1 出征之前
1797年12月10日，拿破仑从意大利凯旋而归。在巴黎的督政府为他举行了近乎奢华的欢迎仪式。
这天，卢森堡宫内筑起了花台，上面放置着象征和平与自由的神像，牌楼上，挂满了拿破仑从意大利虏获的敌方旗帜。将官们分立在花台两旁，身着彩衣的姑娘们手捧鲜花，静立恭候着拿破仑的到来。
11点钟，拿破仑到了，他穿着佩有绿色棕榈勋章的法兰西学院礼服，国家各大团体竞相向拿破仑致敬，法兰西学院已把他捧上了天，封他为学院院士。约瑟芬挽着他的胳膊，身穿希腊式的宽大长裙，黑花绣边，浑身珠光宝气。外交大臣塔列朗退着走路，为他开道。
他频频挥动着双手向人们致敬。欢迎会上，塔列朗的致词是非常热烈的，他歌颂了拿破仑在意大利的丰功伟绩后，邀请拿破仑讲话。
拿破仑用高亢的声音致谢词：“各位督政、各位将士！法兰西人民为了保证自由、和平与平等，必须同欧洲诸多君主作战。为了获得一部充满理性的宪法，需要战胜18个世纪以来的政治陋习与偏见。在共和之年宪法的指导与各位的奋斗下，已经战胜了这些困难。宗教、封建主义和人权主义在欧洲已经盛行了20个世纪，而今缔结的和平条约，开创了民主与自由的新纪元，我们已经建立了一个伟大的国家。意大利是欧洲文化的发源地之一，由于法军的胜利，使意大利人民的自由灵魂已从古罗马共和时代的坟墓中苏醒。和约的签订，不仅使法国人民获得了幸福，也使全欧洲人民获得了自由与平等。”
巴拉斯最后上台讲演，他称赞拿破仑为法国人民雪耻洗辱，恢复了法兰西民族的自我尊严。
一个月过去了。波拿巴的门庭渐渐冷落下来。他只偶然去官方世界混混。他出席法兰西学院的各种会议。但更经常的是呆在胜利街的寓所里，俯身读书和研究地图。他接待几个至爱亲朋，他的兄弟，他的军官，还有几位政界朋友。他感到苦恼，他怕他的光荣被磨损掉。
“在巴黎，贵人多忘事，什么记忆也保不住。”他对布尔里埃纳说，那阵子他正闲极无聊，烦腻透了。“假如我长期这样无所事事，我就完蛋了。”
但是，他每次在大庭广众中出现，人群立刻爆发出欢呼声。然而他却忧心忡忡地说：“算了，假如我走上断头台，人们也会一样争先恐后挤到我的前面来。”
拿破仑到北部诸港曾作过短暂的视察，他认为，暂时不能轻举妄动北征英国。他想通过远征埃及以威胁通往印度的道路，以强迫顽敌屈膝投降。而且东方早令他心往神驰，想入非非。亚历山大和恺撒的功业老在脑子里盘旋。拿破仑想步其后尘，在尼罗河的滚滚波涛中寻找他们的踪迹，为自己建立一个地中海帝国……他的准备工作既秘密又仔细。不仅仅是征伐作战问题，而是涉及到建立一个国家，建立一个法兰西的大计，他将喝令沙漠后退。扩大法兰西的版图。
督政府因急想摆脱这位讨厌的将军，就供给他黄金、士兵和船只。 1798年5月4日，在约瑟芬、杜罗克及拉瓦莱特的陪同下，拿破仑离开了巴黎。5月8日到达土伦。拿破仑在出发前，精心地重新组建了东方军团。贝尔蒂埃是他的参谋长，他的弟弟路易、继子欧仁、上校马尔蒙、缪拉和朱诺及中校迪罗志、上尉拉瓦莱特则组成了参谋班子。
拿破仑在登船前夕，向部队发表了动人心弦的演说：“各位将士：我与你们同甘共苦地并肩作战已经很久，以前的战斗中各位勇敢善战，都是最优秀的军人。在意大利战役后，我没有忘记大家，给了大家一定的财富。这次远征埃及，我希望各位继续努力，如果成功，我会给大家更高的奖赏！”
这支远征队最显著的特征也许是它含有一支由167位科学家、技术和文化专家所组成的考察团。他们是去调查研究埃及的自然资源和古代文物的。他们之中有博物学家、物理学家、化学家、地图测绘人员、工程师、考古学家和艺术家。
在征集这支队伍时，拿破仑得到了他的科学顾问和朋友蒙日的大力协助。他们之间的关系类似第二次世界大战期间，彻韦尔勋爵与丘吉尔首相之间的关系。
2 挺进金字塔
1798年5月19日，拿破仑率领大船队从土伦启航了。这支船队由300余艘运输船组成，装载了2. 5万名步兵、3000名骑兵、3000名炮兵和工兵。布律埃斯中将指挥的13艘大型战舰和6艘快速炮帆船负责护航。
拿破仑乘坐的是布律埃斯的旗舰“东方号”。航行途中，来自科西嘉、热那亚和契维塔韦基亚等地的船队也先后加入进来。
这次远征，法军将保密工作做得很好，仅有少数几位高级军官知道他们正驶往埃及。官方直到最后一刻还称他们是英吉利军团的左翼。有关其航行的消息，两周后才传到英国，而且即便在那时，皮特首相还以为法军要在爱尔兰登陆，倒是皇家海军非常警惕。
当时，圣文森特勋爵的地中海舰队正封锁着西班牙港口加的斯，因为那里停泊着一个西班牙海军中队。5月2日，他派纳尔逊海军中将进入地中海去搜索并击毁法国的船队。纳尔逊的舰队最后是由14艘战列舰、2艘快速炮帆船和一艘海岸炮舰组成的。假如它能截住拿破仑的舰队，便一定能轻而易举地重创法国远征军。
但受到风暴和逆风的影响，纳尔逊直到拿破仑早已驶远后才到达土伦。由于他与自己的快速炮帆船分开了，这就不利于他在辽阔的地中海搜索及躲避它的敌人。拿破仑这支庞大的船队在英国舰队行踪不明的情况下，去驶向公海，实际上是一种莽撞的冒险行为，尽管这次行动成功了，也不过属于一种侥幸。
半个多月后，拿破仑的船队平安到达马耳他岛，岛上的马耳他骑士团只象征性的作一下抵抗就逃跑了。拿破仑在这个岛上逗留了一个星期。临走，又留下沃布瓦将军与4000名士兵驻守，大部队则继续远航。6月30日，拿破仑的船队抵达埃及水域。
在长达一个多月的远航中，法军士兵们在船上由于拥挤，食物补给又不足，沿途吃尽了苦头，许多人都晕了船。到达埃及海岸时，拿破仑派一艘炮舰先行抵达亚历山大港，在那里找到了法国领事马戛龙，从他的口中得知，英军纳尔逊的舰船两天前曾到过亚历山大，为此拿破仑感到很不安。他怕一旦遇到英军舰队，法国船队就会吃亏。所以决定立即在亚历山大港西公开阔滩头登陆。为此布律埃斯将军曾力劝他不要这样做，因为岸边水太浅，不适宜登陆，这位将军主张在离亚历山大港14英里的阿布基尔湾去登陆，那里有隐蔽的锚地和滩头，但拿破仑担心英舰会随时来袭击，便坚持下令在小渔村马拉布特附近登陆，该村离亚历山大港仅8英里。
当时的亚历山大，仅有1. 6万人。是一个破旧的小镇，法军登陆的时候，该镇守军还无知觉。拿破仑的部队只登陆了4000人。因为滩头水浅，又刮北风，部队登陆缓慢而又艰难，火炮及给养均未能带上。登陆后，拿破仑即率这4000人向亚历山大进发，法军冲进这个镇时，只以伤亡300人的代价就很快占领了这个港口。
在亚历山大，拿破仑用阿拉伯文向当地居民发布了一份不寻常的告示。他声称法国人不是来打埃及人，而只是来打压迫他们的马穆鲁克统治者，他还宣称法国人才是真穆斯林，因而要求所有埃及人都应帮助法国人驱逐马穆鲁克。拿破仑还向当地的教长和阿訇授了三色勋章。又过一星期后，拿破仑的部队和物资都上岸了。此时，法军便开始向开罗进军。行前拿破仑留下克莱贝尔留守亚历山大，并任总督。梅努奉命占领罗塞塔后也任总督。
按照拿破仑的命令，杜高师沿尼罗河的两面支流溯河而上，保护由船只运送的辎重、弹药和文职人员；佩里上校的炮舰负责护航。拿破仑自己则率德塞、雷尼埃、邦和维埃的4个师抄近路，走沙漠，向尼罗河上的拉曼尼亚进军。
这段沙漠虽只有52英里，但法军是在最炎热的7月进军的，沙漠里没有水，法军又连水壶都没带，结果部队干渴难熬，一路上还要谨防阿拉伯人的袭击，跟不上队的掉队者会遭到贝督因人的凌辱和肢解。部队因而不敢歇息，一气走到了尼罗河边，在那里又暴食西瓜，许多士兵都腹泻了，部队士气都很低落。
尽管部队进军未得到好休息，拿破仑还是命令继续向前进军，他想趁马穆鲁克惊魂未定时打个措手不及。在拉马尼亚，杜高师与拿破仑的沙漠纵队汇合了。拿破仑率领5个师的兵力来到舒卜拉基特，在这里他连夜创造性地布置了一个大方阵，等待着马穆鲁克的骑兵来冲锋。因为此前他已获悉马穆鲁克的前卫已抵达这里。
7月13日上午，马穆鲁克的1. 2万名骑兵果然出现了。这些骑兵策马到法军的方阵试探一阵后，即发起了猛烈的冲锋。法军用滑膛枪和霰弹迎头痛击，这一万多骑兵反复冲杀，却始终未能破法军方阵。在法军的左翼，由佩里指挥的炮舰和驳船这时也遇到了麻烦，马穆鲁克的大艘炮舰咬住了他，幸亏佩里炮舰上发射的一发炮弹命中了马穆鲁克旗舰的弹药舱，舰上的人全被炸死，其余的炮舰才慌忙撤走。
在舒卜拉基特的会战中，拿破仑运用步兵方阵取得胜利。这种方阵对付骑兵进攻十分有效。此后过了10天，拿破仑又用同样的方阵在因巴拜击败了马穆鲁克的骑兵。因巴拜已距开罗不远，此地远远望去，金字塔又赫然耸现。马穆鲁克其时尚有1. 7万部队守着因巴拜，但拿破仑的兵力有2. 5万人，经过2个小时游战后，损失了七八百人的马穆鲁克，不得不弃阵而逃了，法军乘胜进占了开罗。
拿破仑在陆地上的进军取得了胜利，但他在海上的舰队不久却遭到了大厄运。
原来，他留在亚历山大的舰队是由布律埃斯将军指挥的，但拿破仑走时未对其下一步行动路线作明确指示。布律埃斯把他的13艘舰队和4艘快速炮帆船停泊在阿布基尔湾，舰队一字摆开，距海岸约一英里半。到8月1月下午，英军纳尔逊的14艘战舰突然驶进阿布基尔湾，双方舰队不期而遇，于是一场激烈的海战发生了。战斗中，法舰两侧都受到近距离炮火的扫射。布律埃斯虽然指挥士兵进行了英勇的抗击，但最后都被击败，法军旗舰“东方号”起火爆炸，布律埃斯将军当晚战死。整个法军舰队，仅剩下了亚历山大港的两艘快速炮帆船和几艘传递公文的船只。
阿布基尔的海战发生后，拿破仑征服埃及的形势就不太妙了。尽管他曾击败过马穆鲁克，但并没有消灭他们。到了9月2日，即离此次海战一月后，土耳其也向法国正式宣战。
3 进军叙利亚
拿破仑在新近获悉叙利亚的土耳其总督杰查正在阿克附近集结一支土耳其军队准备入侵埃及的消息后，决定先发制人。他计划进军阿克，击败杰查，然后率领新召募的5万大军，逼苏丹言和，进而协助他进军印度。11月19日，拿破仑向杰查下了最后通牒：“如果你继续在埃及边界为易卜拉欣提供避难所，我将视之为战争行为并将向阿克进军。”
没有得到对方答复，拿破仑便照计划开始入侵了。他组织了由4个师汇集的远征队，自己亲自带兵出征。1799年2月10日，拿破仑从开罗出发。17日到达阿里什。此时雷尼埃师和克莱贝尔师久攻土耳其的要塞未克。拿破仑在出发时曾将所有的攻城重炮装船海运，准备在阿克卸载供他使用。此时没有重炮，他便集中所有野战炮对敌要塞猛轰。土耳其守军终于动摇投降，900名士兵当了战俘。法军乘胜前进。24日，未遇抵抗便进入加沙；3月3日，法军来到雅法城下，受到守军的顽强抵抗，3月7日，法军在城墙炸开缺口，攻陷了此城。法军入城后大肆奸淫掳掠。拿破仑在此还下令屠杀了二千多名战俘，成了他的生平及其人格上的一个污点。
3月17日，拿破仑率兵到达海法并在卡梅尔山设立了司令部。由此向北望去，隔海就是杰查的老巢阿克要塞。这座要塞以前是一个古堡，它三面环海，地理位置十分重要。驻守要塞的守将是一个土耳其人，他有250门炮，此外还有英军史密斯准将率领的2艘战列舰和12艘炮舰的支持。在史密斯的炮舰上，还有一位英军上校菲利波，以前他曾是法国炮兵军官，并与拿破仑在巴黎时是同班同学，但两人一向关系并不和睦。
当拿破仑到达卡梅尔山的时候，运载其攻城炮的船只也到了阿克港外，不幸这些运载船由于雾大，正好落入英国海军舰队的怀抱。因此拿破仑攻城时不仅没用上这些重炮，反而倒遭了这些重炮的轰击，但拿破仑并不气馁，经过十余天的布置，3月28日，开始了第一次强攻，此次没有成功。4月1日又一次实施进攻，结果也伤亡惨重没有成功。此时，史密斯又派3800名陆战队员增援土耳其守军，法军一时难以攻克。在围城战的最后一周，那位菲利波上校却由于瘟疫而病死了。在拿破仑久攻不克时，大马士革的帕夏又派出了一支土耳其大军从后方攻击围城的法军，克莱贝尔率领的一个2000人支队在阿东南厄斯德累伊伦平原的塔波尔山遭到了攻击。经过了长达10小时的英勇抗击，法军眼看支撑不住了，千钧一发之际，拿破仑亲率邦师赶到，及时击退了这股土耳其人。当晚，拿破仑在一个修道院过夜，后来的5周，拿破仑不顾伤亡，仍然组织部队向要塞强攻，结果都没成功，而且总工程师加法雷利将军也战死了。眼看无法攻克，伤亡又越来越增大，拿破仑只得放弃了攻城计划。
接着，法军开始撤退。5月24日，法军到达雅法。6月14日回到开罗。一星期后，他命令海军将军冈托姆在亚历山大港准备两艘快速炮帆船准备出港。
7月14日，拿破仑获得情报，一支土耳其舰队已抵亚历山大港并准备登陆。他立即率一个纵队沿尼罗河而下至拉曼尼亚，在此才获悉，由史密斯海军中队护送的土耳其运兵船队已在阿布基尔湾登陆3. 8万人，并俘虏了据守该要塞的法军。这支土耳其部队此时尚集结在滩头掘豪自守。拿破仑立刻集结了一万余人，于7月25日拂晓向土军发起进攻。缪拉准将率一个骑兵旅冲破了士军防线，他还亲手砍伤并俘虏了土军司令。无路可走的大军被撵进大海，有数千人战死或被淹死。
此战结束之后，拿破仑从一份报纸中获悉，法国国内局势正急转直下，法军在意大利和德国分别被奥军和俄军击败。法国民众惊惶不安，“祖国处于危险之中！”拿破仑立刻想到了一个好借口。于是决定返回法国。他声称要赴埃及视察，于18日悄悄离开了开罗，走时带了一批精选的人才。22日来到亚历山大港，当晚即登上早已备好的快速炮帆船。凌晨，这艘炮舰驶至港口。走前，他给克莱贝尔留了一封信，命令他暂时代理东方军团司令。