段祺瑞虽表明不愿离开北京，然终因不合时宜而避居天津，步了黎元洪的后尘，这也许是段祺瑞最不情愿的事情了。吴佩孚本无意为难段祺瑞，他之所以攻入北京，是为了贯彻自己的政治理想，即全新的国民大会的政治制度。但是，他的理想于曹锟和张作霖而言，无异于对牛弹琴。曹、张二人在北京刚结为亲家，只求维护眼前利益，不愿节外生枝。因此，徐世昌依旧做总统，法统依旧没有恢复。吴佩孚黯然回到洛阳，一下车就对新闻记者说：“本次胜利是一件痛心可耻之事！”
然直、奉缺乏合作的基础，此所谓“一山不容二虎”。果然，双方在组阁问题上互不相让，从唇枪舌剑终至大打出手，吴佩孚摧枯拉朽般将张作霖逐出山海关，直系独霸北京。吴佩孚从来都称徐世昌为“菊人先生”，而不称总统，如今更决心逐其下台。此时，梁启超、熊希龄、金永炎、哈汉章、王家襄等人都游说直系，要求用“恢复法统”来号召天下，被曹、吴采纳。直系既要“恢复法统”，就须恢复旧国会，迎回黎元洪。
吴佩孚先是令长江上游总司令孙传芳通电全国，呼吁恢复法统，迎黎元洪复位，徐世昌和孙中山同时退位。随后，由曹锟出面表示支持。全国响应。于是，徐世昌也不得不避居天津，步了黎元洪和段祺瑞的后尘。不同的是，黎、段二人都有返京再起之日，徐世昌却永远告别政坛了。
但有关黎元洪复位之事，也并非一帆风顺。首先，曹锟本人想做总统，对黎元洪复位心情复杂。黎元洪洞察到这一点，故对前来劝他出山的吴景濂、王家襄等人说：“你们还是选曹锟做总统为好！”其次，皖系余孽如卢永祥等通电讥讽黎元洪，认为黎元洪是自己辞职的，而且即便不辞职，其任期5年早已届满了，根本不存在“复位”之说。再次，章太炎等人情知黎元洪此次复出，不过是给直系做傀儡，出于旧交情而劝他暂勿出山。最后，虽然黎元洪解散国会是迫于张勋进京时的复杂局势，但旧国会议员对此事不依不饶。在这些反对声音的影响下，黎元洪一度拒绝复出。但是更多的政治势力和人物都敦劝不已，致使他在天津的私宅门庭若市，欲求往日之清静已不可得。有感于此，黎元洪乃打出“废督裁兵”的底牌，作为复出的条件。
该份强调“废督裁兵”的“鱼”电，由黎元洪的文胆饶汉祥起草，轰动一时。电文向国民倾诉苦衷，坦诚自己当年之所以辞职，是负疚于解散旧国会之非，并说自己5年来为此锥心泣血。随后，他又列举督军制的五大弊端，认为国家危亡已迫在眉睫，非即行废督无以自存。他在天津过了5年平民生活，对民间呼声有了更为深刻的了解，因此这份电报虽有政治考虑，却是完全站在人民的立场，也自然得到了全国人民的热烈响应和高度评价。黎元洪这个暗淡多年的名字，一下子又变得光芒万丈。
然而，他提出“废督裁兵”，必然得罪全国的大小军阀。作为全国最大的军阀，曹锟对他就极为不满。但是势成骑虎，无法改弦更张，不得不委屈自己，通电表示支持“废督裁兵”。随后，直系诸督如河南督军冯玉祥、江西督军陈光远、山东督军田中玉、陕西督军刘镇华、湖北督军萧耀南、江苏督军齐燮元等纷纷表态，表示愿听命于黎大总统。当然，这只是做姿态而已。
随后，曹、吴的使者熊炳琦、李济臣到天津继续游说。说到激动处，熊炳琦等竟然团团跪了一地，黎元洪也只好跪下还礼。但他心如铁石，坚称要各省督军全体解去兵权，否则免谈出山。曹锟闻讯，便令吴毓麟持了写有“曹锟首先废督裁兵”的名片，与黎元洪互相签字为证。黎元洪才下了最后决心。
1922年6月11日，黎元洪赴京。当日下午，他在中南海怀仁堂举行了复职典礼。民国的总统序列，因此出现了一个尴尬的情况。黎元洪显然是第二代总统，但如此一来，冯国璋和徐世昌就皆为非法。总之，国家名器，在民国初年的政治中，实在太过儿戏了。
他上台后，即令清流颜惠庆组阁，撤销解散国会令，撤销对孙中山的通缉令，并要求全国各地一律停战。南方迅速响应，云南唐继尧、四川刘湘、贵州袁祖铭、广东陈炯明都通电表示了对他的拥护。然而现在更重要的，还是恢复国会的问题。旧国会议员经段祺瑞安福国会和孙中山非常国会的分流，已经支离破碎，出现多种版本。故要恢复国会，实在不是一件易事。比恢复国会更要命的，则是废督裁兵。黎元洪以吴佩孚为陆军总长，希望可以借此解去吴的三省巡阅副使之职，为废督裁兵做个表率。哪知吴佩孚不肯去职，此事弄巧成拙，各省督军也干脆明确地反对废督裁兵了。最终，只有江西、浙江、东北等五省“废督”成功，但实际上是换汤不换药，不过将“督军”换个名称而已。
废督裁兵的失败，只是政治理想的破灭；而财政的危机，则是当务之急。各地因索要军饷而兵连祸结，连北京的国务院衙门也不能幸免。颜惠庆因而辞职，黎元洪好不容易说动唐绍仪组阁，却遭到了吴佩孚的坚决反对。此时，黎元洪才真正意识到，自己完全是直系的一个傀儡。
孰料，傀儡也不是随便做的。曹锟置吴佩孚的劝告于不顾，坚持要马上做总统。这样一来，驱逐黎元洪就成为当务之急。最初，他们拼命寻找法理依据，指出黎元洪只应补足160日总统任期，如今却已做了330余天总统，故当自动退位。对此，拥黎派则针锋相对地找出证据。认为黎的总统任期应补三年零三个月，到1925年9月才到期。吴佩孚就曾劝告曹锟，应等黎元洪1925年到期后再准备竞选总统不迟，但曹锟不听。
曹锟先是利用一个鸡毛蒜皮的“制宪经费”问题，驱逐了亲黎的内阁总理张绍曾，又指使冯玉祥、王怀庆率领兵痞进城，借口内阁无人负责，直接向黎元洪索饷。总统府门外一连数日成为军警索饷、流氓围攻和市民哄闹的场所。一些所谓“公民大会”便在此草草召开，演说者时有，而主题只有一个，便是黎元洪下台。不日，又有“市民请愿团”在天安门前集会，打出“市民饿，总统肥”“府院勾结种种失败”之类的横幅，狂呼乱喊。这些巧立名目的集会活动越来越猖獗。黎元洪的态度却越来越镇定。起初，他还以为真的是军警索饷，为此愁眉不展；等到洞悉其奸后，则转趋淡定。他说：“民国六年我受张勋胁迫，违法解散了国会，酿成大错。如今出任总统，既然依法而来，就当依法而去。我的任期若何，静听国会依法裁决，决不会再屈服于暴力，重蹈覆辙，贻害百姓。”
但直系诸人的手段越来越卑鄙。到后来，总统府连电话、自来水都被切断，而且狮子大开口，要求总统在12小时内发给军饷300万元，否则军队将自由行动，后果自负。黎元洪见此，豪气顿生，一气签署七道命令，其中有裁撤全国的巡阅使、巡阅副使、陆军检阅使、督军和督理一款，并声讨此次索饷兵变之幕后指使人。该件经总统盖印后，交印铸局发表。印铸局怯辞，遂交与驻京外国记者，翌日发表于全国各地报刊。
此事办完，出口恶气，黎元洪自知北京不宜久留，遂于1923年6月13日，携金永炎、唐仲寅、韩玉辰及外国顾问福开森、辛博森离京赴津。行前致函外交团和国会，声明北京已不能自由行使主权，故政府迁往天津，并向国会要求撤回去年复职时的辞职公文，理由是“国难方殷，万难卸任”。他的表现愈挫愈奋，颇有些“虽万千人吾往矣”的气概。事实上，在此前的洪宪帝制和张勋复辟中，他也是这样做的。
曹锟闻讯，即刻令人去总统府取总统大印，却不见踪影。直隶省长王承斌接令后，即刻乘快车赶赴杨村车站，截得黎元洪的专车，上车讨要印信。车继续向前行驶后，一开始王承斌还虚与委蛇，拐弯抹角，黎元洪均漠然视之。看看车到天津新站，王承斌一着急，才直问印信的去向。黎元洪说放在北京了，王承斌即回答道：“总统应该讲实话！”黎元洪大怒道：“我就是不把印交给你，你能把我怎么样？”王承斌冷笑一声，命令将车头摘下，声称要开回北京。
其时黎元洪的子女四人前来接站，被军警阻止；遂央求英美两国领事上车问候起居，不料亦被阻拦。两位领事愤然道：“中国的军阀竟然可以劫持总统，真乃世界所无的怪事。”黎元洪在车上走来走去，悲愤不已，竟至举枪自杀。幸被福开森把枪夺下，子弹虽已射出，但未中要害，仅受轻微的擦伤。他欲死不得，万念俱灰，遂向携印藏身于法国使馆的姨太太危文绣打电话，令她将印交出。王承斌又呈上三通电稿，内容为由国务院摄行大总统职务，请黎元洪签字，黎照签不误，这一出“截车夺印”的好戏始得收场。需要特别指出的是，这个声称要“住在车上不走”的直隶省长王承斌，在去年敦请黎元洪出山时，曾经声泪俱下，情形感人。前尘后事，竟至沧桑如此。
黎元洪回到天津家里后，即将印信被夺与被逼签字之事通电全国，说明这三通电稿为强迫签字，依法不具效力；并强调自己决不辞职，纵国会议决，也决不受命。他高度关注北京方面的各种命令，对于重要的则以总统名义针锋相对地另发一令。他坚持认为自己是合法的大总统，由于他离京前已任命李根源为国务总理，故若能重设国会，就可以在天津恢复政府。因此，他在天津设立“国会议员招待所”，凡是来津议员，均以旅费名义支给500元。但是，民初旧国会的国会议员经过洪宪帝制、安福系的摧残之后，对国家前途悲观失望，个人品质已经很难保证。此次来津的议员虽然不少，但大多为投机分子，无非是贪图那500块大洋而已。不久，曹锟在北京出价5000元贿选总统，这些人自然就跑到北京去了。
黎元洪又想重弹张勋复辟时的老调，与段祺瑞再度合作，再来个马厂誓师。但此时不具备“三造共和”时的客观条件，加之段祺瑞的心胸本就狭窄，宁可与张作霖、孙中山合作，也不愿与他再度联手。此时，孙中山、卢永祥等人在上海组织反直同盟，邀他南下，章太炎等故人也一再邀请他挺身而出，认为此正其时，他遂于9月8日南下。但他一到上海就发现自己的处境十分尴尬，孙中山、卢永祥对他的态度本来就有些敌视，而唐继尧、张作霖方面则对他太过客气，国民党人张继甚至在会议上痛骂他为“民国第一号叛徒”，林林总总，都令他心生退意。后来，他得知卢永祥催他南下的电报竟然是别人伪造的，才恍然大悟。此时，他的老友张謇、唐绍仪等人劝他放弃，他本人也渐渐意气萧索，对政治突生惧意，最终宣布自己将赴日本养病。
他于11月8日东渡日本，半年后回到天津，从此安心做寓公。他于实业兴致高昂，曾对人说：“我两次做总统，皆赔累不少，不如做生意较为安闲自在。”他晚年投资的企业达到70余家，包括银行、证券，矿产、森林、造纸、食品、贸易、保险、运输、市政、文教等许多行业，投资地区覆盖北京、上海、天津、山东、浙江、辽宁、香港等省市，积财极丰。他爱穿西装，吃西餐，做西式体操，看西洋电影，与他资本大鳄的身份极为相合。时人认为他资本主义民主意识较浓，且醉心于国家资本主义的发展，此言不虚。
他最重视的节日不是春节，也不是清明，而是“双十”国庆节。作为辛亥革命的首义功臣，他自然对这个节日情有独钟。不过，他宁可以普通百姓的身份来过这个节日，再不愿卷入政治的漩涡了。后来，段祺瑞执政府曾两次邀请他出山，他均予谢绝。
1928年，蒋介石的北伐军到达山东临城时，欲没收中兴煤矿。这是黎元洪投资最多的企业，也是黎家当时最主要的经济来源，他便托谭延闾向蒋介石说情。蒋介石说：“别人的我可以没收，但黎黄陂的我不能没收。”但是，北伐军还是向中兴煤矿摊派了许多军费，声称若逾期不交，便予以没收。当时黎元洪患糖尿病已有时日，闻此愈加沉重，终至不治，于6月3日病逝。
国民政府充分肯定了他的历史功勋，对他实行了国葬之礼。吊唁者名流荟萃，如逼宫之冯玉祥、摊派之蒋介石、跪呼“请王爷受封”之江朝宗等等，都赫然在目。段祺瑞也来吊唁，三鞠躬后，喟然而退，似有无限感慨。（夏双刃）
黎元洪卖身投靠
在民国成立的时候，举国公认有四个重要的大人物，顺序排下来是：孙中山、袁世凯、黄兴、黎元洪。
孙中山首创革命，功成不居，万民景仰。不过守旧派觉得孙中山的议论太远太高，他们还无法接受。所以有人便冠以“孙大炮”的别称。袁世凯有实力，有办法，守旧的觉得他不太离谱，新派觉得他勉强还能合作。黄兴被认为是革命的实行家，懂得组织和军事。至于黎元洪，他既不新又不旧，可是他以做人朴实见重，当时的舆论都称赞他是稳健派，是忠厚长者。他为人和蔼可亲，谦虚诚恳，没有官架子。章炳麟见了什么人都要骂两句，却对黎倍极称赞，在他描绘下的黎是一个朴素而果毅的杰出人物：
黎公年四十九，体干肥硕，言辞简明。秘书、参议衣服不华，每日至黎公座次关白文件，一席之间八九人，皆执连柄蒲葵扇，黎公亦时握焉。其所着西装制服，以粗夏布为之。自大都督以至州县科员，皆月支薪二十元。
民国成立后选举正式大总统，黎有一封预辞大总统的电文。他说：“沉机默运，智勇深沉，洪不如袁项城；明测事机，襟怀恬旷，洪不如孙中山；坚苦卓绝，一意孤行，洪不如黄善化。”很多人对他的这个电文鼓掌，认为他谦虚得恰当。
当时黎是以北洋派和同盟会以外的第三者地位，据有武汉顾盼自雄，他的“文胆”饶汉祥时时替他撰写许多骈体文的电报和文章。民国初年大家都有发通电的瘾，动不动就来一个几千字的通电；而黎的通电最酸最文，但黎能迎合一般人心。当时虽已民国成立，但各省军阀还有争城夺地的局部战争；有些省区还招兵买马，杀气腾腾，所以大众对此甚为反感。而黎这时经常发出许多迎合人心厌乱的骈文长电，如“吁请息争以苏民困”之类。这些电文不问谁是谁非、也不提出具体的仲裁意见和解决纠纷的办法，而只是堆砌些四六排偶的字句。每遇时局严重，他必有什么“三危”“四亡”“五哭”“十害”的长电，最后必是“垂涕而道”，“泥首以清”。当时的人们并不研究电文内容和具体主张，只觉得黎是个好人，不愿流血和纷乱，文章又好。其实饶汉祥堆砌的大块骈文，多数人根本就看不懂。
袁世凯发觉黎元洪欢喜沽名钓誉，因此凡是黎来电他必回，且用：“苦口婆心”“仁人之盲”“实获我心”“永拜嘉言”之类的字眼来奉承黎。而过气的君主立宪派正需要捧一个前台的领袖，他们认为黎最合条件，是开国元勋，却不是革命党，正好捧他出来。黎也半推半就地走上北洋派和同盟会以外的第三势力。袁懂得运用，所以极力拉拢黎。革命党方面却不来这一套，多数革命党领袖都瞧不起黎，使黎在两大阵营之间选择时，逐渐地倾向袁世凯。张振武案发生后，黎便完全落入袁的手掌中。