袁世凯如愿以偿地解除了黎元洪的兵权，即便黎元洪是一头斑斓猛虎，此刻也已是虎入袁氏牢笼之中。毕竟黎元洪曾经鼎力相助过自己，不能简单地和那些革命党人相提并论。因此袁世凯一面削去黎元洪的实权，一面尽量在其他方面对黎元洪优容有加，算是一种补偿。例如，黎元洪全家在瀛台的一切开销都由袁世凯的总统府支付。此外，袁世凯还规定副总统月俸一万元，每月公费二万元，黎元洪所兼任的参谋总长和后来的参政院长的薪水另计，另外还有不计其数的其他额外收入。
黎元洪的家眷进京之后，袁世凯为了示好黎元洪，不仅自己每天晚饭后都约黎元洪出来边散步边畅谈，还让子女常来瀛台拜见黎元洪家，营造出两家亲密无间的假象。为了进一步拉近和黎元洪之间的关系，袁世凯提出两家换亲的想法：让黎元洪的长子黎绍基娶袁世凯的女儿，而黎元洪的小女儿黎绍芳嫁给袁世凯的第九个儿子袁克玖。黎元洪虽然心中对这门婚姻极不情愿，却不敢彻底驳袁世凯的面子，只得硬着头皮答应下来。黎元洪的夫人吴氏极力反对袁世凯的女儿嫁到黎元洪家，称“袁世凯的女儿要做我的媳妇，我这个婆太太吃不消”，可是又没有办法全部回绝，只能将女儿绍芳嫁给袁家，与袁世凯的第九子克玖定了亲。黎绍芳订亲时仅八岁，随着年龄的增长，越来越对自己的婚姻不满，以至于郁郁寡欢，最终发展成为精神病。1934年成婚后，她的病情日益严重，最终病死在精神病医院。
袁世凯虽然表面上对黎元洪尊崇优待，实际上对这位“首义元勋”还是严加防范。据时任陆海军大元帅统率办事处总务厅长、后任参谋次长的唐在礼回忆说：
“袁对黎元洪用了很多心血。在袁左右说黎坏话的人很多，有人说如不加防范，黎的生命可能有问题。如果出了问题，袁将有口难辩，对袁将有很大的不利。当时黎的地位名望都很高，各方面的人都想拉拢黎，这也使袁很不放心。因此袁把他安置在瀛台居住，说是为了确保他的安全。当时府里警卫严密，出进瀛台的人很有限，黎当然对于这样的‘优待’不免有些情绪。袁知道我和黎有一段渊源，就叫我去联系黎、照顾黎，并且郑重地叮嘱我，如果黎有所要求，一般的要让他十足满意，不用请示，马上给他办到。所以那时黎推荐什么人，安排个挂名差事，每月拿几百块钱。只要黎开口，提示姓名，我如接到袁的命令一样，总是当天替黎办到。除此之外，我还常到瀛台去见黎，亡妻冼友琴三天两天常在黎家。我们夫妇俩都着意安慰他，把外面的事讲给他听。同时我按着袁的命令，常常把袁对他绝无歹意的话说给他听，千万让黎放心。黎表面上似乎没有担忧的神情，但他内心难免也有些不满。这些情况，事后我都向袁汇报，因为袁令我，要勤到黎家去，事无大小都要回报。每次回报后，袁都说我办的好。有时黎要见几个湖北的老朋友，我就一一给他找到，但事后也将情况回报袁。之后，到我调部接陈宦的事时候，陈调四川将军，我病后就更常去黎处坐坐谈谈。黎不大说什么，送钱去，他总是如数照收。”
唐在礼的回忆基本上勾勒出了袁世凯对黎元洪的真实心态，实际上就是通过优厚的待遇，把黎元洪软禁起来。黎元洪也明白袁世凯的用意何在。应该说这对于黎元洪来说，是一段艰难的困居岁月。虽然过着衣食无忧的贵族生活，然而精神上的痛苦应该说太过于沉重了。黎元洪身为副总统，却每天无公可办，只能终日以散步、读书、阅报、写字消磨时日。黎元洪堪称是中华民国政坛上叱咤风云的政治家，对于一个政治家来说，没有了手中的权力，只能靠修身养性来打发时光，内心所承受的折磨可想而知。他的性格中有寻常人所不能企及的坚忍一面，可是即使如此，黎元洪在作戏给袁世凯看之余，也偶尔流露出真性情的一面。他的副官胡人俊回忆说：“胡子(黎元洪)有时写字看书，有时掩卷发悲声，我们怕他发大怒，如履薄冰，格外的小心。”
况且，除了无事可做的寂寞之外，黎元洪每日还要费尽心思地应对袁世凯。毕竟一世枭雄就在自己的身旁，深知袁世凯为人的黎元洪不得不每天过着提心吊胆的日子。袁世凯决意彻底解散国会、修改《中华民国临时约法》。以袁世凯的精明，他断然不能径直提出来。这时囚居的黎元洪被派上了用场，一份由“前兼领湖北都督黎元洪”领衔，十九省都督、民政长署名的洋洋千言的电文刊登在各家大报上，电文痛诋国会议员争权力、徇党见，置国家存亡、人民死活于不顾，立法毫无进展的种种“罪行”，为袁世凯解散国会、改造约法提供了恰到好处的舆论支持。袁世凯在黎元洪领衔通电的积极配合下，公然下令解散国会，并将残存的议员每人给资四百元，饬令回籍。袁世凯的目的达到了，而他要黎元洪所发挥的也正是这种作用。1914年6月20日，代行立法之权的参政院正式开院。七十名参政院参政全部由袁世凯任命，其中多为前清遗老遗少和袁世凯的亲信走卒。闲居的黎元洪再次被袁世凯抬出来，出任有名无实的参政院院长，为袁世凯向专制政权进发装点门面。
从1913年12月北上北京到1915年10月搬出南海瀛台，黎元洪着实度过了近两年之久的幽居岁月。后人常称黎元洪一生数度为傀儡之职，此话未免不够真实，是未能深察黎元洪的处境与他运筹帷幄的能力所致。然而，就这两年的瀛台岁月来说，南海瀛台确实是一囚禁之地，也的确使担任副总统之职的黎元洪形同傀儡。
袁世凯窃得大总统职位之后，便一步步地将得来不易的辛亥革命果实毁坏殆尽。先是宋教仁案的发生，斯人逝去，政党政治顿成镜花水月；后有“二次革命”的失败，曾经的“革命元勋”再次成了乱党。1914年，国会与《临时约法》又被袁世凯悉数践踏。这位权倾一时的枭雄把目光直接转向了复辟帝制。
此时，身为中华民国副总统的黎元洪，尚居住在有些寒意的中南海瀛台公寓里。黎元洪与袁世凯的关系可谓错综复杂，变化多端，其中所隐含的恩恩怨怨，可谓一言难尽。黎元洪曾经全力支持过袁世凯当选大总统以及镇压革命党人，黎袁两家还是联姻的亲家，袁世凯的九公子袁克玖与黎元洪的次女黎绍芬在1914年订了婚。然而，黎元洪和袁世凯之间的猜忌与隔阂始终相当深。黎元洪十分惧怕而又不得不小心谨慎地支持着袁世凯，袁世凯对黎元洪的一举一动、一言一行也格外注意，无处不提防。对于袁世凯解散国会、废除《临时约法》等举措，作为副总统的黎元洪总是洞若观火，继续其一贯的柔喑作风。对于袁世凯的其他言行，他也是深藏于心中而不肯轻吐一言。然而，当袁世凯要复辟帝制的时候，黎元洪却不愿意同流合污，明确地表示出不赞成帝制的态度。
早在黎元洪入京的时候，袁世凯曾就实行帝制之事窥探过黎元洪的底线。一次，袁世凯像是自问自答地对黎元洪说：“近来许多人要我当皇帝，亲家，你看如何？当然，这些人都是胡闹。”
黎元洪立即毫不含糊地正色答道：“革命的目的是推翻专制，建立共和。亲家，如果你做了皇帝，能对得起武昌死难的烈士吗？”
但是，畏于袁世凯的权势，黎元洪又不敢公开举起反对袁世凯称帝的旗帜，只能是消极抵制。为此，他采取了不问政事、辞退本兼各职的办法，以图从洪宪帝制的污泥浊水中抽身而退。就任参政院院长之后，黎元洪多次提出辞去参谋总长的职务等请求，可袁世凯就是不予批准。因此，采取了在其位不谋其政的策略，干脆不去办理各种事务。1915年8月，筹安会成立，在杨度等人的鼓吹下，各省进京的“公民团”越来越多，而且天天向参政院递交改共和为君主立宪的请愿书。参政院受到很大的冲击，逐渐沦为拥护袁世凯复辟帝制的人们争取和占领的阵地。黎元洪先是在参政院的演讲中申明：“此次会期，决不到院与闻立法职权范围外之事。”尔后他又拒绝出席参政院会议，最后干脆提出辞去副总统、参政院院长等职，并向袁世凯提出回湖北原籍休养的要求。袁世凯深知放黎元洪还鄂无异于纵虎归山，更何况黎元洪一旦出京，那些反对者更有了口实。所以，对黎元洪的辞呈，他一概不予批准。无奈之下，黎元洪只能将寓所从中南海瀛台搬往离袁世凯较远的东厂胡同，在家“闭目养疴”。
1915年12月11日，在一片充斥着反袁称帝与拥袁登基的嘈杂声音中，为袁世凯所控制的参政院，号称“国民总代表”，拥戴袁世凯为中华帝国的皇帝。第二天，袁世凯就在居仁堂接受百官的朝贺正式称帝。
袁世凯称帝后的第一道命令，就是册封黎元洪为“武义亲王”。“武义”二字是袁世凯亲手所定，其中暗含着“武昌首义”的典故，意在表彰黎元洪“领导”了武昌起义，推翻了清王朝，才有袁世凯今日践祚的机会。早在袁世凯的册封正式下达前数日，黎元洪就已经获知了受封的消息。可是，黎元洪并不愿意接受“武义亲王”的封号；但是又怕拒绝册封，弄不好引来杀身之祸。他身边的谋士也围绕册封问题分成两派，各抒己见。就在黎元洪颇为踌躇的时候，正巧行政院长周树模辞官出京，赴黎元洪住宅拜晤。周树模问道：“闻副总统决辞武义亲王，信乎？”黎元洪答道：“吾决不受。”
周树模进而态度恳切地劝道：“愿副总统为民国计，为鄂人计，为本身计，坚决勿受此王封。”
周树模的一番话坚定了黎元洪的拒封之心。黎元洪的个性是决策较缓，一旦决定了的事便不轻易改变。
12月15日，册封令下达之时，东厂胡同黎元洪家宅的门前可谓车水马龙，满朝的文武百官纷纷奔赴黎元洪家宅致贺。国务卿陆徵祥向黎元洪致完贺词之后，等待他的答辞。可人们万万也没有想到黎元洪竟然这样答道：“大总统虽明令发表，但鄙人决不敢接受……断不敢冒领崇封，致生无以对国家，死无以对先烈。各位致贺，实愧不敢当。”说罢，就拂袖而入内室，弄得致贺百官顿觉无趣，黯然而去。
当日下午，袁世凯又派永增军衣庄的成衣匠赴黎元洪家宅，声称要为黎元洪做亲王制服。黎元洪坚决不允，并说：“我非亲王，何需制服？”随即，黎元洪命副秘书长瞿瀛拟定了辞武义亲王的信函。
册封黎元洪的匣卷被退回之后，袁世凯并不死心。12月19日，袁世凯重新颁布，册令，派大礼官和步军统领江朝宗同赴黎元洪家宅。江朝宗手捧诏令，在黎元洪家宅堂前三跪九叩之后，双膝着地，双手举诏大呼：“请王爷受封。”黎元洪在内宅深居不出，江朝宗便长跪地不起。双方僵持了好长一段时间，黎元洪不禁大怒，从内宅直奔堂前，用手指着江朝宗大骂道：“江朝宗，你哪里这样不要脸？快滚出去！”江朝宗仍然直挺着身子跪着，双手捧诏大呼“请王爷受封”。黎元洪怒喝左右把江朝宗拖出去，于是，他的手下将江朝宗拖出黎府。
两次册封不成，虽然使得袁世凯大为不快，但是却没有从根本上动摇袁世凯的册封决心。袁世凯知道黎元洪受封对自己称帝是大有帮助的。因而，他一面继续派人劝黎元洪接受王爵，一面不断变换手法迫使黎元洪就范。册封令颁布之后，政事堂呈送公文至黎元洪家宅，公文的封套上赫然写着“武义亲王开拆”字样。黎元洪见后大怒，训斥了一下收发人员说：“我非武义亲王，岂能收受武义亲王的公文！”他态度十分坚决地命令文员退还公文。袁世凯的次子袁克文亲送金匾“武义亲王”到黎元洪家宅，并称“尊父命给大叔道喜”，同样为黎元洪所婉拒。时值岁末，黎袁两家本是亲家，双方互赠礼品是人之常情。袁家送黎家的礼物，上面特用红帖书“赏武义亲王”字样，黎元洪还是拒不接受。后来交通系的首领梁士诒奉袁世凯的命令来劝说，黎元洪先是避而不见，后来实在迫不得已出来相见时，也是没等说客梁士诒讲完，就用手指着厅中的一根石柱发誓说：“如果你们再逼我，我就撞死在这！”梁士诒等人只好讪讪而退。
黎元洪坚决拒封的态度让袁世凯也感到有些黔驴技穷，无计可施。双方就这样僵持着，一直到袁世凯随着帝制迷梦一起死去。黎元洪用不屈不挠的行动，扞卫了自己的理想，避免了千夫所指的命运，维护了共和功臣的荣誉。
袁世凯复辟帝制的倒行逆施，可谓一石激起千层浪。原本拥袁的梁启超发表了着名的《异哉所谓国体问题者》，公开举起反对袁世凯复辟帝制的大旗。梁启超的学生蔡锷，在从北京成功出逃之后，辗转回到云南，吹响了护国战争的第一声号角，一时间响应者众多。
伴随革命形势的愈演愈烈，袁世凯也变得众叛亲离。当听到向来宠信的陈宦也高举易帜大旗的时候，袁世凯急怒攻心，竟然晕了过去，醒来的时候，仍然很气愤，大骂：“人心不古！人心不古！”而湖北独立的消息给了他致命的打击，他的情绪彻底崩溃了。这会儿还是顿足戳胸，破口大骂；下一刻就会一动不动，呆若木鸡。
无奈之下，袁世凯只得宣布取消帝制。此后，袁世凯更是形容萧索，如同枯槁，总是愁容满面，大失常态。尽管病情已很严重，他还是大权独揽，一点也不肯放手。每天还要在床榻前，坚持举行“榻前会议”，一切问题都亲自处理。后来病情越来越恶化了，才不得已让儿子袁克定代劳。
既有法国的卜希尔医生给他治疗，又有中国的萧有龙大夫给他诊断，但还是挽救不了他的生命。袁世凯已经仅存一息，濒临死亡了。