维持体制和名分与否，在中朝双方看来都是势必力争、至关重要的。在清朝看来，这是不可更移的祖制，它体现、代表着天朝上邦的权威；在朝鲜君臣看来，这是有损民族形象、最伤民族感情的事情。每有交涉，均遭朝方的强烈反感和抵制，袁世凯执行起来，也经常不能得心应手，在许多情况下，都只得视朝方能够接受的程度而提出折中的条件，例如朝鲜铸新钱上的年号一事，李鸿章就指示袁世凯，仅坚持去掉“大朝鲜”的“大”字，而不强求加铸清朝皇帝年号或干支纪年，以免“伊必不从”，而可“容易收束”。有的时候，甚至不得不仅做做维持体制的样子，而睁一只眼闭一只眼了事。
袁世凯除了尽力维持“体制”外，还把“内修政治”、稳定朝鲜政局作为匡扶朝政的重要任务。袁世凯使朝面临着一个十分动荡的局势，内忧外患，天灾人祸，三年两次政变。他深感只有使朝鲜保持一个相对稳定的社会环境，保持一个居于藩属地位而具有牢固统治地位的政府，方能实现自己的目的。袁世凯在上任伊始就说：朝鲜之“急务大端，最要有二：曰内忧，曰外侮。以今日时势而论，内忧急而外侮尚缓也”。他在就职前后，利用帮助练兵和平息政变所取得的好感，以上国使臣的身份，通过一系列上书，如《摘奸论》《上朝鲜国王书》及其附陈《谕言四条》和《时弊十款》《朝鲜大局论》等，以及多次同朝鲜国王的晤谈，为朝鲜设计了“内修政治”的蓝图。概括起来是：(一)“亲中国”，恪守同清朝的宗藩关系，依恃中国以自立。中国可依恃的条件有六：“中朝毗连水陆……，缓急能通，其势可待”；“为将出师，不索兵费、不责供给……其德可待”；“不郡县其国，不租税其地，但期唇齿相固，人民相安……其心可侍”；“中国抚恤朝鲜已数百年……其泽可侍”；“强邻憬伺”而“中朝固结，无隙可乘……其威可侍”；“降待中以为固，内乱不作，外侮无恐，及时修明刑政，任用贤能，图治励精，富强徐致，其机可待”。(二)“慎修内政，以固根本”。其最要之点是：第一，“收民心”。“民心涣散，急须挽回。民为邦本，未有本动而枝叶能茂者”。应该严政令，苏已极之民困，除“极弊之政”，“议举贤守，令与民兴利去害”。第二，“明赏罚”。“质必信，罚必行，人心亦翕然归服”。第三，“节财用”。“量入为出”，“开源节流。迨国帑充裕”然后而“吸国局、制药局、种桑局、机器轮船等局”，“次第为之，徐图富强”。第四，“慎听闻”，任贤臣，远小人。
袁世凯不仅为朝鲜国王设计了一个传统的“贤君”的模式，劝说其去实行，还俨然以朝鲜一国柱石的姿态自居。他把朝鲜和中国比作一个院落的东偏院和正堂，而自称为“派在东偏之司门者”。他又把当时的朝鲜局势比作“木已朽腐”的“破舟”，朝鲜国王及“诸臣民皆舟中人也”，而自称为修复破船，易木换篷，以求其固的“舟匠”。还在甲申之年，袁世凯就在政变突发、与国内文报不通、请示授权不及的紧迫情况下，独立决断，率领军队，以武力平息了变乱。在他正式使朝以后，又多次策划雇请刺客，或派朝人赴日本，刺杀流亡“谋叛首犯”金玉均。当金玉均在上海被刺后，袁世凯又电请李鸿章“设法救护”刺客洪钟宇。
1893年，朝鲜东学党起事。袁世凯一面亟“劝朝廷严缉惩办”，并指出局势的严重性：“邪教不除，诚为祸根。如敢犯京，剿灭尚易。倘居险号召，恐非时日能殄灭。似宜即派重臣，率京兵及江华兵千名，前往抚谕，诛其渠魁，倘拒即剿”。同时还通告在朝鲜外国使节，对于东学党起事，“华有弹压责”，“有华弹压，毋过虑”。一面电请李鸿章：“即电饬水师迅遣两船来仁，以尽弹压责”，又代朝方请李鸿章为朝鲜购置或借给朝鲜镇压所需的枪炮。袁世凯在致其堂弟袁世承的私人通信中，显得更为跋扈自信，他说：“朝匪幸散，然未翦除，其渠仍生事。有容(袁自号容庵)在此，小丑岂可猖獗。如再胡闹，只取灭耳”。1894年即甲午年间，东学党再起，袁世凯即应朝鲜政府之请，电请清政府直接派兵代为镇压，从而成为中日甲午战争导火索。
袁世凯驻朝期间，几乎成为朝鲜内部动乱的清道夫，同时又参与朝鲜重大对外交涉的最后决策(有关内容，后文将述及)，忠实地执行了清政府“隐为扶持，相机匡救”的使命。
此外，袁世凯还通过赈灾一类救济措施，帮助朝鲜政府稳定社会秩序，收拾民心。袁世凯使朝期间，朝鲜曾发生数次饥荒，袁世凯都电请国内上海、天津各海关开禁，并免税出口米粮，运往朝鲜，以平抑米价，救灾度荒。
袁世凯以扶植亲华势力，间接插手朝鲜内政决策，作为“明尊”“定惑”，“匡救”朝鲜局势的主要辅助手段。为了扩大清朝在韩政坛上的影响，袁世凯十分注重利用传统思想，扶植、网罗朝鲜政界的亲华势力，即所谓“事大党”。触角所至，自王公亲贵、近臣、中官以至中下级官员。清政府改变初衷，送回大院君李昰应，其目的也在于此。袁世凯在护送李昰应回朝之后，即在使朝王清楚地意识到李昰应始终都是自己的牵制力量的同时，又着力调解他们父子之间的关系，使之达到相安共处，起码能使李昰应容身的地步。
袁世凯结交的重臣主要有金允植、鱼允中、韩圭禹、闵泳翊等。袁世凯曾说：“朝廷中能明大义者，允植而外，更无其人”。朝鲜保存的钞本《袁世凯书牍》中有袁世凯致金允植十余封信函，尤可概见袁金交往之密切。1885年夏，清政府有送大院君回韩之议，尚在筹谋而无定局之时，袁世凯即私函告知金允植说：“泰西及都下士大夫多谓朝鲜为无父之国，傅相深以为忧，欲顾存朝鲜局面，因有归太公之议。商于政府，尚无定局”。甲申事变之后，袁世凯遭攻讦，被迫回国，金允植致函慰问，袁世凯复函痛陈心境遭际之后，引金允植为知己说：“孟轲宿昼，大夫留行。阁下与弟也”。而1886年四月，金允植被贬官逐出汉城之后，袁世凯则大鸣不平并善言和慰，寄以厚望说：“清流浮言，无时不然。为大臣当大事者，当任劳任怨也”。“此时外交方在相持，内忧时将防范，凡我辈力启大局者，固直任劳任怨，一片赤心，永矢千古，天下后世，自有公论”。袁世凯甚至借用李鸿章的名义，出面压迫朝鲜当局收回成命，恢复金允植原职。并明告朝鲜国王近臣，起复金允植，是朝鲜“可释华疑，可安民心，可静各国”的惟一决定因素。
闵泳翊是闵妃内侄、朝鲜重臣，袁世凯极为看重。1885年，闵泳翊曾因政见不合出走国外，袁世凯即禀告李鸿章，说闵泳翊“性本公直”，不满“诸闵误国，愤恨远避”。“招其速回，相机维持”朝鲜政局。闵泳翊回国后，同袁世凯过从密切。袁世凯在致二姊的家书中说：“闵泳翊乃此间第一公忠臣也。前回来，方商办一切内政外交，故日夜应酬商办，或终日或终夜”。
袁世凯颇为重视笼络朝野人士。他得悉金玉均在上海被刺的消息后，立即请李鸿章派人焚毁金玉均来往书信，以免朝鲜当局据以兴狱株连，以安朝鲜国内出于不同目的与金玉均有联络的人士。袁世凯在朝鲜结交十分广泛，凡有用者皆利用之，甚至包括袁世凯自己已知其“在官稍贪，人颇短之”的李冕相，“每以聚敛生财等计，立效献媚”，“众怨丛归”的闵泳骏这样一类为人不甚清正的官员。
袁世凯培植亲华势力，一面作为他在朝鲜推行宗藩政策的奥援，一面也在于一旦出现不测，可以扶持亲华势力上台执政，使朝鲜能够按照清政府要求，继续甚或更一步“明尊亲之义，定摇惑之志”。但是，实际执行起来，却并不能随心所欲。除了朝鲜朝野离心情绪外，各种政治力量也各有自己的利益。大院君李昰应在第二次朝俄密约事发后，虽曾在袁世凯的支持下力图再起，但终不能实现废立之谋，而且从此使袁世凯更为韩王所忌。金允植则被韩王目为“袁党”而旋起旋落，并最终被罢黜。闵泳翊在第二次朝俄密约风波陡起之后，不仅拒绝为自己事前向袁世凯的告密作证，反而公开了袁世凯曾与他密议过废立之事，并交出了袁世凯代李昰应所拟的致各国照会。事后，又为朝鲜国王献计，利用西方国家牵制清朝对朝政策，所谓“清素畏洋，我派使结洋，清必畏我”，从而促成了朝鲜派使赴美的决策，中朝关系史上的一个重要事件即因此而起。
袁世凯奉命驻扎朝鲜之时，西方列强已经来到东方多年，并深深介入中国、朝鲜等东方国家的社会生活，带来了与东方传统很不相同的西方文明和社会、政治、经济学说。在新的世界格局中，袁世凯既必须处理一些传统宗藩关系中所从未有过的事务，也从西方学来了一些新的统驭藩属的办法。其时，接受了西方社会学说，具有改革精神的先进思想家的“商战”主张已经提出，有眼界的政治人物和接触外国事物较多的外交界人士已经把这种主张付诸政治、经济活动，成为同光新政的一个部分。1881年，清政府使日大臣黎庶昌就以“通商可以制外”的理由，劝诫朝鲜当局发展对外通商。袁世凯也秉承着李鸿章的旨意，从西方抄来发展通商这种形式，作为维护宗藩关系的手段。
正如袁世凯在向李鸿章的禀文中所说：“历年来卑府仰承钧诲，督饬各员，认真整顿，多方招徕，诚以在属之商务日盛，即驭属之事权日增”。增加驭属事权，是袁世凯发展中国在朝鲜商务的主要指导思想。
中朝两国之间，过去只有宗藩性质的使行贸易和边市贸易，而没有两国民间商人公开正式的到对方国家进行商业活动。光绪八年八月，中朝两国订立《水陆贸易章程》，双方才有民间商业往来。袁世凯使韩以后，在增加驭属事权的思想指导下，多方设法发展对朝鲜的商务事业，促使其逐渐发展起来。韩国藏档案《旧韩国外交文书》中袁世凯同朝鲜当局关于商务的交涉文书充分显示了这一点。据统计，此档案中，袁世凯使朝九年间致朝鲜外督办的交涉文件共存有七百九十一件，按其内容，分类大致如下表：
类别 件数 所占百分比
有关中国驻朝官员人事变动的通报 40 5．05％
有关朝鲜内政外交的交涉 240 30．3％ 35．4％
有关中国对朝民间贸易的交涉 187 23．6％
有关租界、电线、借款、航行等非政治性质事件的交涉 107 13．5％
有关海关事务 65 8．2％
有关刑事案件 152 19．2％ 64．6%
总计 791 100％
需要说明的一点是，表中“有关刑事案件”一栏所涉及的中国方面的人员，除了极个别者外，大多数是商人及他们的伙计或雇用的船只水手，内容一般都与商业活动有关，也是通商以来所产生的新问题，因此，此处也作为与商业有关的文件来对待。
从上表可以看出，与商务有关的文件，已占了袁世凯对朝交涉公文的三分之二左右。诚然，许多与政治、国家关系有关的交往或多在幕后进行，并不用正式形成文件的。但事实已清楚地表明，袁世凯所处理的日常工作事务。已不单纯是过去传统的宗藩关系，有关民间或政府间经济往来、商务往来的管理，而是已经居于一个突出的地位。袁世凯与其前任陈树棠的官名分别叫做“总理朝鲜交涉通商事宜”和“总办朝鲜商务”，也集中反映了这一点。
为了发展在朝的商务，袁世凯采取了一系列保护华商的措施，其主要手段有：第一，设法维持在朝华商商业区治安。中朝民间通商开放以来，来朝的华商渐多，并且在汉城形成了较为集中的华人商业区。但是商业区内社会秩序颇为令人担忧，时常有刑事案件发生。1887年10月初，汉城南门内华商一夜被火焚烧四家，烧死三人，经袁世凯多次行诸公文，请朝鲜方面追缉凶犯，收效甚微。但袁世凯看到：“日本商家咸聚设于南山下泥岘地方，鳞次比居，派设巡捕数名警察防范，绝少盗焚等案”。便借鉴日本人的做法，在汉城华商区组织华商集资创办了巡查，订立制度，昼夜纠查。此后，汉城华商区盗焚等案发率下降甚多。反映在《旧韩国外交文书》中朝双方来往文件中，除发生一宗巡捕与酗酒朝兵格斗案之外，再无恶性案件发生。袁世凯还在通往汉城的重要渡口麻浦，设立了稽查，以维持秩序。此外，各通商口岸华商租界内，袁世凯也颇重视建立巡查，维护治安。
第二，帮助华商发展在朝的经营条件。1883年，轮船招商局扩大经营，在仁川码头栈房缺少，袁世凯就代表招商局向朝鲜外督办借用海关栈房，并要求不收租金。朝鲜外督办赵秉式以没有栈房和恐别国援以为例而婉拒。袁世凯仍不甘休，再次照会韩外督办，指明已查到第三号栈房尚可出借，并说，中朝两国通融各事，他国向不过问，也不能援例均沾。
1884年，朝鲜铸了不够分量的当五铜钱，引起市场混乱。华商申诉，朝民可持此钱购买华商货物，而华商用以购买朝货则遭拒绝。袁世凯立即照会朝鲜外督办，要求进行整顿。仁川港经纪金在田等二十五家朝鲜商人设立均平会社，垄断市扬，限定外地来仁川的商贾负贩，在缴纳政府税厘之外，必须再到该社加交规费。袁世凯即照会朝鲜外督办指出：“该会社实于华商大有妨碍，亟应禁办而安商务……希即将该会社撤销，并禁嗣后永不许再为设立，免妨商务而符定章”。
第三，维护华商利益。1884年，北帮商人公和顺、东来顺号办领了护照，到朝鲜黄州等地采办土货，并经朝鲜有关方面同意所有税务到仁川一并完纳。但黄州地方势力崔景一强行向华商收税，遭到华商拒绝，崔又串通兵役，将华商拘禁。袁世凯接到报告后，多次与朝鲜外督办交涉，要求捉拿违章私行收税的崔景一及朝鲜官差役，退还华商钱财，以保护华商正当贸易。仁川海关遗失华商东兴号货物，袁世凯以官方身份出面索赔。仁川海关办事人员马士苛待华商，袁世凯又要求调换马士。华人商店被焚，袁世凯要求朝鲜当局惩凶。华商帆船遇风漂流遭抢，袁世凯要求朝鲜方面派人查办。如此等等，不胜枚举。在上表所列民间贸易栏的一百八十七件公文中，除了一小部分是要求朝方发给华商护照者外，绝大多数都是关于上述事件，袁世凯要求保护华商利益的交涉文件。
甚至在中日甲午战争即将爆发、日本大军已经入朝的严重关头，袁世凯也没有忘记在朝鲜的中国商人。在他内渡回国以后，还曾请盛宣怀在上海租外国轮船到仁川，接运中国商人回国，以使他们脱离险境。
在袁世凯使朝九年间，中国人在朝鲜的商务有了长足的发展，来朝鲜贸易的中国商人迅速增多，贸易额迅速增大。历年来在汉城、仁川、釜山、元山四处中国商署登记的中国商人数目如下：
年份 汉城 仁川 釜山 元山 总计
光绪十一年 111名 50名 107名 91名359名
光绪十二年120名205名87名57名469名
光绪十三至十六年 数字缺
光绪十七年 751名 563名138名37名 1 489名
光绪十八年 957名 637名148名 63名1 805名
光绪十九年 142家1254名117家711名 21家142名 10家75名 290家2 182名