4月，袁世凯为翦灭异己，削弱革命力量，提出“消纳各省军队”的计划，听亲信陈宦献计，命他赴汉与黎元洪见面，挑拨离间地说：“‘三武’不去，则副总统无权，若辈起自卒伍下吏，大总统召其来京，宠以高官厚爵，殊有益于副总统也。”“三武”之中，黎元洪对张振武忌恨最深。武昌首义后，孙武伤愈出院任军务部部长，张振武退居副部长。3月15日，黎元洪召开特别会议，以群英会反对军务部为口实，解除孙武、张振武职务，另荐中央任职。5月间，“三武”相继奉召北上，被袁世凯授以总统府军事顾问之职。张振武对此虚衔不屑一顾，不愿出任。两次向袁世凯要求主持屯垦事务。为敷衍他，袁世凯委以蒙古屯垦使的闲曹，当张振武要求设立专门机构时，申请却泥牛入海无消息。一气之下，张振武将委任状缴回，不辞而别。返回武汉后，在汉口设立屯垦事务所，每月向黎元洪索要经费1000元，准备招募一镇精兵，开赴蒙古镇抚。此时，黎元洪磨刀霍霍，准备向张振武下毒手了。此时，袁世凯电请张振武入京议事，黎元洪劝其北上就职并假意特赠4000元路费以壮行色，8月8日，张振武抵京，同行者有湖北将校团团长方维和随从等40余人。8月11日，孙武也来到北京。8月13日，黎元洪给袁世凯发去密电，二人合谋，借袁世凯之手，杀害张振武，电文云：
大总统钧鉴：捷密。张振武以小学教员赞同革命，起义以后充当军务司副长。虽为有功，乃怙权结党，桀骜自恣。赴沪购枪，吞蚀巨款。当武昌二次蠢动之时，人心惶惶，振武暗煽将校团乘机思逞。幸该团员深明大义，不为所惑。元洪念其前劳，屡予优容，终不悛改。因劝以调查边务，规划远谟。于是，大总统有蒙古调查员之命。振武抵京后，复要求发巨款，设专局，一言未遂，潜行归鄂。飞扬跋扈，可见一斑。近更蛊惑军士，勾结土匪，破坏共和，昌谋不轨。狼子野心，愈接愈厉。冒政党之名义，以遂其影射之谋；借报馆之揄扬，以掩其凶横之迹。排解之使，困于道途；防御之士，疲于昼夜。风声鹤唳，一夕数惊。赖将士忠诚，侦探敏捷，机关悉破，弭祸无形。吾鄂人民，胥拜天赐。
然余孽虽歼，元憝未殄。当国家未定之秋，固不堪种瓜再摘；以枭獍习成之性，又岂能迁地为良！元洪爱既不能，忍又不敢，回肠荡气，仁智俱穷。伏乞将张振武立予正法，其随行方维，系属同恶相济，并乞一律处决，以昭炯戒。此外，随行诸人，有勇知方，素为元洪所深信，如愿归籍者，就近酌拨川资，俾归乡里，用示劝善罚淫之意。至振武虽伏国典，前功固不可没，所部概属无辜，元洪当经纪其丧，抚恤其家，安置其徒众，决不敢株累一人。皇天后土，实闻此言。
元洪藐然一身，托于诸将士之上，阘茸尸位，抚驭无才，致起义健儿变为罪首，言之赧颜，思之雪涕，独行踽踽，此恨绵绵。更乞予以处分，以谢张振武九泉之灵，尤为感祷。临颖悲痛，不尽欲言。元洪叩。真。印。
袁世凯接到这封密电以后，立即召集亲信梁士诒、赵秉钧、冯国璋、段祺瑞、陆建章、段芝贵等人入总统府密议。经再次发电询问黎元洪，得其回电确认无误后，15日袁世凯下令捕杀张振武、方维。
武昌首义勋臣名震遐迩，冠盖京华，受到热烈欢迎，张振武等人大出风头。8月14日，张振武在德昌饭店设宴，宴请同盟会和共和党要人，拟订《调和党见政见书》，慨然以调合党见为己任，呼吁消除党争，合力众擎，共维大局。15日晚，张振武在北京东交民巷六国饭店宴请北方将校，姜桂题、段芝贵等人应邀前往。此时，段芝贵怀揣着处决张振武的密令，不动声色地与会，宴会未终而借故提前告辞离席，众人也纷纷退席。这种异常场面没有引起张振武警觉，反而含笑躬送客人。晚10时许，宴会结束后张振武等分乘三辆马车返回金台旅馆。前面一辆是江西协统冯嗣鸿，中间为张振武，湖北议员时功玖殿后。行至正阳门前，前两辆马车进入栅门后被事先设下的拌马索拦截，后一辆马被拦在栅栏外。军警蜂拥而上，先从第一辆车中揪出冯嗣鸿，冯嗣鸿不解其意，大声喝问：“你们要干什么？”一个军官问道：“你是张振武吗？”冯嗣鸿回复道：“不是。我姓冯。”那个军官随即说：“抓错人了。”于是，放开冯嗣鸿，带人冲向第二辆马车去抓张振武，张振武和两名随从奋力抵抗，终因寡不敌众，当场就缚，被五花大绑推进早已备好的囚车内，押往西四牌楼玉皇阁京畿军政执法处。前此一小时，方维也在金台旅馆内被捕，二人押赴一处。军政执法处处长陆建章亲自出见张、方二人。张振武质问陆建章：“我们身犯何罪？根据什么法律逮捕我们？”陆建章皮笑肉不笑地出示黎元洪的电报给张振武看，张振武急得要发疯，大声喊道：“一派胡言！”接着，陆建章又把袁世凯的手谕拿出，张振武看罢，愤恨地说：“看你们能横行几时。”8月16日凌晨1时，未经任何法律审讯程序，陆建章下令将张振武和方维就地处决。
凌晨3时，当时功玖召集孙武、邓玉麟等人赶到京畿军政执法处为营救张振武说情时，为时已晚。陆建章向来人出示了袁世凯捕杀张振武的军令。此令根据黎元洪的密电，由陆军总长段祺瑞副署。次日清晨，这些人赶往总统府质问，袁世凯把责任全部推到黎元洪身上。黎元洪本想借刀杀人，移祸江东，自己不落屠夫骂名。然而，袁世凯老谋深算，棋高一筹，把黎元洪推到前台。不仅恶化了他与同盟会的关系，还把他逼入自己的营垒之中，可谓一箭双雕。同日，陆军部奉袁世凯命，复电黎元洪，并把黎元洪所发密电一字不漏地全文刊出。袁世凯的军令称：
查张振武既经立功于前，自应始终策励，以成全之。乃披阅黎副总统电陈各节，竟渝初心，反对建设，破坏共和，以及方维同恶相济，本大总统一再思维，诚如副总统所谓爱既不能，忍又不可，若事容忍，何以慰烈士之灵魂？不得已即着步军统领、军政执法处总长遵照办理。
张、方被杀害公布以后，举国震骇。因张振武系共和党内的民社派，由与张振武一起参与首义和军政府组建的民社派参议员张伯烈、刘成禺、郑万瞻、时功玖等20名共和党参议员据《约法》第十九条第九项，8月18日对政府枪杀武昌起义元勋提出质问案，并对黎元洪密电中对张振武罗织的罪名加以驳斥，强烈谴责：“今以民国首功之人，大总统、副总统乃口衔刑宪，意为生杀。本院有保护人民生命之天职，心滋疑虑，无可缄默，不能不一探其究竟也。”
8月19日，在参议院讨论质问案时，刘成禺发表激动人心的讲演，涕泗交流。有人还提出弹劾总理陆征祥、陆军总长段祺瑞和副总统黎元洪。接着，同盟会首领黄兴两次致电袁世凯，要求“明白宣布，以解群疑”。8月19日，袁世凯在回答参议院关于质问案的咨文中，把责任归咎于黎元洪：
准贵院咨送参议员张伯烈质问书一件，当即电达黎副总统。查此案情节重大，因张振武、方维本系军人，故以军法从事。唯所牵涉之人，及所牵涉之事，不特关系湖北一方之治乱，且关系全国之安危，目前实有不能和盘托现之处。且以军事通例而言，事关军事机密，未便宣布者，本可无庸宣布。唯既经贵院质问，为解释群疑起见，业已电达黎副总统，请其审查现在情形，如不至因此滋生枝节，可将犯事地方之证据，摘要宣布。俟得黎副总统复电，再行覆答。
处于诘难纷起、函电交驰困境中的黎元洪已成为千夫所指、万人唾骂的罪人。不得已，黎元洪在8月17日、19日、21日三次发出通知，为自己洗刷罪名，开脱责任。为此，深文周纳，为张振武罗织了十大罪状：
铣电谅达览。张振武以初等小学副教员，曾充鄂军务司副长。昔为功首，今为罪魁。元洪业于真电请大总统严饬查拿，按军法惩办在案。唯恐传闻失实，致起误会，爰将伊等谋逆原因，再行宣布，以与天下共见之。
起义以来，赴沪购枪，糜款六十余万两。枪械腐窳，无裨实用，任意浮报，鄂财政司有案可稽。误军需之要公，恣一己之挥霍。其罪一。自募军队六百余人，私立团名，强索饷需，人月二十元，实为逾格。又私收退伍兵士六大队为护卫队，坐糜巨饷，阴遂私图。该团军士大义素明，现愿退伍，是知伊之蓄谋，匪伊朝夕。其罪二。兼充军统，私衣横行，带队放枪，居民惶恐。其罪三。抢夺兵站枪支、军米。其罪四。强占铁路、立中小轮船，自由行动。其罪五。暗煽义勇团团长梅占整，增加营数。诱令石星川往联领事团，许事成任为外交司长。该员等不为所动，谋遂无成。其罪六。广纳良女为姬妾，伙串某报为鼓吹。其罪七。私立民国公校，当众演说，革命非数次不成，流血非万万人不止。言者称心，闻者咋舌。其罪八。亲率佩抢军队，逼迫教育司，讹索学款，挟之以兵。其罪九。又令逆党方维，勾结已开革之管带李忠义，及已正法之祝制冲等，分设机关，密谋起事。伊为原动，大众皆知，恐牵一以动百，故吞舟而漏网。其罪十。
此外，索款巨万，皆密济其党援；来往京都，实阴行其诡计。种种不法，不胜枚举。元洪荐充大总统顾问，拟任东省屯垦使，并有蒙古调查员之命。无非追录前功，冀收将来。犹复请兵配饷，议设专局。又在汉口私立屯垦事务所，月索款千余元，档案具在，欲壑未填，野心益炽。揭其始末繁伙，实属无可再原。鄂中亲故多碍情面，虽稔逆谋，难予显戮。一击不中，大局遂危。倘非请由中央明正国典，何以昭示天下！自闻令下，喧传武汉，万众额手，欢声若雷。元恶既殄，民心大安。
元洪自请大总统量予处分者，实因上负大总统，下负国民，既不能烛照于机先，唯冀补苴于事后。从优抚恤，俾生者得所，死者瞑目，天远听迩，吾言不食。临电揽涕，咽不成声。元洪。皓。印。
为压制舆论，黎元洪利用鄂军全体名义，于8月25日发出通电，措词激烈，认为：张伯烈、刘成禺等议员“淆乱是非，颠倒黑白，违反人民意思，亵渎副总统威严”。声称：
张、方之诛，系吾鄂军界同人再三开军法会议，依鄂军暂行刑令第五十七条全体议决，宣告死刑，电请大总统正法。大总统复开军法会议，始予执行。证据昭彰，手续完备。同人为振武煽乱，数月以来，遣将调兵，昼夜防堵。指臂胼于枪刃，筋骨胝于兜鍪，幸天不亡鄂，机关悉破，余孽就歼。再四筹商，欲碪元恶之胸，不得不图万全之计。询谋佥同，谋定后动。所有责任悉在同人，于大总统、副总统、国务员皆无与也。伏法以后，廛市不惊，道路相庆，民心国法，始得伸张。
溯自起义以来，党徒鸱张，生灵涂炭，从未有快心若是者！乃鄂议员朋造谣言，肆行狂吠，竟敢欲弹劾政府，推倒民邦。试问与振武何睦？与政府何仇？尸属耶？乱党耶？杯酒流连之谊耶？金钱结纳之恩耶？抑丧心病狂，悍然不顾耶？贵议员就职已逾数月，未闻为吾国立一法，为吾鄂议一事者。独于罪恶昭彰、情真法当之军犯，一再袒护。号咷呲不已，继以质问；质问不已，继以弹劾。且一则曰起义首领，再则曰卓着元勋。贵议员将谁欺？欺天乎？连日以来，讹言群兴，大局摇动。他省议员尚不足责，乃以尔呱呱出产之邦，残害昆弟，玷辱祖宗，犹且以人民代表日号于众。贵议院抚衷自问，果从人民选举来耶？一旦神州陆沈，强邻分割，吾与汝皆不知死所矣！
为平息众怒，8月22日黎元洪还假惺惺地引咎辞去本兼各职。对此，袁世凯复电加以挽留，二人合演了一出双簧戏：
前接个电，中有退避贤路、伫待严谴等语。鄂中军民商学各界，闻此消息，奔走骇汗，哀乞挽留之电，不绝于京师。则鄂中人民之心意，不问可知。外省传闻之词，自不如土着之较为亲切。参谋有计划全国军事之责任，鄂省为中原脊膂主要枢，稍有摇动，恐全国人心闻而解体，不独鄂中父老惶惑万状也。务乞勿再宣言，俾安众志。
在处理张振武的后事上，黎元洪仍以仁厚长者姿态，派来人接张振武的灵柩归籍。下令厚恤其家属，拨款2000元作为其子进京的路费，由军务司月给其子恤金30元，直到其子自立为止。8月27日，张振武的灵柩由火车运抵汉口大智门车站，恭迎渡江者达2000余人。28日，黎元洪亲往抱冰堂致祭，参加追悼大会，送的挽联是：
为国家缔造艰难，功首罪魁，后世自有公论；
幸天地鉴临上下，私情公谊，此心毋负故人。
在革命党人内部，针对张振武被杀一事也分为稳健派和激烈派，进行了法律解决还是武力解决的争论。同盟会中大多数人仍在谋求与袁世凯合作共建民主国家，他们把杀害张振武的罪责归咎于黎元洪。为此，8月22日，在《民主报》发表了《中国同盟会本部开除黎元洪启事》：“黎元洪暴戾恣睢，擅杀元勋，破坏约法，摇动民国，人神共愤……革去黎元洪本会协理，并除名。”从孙中山8月下旬北上赴京与袁世凯商谈国事的举动，也可以看出他是倾向于息事宁人的。由于革命党人的妥协，举国震惊的杀害武昌首义元勋张振武案不了了之。
这起案件，打击了革命党人，离间了黎元洪与革命党的关系，使其入彀，迫使他投转袁世凯，从而向革命党人势力较强的南方打入一个楔子，使湖北成为日后北洋军队镇压二次革命的前沿基地。张振武出资创办的《震旦民报》由同盟会接办，湖北将校团被强行解散。袁世凯坐收渔利，成为此案最大的受益者。(岳欣)
截车夺印始末
黎元洪于1917年8月末离京，从此息影津门5年之久。这5年内，他绝大多数时间都待在天津英租界的私宅内，养花、练字、读报、骑马、溜冰、打网球，也很喜欢听戏或看电影，因为他很喜欢跟普通百姓在一起。经过5年早睡早起、勤于锻炼的生活，他虽年近花甲，却格外健康。他与政治尤其是北洋政府坚决地划清了界限，对有政治企图的访客很不欢迎，对北洋政府每月致送的1000元费用坚辞不受。
在北洋政府的高层人物中，富家翁比比皆是，但大多是利用政治地位博取来的不义之财，而如黎元洪这样以经商能力扩充财富的资本家并不多见。他在天津的5年，正值西方列强忙于欧战，对中国的经济侵略有所放松，中国的民族实业获得喘息之机，他于是全力投资各类企业。这5年内，他投资的企业有20余家，包括矿业、金融、工厂等，多为资本运作。这些投资大多十分成功，他的资本也因此迅速扩大，在许多公司的股东名单上，他都名列首位，成为不折不扣的资本大鳄。
不过，他仍然被许多国人奉为合法和正式的大总统。冯国璋任总统尚可说是以副总统继任，而接下来的徐世昌是被安福国会选出的，安福国会则被皖系以外的政治势力视为非法。不仅西南方面对此无时不忘，就是直系的政治新秀吴佩孚也对此耿耿于怀，再加上皖系自身的嚣张跋扈，法统问题就成为各派论战的焦点。各派争执不下，乃采取实际行动，先是孙中山在广州组织护法军政府和非常国会，发动二次护法运动，并当选非常大总统，明确地与北京政府对立。之后，吴佩孚在湖南前线频繁发表反皖声明，最终撤兵北上，与奉系张作霖夹击北京，段祺瑞兵败下野，直奉进入北京。