曾国藩为什么如此匆忙杀掉李秀成！这一直算是一个谜。也许，长于识人的曾国藩对于李秀成的面相和言行感觉不爽，在他看来，这个太平天国忠王异常狡猾，并且，在太平天国中享有很高的威望，只有速杀，才会让余党彻底断了东山再起的念头。当然，这只是想法之一。最大的可能性在于，曾国藩审问李秀成之时，李秀成极可能力劝曾国藩起兵造反恢复汉室，并且承诺召集十数万旧部帮助曾国藩。在李秀成的自述书中，也极可能有相关内容，后来被曾国藩删除了。这一点，可以说是最让曾国藩忌讳的。李秀成如果解押到京，话题涉及到这方面，或者说出什么对曾氏兄弟不利的话，会让曾国藩很被动。另外，曾国藩忌惮的一点是，如果李秀成押送至京的半途中，有个三长两短，放虎归山，就必定酿成大祸。总而言之，如果押解李秀成去京城，一切将无法控制，有百害而无一利，还是在金陵将他迅速处死为上。当然，另一种可能是，李秀成在与曾国藩谈话时，请求速速将他在金陵处死，以免折磨。曾国藩满足了李秀成的愿望。在金陵处死李秀成，最起码，可以让他死个痛快，而到了京城，肯定会遭受百般折磨，最后还得“凌迟而死”。以曾国藩的为人来说，他是有着如此器量的。可以佐证这一猜测的是，李秀成在见了曾国藩一面之后，意识到自己死期将至，他带着伤残的身体，几乎是用每天七千字的速度在写自传。
1864年8月7日，李秀成上午刚刚完成自传，晚上，就被带到法场上处死。据赵烈文后来记述道，李秀成在临死之前一直说“中堂厚德，铭刻不忘，今世已误，来生图报”云云，似乎对曾国藩感恩戴德。死之前，李秀成谈笑风生，虽然他的文化程度不高，还是写了十首半文半白的绝命词。曾国藩下令免凌迟。其首传示各省，而棺殓其躯，亦幸矣。”从李秀成免凌迟这一点看，曾国藩已经相当不易了，按照朝廷的惯例，对待这些造反的头目，从来就是千刀万剐的。曾国藩在金陵处死李秀成，至少，让李秀成免除了肉体上的折磨和痛苦。
后来的野史记载：曾国藩亲自审讯李秀成的第二天，也即7月29日晚，曾国藩曾经与曾国荃有一次长谈。对于九弟曾国荃，曾国藩一直抱有感激之情的，弟弟自从咸丰六年筹建“吉”字营跟随曾国藩打仗之后，攻城拔寨，战无不克。有一次左宗棠问曾国藩，对于曾国荃，他这个做兄长的，有什么看法，曾国藩的回答是：杀人如麻，挥金如土。在曾国藩看来，曾国荃算是一个军事奇才，但在治理国家以及人情世故方面’缺少智慧’显得相当不成熟。现在，裁减湘军，首先要争取的，就是曾国荃的支持。野史曾记述兄弟二人的谈话一两人见面后，曾国荃看出了兄长的心事，干脆开诚布公地说：“东南半壁无主，我公岂有意乎？”这实际上就是很明白地问曾国藩，敢不敢造反？曾国藩把脸一沉，说，这种掉脑袋的话，你也敢说，真是糊涂啊！曾国荃似有不服，辩解说：两江总督是你，闽浙总督是左宗棠，四川总督是罗炳常，江苏总督是李鸿章，还有三个现任总督、五个现任巡抚全是湘军之人。大哥手里握着二十多万湘军精兵，如果需要，可把现在被捕的李秀成说动，让他振臂一呼，收纳十万太平天国降兵跟随你造反。这样，手上就有三十多万精锐之师。有这些兵马，即可攻破京师，恢复汉家江山，成为一代帝王。大哥，舍你其谁啊！
曾国藩摇了摇头，缓缓地说：老九，你这是知其一不知其二啊！在湘军中，有很多人可以共患难，但不能共享富贵。左宗棠一代枭雄，做师爷时便不甘居人下，如今同我平起平坐，他能甘心在我面前俯首称臣？我敢肯定，如若起事，第一个起兵讨伐我的人就是左宗棠；再说李鸿章，我若一帆风顺，李鸿章永远是我的学生；如若不顺，李鸿章必然反戈一击。李鸿章多么聪明啊，名利心极强，他当然不会轻易丢掉现有的权力和地位。并且，你看看现在这支湘军吧，这么多年的仗打下来，精锐早已打光了，那些优秀的人早已牺牲，部队已呈老态，哪里还能再打仗呢？再说李秀成，他不投降可以振臂一呼，从者云集；一旦他投降了，就是一只走狗，谁还听他的！一席话把曾国荃说得哑口无言。曾国藩还说，当兵吃粮，升官发财，就比如养了一群狗，你扔一块骨头，它就跟你走，别人扔一块更大的骨头，它就可能出卖你。我现在这个样子，又有多少骨头可以扔给他们呢？
曾国藩与曾国荃的这一番谈话，当然有野史想象的成分。不过以曾国藩和曾国荃的性格和关系，这样的谈话内容完全合理。不仅如此，曾国藩到了金陵之后，他的很多心腹，包括彭玉麟、赵烈文等人，以及着名的研究“帝王之学”的学者王阊运等，都先后来探曾国藩的底。他们一开始说话时都很隐晦，有的借机发发牢骚，抱怨朝廷奖励不公，有的替曾国藩抱屈，因为咸丰帝临死之时有遗言，许诺“克复金陵者王”。可等到曾氏兄弟攻克了金陵，慈禧太后和同治皇帝只悭吝地给了曾国藩一个“一等毅勇侯”，“王”与“侯”，相差十万八千里啊！对于部下与幕僚们的试探，曾国藩丝毫不动声色，他什么也没有表示，后来，为了避免越来越多的麻烦，曾国藩干脆亲笔写下了一副对联倚天照海花无数，流水高山心自知”，挂在金陵住地的中堂上。这样，所有来曾府试探风向的人，从这副对联中！就已经明白曾国藩的心迹了。
实际上对曾国藩来说，他不是没有考虑，而是考虑得已经非常彻底了。曾国藩清楚地明白目前的形势：摆在自己面前的，只有两条路，一是“进”一一拥兵造反，推翻清廷，自立为帝；二是“退”一一自剪羽毛，释清疑忌，以求自保。对于曾国藩来说，他显然不想继续打仗，多年的战争已让他彻底厌倦，更何况自己的身体和精力每况愈下，继续争权夺利，对于他来说，已没有太大的兴趣。曾国藩自那一次不告而辞回乡之后，人生的态度已亲近黄老哲学！几乎没有攀登顶峰的野心。水满则溢！月满则缺！曾国藩深得三昧。因此，曾国藩宁愿自己的福分和运气不要太好，所以，他把自己住的地方，命名为“求缺斋”，也是这个意思。不仅如此，曾国藩越来越迫切想退隐归田，颐养天年，在往后的岁月中，尽情地享受生活，读读书，写写文章。再说，如果造反，就一定有必胜的把握？曾国藩清楚地知道周围的形势，湘军只是清廷进攻金陵的一个先锋，螳螂捕蝉，黄雀在后，在他的身前左右，朝廷早就布置了大量兵马：在金陵的西部，官文守武昌，据长江上游；在东部，富明阿、冯子材守扬州、镇江，据长江下游；在北面，僧格林沁屯兵皖、鄂边境，虎视金陵。这些人马，都跟曾国藩的湘军毫无关联，他们可以说是来支援湘军的，也可以说是来防备湘军的。在这样的情况下，自己竭力冒险去做这样的事，不是很愚蠢吗？