朝鲜使者评价纪昀等说：“朝臣中，一辞公论，刚文正直推刘墉，风流儒雅推纪昀。而墉则见其为人视下而步徐，一入班行，位着为之肃然。去年传禅时，临当受贺，高皇帝不肯与大宝，则墉止贺曰：古今安有无大宝之天子？遂即入奏高宗曰：陛下不能无系恋天位之心，则传禅可已，传禅而不与大宝，则天下闻之，谓陛下何如？半日力争，卒得大宝而出，始行贺礼。故今皇帝以定册元老待之。昀则近以中原学术，类皆以声律书画为粉饰涂泽之具，而稍进于是者，不过丛书小品之博洽而已。今行购求时，当世所称藏书名儒，多与之往复质问，则自内阁书下之书目间，或不辨其何等义例，何人编刻，而独昀一人取诸腹笥，年经月纬，始终源流，洞如烛照。所着古文，本之以经术，绳之以检押，纯正优余，无愧为当世名家。”(《朝鲜李朝实录中的中国史料》第12册，第5004页。)
嘉庆五年庚申1800年
四月，云南倮黑起事经年，至是败降。因贵州发生红案陋规案，禁贵州学政收红案陋规。
五月，因浙江海盗蔡牵势力不断增大，命浙江截堵蔡牵等。
六月，四川总督魁伦以贻误军机被赐死。
是年，纪晓岚仍在礼部尚书任上。汪德钺曾就属吏见长官半跪问题上书礼部尚书纪昀要求废除此制，其中谈到刘墉：“老夫子大人钧座：窃闻刘冢宰(墉)之掌吏部也，与属相见，复旧制惟长揖而已，德钺闻而庆之。夫跪拜细事耳，而所关甚巨。自古宗社之巩固，由士大夫之有气节。气节之能植，由士大夫之识廉耻。廉耻何谓？不苞苴馈饷以营利达，不胁肩谄笑以羞妻妾而已矣。今刘冢宰既已复之于吏部，吾师独不可复之于礼部乎？大抵属吏之于长贰，苟非丧心病狂，谁敢侮倨？故不患其不能屈，患其屈而习为脂韦，流为苟贱，此则君子之所隐忧也……”(《四一居士文钞》卷三《上大宗伯纪晓岚师书》)。
嘉庆六年辛酉1801年
正月至八月，白莲教起义军遭受重大损失，首领张世龙、徐万富、王士虎、高三、马五、张允寿、徐天德、王镇贤、冉天四、冉学胜或战死，或被俘。十一月，洋盗陈天保率部投降，缴呈安南所给总兵印敕。因攻白莲教军事活动已近尾声，令筹划安插乡勇事宜。
是年，纪晓岚仍在礼部尚书任上。
嘉庆七年壬戌1802年
二月，云南维西彝人及僳僳人联合起事，闰二月失败。
三月，白莲教首领张天伦、魏学盛、龚其尧战死，老教师李世汉等被俘。申禁州县征收漕粮私行拆色，谕曰：“各省征收漕粮禁止折色，定例綦严，朕亲政以来，于漕务事宜大加整顿，期积弊渐就肃清。乃近闻有漕省分，尚不免有浮收及得受漕规者，是积习仍未悛改。并闻各州县往往于开仓时逾额浮收，迨米数既足，遂私行折色，竟公然设局定价。并有于开仓之始即先行折色，虚报满廒，自用贱价买补，于兑粮时兼有折色之弊，劣衿刁民之把持，皆由此而起，其受累者惟在安分贫民”云云。(《实录》卷九十六)
七月，嘉庆帝秋狝木兰，驻避暑山庄。
八月，安南阮福映政权入贡，解送阮光缵等所委总兵等广东洋盗三人入京。定巡查中俄边界卡伦制度。广东天地会在博罗等地起事反清，重创清军。十月，禁番役子孙出仕应试。十二月，以白莲教起义军基本溃灭，清廷对镇压白莲教有关人员大行封赏。安南请“南越”封号，清廷以其包会甚广，改封越南国。是年，纪晓岚仍在礼部尚书任上。四月会试，充正考官，有《壬戌会试录序》。
嘉庆八年癸亥1803年
二月，有陈德顺贞门行刺嘉庆事件，纪晓岚参与会审。陈德后被处死。
是年，纪晓岚仍在礼部尚书任上。六月十五日，纪晓岚八十生辰，嘉庆皇帝特命上驷院卿常贵颁赐珍品，纪晓岚有谢恩折子。并署理兵部尚书。教习庶吉士。七月，因办理孝淑皇后奉安典礼，纪晓岚被革去兵部尚书、文渊阁直阁事、教习庶吉士，仍带革职留任，八年无过，方准开复。十月，免于处分。
曾为刘墉临王右军帖书作记：“石庵今年八十四，余今岁亦八十，相交之久，无如我二人者。余不能书，而嘉闻石庵论书……诗文晚境多颓唐，书画则晚境多高妙。倪迂写竹似芦，石庵翁题咏之笔每侵画位，脱略畦封，独以神运，天机所触。别趣横生，几乎不自觉也……盖其始点画规矩，余见之；久而拟议变化，摆脱蹊径，余亦见之。今则手与笔忘，心与手忘，虽石庵不自知亦不能自言矣。此所临摹为寄焉耳，勿以似不似求之。”(《纪晓岚文集》卷十一)
刘墉曾赠纪昀古砚：“送上古砚一方，领取韩稿一部。砚乃朴茂沉郁之格，譬之文格，为如此也。晓岚四兄大人。弟墉拜呈。”纪昀记曰：“石庵以此砚见赠，左侧有‘鹤山’字，是宋人故物矣。然余颇疑其伪托。石庵曰：‘专诸巷所依托，不过苏黄米蔡数家耳。彼乌知宋有魏了翁哉？’是或一说矣。”另，纪昀有铭及刘墉书论：“石庵论砚贵坚老，听涛论砚贵柔腻，两派交争，各立门户。余则谓其互有得失，均未可全非。此砚即之所取，亦乌可竟斥耶？”(《阅微草堂砚谱》)
嘉庆九年甲子1804年
是年，纪晓岚仍在礼部尚书任上。二月，嘉庆因高宗乾隆旧绪，临幸翰林院赐宴赋诗，纪晓岚与宴。
镮之另赠纪昀砚一方，纪昀记曰：“刘信芳督学江苏，以此砚留余。自文正公以来，世进八法，故其家古砚至多，此尚非其至佳者，然较市侩持，公则相去远矣。”纪昀又一砚铭称：“《丽人行》有‘肌理细腻骨肉均’句，余谓可移以品砚。石庵论砚端尚骨；听涛、冶亭端尚肉。余皆谓然，亦皆谓不然。”另一砚铭：“冶亭尝言：石砚论砚赏坚志。殆为子孙数百年记。余则谓嫩石细滢，用之最适。钝则另换，有何不可乎？此语亦殊有理，因书于荣阁公赠弟二砚背。”
五月初，刘墉赠纪昀砚一方，纪昀铭之：“余与石庵皆好蓄砚，每互相赠送，亦互相攘夺，虽至爱不能割，然彼此均恬不为意也。太平卿相，不以声色货利相矜，而惟以此事为笑乐，殆亦后来之佳话欤。”
是年，次子汝传擢升滇南知州，孙树馨升刑部陕西司郎中，纪晓岚有谢恩折子。
嘉庆十年乙丑1805年
正月二十六日，以礼部尚书、协办大学士，加太子少保，管理国子监事。二月四日，与新任大学士朱珪联骑入内阁，同上翰林院中堂任。二月十日病，十四日卒。嘉庆皇帝派散秩大臣德通带领侍卫十人前往奠茶酒，赏赐白银五百两治丧，谥文达，并御制祭文、碑文。《恩纶》说：
嘉庆十年二月十五日谕曰：协办大学士、礼部尚书纪昀，学问淹通。办理四库全书，始终其事，十有余年，甚为出力。由翰林洊历正卿，服官五十余载…遽闻溘逝，深为轸惜。
《御祭文》说：
纪昀禀性渊通，立身醇谨。居藩国传经之地，业富缣缃；入崇台市骏之场，群空骊骆。銮坡载笔，是云克称其官；黼扆书名，幸见能殚厥职。才程山右，登唐魏之民风；学董闽中，衍游杨之道脉。备从臣而格跻常调，转储隶而品擢清班。唯铜龙资审谕之才，斯竹马寝承宣之命。雁衔绶带。宠贲仪章；凤刷羽毛，荣留钦瞻。迨获谴而鄣乘玉塞，复承恩而诏待金门。嘉其综括之多能，弃以校雠之专责。尔则潜心考索，锐意钩稽。能探濠上之五车，不数河东之三箧。银根勘误，玉格搜奇。大典编成，削稿溯昭阳之岁；全书表进，胪函志元默之年。集排总目以精详，簿续中经而赅洽。佐天文之成化，千万祀无此巨观；颂圣主之德贤，一二臣有兹盛遇。以此恭勤之茂实，宜邀优渥之殊施。由端尹而进直鸾台，自贰卿而总司乌府。威生白简，西垣夸五入之荣；度着青仪，南省懋再迁之绩。上明光而曳履，入建礼以鸣驺。桃李真属之春官，甲兵亦修夫夏职。金绳衍策，载襄《尧典》之粤稽；玉检披华，重纪《周官》之董正。经猷益裕，资望兼隆。属以调鼎需贤，卜瓯进秩；方赖元勋之平格，用资朝列之楷模，何拜命之甫旬，竟颓龄之莫驻…
《御制碑文》说：
尔原任太子少保、协办大学士、礼部尚书纪昀，稽古淹通，致身靖献。求维实是，河间家有藏书；举辄先登，日下名无虚士。阶基清贯，班历华资。遂荷先帝特达之知，独蒙学问素优之誉。一麾出守，剧任恐掩佳才；四品加衔，殊恩特邀破格。嗣瑶华之远贡，正玉局之宏开；美富罗四库之储，编摩出一人之手。红梨照院，校雠夜逮于丙丁；青镂濡毫，品第月呈其甲乙。遍搜浩博，只字刊讹；别采菁华，片言扼要。似此集成今古，备册府之大文；皆其宣力始终，尽儒臣之能事。洊叨异数。侪懋赏于内廷；不囿常资，预升庸于上列。讲帷甫侍，端尹旋跻。俄待制于西班，纶敷丹阏；继襄猷于南省，绶绾金章。乌屠提纲，俨威核以持霜简；青云晋秩，领俊采而直冰厅。凡国家典礼攸行，胥宗伯直清是矢。有嘉谟足资辰告，住称大仪；虽硕学难折辛卿，望孚佥议。屡可文柄，三典春官，鉴秉虚公，市近而门如水；体崇雅正，耄及而眼无花……