张勋是想借带兵入京调停之机，行复辟之实，把溥仪从紫禁城中重新请出来。张勋主张复辟一事，已是众人皆知，但关键是什么时候干这件事。张勋入京经过天津时，曾和段祺瑞有几次会晤。段祺瑞曾不止一次劝他不要搞复辟，并且郑重地表示：“你如复辟，我一定打你。”张勋也表示：“复辟不能变更，但目前还不想办。”但在暗地里，张勋已经是“虽千万人，吾往矣”的态度，声称即便赴汤蹈火，也在所不辞。
黎元洪没想到自己搬来的救星成了灾星，张勋勒令他三天内解散国会。7月1日，北京的大街小巷飘起了大清国的龙旗。7月2日，黎元洪秘密签署了免去李经羲总理的命令，特任段祺瑞为国务总理，并命其讨伐张勋，同时，签发了请冯国璋代行大总统职务的电报，自己于7月3日躲进了东交民巷。
张勋不听劝告，抬出了溥仪。段祺瑞敲着桌子说：“只有打了，这可是他逼我这样做的。”
7月2口凌晨。段祺瑞来到了驻在马厂的李长泰第八师。下午，梁启超也风尘仆仆地赶到马厂，段祺瑞亲自迎接，寒暄道：“任公上任，军威大振。”7月4日，段祺瑞以讨逆军总司令的名义，发出讨伐张勋的通电和发布讨逆檄文，冯国璋在南京通电响应。7月5日，先头部队向天津迸发，梁启超手书一联赠李长泰，联云：“上将军段祺瑞讨叛国逆张勋。”
7月5日，战斗打响了。讨逆军以压倒优势猛攻，辫子军仓皇失措，向城里溃败。航空学校的两架飞机也奉命飞到辫子军阵地投掷炸弹，之后又飞临紫禁城上空进行轰炸。据说这是中国军事史上首次使用飞机作战。
到7月12日晨，全城只剩下南河沿张勋住宅仍在抵抗。这时，一辆插着荷兰国旗的车通过阵地驶进张勋的公馆，这辆汽车是来接张勋的。车上有一德国人，两个荷兰人和一个翻泽。张勋家人已经避往荷兰使馆，只剩下张勋和二太太邵夫人。张勋死活不肯上车，几个外国人急了，不由分说架着张勋上了车。
北京城又飘起了五色国旗。
平定张勋复肿，是段祺瑞一生颇为自得的事，继他发电威胁清帝退位“一造共和”后，段祺瑞在六年后又“再造共和”了。
张勋复辟失败后，黎元洪自然下台，由冯国璋代理大总统。
过去总统是南方人，总理是北方人，所以总搞不好，现在总统、总理都是北方的了，事情果然好办了。8月14日，对德宣战案以总统令顺利发布。然而，好景不长，冯、段之间的分歧日益明显，虎犬之间开始斗法。
问题就出在段祺瑞的武力统一上，段祺瑞主张对西南用兵，实行武力统一，冯国璋断然反对。
袁世凯死后，北洋系统分化为三块：以段祺瑞为首的皖系，以冯国璋为首的直系和以张作霖为首的奉系。张作霖远在东北，一时与中原无争，而冯、段二人为了谁执牛耳互相争斗，耳不相让。段祺瑞的武力统一是有其打算的，想借机扩大皖系力量，既消灭南方异己，又打击直系势力。冯国璋明白这点，自然反对对西南动用武力。
正当总统和总理陷入僵局之际，“长江三督”李纯、陈光远、王占元突然通电主和，掀起了驱段倒阁的先声，接着，靠近直系的湘南各军总司令王汝贤、副司令范国璋也联名通电停战，给段祺瑞杀了个回马枪！段祺瑞腹背受敌，只得暂避风头，1917年11月15日提出辞呈。
段祺瑞以退为进，冯国璋的日子也不好过。首先，他居然找不着一个能继任段祺瑞的人。其次，直隶督军曹锟突然摇身一变，成为主战的急先锋。曹锟态度骤变据说是由于徐树铮许诺给他一个看得见，摸不着的副总统职位。事情到了这个地步，冯国璋只得被迫下了对西南的讨伐令。一比一，段祺瑞和冯国璋前两个回合打了个平手。
然而，讨伐令刚发布10天，冯国璋又宣布停战。因为，长江三督和冯玉祥坚决反对“讨伐”，并且不让南下的部队通过防区，如果硬要通过，北洋内部就会大动干戈。何况，布贩子出身的曹锟这时又打起了冯国璋的牌，表示不反对停战。在北洋内部主战和主和两派互相争吵之际，南方提出了五个停战条件，首要的一条是召集旧国会。这样，冯国璋又陷入了困境，和又和不了，战又是死路，左右为难。冯国璋决定三十六计，走为上，溜回南京是最后的办法。
1月26日晚，冯国璋以南下巡阅军队为由，乘专车离开天津。殊不知段祺瑞已经断了他的退路，倪嗣冲在蚌埠以保护安全为由截住了冯国璋，冯国璋只好调头回北京。在段祺瑞的强大压力下，1月30日，冯国璋被迫再次下达了对西南的讨伐令。这时在湖南前线，北洋军连连取得胜利，冯国璋只好通电辞职。在冯国璋辞职的第三天，即3月9日，内阁总理王士珍挂冠而走，避往天津。
既然冯国璋已无能为力，那么何不让他再做几天总统？于是在段祺瑞的授意下，各省主战派纷纷来电挽留冯国璋，同时要求段祺瑞出山。3月23日，段祺瑞出山就任内阁总理。这位下野四个月零几天的北洋之虎终于压倒了北洋之狗，再次荣登总理宝座，威加海内，势力极盛。4月20日段祺瑞南下犒师，亲临汉口，规定总理车队经过时，临街商铺、居民住宅一律关门闭窗。一家外国报纸说：“这是民国以来从未有过的事情”，比大清国的钦差要威风得多！
段祺瑞重新上台，冯国璋已无用处，于是决定“合法驱冯”。冯国璋的总统任期是10月10日届满，到时通过合法的手段把他选掉。最终，冯国璋让位于徐世昌，回到直隶河间老家，从此不问政事。
其实，在冯国璋下台之前，段祺瑞已经辞职下野。这次辞职，逼迫他的不是别人，乃是小字辈吴佩孚。
吴佩孚是曹锟手下的一号大将，毕业于保定陆军速成学堂，属于段祺瑞的学生。吴佩孚此人多谋善断，他劝曹锟在段祺瑞和冯国璋之间大耍两面手法，先是主战，而后又倒戈一击主和，使段祺瑞的整个部署全被打乱，雪上加霜，段祺瑞向日本秘密借款的事又被揭露出来，国内群情哗然，西方列强纷纷出面施压。为厂摆脱窘境，段祺瑞再次以退为进，通电厂野。
段祺瑞辞了职，徐世昌当了总统，然而内阁全是段祺瑞的人，段祺瑞依然是一手遮天，把持着北京政府。
冯国璋死后，曹锟、吴佩孚成为直系领袖与段祺瑞对抗，尤其是吴佩孚，宛然雏凤清于老凤声的姿态，不甘段祺瑞把持中央政权，与张作霖秘密联络，决定反皖倒段。
1920年7月，酝酿已久的直皖战争爆发了。战争开始前，段祺瑞充满信心，他认为张作霖向来与曹锟不和，也曾当面保证严守中立，这样，自己已无后患之忧。剩下直、皖单独较量，皖军无论在数量、质量上都高出一筹，段祺瑞白以为胜券在握。
然而事情大出段祺瑞意料，首先，张作霖根本不是严守中立；其次，前线皖军虽然初战告捷，但不久西路皖军全线溃败，段祺瑞失败已成定局。
7月19日，段公馆一片愁云，左右随从力劝段祺瑞离开北京，段祺瑞暴跳如雷，喊道：“要走你们走！我不走，我倒要看看他们能把我怎么样！”
曹锟、吴佩孚自然不敢怎么样，曹锟和张作霖还派人去段府慰问，吴佩孚也亲自登门，口口声声以“老帅”相称。
1921年4月14日，张作霖挥师入关，第一次直奉战争爆发，结果奉军大败，连张学良也挂了彩，不得不退到关外。
吴佩孚在战胜了皖系和奉系后，控制了北京政权，也重弹“武力统一”的老调，从而引起了西南军阀的不满。这样，直系成为众矢之的，1921年，为了打倒直系军阀，孙中山联络段祺瑞、张作霖形成“反直三角同盟”。
曹锟和吴佩孚也意识到危机，决定拉拢段祺瑞，瓦解三角同盟。他们不仅撤销了对徐树铮及安福系要人的通缉令，而且直接派人拜谒段祺瑞，表示负荆请罪。1924年3月13日，段祺瑞六十寿辰，在曹馄、吴佩孚的鼓动下，直系将领不顾段祺瑞公开拒绝祝寿，蜂拥而至，献礼祝贺。
1924年9月4日，张作霖调集东三省的所有兵力20余万，分三路大军入关，第二次直奉战争爆发。这次战争在北洋军的内战史上是空前的，双方出动的兵力约达50余万。战斗一开始，直系便处于劣势，在这紧要关头，直系第三军指挥冯玉祥突然倒戈，发动北京政变，囚禁贿选总统曹锟，赶清废帝溥仪出紫禁城，给吴佩孚以致命打击。