先打破“平衡”的还是好权争利的徐树铮。1919年2月，总统徐世昌利用西方外交团要求北京政府取消参战军的机会，要求徐树铮把参战军移交陆军部辖制，时任陆军总长的靳云鹏自然积极响应该主张。徐树铮怎舍得把他一手编练的军队拱手交出，他怂恿段祺瑞出面反对。几经交涉，段祺瑞和徐世昌达成协议，参战军改边防军，小徐又谋得西北筹边使兼西北边防军总司令的职务，掌握了边防军的指挥权。该军兵力共3个师4个混成旅，段祺瑞自此拥有了一支装备精良的嫡系部队。之后，他又设法说服外蒙活佛取消独立，而获得外蒙善后督办的职务。1920年元旦，徐树铮以外蒙活佛册封专使的名义，在库伦主持了册封活佛典礼。当他从库伦返回北京时，段祺瑞专门搞了一个有北洋军官参加的欢迎会，嘉奖徐树铮的“安边”功劳，并且，“段以徐建不世奇功，自是愈重徐”。此时的徐树铮可谓春风得意，权焰侵天。他借口蒙古需要马队，把边防军中陈文运的马队旅调到西北，又把原驻在张家口的褚其祥的步兵混成旅调到西北扩充自己的实力。因为靳云鹏在参战军中一直掌握着督练编制权，小徐的行径显然触犯靳的利益，两人开始交恶。靳非小徐的对手，因为小徐还控制着安福国会，作为政治上的武器。靳便思图从别处找寻力量来对付徐。此时，张志潭这个人物浮出水面。
在1918年徐世昌做总统的前后，张志潭是一个较重要的人物。“徐世昌的作风，是以翰林的资格和袁世凯结合，进一步和北洋界军人联系，军界人就把他(也)看作北洋老前辈，这就是他后来在北洋的政治资本。徐世昌是天津人，张志潭是丰润人，徐把张看做直隶后起的杰出人才。”张志潭，亦处处模仿徐世昌的作风，他跟着老徐到东三省，不按常理去做总督府的秘书，而跑到东三省军事处做秘书，专门结交军人。袁世凯做总统时，他被调任总统府参陆办事处秘书，他跟北洋派军人的关系更加密切起来。张志潭有意和军人发展关系，所以他和靳云鹏、吴光新、傅良佐的关系都挺好，和徐树铮的关系也不错。段祺瑞1916年做国务总理，以徐树铮为国务院秘书长，张就在小徐手下做了一名国务院秘书。
张勋复辟失败，段祺瑞又任总理，以张志潭做秘书长。但徐树铮不肯放过国务院这一块，派了个姓祁的人在秘书长房里监督张志潭，每天向他汇报张的一言一行，徐树铮没做秘书长也跟做了似的。张知道却也无可奈何。
徐树铮为了赚钱扩充军队，想到运销盐的办法。他让一个和军阀、政客都有勾结、混混出身的天津人王郅隆承销永平等地的盐，借口水平销盐可以依靠军事力量在直隶各地运销。因为财政部不能批准这事，小徐就把事交到院秘书长张志潭办。张志潭知道这件事牵涉复杂，自己又是直隶人，办了之后一定会遭同乡人议论，但又不敢拒绝，就把事情拖着不办，一拖再拖，直到段祺瑞因为傅良佐前线失败而下台也没办，小徐便由此恨上了张志潭。
1918年3月，段祺瑞再度为国务总理，仍以张志潭为院秘书长。小徐当时在天津，命令一发表，他马上电传曾毓隽历数张的劣迹，要曾毓隽转告段祺瑞不可用张志潭，并保方枢继任。“曾毓隽也向段说：‘又铮既很不满他，还是不要他做秘书长。’段说：‘我用秘书长，又铮何能过问？’”徐树铮见此招不行，便派人把张志潭叫到天津。徐的为人有目共睹，很多人劝张不要去。张考虑一下，觉得当面解释一下也许更好，就去了天津。谁知，徐树铮摆出他奉军副司令的威风，见面就历数张的大小罪恶，并逼问张承不承认。在人屋檐下不能不低头，张志潭一一承认了。“徐并问他：‘以后改不改？’张说：‘改。’徐说：‘以后段老总方面的事，你不许参与。’张说：‘以后不参与。’这样俯首听命，徐只得又让他回来了。”张算是机灵。如果他稍硬一点，反驳上几句，徐树铮准叫他的脑袋搬家。受了这番逼迫威胁的张志潭回京就辞职了，段祺瑞只好让方枢以法制局长兼代国务院秘书长。
张志潭受此屈辱，并不甘心咽下这口“鸟气”，他看到徐世昌也在努力摆脱老段、小徐的控制，遂极力向徐世昌这边靠拢，在老徐面前极力攻击小徐。徐世昌亦头疼小徐的蛮横跋扈，而且，他想的不仅是打倒徐树铮，还要打倒段祺瑞。徐世昌认为，若由他来打倒小徐就不如让段派自己的人来打更不着痕迹。徐世昌、张志潭两人都想到了靳云鹏头上，用靳既可抑制小徐，又可分化皖系内部。恰好靳云鹏也想整倒小徐，双方一拍即合。
1919年11月5日，徐世昌正式用靳云鹏代替钱能训出任内阁总理。靳云鹏和张作霖是姻亲，吴佩孚是他从前的学生，他组阁，张作霖、吴佩孚均表同意；段祺瑞因他是皖系人也表支持，所以靳出任总理还比较顺利。但是，矛盾很快就来了。小徐和他操纵的安福系向靳提议吴炳湘、李思浩、姚震、朱深、曾毓隽等分别出任内务、财政、司法、交通等部总长，可靳不想让安福系的人完全操纵内阁，便提出由田文烈、周自齐、张志潭、夏寿康分别出任内务、财政、农商、教育各总长职务，他的提议得到了曹锟、张作霖的极力支持，但安福系坚决不答应，特别坚持要由李思浩来做财政总长。靳因为有总统徐世昌、直系曹锟、奉系张作霖的撑腰也坚决不肯妥协。事情闹到了段祺瑞那儿。段是支持安福系的，他亲自劝靳同意让李思浩试着办一办财政。靳没办法，只好同意，但坚持其他人选应依他，然而，他所提的教育总长夏寿康和农商总长张志潭还是被参众两院否定掉了。
12月3日，靳云鹏完成组阁：外交陆徵祥、内务田文烈、司法朱深、财政李思浩、陆军靳云鹏自兼、海军萨镇冰、教育范源濂、农商田文烈兼署、交通曾毓隽。靳为反抗安福系，他一组阁就取消了国务院里一个叫“统一委员会”的部门，因为徐树铮几个人常常以此委员会的名义到国务院翻阅电报，参与不应他们知道的机密。徐树铮是个睚眦必报的人，对靳此举恨之入骨，开始酝酿倒阁。
12月7日、9日，李思浩又先后被任命兼署盐务督办和币制局督办，安福系势力日炽。李思浩、朱深、曾毓隽三人每在阁议席上，与靳氏争论是非，徐树铮“取旁观监视主义”使靳每日不安于位。但靳云鹏并不想坐以待毙，尽力反抗，如他想委派潘复为财政次长来监视李思浩，李思浩就以辞职要挟，靳只好让步作罢。之后，他愤而慨叹：“以正式总理不能用一次长，处处受某派牵制，此等总理，有何趣味。”尽管如此，靳云鹏还是忍耐着，待以时日。
段祺瑞的“四大金刚”中，傅良佐同徐树铮的关系本还不错。但自从傅良佐湖南兵败，小徐每每见到他，都以一副瞧不起的口气指责傅“没用”。傅恼羞成怒，两人反目。因为徐树铮的骄横和自以为是，皖系内部已然分裂。
直系方面，在“1918年吴佩孚的军队占领湖南以前，吴的上级曹锟通常支持段祺瑞。但是从这时起，这两个人的利益开始出现分歧”。原因就在吴佩孚于湘战胜利后，段祺瑞不论功行赏，忽视吴而提拔他自己的人做湘督；同时，曹锟也担心段免去他的直隶督军职务。“对有独立野心的军阀如曹锟和吴佩孚来说，段祺瑞稳步地积累财政、军事和政治力量，这隐含着一种威胁”。1919年12月，冯国璋病死，直系中实力较强的曹锟逐渐成了本系的首领。因为看出“段的最终目的是消灭所有不服从北京皖系政权的军阀”，奉系张作霖也不安于位，直奉两系被逼到一条战线上来了。
自1919年秋，吴佩孚就一再以兵饷欠发为借口，电请撤防，并再次倡议罢战议和。然而湖南的战略地位使段祺瑞不能轻易松口，他担心吴部一撤，南军会乘势占据湖南。他的边防军在北方布防，此时没有能力南下接防，所以他指示北京政府对吴佩孚的要求能拖就拖。吴佩孚见北京政府没有回应，便展开电报攻势，以越来越强硬的措辞将一份又一份的电报发往北京。段祺瑞感到要阻止吴佩孚恐怕很难，于是，他一方面让北京政府通知湖南督军张敬尧，见机行事，通盘筹划；一方面强迫靳云鹏把一直在直皖两系间摇摆的河南督军兼省长赵倜撤换掉，换他的妻弟吴光新做督军，众议院的秘书长王印川做省长。消息一出，首先赵倜坚决不肯，国务总理靳云鹏也表示反对，吴佩孚更是大为不满，竭力反对。因为河南在京汉线上，为吴部北撤必经之地。吴怕自己的部队一旦入境恐遭不测，遂致电总统徐世昌表示坚决反对易豫督，要求保持赵倜的原地位，并指责段祺瑞的行为是破坏大局，招致“中原涂炭”。并且，他要岑春煊告诉赵倜，他会率部撤防入豫援助他。曹锟、张作霖等也纷纷表示反对，支持赵倜。苏督李纯、鄂督王占元、赣督陈光远人称“长江三督”者历来厌恶徐树铮，所以当年受冯国璋联络而站在直系一边，这次他们又联合起来通电反对易豫督。面对全国一片反对之声，段祺瑞坚持他的强硬立场，一面催促内阁下换督令，一面暗令吴光新率部开往信阳，与赵倜的对立者南阳镇守使吴庆桐会合，联手对付赵倜。
赵倜“少从毅军，隶宋庆麾下”，受姜桂题的赏识提拔而起家。一直在直皖系间摇摆的他这时被段祺瑞逼到了直系一方，他一方面积极备战，一方面还与西南各省联络，欲携手共同对付皖系。
大总统徐世昌认为“罢赵用吴，激起反动”令天下大乱，他表示“我决不为”，但同意让皖系的一个人去做河南省长。种种压力之下，段祺瑞只好做出让步，接受曹锟的调解，最后让赵倜留任河南督军，派王印川去做河南省长。
段祺瑞的多次“未遂之举”令其他派系深感皖系的咄咄逼人。1919年秋冬时节，张作霖、李纯、陈光远、王占元等在曹锟的串联下组成了包括直、苏、鄂、赣、奉、吉、黑在内的七省反皖同盟，现在又加入一个豫督赵倜，成为八省反皖同盟。1920年3月底，张作霖在沈阳以做寿的名义召集八省反皖同盟代表秘密会议。4月初，曹锟在保定借追悼直军在湘阵亡将士的名义又召开了一次秘密会议，两会都是商讨对付皖系的办法，最后八省同盟一致决定抵制徐树铮、解散安福系、支持吴佩孚北撤。直奉联合共同反皖的局面已明朗化。
在政府内部，因为国务总理靳云鹏不愿听从安福系的摆布引起安福系的极大不满，他们处处刁难靳，并在段祺瑞那儿告靳的“黑状”，引起段的反感，甚至当面斥责靳“你如此无用，如何能配做总理！”遭此羞辱，靳立刻递了辞呈。徐世昌不同意，段祺瑞事后也加以挽留，靳云鹏才收束去意，继续任职。安福系诸人却不肯罢休，不安于位的靳云鹏又提出辞职，徐世昌不得不考虑接替人选。“府方拟以周树模继靳，段祺瑞亦同意。3月3日，派教育总长傅岳棻、秘书涂凤书，先后与接洽。周意在组阁入选须罗致名流，对安福颇踌躇。傅、涂言：‘就现在局势，不干则已，如干，必安福阁员照旧，且当多邀。’”安福系臭名昭着，周树模对傅、涂的要求不能作出圆满答复。3月4日晚上，安福系开会，以周树模、田文烈两个人为国务总理候选人进行假投票，结果田文烈得到多数票，安福诸人即刻征询田文烈的意见，“田愤然以为有意玩弄”。这样无人愿接任国务总理，安福系也没有办法了，加上直、奉两系始终都支持靳云鹏，靳阁得以维持。
然而，靳云鹏的日子因为他对安福系不能彻底妥协而越来越难过了。3月4日，他召开国务会议，想处理积压的事务，可李思浩、曾毓隽、朱深等这些安福分子却拒绝与会，并在9日，三人向徐世昌递了辞呈，意图逼靳自动下台。11日，安福系开会，决定对外交、农商、教育三个部的人选问题决不作出让步。靳云鹏因为有徐世昌、张作霖、曹锟等派系的支持，遂采取不予理睬的态度，软中有硬。
就段祺瑞个人而言，靳是他的旧部，在总理位上能得到其他各派系的支持，也是难得，于自己并无太大坏处，所以他仍旧支持靳内阁，但他管不住积极倒阁的一帮安福分子，因为这些人“实为树铮所指使”。靳、徐相争，愈演愈烈，最后把老段气得跑到团河休息去了，声称“不管闲事”。