在民国初年的政治舞台上，各个派系之间勾心斗角，争权夺利，可以说是无时不在进行。直系和皖系两派军阀为了各自的利益，自然也免不了一场恶战。
袁世凯死后不到三个月，1916年9月16日，段祺瑞就把曹锟调回直隶，升任直隶督军，第三师奉命撤回河北，仍旧驻扎保定。转年曹锟又兼了直隶省长。曹锟对他的新靠山段祺瑞更是百依百顺，言听计从。要不是这样，在这之后的军阀混战争雄里，哪会有他曹锟的好果子可吃？
1916年，曹锟任直隶督军后，驻跸在永华中路东侧的清代按察使司衙署，曹锟在这里大兴土木，进行大规模改建、装饰，成为曹锟的公馆。因曹锟非常敬慕抗倭民族英雄戚继光，故将此处改为光园。光园原建筑面积2500多平方米，是一处中西结合的庭院建筑，园内有好几个院落，非常宽阔，环境优美。院中有花园、假山点缀其间，院后有专供曹锟及其四房夫人看戏的戏楼。在光园主体建筑前，有一个硕大的铜球，闪闪发光。铜球的西南侧，是用七块名贵花箭石砌成的北斗七星造型。
当时，府河两岸有六百余亩荒地，曹锟决定将其建成花园，保定周围的百姓刚刚经受大旱之苦，衣食无着，闻讯纷纷前来报名，为的是找口饭吃。曹锟倒也慷慨大方，不管老少，来者不拒，无论干多干少，每天照样发钱，遇上他高兴的时候，每人还会多发上几个铜板。这座规模宏大的花园建成后，人称“曹锟花园”，而曹锟也很喜欢这座颇具江南园林风格的花园，几乎每天早上都要来这里散步、打拳，普通百姓要进园看看，他也不阻拦。
袁世凯死后，黎元洪和段祺瑞分掌总统府和国务院，在中国政府是否参加第一次世界大战以及对德宣战问题上发生了冲突。军阀和政客们为了各自的利益也纷纷加入到这场争斗中来，这就是所谓的“府院之争”。当然，作为毗连京津地区的直隶督军，曹锟也不可能置身事外，但他却能左右逢源、应付自如，既保全了自己，又不得罪各方上司，以免陷得太深不能自拔，因为鹿死谁手，很难预料。这也算是曹锟的高明之处吧。为了统一北洋军阀的意见，段祺瑞组织了督军团，联合压制黎元洪对德宣战，曹锟也名列其中。黎元洪置督军团的意见于不顾，下令免去了段祺瑞的国务总理职务，任命伍廷芳暂行代理国务总理职务。
罢免段祺瑞之后，参议院选举李鸿章的从子李经羲任国务总理。但是到1917年5月29日，新总理还没有上任，河南、浙江、山东、山西、福建、陕西等省纷纷宣布独立，6月1日，曹锟也发表通电，宣布独立。
面对这种形势，黎元洪寝食难安。此时安徽督军张勋递入呈文，有进京斡旋之意。黎元洪认为张勋是督军团大盟主，又未向北京政府宣布独立，具有居间调停的良好条件。万般无奈下，只好发电给张勋并派专人专车到徐州迎接辫帅张勋进京。辫帅张勋接到此令大喜过望，于6月7日率领随员148人，马步、炮兵10营，共计5000余人，从徐州乘车就道，8日到达天津，按兵不动，电陈调停条件，请黎元洪下令解散国会，限三日内实行，否则不负调停责任。此时的黎元洪方感到自己犯了引狼入室的错误，真是哑巴吃黄连，有苦说不出，悔之晚矣。黎元洪别无他法，只得解散国会，张勋则以大盟主的身份要求各省取消独立，并积极筹备复辟帝制。7月1日，张勋指定王士珍、江朝宗为国民代表，拿着事先拟好的“奉还大政”的“奏折”，逼迫黎元洪签名盖章。然后请出废帝溥仪复辟皇帝位，复辟的丑剧再一次上演，北京城里又挂起黄龙旗。
张勋复辟成功之后，段祺瑞利用张勋倒黎和解散国会的目的达到，便以讨逆为名联合保定的曹锟进攻张勋。曹锟因为没有获得事前张勋许诺的直隶总督的职位而大为不满，此刻段祺瑞相约反张，一拍即合，起而响应。段祺瑞任命曹锟为西路“讨逆军”总司令进讨张勋。7月4日，曹锟派其部将吴佩孚率第六旅为先头部队，乘火车北上。5日凌晨，直军抵达卢沟桥和宛平县城。同一天，冯国璋在南京就任代理大总统，任命曹锟为直隶督军兼署省长职。7月13日，“讨逆军”攻入北京城，张勋复辟失败。张勋复辟，曹锟有默契，表示赞成。当复辟的丑剧上演之后，张勋遭到了全国人民的声讨和军阀们的反对时，曹锟立刻通电反对复辟，翻云覆雨，顺势而变。曹锟此举虽然得罪了张勋，不过也算为直系首领冯国璋撑了腰，为皖系首领段祺瑞出了气，一时成为直、皖两系的大红人。
张勋复辟是由黎元洪、段祺瑞的“府院之争”而引起的。段祺瑞利用张勋解散国会，驱逐总统黎元洪之后，背信弃义，起兵讨逆，张勋复辟失败。民国恢复以后，直系首领冯国璋仍代行大总统权力，皖系的段祺瑞仍当总理。新的府院之争又开始了。新的“府院之争”是北洋军阀直、皖两系的角斗，在这场相互排斥、倾轧的政治斗争中，曹锟维系平衡，和各派保持“良好关系”，成为直、皖两系的“双栖者”。
曹锟本是直隶人，与冯国璋既有乡谊，又有旧交，亦属直系，但他不为各派系所操纵。虽是直系，对于国民党组织的护法战争，他加入主和集团。曹锟并不是皖系，但又能与皖系保持良好的往来。曹锟在北洋派中实力最大，他的地盘又接近北京，他的态度能对北京政府产生很大的影响。因此，直系不想丢掉这个能够左右时局的伙伴，皖系也想把他拉进自己的阵营，成为皖系的合作者。
当然，曹锟夹在段祺瑞和冯国璋之间，是主战还是主和，这对曹锟来说是一个考验。曹锟权衡利弊，不断在双方之间摇摆，以为自己取得最大的利益。他首先联合长江三位直系都督主和，继而在段祺瑞授以副总统的诱惑下对南方采取强硬态度。事实上，主战者并非真战，没有一个肯挺身而出打硬仗的。主和派亦非主和，只是为对付段祺瑞的皖系。总之，军阀们为了自己的利益，不论曲直，或战或和，顺势而变，曹锟是军阀中最为典型的人物之一。
1917年12月2日，天津曹家花园，直系的曹锟、张怀芝和山西、奉天、黑龙江、福建、安徽、浙江、陕西等省的督军代表举行督军团会议，解散了不到半年的督军团再度复活，只不过这次督军团的盟主由曹锟代替了张勋，地点从徐州改到了天津，攻击的目标由总统黎元洪改为冯国璋了。“曹家花园”在天津河北五马路、黄纬路之间，这所住宅原系买办孙中英于光绪二十九年(1903)所建。1922年转卖给曹锟后又大兴土木，增建廊庑、亭池、岛榭，建成一座豪华的园林别墅。占地面积200余市亩，楼、平房4000多平方米。
就在开会期间，督军及各省代表们突然收到了皖系机关报发出的一则新闻，称西南军阀在梧州召开会议，并决定迎接黎元洪复职、恢复旧国会、惩办战争祸首段祺瑞等。督军团看到这个消息后，认为西南军阀是在欺负北洋系，都纷纷表示要给西南军阀点颜色看看。曹锟义愤填膺地说道：“我愿战至最后一人！”会议当即决定，北洋系分兵两路进攻湖南，一路由曹锟为主帅，率领军队由京汉路南下，通过湖北进军湖南北部；另一路则推举张怀芝为主帅，率领军队由津浦路南下，通过江西进攻湖南东部。这样原本已经有了和平解决希望的国内形势急转直下，经过督军团天津会议后，战争的乌云又笼罩在中国的上空。
此时，北洋系内部依然有主和派，内阁总理王士珍成了督军团攻击的另一个目标。王士珍虽然是北洋元老，但也经不起风浪，于是向冯国璋提出辞职。冯国璋此时也没有更多的办法，只好派段芝贵到天津询问督军团最后的意见，如果有和平解决的可能，应该提出哪些条件作为谈判的基础。
段芝贵到达天津后，立即到督军团聚集的地方，得到了督军团谈判的四个条件：一是南军退出长沙，二是解散非常国会，三是取消军政府，四是西南各省督军、省长由中央政府任命。这4个条件显然是西南军阀无法接受的。一波未平，一波又起，12月6日，曹锟、张怀芝、张作霖、阎锡山等10人联名发出通电，要求北京政府颁发讨伐西南的命令。督军团在天津召开会议之前，冯国璋已经草拟了停战令，收到曹锟等人在天津发出的通电后，12月7日冯国璋下了一道命令，任命谭延闿为湖南省长兼任督军。同时，第二次派段芝贵到天津，希望督军团能够静候中央政府的决策。督军团对此置之不理。
曹锟本是直系举足轻重的人物，但他偏又是个“两栖动物”，曹锟是直系却不与直系协同，不是皖系却与皖系亲密。他先前领衔与长江三督军联电停战主和，但后经皖系大将徐树铮的拉拢，并许以“副总统”尊位，便一下子由主和派变成了主战派，并充当盟主，在天津曹家花园，与倪嗣冲、张怀芝共同主持了督军团会议，讨论并制订了攻湖南的计划。曹锟在会上表示：“我愿战至最后一个！”时人嘲讽曹锟，说他大人虎变，因他夙领虎威将军，又狡猾善变，所以引援古典，赠他一个雅号，名曰“虎变将军”。
在段祺瑞给予副总统职位许诺，并公推为“督军团”盟主，外加川粤湘赣四省经略使，再扩大四个混成旅兵力，每月获得中央军费130万元的利益诱使下，曹锟极力主张征南。1918年1月30日，冯国璋被迫委任曹锟为两湖宣抚使、攻湘军总司令，皖系将军张敬尧为攻湘军副司令。北洋军阀发动了第二次攻湘作战，其企图是攻下岳阳、长沙，进而占领全湘。
2月6日，曹锟委派他的兄弟新任直隶省长曹锐代理督军，自己亲自动身南下到汉口，任命吴佩孚为第三师师长。吴佩孚系山东人，原是前清蓬莱秀才，流落京华，穷途末路之时投靠了北洋，依附曹锟，辛亥革命时已升为标统。张勋复辟时，曾受命“讨逆”，任前敌总司令。曹锟坐镇汉口指挥，命吴佩孚率部向蒲圻、嘉鱼一带开进。23日，吴部到达蒲圻。南北大战一触即发。
在此之前，北洋军张怀芝与张敬尧部已从江西进入通城。28日，北洋军发起进攻，当日击败守卫新店、滩头的湘军，向纵深推进。北军两路进兵湖南，长沙和岳阳腹背受敌，护法联军在抗御北军的形势上十分不利。
到了3月，曹锟将自己的所有兵力投入到了南方战场。3月2日，北洋军攻占万峰山湘军阵地。护法联军退守羊楼司。羊楼司是由武昌入岳阳的咽喉要道。联军在此构筑了由堑壕、石垒和铁丝网组成的多道防御阵地，准备坚守。3月10日，吴佩孚挥军猛攻羊楼司，联军防线被敌突破，只得向岳阳方向后撤。11日上午，北洋军占领羊楼司。此战，北洋军死伤300余人，护法联军伤亡更为惨重。15日，北洋军攻占通往岳阳的最后一个要地云溪。
在北军进攻岳阳前夕，护法军主将桂系谭浩明竟丝毫未做作战准备。南军的部署是：湘军赵恒惕师在岳阳，刘建藩部在平江，桂军马济、韦荣昌、陆裕光等部则在湘军的后方作总预备队。这种部署表示桂系对于抵抗北军根本没有决心。不只是没有决心，而且还有私心，打算在这场战争中，胜了既保全实力又有战功，打败了则先退却。以陆荣廷为首统治西南两广的桂系最会利用政治矛盾，陆荣廷对北方一直是采取联冯抗段的策略，利用直系牵制皖系。他所希望的，是制造直皖矛盾，扩大他们的矛盾，使北洋分裂，直皖发生战争，如此桂系即可坐收渔人之利。所以他不愿意真的打仗，尤其不愿桂系首当其冲和皖系作战。当北方主战派得胜，皖系已挥军南下时，桂系知道湖南战争无法避免，认为湘军和桂军无法抵抗北洋军，这是场不可能获胜的战争，因此桂系决定尽量保全桂军实力，战争爆发时，宁可让湘军在前线，桂军则设法在必要时安全撤退，保存实力。这时，桂军早先唱出湖南是两广门户的论调也放弃了。桂系的消极态度，让湘军士气受到严重的打击。
早在护法联军占领长沙挺进岳阳时，湘军将领就主张乘胜进攻武汉，至少也应占领鄂南一带有利地形作为岳阳的外围据点，可是谭浩明下令不许入湖北一步。当北洋军南下时，桂军准备不战而退，湘军不能单独作战。同时桂军歧视湘军，无论在军火和军费上，两军的待遇都不公平，这也是让湘军愤愤不平的，因此湖南战争还没有开始，南方弱点已经暴露出来了。
16日，北军总攻岳阳。17日夜，守城联军弃城撤往长沙。18日上午，北洋军进占岳阳。
护法军自从攻占岳阳后，内部矛盾日趋激化。先是桂系军阀对军政府故意刁难和破坏，后是夺占湖南地盘，在湖南胡作非为，引起湖南人民和许多湘军官兵的极大反感。此战，湘、桂军之间矛盾重重，互相掣肘，加之兵力分散，消极防堵，装备落后，士气不振，因而一遇吴佩孚精锐之师，便难以招架。吴佩孚则因岳阳之战而名声大振。
护法联军放弃岳阳时，属于桂系的南军联帅谭浩明还在长沙向商会逼索军饷，并且布告说：“岳州小挫，军事之常，本帅坐镇，自有主张。”
而此时，北洋军第七师张敬尧部也对不设防的平江发起了攻击。3月22日占领平江。
岳阳和平江失守，使坐镇长沙自有主张的湘桂粤联军总司令谭浩明束手无策，于3月25日率所属桂军慌忙撤离长沙，顿时长沙陷于无政府状态。同时前方一批一批湘军士兵退下来，没有人照料，既找不到长官，又找不到食宿之所，疲困饥饿，怒火中烧，一时愤无可泄，就在长沙城内各商店和住宅大肆抢劫，先在八角亭、黄道街、坡子街一带商业中心抢掠，随后遍及全城，一批去了，一批又来，致使商店关门，街上罢市，许多商店门外都贴了这样一张声明：“本店被劫一空，无货应市。”长沙市民这次对于保卫他们的湘军失望达至极点。
26日，吴佩孚第三师不费一枪一弹开进长沙，张敬尧部也随后赶到。吴佩孚攻下长沙后，向南军直追，径扑湘潭，把长沙交给了残暴的北军第七师师长张敬尧。
张敬尧一直未上前线，他在岳阳攻克后才到九江督师，继而进占平江。一路上勒索巨款，抓夫，掳掠妇女，一路湘民怨声载道。
这时，段祺瑞已重新出任国务总理。曹锟领军在不足一月连续占领岳阳、长沙等地。这样段祺瑞在军事和政治上占了绝对优势。3月27日，段任命皖系军阀张敬尧为湖南督军兼省长，同时电令吴佩孚部立即率部向湘南进军。