香港兴中会自成立以后，一直未按照章程规定选出它的领导人——总办，而作为临时负责人的黄咏商这时义因故辞职，于是，由谁担任总办统一领导广州起义便成了当前必须明确解决的问题。
10月10日，距离既定起义日期只有半个月的时间了，兴中会核心成员孙中山、陈少白、郑士良和杨衢云、黄咏商、谢缵泰等人才在香港聚会，选举总办，并且商定，这个总办就是起义成功后临时政府的大总统。对于这样一个重要的人选，兴中会内部出现了两种不同的声音。陈少白、郑士良等人为一方，认为它非孙中山莫属；而谢缵泰等人为另一方，力挺杨衢云。
毫无疑问，孙中山、杨衢云、陈少白、谢缵泰等兴中会成员都是有理想、有勇气、有知识的热血青年，他们都是那个时代最优秀的先进分子。然而，或许正是由于大家都很优秀，都个性好强，才容易出现意见分歧。这是每个革命组织都会遇到的问题，而如何处理好这种内部纷争，则往往关系到革命事业的成败大局。
除了谢缵泰之外，杨衢云还有另外两个重要的支持者，一是黄咏商，一是余育之。黄咏商为了资助起义，将自家的祖产，位于苏杭街的一所洋楼作价变卖，将得款八千余元港币全都交给了杨衢云；余育之是香港富商，为革命捐款更多，是当时粮饷的主要来源。
这突然而至的内部矛盾虽然让孙中山感到伤心，但为了成就革命大业，他还是主动让出了总办一职。在这次危机处理过程中，他显示出了一个革命领导者应有的博大胸怀。
兴中会的内部危机刚刚过去，外部危机又接踵而至。由于谋事不密，广州方面的满清政府和香港方面的港英当局都提前发现了兴中会的动向。两广总督谭钟麟急调军队加强广州防务，并且派兵围捕起义人员。结果，这次筹划了半年多的武装起义尚未发动，就被镇压了。
孙中山化装成小商人，于10月29日经澳门逃到香港，与陈少白、郑士良等人会合后，一起流亡日本。11月7日，两广总督谭钟麟下令杀害陆皓东等三名义士。杨衢云被港英当局强迫离境，辗转于新加坡、南非等地继续组建兴中会，一年后到达日本。
广州起义虽然未成事实，孙中山和杨衢云却成了满清政府必欲除之的心头之患。各级官府不仅在国内到处发放悬赏通缉的告示，而且由总理各国事务衙门通令驻海外各国公使，要求他们紧密追踪，相机缉拿。
孙中山在日本、檀香山、美国等地稍作停留后，于1896年9月30日抵达英国的利物浦王子码头，开始了欧洲之旅。其实，他在美国刚刚登上前往欧洲的轮船，满清驻英国公使就已经接获密报，从登陆欧洲的那一刻起，他的一举一动都在密探的跟踪监视之下。
孙中山于10月1日乘火车抵达伦敦，次日便去拜访他的老师、曾任香港西医书院教务长的康德黎。康德黎夫妇“相待极殷挚”，还把他介绍到附近的葛兰旅馆安顿下来。对于初到伦敦时的经历和观感，孙中山曾经在《伦敦被难记》中这样自述：
……予自是即小住伦敦，或游博物院，或访各处之遗迹。观其车马之盛、贸易之繁，而往来道途绝不如东方之喧哗纷扰。且警察敏活，人民和易，凡此均足使人怦怦向往也。
如果说，孙中山过去对西方先进文明的向往还是属于抽象的、思想观念上的，这时则完全是具体而直观的、有着切身感受的了。他接着说：
予无日不造访康德黎君，每至辄入其书室，藉资消遣。一日，予于其家中进中膳时，康德黎君戏谓中国使馆与伊家为邻，盍过访之。因相视而笑。康德黎夫人戒曰：“子毋然，彼公使馆中人睹子之面，行当出而相捕，械送回国耳！”予闻夫人言，益相与大笑。
康德黎肯定没有想到，他的一句戏言，竟然真的勾起了孙中山造访满清驻英公使馆的念头，而且就在他第二次去公使馆的时候，立刻遭到了拘禁。
10月10日，孙中山在使馆外面偶然遇到一位中国留学生，便向他打听使馆里有没有广东同乡。那留学生告诉他，公使馆的翻译官邓廷铿就是广东人。于是，他贸然进入使馆去找老乡。孙中山以为自己使用的是化名，不会被人识破。而公使馆方面则更没想到，这个朝廷缉拿的要犯，他们整天派人跟踪盯梢的孙逸仙竟然会自己送上门来了。当日，在孙中山离去后，驻英公使龚照瑷与使馆的洋人雇员马格里等人共同商议的结论是：“皆曰可拿。”因为孙中山“无忌惮，自来使馆”，而“使馆即中国地，自应扣留”。第二天，孙中山义到使馆来会老乡了，当场即被拿下，关押在使馆三楼的一个房间里。
为求脱身之计，孙中山多次写求救信，尝试通过使馆的英国仆役转交康德黎。结果，它们都落到了马格里手里。孙中山也曾试着从窗户往街上扔字条，希望有人捡到后能转交给康德黎。这点小伎俩很快被马格里发觉，他当天就让人把窗户全部封死，“不复能启闭自如”了。
在孙中山想方设法展开自救的同时，公使馆正与北京方面紧急谋划，要将他秘密押解回国。10月14日，马格里按照龚照瑷的指示，已经雇好了轮船，准备随时起解。
无奈之下，孙中山把得救的希望寄托在同乡邓廷铿身上。同时，继续说服英国仆役，争取他们回心转意，能将自己遭到囚禁的消息带给康德黎。
10月15日，葛兰旅馆的店主由于连日未见孙中山回旅馆住宿，渐生疑虑，便去问康德黎。康德黎也甚感困惑，又去找自己在香港西医书院工作时的同事、孙中山的另一位老师孟生博士寻问。孟生自然也不知孙中山的踪迹。
正在两位慈善的老先生心急如焚时，公使馆的两位英国仆役终于良心发现，他们分别设法把孙中山被关押在中国公使馆的消息透露给了康德黎，并且充当起他与孙中山往来通信的联络人。
康德黎和孟生立即开始四处奔走，设法营救孙中山。他们去了苏格兰警察署和英国外交部，几经周折，终于引起重视。英国政府派了六名侦探，在满清使馆外严密监控，还把孙中山的照片分发给有关警署、警员，以资辨认。
这时，满清使馆拘捕孙中山的消息已在伦敦新闻界传开。《地球报》首先派记者采访康德黎，随后连续发表了《可惊可愕之新闻》、《革命家被诱禁于伦敦》、《公使馆之拘囚》三篇报道。紧接着，《中央新闻》、《每日邮报》也将此事作为关注焦点，引得舆论大哗。
迫于英国政府和社会舆论的压力，10月23日下午，满清使馆终于释放了孙中山。那天，使馆成了记者们注视的目标，孙中山刚从里面走出来，他们就一起向他拥来，要求他发表谈话。英国探长见状，立刻将孙中山送上事先备好的马车，匆忙突围而去。
孙中山伦敦蒙难，几经曲折，又极富戏剧性地获救脱险的消息不仅在英国广为传播，美国《纽约时报》、香港《德臣西报》、上海《时务报》也相继刊登大量相关报道。几个月后，孙中山用英文写成《伦敦被难记》，在英国出版发行。从此，“孙逸仙”就成了与专制暴政不屈抗争的大英雄，名闻全球。
孙中山获得自由后，又在伦敦学习考察了将近一年。在这里，他阅读西方政治、外交、法律、矿物、农业、畜牧、机械、经济等方面的著作。同时，对西方的“政治风俗”进行研究，在民权的实现上有了一些体会：“余以人群自治为政治之极则，故于政治之精神，执共和主义。”正是在伦敦期间，他的思想里有了将民族、民权、民生“一并解决”的三民主义的萌芽。
为了“就近策划革命”，1897年8月16日，孙中山再次来到日本。与以往不同，他现在已经不再是那个默默无闻、无足轻重的失败者、逃亡者了，他已经变身为声名大振的革命首领了。日本政府不仅允许孙中山在此居留，他身边还多了许多身份背景十分复杂的“日本朋友”。
孙中山到达日本后，在日本政界引起了不同反应。当时正是甲午战争结束后不久，在实现了阶段性的侵华目标之后，日本国内各种政治力量对中国产生了不同的政策取向，但归根结底，他们都是从维护日本的国家利益出发的。在这些观点不同的内部派系当中，有入主张支持孙中山的反满革命。1897年9月下旬，后来被孙中山视为挚友并发展为兴中会会员的宫崎寅藏，在横滨首次会晤孙中山之后，第二天就匆匆忙忙地跑到了东京，向日本政要犬养毅汇报。犬养毅非常兴奋，他当即表示，孙中山是一个“大礼物”。也正是在犬养毅的积极运作下，东京府才给孙中山发放了“居留地外侨居留许可证”。而此后在孙中山策划的惠州起义等一系列革命活动中，都隐约出现了日本人的影子。
1900年6、7月间，满清政府与日本等八国联军交战，孙中山联络杨衢云、郑土良策划惠州起义。9月28日，孙中山从日本神户经马关抵达台湾，在台北隔海指挥。10月6日，起义在惠州三洲田爆发，郑士良、杨衢云身临前线指挥，仅仅十七天后，因粮饷不济，起义军被迫就地解散。这又是一次计划不周，准备不足，当然也是没有胜算的起义。
杨衢云退回香港，不久即被清吏买凶暗杀。一位热血青年，就这样黯然离开了人世，他的遗体由挚友谢缵泰冒险埋葬于跑马地香港坟场。为了避免坟地遭人破坏，墓碑上只有编号没有文字，现在仍然供人瞻仰。几个月后，郑上良也在香港被暗杀。
惠州起义失败，使兴中会失去了几位能在武装斗争第一线从事指挥工作的优秀领导人，同时，“庚子之变”大局已定，来自日本方面的支持也骤然减弱，孙中山的革命又进入了一个低谷。
正在孙中山为第二次武装起义失败而悲愤的同时，中华大地正涌现出一股新生的、强劲的革命力量。