，空手回到了安徽。因此自立军的活动只局限于长江以南，它的成员也局限于会党，这是件十分遗憾的事。从这件事上我们可以看到中国的资产阶级与农民的隔膜有多深！他们之间完全缺乏必要的沟通与理解。
驻扎在汉口的中军由林圭领导。林圭也是时务学堂的学生，政变以后赴日留学，与唐才常保持着密切的关系，他于1899年底为准备自立军起义回国。为了安全起见，他在汉口用了一个日本化名开展工作，工作的主要对象是会党，他力图在会党中招募自立军成员。为此他在两湖地区的各个重要口岸如汉口、襄阳、沙市、荆州以及岳阳、长沙等地开了许多旅馆、客栈，将它们作为自立军新成员的集中地点。经过一段时间的惨淡经营，他在汉口的准备工作已颇有生气，甚至连舆论工作都已做好，汉口的街头巷尾都在传说即将有一位总司令要统领大军打到北京去，从卖国贼手中救出皇帝。汉口的形势也是万事具备，蓄势待发了。
其它地区各领导人也在抓紧时间招兵买马。后军所在的安徽安庆、左、右军所在的湖南常德及湖北新堤都在发动会员，不同程度地做好了起义的准备工作。
唐才常为了解决活动经费不足的燃眉之急，仿照会党的一贯办法发行了名为“富有票”的一种票据，它以很低的价格出售，该票据既可以作为受骚扰时的一个安全保证，起保镖的作用，也可以作为一种对这次起义投资，如果这次起义成功，则该票的持有人就可兑现一定数目的现金。总之，它表明该票据的主人与这次起义存在这种联带关系，一荣俱荣，一损皆损。因为自立军发行了富有票，所以清政府又将这次起义称为“票匪”。
唐才常决定在起义计划经过各方面的努力已准备停当，决定于8月9日这天5个地方同时举义，但是百密一疏，唐才常万万没有想到，他的大半年的心血正要毁于康有为的手上。
唐才常立志武装勤王固然与他自身的思想局限有关，但也是出于对康有为的幻想，希望能在财政、军火方面得到他的帮助。他和康有为是有互相利用的性质，康有为组织保皇会借着武装勤王的名义在海外到处募损，得到了海外各地华人的热烈响应并勇跃出资捐款，所获甚丰。但康有为得到这一大笔钱以后却没有像事先所约好的那样接济唐才常的自立军，而是把这60万元经费私吞了事。唐才常在国内对此事一无所知频频电催康有为汇款，并且把自立军的准备工作也向康有为作了汇报，希望康有为能以大局为重兑现诺言。无奈康有为在海外对唐的告急电报置之不理，拖延了事。唐才常在汉口只能将起义的时间一再推迟，希望事态有所好转。而一些会党领袖已经不耐烦等待了。他们不听唐才常的号令，各行其事，有些已开始独立行动。自立军起义的风声已经败露，清政府的地方官员及军队已经开始有所防备。独立军的处境已十分危险。
这时远在安徽大通的前军并不了解汉口的情况。因为这5路军队相隔很远，联络起来很困难，加上清政府为预防起见已封锁了长江，所以秦力山并不知道起义时间已经变更，再加上大通城内形势也很紧急，已有一些会党成员被捕。事不宜迟，秦力山决定按原定时间准时起义，8月9日他带领主力七、八百人杀出，首先占领了城内军事要地厘金局和盐务局，并且在已反正的水师帮助下夺取了8艘船只，在暂时控制局势后，秦力山又派出支队向芜湖、南陵地区进发，寻求支援。清两江总督刘坤一及安徽巡抚王之春见势不妙，急忙调集沿江的水师陆军前来支援，对大通的自立军形成了人数上的绝对优势。秦力山带领部下孤身奋战了3天，最后寡不敌众而被清军击溃，秦力山幸免于难，被迫再次远扬日本，从此投入孙中山的麾下，成为坚定的革命信徒。
大通起义失败的消息传到汉口，唐才常不再迟疑，当即决定于8月23日剩下的几路大军同时行动。这时自立军仍有2万多名成员，还是一支非常壮观的武装力量。8月20日，大批会党成员直到汉口，准备起义，汉口的形势已到了一触即发的紧张地步。