袁世凯窃夺中国政权的阴谋，逐渐为革命党所识破。1913年，因宋教仁被刺，爆发了二次革命，但四省讨袁军很快就被袁的武力镇压下去了。在作战时，曹锟率部由武昌而宜昌，并曾派炮队参加江西战事，后来驻防湖南岳州，袁世凯给他的名义是长江上游总司令。在民国初年，这样大的头衔还很少见，顾名思义，四川、湖南、湖北……的军队都要归他节制。曹锟因此颇为沾沾自喜，向他的部下说：“大总统叫我坐镇长江，这是什么用意啊？不是湖广总督就是两广总督。你们好好干吧，谁不好好干，我把谁扔到洞庭湖里喂王八。在北方，不想干的上吊。在这儿不用上吊，跳水就行。”湖南取消独立以后，他扬扬得意地说：“哪一省取消独立不是打出来的？张少轩(张勋字)打南京，李秀山(李纯字)打江西，都费了不少劲。湖南呢，只要咱们队伍往这一开，谭祖庵(谭延闿字)马上取消独立。这为什么？怕我！老话儿叫作先声夺人。你们跟着我都有福气！”
讨袁战役结束以后，袁世凯的政权在表面上又稳定下来了。大家都知道曹锟是袁的亲信，他坐镇在岳州，又是以长江上游总司令的名义，于是湖南、湖北的官吏，文官道尹以上，武官旅长、镇守使之类，都纷纷给曹锟送礼。四川情况复杂，内部比较动荡，大小军阀都买曹锟的账，尽量博取他的欢心。各省送来的礼物，既有现款，也有古玩珍宝，还有烟土，曹锟是一概全收，来者不拒，大大地发了一笔财。第三师驻在岳州，对士兵既不训练，也不约束，任凭他们到处闲逛，有的就借着剿匪的名义游山玩水。当时一般军队里洋枪较少，第三师的枪械特别精锐，士兵们扛着枪去逛。谁不放几枪就不舒服。到处打鸟，有的还在洞庭湖边用枪打鱼，打中后叫渔民替他捞上来。当时熊希龄正任国务总理，想让郭人漳去当湖南都督，郭曾两次派人去向曹疏通，曹都不以为然，背后说：“郭某人过去是张彪部下的一个队官，随了革命党了，凭他也想当都督？甭说别人，我先不保他。”后来发表了汤芗铭为湖南都督，虽出曹的意外，但他却对汤芗铭很是推崇，说：“汤铸新(汤芗铭字)来，还差不多。人家是举人出身，外国留学，海军次长，又在江西立了这么大功，哥哥还是议长。这个人一定了不起！”汤芗铭到任以后，来岳州拜望曹锟，曹锟大事招待。部下都很惊奇，曹锟虽好应酬，但这样郑重其事地招待客人，却是从来少有的事。汤芗铭正值年轻，又善于谈话，曹锟对他的风度相当倾倒，两个人越谈越投机，立刻拜了把兄弟。
两三个月后，曹锟到长沙回拜，汤芗铭对他招待更加隆重。汤是海军出身，骤然掌握一省军政大权。深感自己没有队伍，必须紧紧向北洋军队投靠，曹又近在岳州，自然愿意虚心结纳了。曹锟到长沙这一天，长沙城里悬灯结彩，就像有什么喜庆事情似的。汤芗铭为曹锟举行了两次盛大的宴会。第一次是宴请曹锟和他的部下，汤芗铭的部属作陪。大概汤芗铭早已嘱咐过他的部下，每一个人都对曹锟极力恭维，把第三师说成国家最精锐的队伍，曹锟是国家的干将。曹锟被捧得有些飘飘然了，连曹的部下背后也说：“到底人家吃过洋饭，训练出来的人就是不一样。”第二次的宴会是由地方士绅名流出面代表各界欢迎曹锟。事前，汤向曹表示：“地方仰望声威，我也不好拦他们，务必请三哥赏光。”长沙自曾、左以来，地方上做过官的人特别多，到宴会那一天真是济济一堂。曹锟有点发窘，悄悄向汤说：“要打仗，我有把家伙，说话我可不行哇。”曹锟怕叫他说话，事到临头还是躲不过去。入座以后，上了两道菜，汤芗铭便起立代表长沙各界向曹致欢迎词。汤芗铭是个读书人，当然讲得娓娓动听。曹锟一看，少不得要说几句，便站起来，哑着个嗓子，说了几句天津卫的土话，什么：“我虽初次来到贵地，早就知道湖南读书人多，做过高官的不少，见过世面。我今天有点伤风，叫我的副官长代表我向大伙致谢吧。”副官长就是吴佩孚，这时以炮队团长兼任。吴佩孚早有准备，他站立起来，侃侃而谈，不仅表达了谢意，还把湖南的天文地理人才物产讲了一遍，虽是一嘴蓬莱土话，但声调铿锵，抑扬顿挫、措词也颇为得体。在座的湖南士绅都互相议论：“副官长一个马弁头儿还能讲出这番大道理，可真了不起，袁世凯的队伍是有两下子。”当天的宴会，真是宾主尽欢而散。第二天，汤芗铭来谢，刚说完“三哥没累着。”接着就说：“你部下真有人才，这个副官长真是文武双全，地方上他们都说政府派来的队伍毕竟不同！”曹听罢，说不出的高兴。他过去觉得吴佩孚足智多谋，作战勇敢，对自己又最忠诚，是个膀臂，就是有个缺点，太好说话。不料因为他的说话给自己带来这么大的荣誉，从此以后对吴佩孚更加另眼相看了。
过了两天，汤芗铭又来看曹锟，说是自己没有队伍，只带来一些海军陆战队，不能维持地方，想成立一旅陆军，打算借重曹的副官长建军。曹说：“老弟要成立队伍，我一定帮忙，不用说一旅、两旅，要人、要钱、要枪，我都接着。可是副官长有些事我得让他跑跑，离不开，我把参谋长给你吧。”于是曹把参谋长胡叔麒、一等参谋杨朝黻都介绍给汤，还带过去不少队伍，曹锟带的一团在长沙，在这期间分驻长沙城内外。连汤芗铭门口的警卫都由曹锟负责。后来另一团人开到长沙，这一团才陆续回去。汤芗铭在曹的帮助下，成立了一个旅，以胡叔麒为旅长，杨朝黻为参谋长。有了这支武力，汤芗铭才在湖南逐渐稳定下来。
曹锟这时在湖南剿匪，往往经过许多崎岖的山路，给养的运输感到困难。曹锟想起当年推小车卖布的事了，便吩咐打了一批小车，向湖北要夫子。夫子不会推车，部下的士兵虽是北方人也不会推。曹看了，就骂：“瞧你这笨样，这都不会，我教给你们。”骂罢，就自己推车给士兵看。部下看了暗笑：“总司令又把他卖布那一套拿出来了！”为了推车，曹锟到直隶省要了不少民夫担任运输。
第六旅旅长张鸿逵是日本留学生，曾任陆军学堂的堂长。他带兵主张建立制度，树立威信，要求很严格。部下因为曹锟对他们宽大，一向马马虎虎惯了，就对张不大满意，常向曹诉苦。第十一团团长王承斌想把张挤走好当旅长，也从中挑拨。张鸿逵军纪不能推行，还常听曹的闲话，就发牢骚说：“咱们这个总司令不好伺候。”话立刻传到曹锟耳里，曹就说：“伺候不了，就吹！”这句话又传回来了。张鸿逵立刻称病请假，曹当即批准，随后就给陆军部一个电报。说“绥靖地方，一旅之众不能无人负责”，于是免了张鸿逵的旅长。但由谁继任呢？有些人拥护十一团团长王承斌，但曹左右的人说王承斌是旗人、宗社党，这些人都跟吴佩孚感情好，就尽量替吴吹嘘，而曹锟本人因为汤芗铭对吴器重，早想提拔他，果然发表了吴为第六旅旅长，吴的炮兵团长则由王用中接替，王承斌旅长落了空，还到曹锟面前哭诉了一回。曹说：“你好好干，不出三年，一定让你当旅长！”
当曹锟坐镇岳州的时候，袁世凯正在企图由总统而当上世袭的皇帝，着手筹备帝制。对于曹锟说来，这当然是他多年希望所在。他本来只知有袁宫保而不懂得什么国家，宫保做了皇帝，自己便是开国功臣。当然竭尽忠诚，表示拥护。在袁世凯以总统名义任命各色各样的将军的时候，曹锟被任为虎威将军。1915年12月21日，袁世凯大封群臣。曹锟被封为一等伯，虽不能踌躇满志，但计算起来总在云台二十八将之列，少不得要上表谢恩的了。
可惜好梦不长，袁世凯的帝制遭到全国的反对。12月25日，云南首先宣布独立。成立了护国军对袁进行讨伐。袁世凯仍想依靠自己的武力把反对力量镇压下去，于1916年1月5日命令曹锟督师入川，抵御入川的护国军。
曹锟入川时，把第五旅汪学谦所部留在湖南，只带着吴佩孚的第六旅、伍祥祯的第四混成旅，还有第六师的齐燮元旅，为了扩充实力，从直隶征调的民夫都被编入军队。进入四川以后，曹锟坐镇重庆，队伍在泸州、纳溪、綦江一带跟护国军作战。吴佩孚担任前方总指挥，随陈宦入川的李炳之旅和四川军队周骏师部归吴指挥。在作战时，吴佩孚曾经几天不下火线。有一次最为激烈，蔡锷在一个城门底下亲自指挥，这边开了多少炮也没有命中。吴佩孚曾指挥过炮兵，便说：“我来！”他自己动手，两炮便把城门打塌了。蔡锷原来坐在一个凳子上，被震倒在地下，幸未受伤。这一次就使战局的形势扭转了。
吴佩孚作战非常勇敢，骑一匹马在战场上往来指挥，两三个月不脱衣服，身上长满了虱子也不理会。特别是在激烈炮火中，他坐在马上昂然不动，部下都称赞：
“打了这些日子，旅长没有弯过腰！”王承斌原来对吴有些嫉妒，但因吴胆大过人，指挥得当，也很钦佩，两人的关系逐渐搞好了。由于作战伤亡很大，曹锟把民夫组织起来，编了一个补充旅，并为实践他的前言，命王承斌为旅长。他常说：“孝伯(王承斌字)的长处是练兵认真。我有这两员将就行了：王孝伯会教兵，吴子玉会用兵！”
四川前线战事不断取得胜利，坐镇在重庆的曹锟当然十分得意。但他得意的时间并不太长，随后是一个失望接着一个失望紧紧逼来。袁世凯登基，虽已准备成熟，但自从蔡锷首先发难以后，各省相继反对，纷纷独立，袁也不敢贸然袍笏登场了。在湖南一线统兵进攻护国军的马继增迟迟不进。与四川的队伍不能互相呼应。到5月间，连四川的陈宦都转变了，表示要求袁退位，陈宦是袁的亲信、曹的把兄弟，居然也反脸相向，曹锟特别气愤。四川第一师师长周骏又来向曹告密，陈宦有电报给他，叫他袭击曹的队伍，这一来更如火上加油，曹也不管事实真假，就电袁世凯保荐周骏继任四川将军。周骏的命令发表以后，由川东向成都进军，行至中途，突然通电表示态度，主张川人治川，不但反对陈宦，还反对护国军和北洋军，通电中引用了卞庄子刺虎的典故。曹锟是虎威将军，他认为周骏的电报完全是对他而发，看罢，把电报丢在烟榻旁边气愤地说：“没有一个好东西，全是王八蛋。把云南打下了，逮住周骏剥他的皮。”
最后，连曹锟最相信的汤芗铭都在湖南通电独立。6月6日，袁世凯就因急气交加送了一条性命。袁世凯一死，四川前线的队伍立刻失去了斗志，吴佩孚命令队伍严守前线，回来向曹报告：“大总统故去了，队伍打不下去了！”
袁世凯的死，曹锟非常悲痛，因为他开国元勋的迷梦幻灭了，但也只好故作镇静，静观变化。随后时局急转直下，黎元洪继任总统，段祺瑞出任国务总理。四川战事就此结束。护国军的戴戡等人到了重庆，都去拜望曹锟，说曹锟的部下作战勇敢，足见平时训练有素，战时才能指挥若定。曹很得意，他也表示对蔡将军非常钦佩。真是不打不相识，这些将领每天杯酒联欢。有人在旁边说：“哥几个好起来了，老百姓可不知道死了多少！”这句话，曹锟当然没有听见。蔡锷出国时，曹锟还送了一笔钱去慰问。
被周骏赶出成都的陈宦，从水路来到重庆也拜会了曹锟，并请曹派点队伍送他回去。这时的陈宦弃甲丢盔，狼狈万状。曹锟倒也没有责问他为什么背叛了“宫保”。只冷冷地说：“我这个人交朋友交到底，哥俩好，好到底。我总把你送到北京就是了。可是到了北京，你这事怎么交代，我就不管了。”
这时曹锟在表面上应付各方，似乎从容不迫，内心却很恐慌，对部下表示：“南蛮子咱们对付不了哇！国家有变动了，咱们快回去吧。这也好，省得你们净想家了。”于是决定队伍北撤，但他也知道队伍到处骚扰，民愤很大，北上行军路上难免不发生问题。他嘱咐大家说：“回家，大家都心急。可是咱们得防备他们捣蛋，得把打仗的精神拿出来，慢行军。”吴佩孚说：“总司令放心，我在后边督队。”曹锟大喜，伸出大拇指来说：“这才是好样的。你们都得跟吴旅长学，打仗在前，退走在后！”从此吴佩孚在第三师中的威信就更提高了。
队伍陆续开到汉口，曹锟这才放下了一半心，但有一半心还没有放下。他想：袁世凯一死，段祺瑞等反对袁做皇帝的人得势了，而自己却是真正给袁世凯打天下的，还能有个好哇？他转念一想，只要手里有队伍就好说话，便极力拉拢他的队伍，向大伙说：“咱们是老北洋的队伍，回到家乡去，可不能跟在南边这样。大总统死了，今天谁得势，咱们不知道。咱们抱成一团儿。好好干，谁也不敢把咱怎么样。”由于曹注意到个人实力问题，队伍北还之后，就派人到直隶各处招兵，把队伍的缺额补足。
曹锟想对了，只要手里有队伍就好说话。他回到北京，见了段祺瑞。段祺瑞正想继承袁世凯的衣钵，武力统一中国，对于在南方作战归来的曹锟，大加安慰地说：“大总统英明一生，完全为不识事务者所误。我们的队伍，将士用命，不给北洋丢人的，还就是你一个！”
9月，曹锟被任命为直隶督军。他在岳州时就想当总督，没有实现，不想在袁死后，他倒如愿以偿。直隶督军相当于直隶总督，那是李鸿章、袁世凯等人坐过的位子，现在他居然也能坐在这个位置上，使他再一次相信他自己的真理：“只要手里有队伍，就好说话。”袁世凯死了，他不再想作姚期、马武了，只要有队伍、有地盘，当一个割据一方的诸侯也还不坏。因此，在段祺瑞利用督军团和黎元洪捣乱的时候，曹锟也是督军团中出头露面的人物。
曹锟当了直隶督军以后，头件大事就是扩充队伍，训练队伍。在第三师和补充旅之外，又添了一个补充团，并给自己编了一个卫队团(团长穆文善)，这就是后来所谓直军的基础。就直军本身说，这一个阶段正是直军生活最舒适的时候，吃得好，穿得好，并在保定、河南添盖营房，住得也很宽绰。曹锟经常对军队讲话：“往后再有造反的事，还得咱去。咱们把兵练得好好的，再有事，还得出兵远征。”保袁世凯做皇帝，在他看来并不是耻辱，而是自己过五关斩六将的英雄事迹。