乾隆去世后，嘉庆皇帝以迅雷不及掩耳之势，把一代奸雄和珅判处了死刑，立刻引起了朝野的极大震动，掀起了清算和珅及其死党的热潮。那些久被和珅压制、深受其迫害的满汉官员们，终于有了扬眉吐气的机会，纷纷上书，揭露和珅的罪行，参劾和珅的余党。
这时纪晓岚也接连上了两道奏折：一是奏请开复已故御史曹锡宝；一是奏请开复原任内阁学士尹壮图。曹锡宝当年曾参奏和绅家奴刘全倚仗和珅的势力招摇撞骗、逾制营建房舍，被乾隆怀疑为他是受了纪晓岚的指使，意在攻击和珅，以参劾不实的罪名革职，过了一年多，在乾隆五十七年的正月，含冤抱恨、抑郁而终。
当时，纪晓岚看皇上有意拿自己开刀，不但在曹锡宝被革职时不敢说话，就是乾隆活着，他也不敢再提这件事，只是在《题曹剑亭绿波花雾图》诗中(曹锡宝号剑亭)，隐秘地抒发了对曹锡宝不幸遭遇的同情。其诗云：
(一)
醉携红袖泛春江，人面桃花照影双。
名士风流真放达，兰舟不着碧纱窗。
(二)
洒落襟怀坏禀身，闲情偶付梦游春。
如何乐府传桃，只赋罗裙打动人。
现在搬倒了和珅，查抄了刘全。查实刘全的家产竟多达二十余万，完全证实了曹锡宝当年的参奏。曹锡宝被革职问罪，当然是一桩冤案。嘉庆看过纪晓岚等人的奏请，当即在正月内下了诏谕，为曹锡宝平反昭雪。对于尹壮图的冤案，皇上也在同一天降下谕旨：令其即行来京，候旨擢用。
两月之后，尹壮图回到了北京，立即到纪晓岚府上拜望。
纪晓岚治宴款待，尹壮图感激不已，连声道谢，转而谈到和珅等人，尹壮图感慨地说：“和珅专权二十余年，内外诸臣，无不趋走，惟老宗师和大学士王杰大人、刘墉大人，及朱珪大人铁保大人、玉保大人，终不曾依附，刚正不屈，壮图视为楷模。壮图蒙宗师垂爱，奏请皇上召弟子回京师。壮图复出以后，定不负老宗师栽培之恩。”纪晓岚听了，语重心长地说：“楚珍啊！此言尚欠思虑。虽然圣上处治了和珅、福康安等，颇有彻底整顿吏治的雄心，但和珅在位之时，广结党徒，这上上下下，有了几个人与和珅没有点儿瓜葛？常言说法不治众。事情究竟落到何等地步，尚属难料。万万不可再鲁莽行事，要看风使舵，顺水行船啊！”尹壮图听着纪晓岚的话，连连点头。
嘉庆皇帝处死和珅的果敢之举，一方面使许多贪赃枉法的官吏，尤其是和珅的内外党羽不寒而栗；另一方面，又激励着那些刚直忠正的官员，大胆地上疏言政，清算和珅等人的罪行。尹壮图回京之初，深深地受到这种气氛的激励和感染，情绪激昂，又上疏奏请嘉庆皇上，清查各省陈规，铲除贪官污吏。奏折言词恳切，忠正之心不泯，报国之情可嘉。
嘉庆看了尹壮图的奏请，降下一道谕旨，认为：各省陈规只可将来次第整顿，不能概行革除。尹壮图的一颗火热的心，这回变得冰凉了，又将心中的积愤，去向纪晓岚诉说。纪晓岚听完劝道：“你上疏陈奏诸事，皇上自然会设法治理。你上疏言谏，忠勤可嘉，但我看皇上对敢言之臣，未必实有重用之意，你可要谨慎从事啊！”尹壮图无言答对。纪晓岚又接着问道：“皇上将任你何职，吏部有无消息？”
“尚无消息。”
“好吧。待我向吏部尚书朱珪大人探听一下。”
第二天早朝以后，纪晓岚找到吏部尚书朱珪，悄悄地向他询问。
朱珪与纪晓岚同一年中举，第二年就成了进士，比纪晓岚早两科。他曾为嘉庆皇帝讲授古文、古体诗，是嘉庆皇帝的老师。
嘉庆继位后，对朱珪崇遇颇隆，已擢升他为大学士兼吏部尚书。
纪晓岚与朱珪的兄长朱筠，是乾隆甲戌同年，两人交谊很深，后来由于朱筠的缘故，与朱珪也成了莫逆之交。
朱珪清楚，纪晓岚不爱管此类闲事，如今见他探询，定是因与尹壮图友谊深厚，便告诉他说：“据闻皇上有意擢用尹学士，但尹学士几番上疏，直陈弊政，一矢中的，妨碍了很多人，恐怕开复原职之后，复又挑起事端。再说皇上对和珅党徒的处治，已渐露宽宥之情，看来尹学士的事不太好讲啊！”纪晓岚听了朱珪的话，点头赞同。回到本部衙门，纪晓岚即接到皇帝降下的一道通谕，其中说道：“朕所以重治和珅罪者，实为贻误军国事务，而种种贪黩营私，犹其罪之小者。是以立即办理，刻不容待，初不肯别有株连，惟其儆戒将来，不复追咎既往，凡大小臣士，毋庸心存疑惧。”通谕一下，那些因与和珅有牵连而心存疑惧、惶惶不可终日的贪黩营私的大小臣工，立刻吃了一颗定心丸，纷纷恭谢圣恩，恢复了往昔的“平静”。就连嘉庆在宣布和珅二十大罪状的上谕中点到的吴省兰、李潢等人，也没有治罪。纪晓岚、刘石庵、刘权之、董诰、王杰、朱珪等人心中愤愤难平，但谁也不敢说话。他们谁也不清楚嘉庆皇帝的葫芦里到底装的什么药。
时过不久，翰林洪亮吉当了问路的石头。洪亮吉投书成亲王等处，指斥嘉庆帝视朝稍晏，恐有“俳优近习，荧惑圣听”，又论和珅之党羽不问，大臣之有罪释放不当。这下惹恼了皇上，嘉庆露出了庐山真面目，谕令军机大臣会同刑部讯问洪亮吉。军机处拟以大不敬罪处斩，嘉庆降谕从宽免死，发戍伊犁。
纪晓岚与洪亮吉也是相知甚深的朋友。乾隆甲辰年，六十一岁的纪晓岚充任会试副考官，洪亮吉这年应札部会试。洪亮吉的房师祥庆做事有个拖拖拉拉的毛病，他这一房的试卷阅完得最迟，并且将三场的试卷都压到最后才报送主考官和副考官。纪晓岚看了洪亮吉的试卷，极其欣赏，非要把他放在第一名。但这时整科录取的名次已基本排定，一动将全动，同考官们也不太满意，这就出了麻烦。内监试郑澄坚决反对，他提出洪亮吉的试卷阅完得最迟，现在要取为第一名，里边可能会有什么问题，坚持要把洪亮吉移到第四十名。纪晓岚执以己见，不肯依从。于是，两人争执起来，越争越气，越吵越凶，最后竟至詈言出口，互骂起来。纪晓岚是何等厉害，把郑澄骂了个狗血喷头，十分难堪。
闹得正考官蔡新、德保也不好解决。后来还是副考官胡高望调停此事，干脆将洪亮吉除了名，才将这事平息下来。纪晓岚气愤难平，在洪亮吉的试卷尾部，题下了六首《惜春词》。出榜后，纪晓岚顾不得回家，首先到洪亮吉的寓所造访，诉说心中不弃，使洪亮吉极为感激。下科会试，洪亮吉中了进士，入了翰林院，与纪晓岚往来不断，成为挚友。
洪亮吉这次被发配从军，纪晓岚自然替他愤愤不平，但又不敢在专制的嘉庆皇上面前奏谏，只是眼巴巴地看着洪亮吉被发往西域。
这次纪晓岚明白了：嘉庆皇帝与他父亲乾隆一样听不得忠言。他制了连环砚铭告诫自己：连环可解，我不敢；知不可解者，以不解解之。其实，在当时形势下，嘉庆皇帝宽赦和珅党徒的策略，可以说是正确的、明智的。因为当时的社会危机、官僚制度的腐败，已经病入膏肓。乾隆末年，白莲教起义从四川、湖北、陕西到安徽、河南、直隶，彼伏此起，声势越来越大，乾隆皇帝就是在这声势浩大的农民起义的呐喊声中毙命的。嘉庆要维持处在风雨飘摇中的统治秩序，哪里还敢大加株连，向“大小臣工”开刀呢？如果说和珅是一个恶性肿瘤，那么内内外外、大大小小的贪婪营私的官吏，就是已经扩散的毒垒了，遍体皆是，已经是防不胜防，治不胜治了。
四月，嘉庆降下上谕，给了尹壮图一个给事中的虚衔，并命他请假回籍。尹壮图愤懑难平自不用说，纪晓岚虽然失望，但也没有超乎他的预料：嘉庆皇帝哪里会起用尹壮图这样耿直迂钝的人呢？但纪晓岚认为可十足玩味的，是皇帝上谕中的话：“前因原任内阁学士尹壮图曾奏各省仓库多有亏缺，经派令庆成带同尹壮图前赴近省盘查，各督抚等冀图蒙蔽，多系设法弥缝掩饰，遂至尹壮图以陈奏不实降调回籍，此皆朕所深知。且礼部尚书纪昀等人奏请开复，是以降旨令其驰驿来京，另候擢用。今尹壮图到京，具呈谢恩。据军机王大臣面奏，尹壮图现有老母年逾八十等语。尹壮图籍隶云南，距京师较远，既难迎养，若着留京师供职，则母子万里暌违，朕心实有所不忍。尹壮图以前尚属敢言，着加恩赏给给事中衔，仍令驰释回籍侍母，他年再候旨来京供职。”纪晓岚不会忘记，八年前尹壮图被以莠言乱政、诬官诬民诬皇上的罪名治罪，多亏自己冒死苦谏乾隆，并被皇上污辱了一番，才救下他一条性命。但乾隆还是以不孝的罪名大加谴责，施以压力，迫使尹壮图不得不请假回了原籍云南。
今天，嘉庆皇帝只给了尹壮图一个给事中的空衔，又匆匆地将他打发回去，而名义上却是不忍母子万里暌违。一个是词严色厉的责斥，一个是仁慈为怀的同情，但不同样是以孝母为口实，谪而不用吗？尹壮图这次离京城，将永远不会再有任用的机会。
纪晓岚越想越气，心中愤懑难平，但这次再也不敢上疏皇帝了，只好叹息着为尹壮图送别。
这天，尹壮图来到阅微草堂辞别，最后一次拜望对他恩深似海、生死难忘的老宗师纪晓岚。在给纪晓岚叩头时，六十一岁的尹壮图禁不住潸然泪下。纪晓岚将尹壮图扶起来，两人相对无言，沉默良久。后来，纪晓岚从九十九砚斋里找出一方古砚，对尹壮图说：“我都知道了。你此次一回云南，难想何日再入京城。我已是七十六岁的人了，恐怕今日一别，将成永诀。我没有什么可送你的，这方古砚，是宋时的旧物，我珍藏了多年，刘石庵几次向我索要，我也没舍得放手。这次送给你吧，作为留别的纪念。”尹壮图站起接过砚池，看是一方下岩石砚，上面布满了漩涡状的小孔，弥足珍贵，砚的侧面刻着纪晓岚制的砚铭：“石出盘涡，阅岁孔多。刚不露骨，柔足任磨。此为内介而外和。晓岚铭。”“多谢老宗师厚爱，学生愧领了。”尹壮图眼里含着泪说，“只是学生还有一事相求，不知老宗师肯否答应？”“答应，答应。何事你尽管说。”纪晓岚让尹壮图坐下说话。
“学生今日拜访老宗师，一来向您辞别，二来为家母乞请寿序。今年中秋节后，是家母八十寿辰。学生来京之时，即有请序之意，几番来访，未曾出口。事到这步田地，学生也不愿多留京城，乞请宗师写好寿序，学生离京之时，一并带走。有劳宗师大驾，学生此生感恩至深，三生图报！”说着，尹壮图又站起来向纪晓岚跪了下去。
“不必多礼，不必多礼。”不知纪晓岚是惋惜尹壮图之才不能施展，还是因从此一别恐无相逢之日而悲伤，语言竟有些失去伦次。他接着说：“好，好！我现在就写，今天你就可以带着。”纪晓岚说着，一边摸摸头发脱落殆尽的光头，一边让人拿出文房四宝。他略作思索，展纸挥毫写了起来。那序文是：
尹太夫人八十寿序
内阁学士尹君楚珍改官礼曹，高宗纯皇帝恩许归养，盖太夫人年已七十余矣。嘉庆四年，诏征至京师，俾条论时政，仍以太夫人年高，加给事中衔，俾归终养。且特赐折匣，许由启奏事，一时士大夫以为荣。尹君濒行，特过余邸，云：辛酉某月，太夫人八十，乞余文为寿。余文何足重太夫人？顾余与尹君先德松林舍人为甲戌同年，同入词馆，又同以朴拙相得；尹君继入词馆，松林又时使以所作诗赋就余商榷。故朝绅之内知其家事者，莫如余。使祝嘏属他人操笔，不过推原母教，概以丸熊故事，称太夫人贤而已，不能得其实也。即以尹君漟直，足以显亲扬名为太夫人庆，亦未尽得其实也。然则，太夫人居心行事，卓然与古人争光者，非余缕述，世弗能知，余固弗得辞也。盖尹君之初遘外艰也，奉太夫人归故里，服阙以后，即拟请终养。太夫人曰：汝父世受圣恩，是不可不报。以我老耶？我固健；以路远耶？我身自往来亦三四月可到，非必不能往返也。尹君俯首不敢答，然终不治行李。太夫人督促再三，则跽出一简曰：服官以来，窃见外吏所为有不惬于私心者，出而不言，此心耿耿，终不安；言则书生一隅之见，未必悉当于世务，或转为太夫人忧，故宁不出也。太夫人方据几坐，索视其稿，振衣起立曰：儿能上此，即受祸，吾无憾，虽并我受祸亦无憾。儿行矣，自今以往，尔置我度外，我亦置尔度外，均无不可矣。尹君之毅然抗疏，盖由于此。士大夫间有窃惜尹君不为太夫人者，是乌知尹君，又乌知太夫人哉！
今太夫人耳目聪明，康强不衰，上受格外之恩荣，下受南陔之孝养，殆以闺壶之身，而有士君子之行，以德邀福，固其理耶。抑尝闻晋人之言曰：廉颇、蔺相如虽死，千载下奕奕有生气；曹蜍、李志虽健在，奄奄如泉下人。然则人之寿与不寿，不在年岁之修短，叔孙豹所谓三不朽也。太夫人之寿永矣，岂复与寻常寿母较年之大小哉！
余今老矣，叨列六卿，久无建白，平生恒内愧。尹君今为太夫人祝，追忆旧闻又深愧于太夫人。虽不知太夫人视余何如，或以此序据实成文，差胜于泛泛颂祝，徒以期颐富贵相期者，不弃其言，为欣然进一觞，亦未可知也。
尹壮图看过序文，面露喜悦之色，感激地说道：“楚珍心事，尽知于吾师。作此序者，非吾师不复能为！”确实，这篇寿序，颇有弦外之音，与其说是盛赞尹氏母子卓然与古人争光的节操，毋宁说是对乾嘉父子虚伪面目的讽刺。而且文章不露声色，愤懑之情尽在不言之中，让人毫无瑕疵可挑。不难看出，乾隆、嘉庆二帝放着尹壮图这样忠正的大臣不用，非此而他求，那国之弊政何日可除？和珅党羽逍遥法外，依旧鱼肉百姓，官逼民反，何以求得天下太平？纪晓岚“平生恒内愧”的叹息，正是这个老于世故的“观弈道人”的清醒呐喊，是“知不可解，以不解解之”的处世哲学的反映。
五月十三日，王公大臣等来到观德殿殡所，敬谒高宗乾隆的梓宫，进香行祭。祭礼行完，读祭文官奉祭文从殿内走出，一位郎中持画龙烛前导而行，十七王子以下哭而随之，跟在后面的是一帮号哭的大臣，其中哭得最厉害的，是礼部尚书纪晓岚和侍郎多永武，两人相顾掩泣，涕泪滂沱，号啕不止。
最后，纪晓岚被人搀扶着哭出观德殿，在回高宗实录馆的路上，仍然像小孩一样啜泣着。
早在当年的二月，纪晓岚就已受命担任高宗实录馆副总裁，开始了《高宗实录》的编写，到这时已历时三个多月，浏览过高宗乾隆一生的全部历史记录。以他的学识和眼光对乾隆进行研究，当然比其他人要全面、深刻，再加上他的亲身体会，更在他心中形成了独到的评价。他的哭灵表现，在人们看来是正常而又自然的，毫无做作之感，更无哗众取宠之意。
《高宗实录》告毕进呈御览，已是一年之后的事了。纪晓岚于《高宗实录》倾注了大量心血。他的功劳，实录馆无一人可比。实录馆的公众合议，奏请嘉庆皇上，为副总裁纪昀议叙。
议叙是清朝官吏的一项管理制度，在考核官吏之后，对成绩优良者给以议叙，以示奖励。议叙的方法有两种：一是加级，一是记录。纪晓岚劳苦功高，理当议叙。
可这时有人眼红了，认为皇上对纪晓岚已经够优厚的了，于是从中作梗，向皇上奏言，说为纪晓岚议叙将有过优之嫌，众臣难以服气。