对于这样的生活，曾国藩还是心安理得的。毕竟，以曾国藩的人生目标来说！他并不想做一个“神”。在他的一生中，他只是想做一个寻神者，一个能找到“神”的人，一个按照“理”来做人做事的人。只有拥有“规矩”！曾国藩才会有一种安全感，也能从中找到自己的乐趣。曾国藩从没想到做一个圣徒，也从没考虑过拯救世界什么的，他只是想尽自己的菲薄之力，做一点实实在在的事情。曾国藩始终是人，一个兢兢业业、克己复礼的人，一个谦谦的君子。这样的初衷，使得曾国藩总以一种独一无一的坚铺和毅力竭力争取尽善尽美。他的内心中，一直有一种巨大的信仰力量，像大提琴一样迂回低沉。
很快，金陵被攻克后的第一个冬至到了。按照惯例，这一天是祭祀祖宗和亡灵的日子。还没到晚上，金陵的街道上，到处都是烧纸钱的人。这也难怪，大战刚过，城中新增亡灵无数，哪一家没有凄婉的家事呢？到了晚上，即使在曾府之内，都能听到附近哭声一片，仿佛自己所待的地方是地狱一般。曾国藩不由叹了口气，吩咐家人也烧上几叠纸钱，祭奠一下自己的家人。怔怔地看着那些纸钱在火中变成了灰蝴蝶和黑蝴蝶，曾国藩不由感慨生死之隔如纸一样轻薄。那些当年活生生的魂灵，现在躲藏在什么地方呢一但愿他们在地下安息。
1865年4月，朝廷继续爆发政权斗争，那拉氏亲拟诏旨，斥责恭亲王奕口妄自尊大，目无君主，暗使离间，诸多挟制等等，革去其议政王和其他一切差事，不准干预政事。在金陵，第一时间里，曾国藩像一头警觉的猎犬一样获悉了这个消息，曾国藩担心这件事只是一个信号，随之还有相应的行动。既然对奕口都可以爽然弃之，对于大臣，更可以卸磨杀驴了。曾国藩苦思数日，开始向心腹将领吹风试探，想听听他们有什么好的应对办法。4月27日！曾国藩以巡察为名，相约驻扎裕溪口的水师将领彭玉麟赴下关一见。两人乘一只小舟来到了长江之中，在浩渺无垠的江面上，密谈良久。彭玉麟一直是曾国藩的心腹！为人刚正！淡泊名利，曾国藩很信得过他。彭玉麟劝慰曾国藩说，不行干脆归隐山林算了。曾国藩苦笑着说！山林里就安全了吗？彭玉麟又向曾国藩建议：干脆自己带头向朝廷递交奏折，要求朝廷善待功臣。曾国藩想了想，还是认为时机不成熟，不能莽撞行事。两人商定的结果只能是静观其变，从京中进一步了解详情，弄清事情的原委后，再决定下一步怎么办。很快，从京城传来的消息证实，奕口只是被罢了“议政王”一职，不久，又开始主政军机处了。曾国藩一颗悬着的心又落了回去。
这时候，朝廷似乎也察觉到了曾国藩在想什么。毕竟，对于曾国藩，同是属羊的慈禧太后还是很了解的，在曾国藩大张旗鼓地做出一系列让朝廷宽心的举动后，慈禧终于明白曾国藩的初衷，甚至，都稍稍有点感动了。朝廷接连下了三个谕旨，让曾国藩连吃三粒“宽心丸”一是军费报销免办清册；二是金陵窖藏金银去向不予追查；三是不再深究走脱幼天王之责。
那一天，曾国藩专门去了一趟金陵郊外的灵谷寺。在灵谷寺，曾国藩与寺内的住持品茗闲谈，大道相通，曾国藩感觉到，寺内的那些高僧，还是有大智慧的。言谈之际，曾国藩颇感受益。曾国藩还特意在灵谷寺买了一些名贵的檀香。现在，他又可以关起门来，安详静坐，享受奇特的异香了。长久以来，除了立功立言立身之外，曾国藩追求的，就是内心的宁静了。不仅仅是曾国藩，每一个中国传统知识分子内向的追求，就是宁静致远，在宁静中求得三昧。香气馥郁之时，曾国藩反省着自己的行为，当身体和思想松弛下来之后，有些事情，就不成问题与障碍了。这一点，是曾国藩最深刻的感触。有时候，曾国藩会在午后小睡一番。半醒半睡之中，曾国藩能感到凉爽的江风吹进窗口，有喜鹊在屋顶上快乐地鸣啼。身处这样的轻松环境中，曾国藩觉得自己卸下了很多东西，身心也松弛了不少。
一踏上淮北的大地，曾国藩就感到一股剌骨的寒冷。
虽然曾国藩来到淮北已是7月了，天酷热难当，但在身体之中，曾国藩还是感到有一种寒意。这种寒意，仿佛不是来自于外部，而是来自于体内，是自己身体之内深藏的冰。淮北的一切看起来一览无余，满眼望去，没有高的山，深的水，它平平整整，苍茫荒凉，一望无际。只是在旷野之中，到处生长着贱命的杨树，高高地耸立，遮挡阳光，也遮挡人们的视线。因为热，知了躲藏在杨树密密的大叶片里，一个劲地扯着嗓子叫唤。这也难怪，身处这样的地方，昆虫也会感到焦躁；不像南方，山清水软的，虫鸟在怡然自得的情况下，叫起来也是悦耳的。这里的人想必也是这样吧，身处尘埃遍布的环境中，难怪都那么好恶斗勇呢？曾国藩自己就有这样的感觉，从江南来到淮北，一踏上这块土地，就明显地变得焦躁了。
对于曾国藩来说，金陵惬意的生活刚刚开了一个头，就戛然中止了。从接到剿捻的上谕，到离开金陵，这当中一共有半年时间。曾国藩拖拖拉拉地在金陵磨蹭，那是因为他实在不想去趟这摊浑水。湘军刚刚攻下金陵，上谕就到，让曾国藩率领军队北上剿捻，以李鸿章暂署两江总督。接到这样的旨意，曾国藩一时不知所措。对于这一次北上剿捻，曾国藩很有情绪，一方面，他实在是不想再替朝廷卖命，十数年的戎马生涯，已让曾国藩厌倦战争中的一切，况且，他的身体比较虚弱，对繁重的事务，已明显缺乏精力，会经常莫名地焦躁心慌。此外，湘军的撤裁事务，以及与左宗棠的笔墨官司，都让他烦透了心，也很难脱身。不仅如此，曾国藩感到不满意的还有，朝廷此番安排，是让他跟官文以及僧格林沁一道“会剿”，以僧格林沁为主帅。也就是说，在很多时候，身为两江总督的他，还必须听官文和僧格林沁的。这样的安排，更让曾国藩不高兴。不过，朝廷让曾国藩参与剿捻，正好给曾国藩保存李鸿章的淮军找到一个理由。曾国藩上奏说：临阵指挥，非我所长，如果一定要我西上助战，须调淮军随同出征。言下之意是，湘军已经大量裁撤，无兵可用，只能依靠淮军了。淮军目标不如湘军大，在实力和装备上更强，在关键时候，还是能用得上的。曾国藩一方面派刘连捷的湘军直人黄州，听候官文调遣；另外一方面，将淮军主力分为三部：铭、盛军北上剿捻；松、勋军南下赴闽追剿太平军余部；其余各部留驻江苏。至于本人，他在给朝廷的报告中说，打算移师驻扎安庆，统筹调度。奏折递交上去之后，曾国藩心里一直忐忑不安。他在家书当中说，他实在是不想再接这个事情了，如果趁机被解除军权，就此体面下场，也属万幸。
不久，由于剿捻形势发生变化，曾国藩的北上推迟一先是太平天国扶王陈得才率太平军跟僧格林沁的清军在安徽霍山黑石渡一带展开决战，太平军大败，主帅陈得才见大势已去，自杀身亡，祜王蓝成春同时殉难，太平天国将领马融和、范立川率数万人投降；然后，捻军与僧格林沁在鄂东一战中，再次溃败，僧格林沁在战场上取得了压倒性优势。在这种情况下，朝廷回复曾国藩，让他先不要着急去安庆，也不必向李鸿章办移交，暂且驻扎在金陵，随时听取调令。这样，曾国藩暂停了北上，继续在金陵处理善后工作。
短时间的平静之后，北方的捻军又有了大动作：鄂东之战，捻军虽然受挫，但仍有数万兵马。不久，捻军与太平天国西征军赖文光部联合，拥赖文光为首领。两军合并后，在豫南地区进行整编，决定“易步为骑”，以骑对骑。经过改编，新捻军以骑兵为主，拥有骑兵一万多人，部分步兵也配备马匹，甚至一个骑兵不止一匹马。在作战方法上，新捻军以运动战为主，没有一个基本的战略根据地，聚散无定，打了就跑，疾如风雨，运动速度特别快。中原地区面积大，这些捻军来无踪去无影，官兵们很难捕捉到他们，地方之间也很难兼顾。因此，各地的官兵吃尽了捻军的苦头。北方的形势一下子变得严峻起来。
因为曾国藩迟迟没有北上，刚愎骄横的僧格林沁等不及了，他依然运用横冲直撞的蛮牛战术，对捻军穷追猛打，想一口把捻军吃掉。甚至，僧格林沁为了追击捻军，把马的缰绳拴在自己的胳膊上，夜以继日马不停歇。清军一共追击了两个多月，行程数千里，部队疲惫不堪。这时候，捻军设下了埋伏，等着僧格林沁钻入包围圈一一1865年5月，捻军在山东曹州高楼寨将僧格林沁孤军深入的部队团团围住，双方的厮杀一直持续到深夜，僧格林沁部一万多人被歼。僧格林沁本人逃到麦田里，被捻军一个十几岁的小孩张皮绠找到，一刀下去，身首异处。消息传到京城，清廷极度震惊。十天后，上谕再次传到金陵：命曾国藩带领亲军小队，轻骑就道，兼程北上，督办直、鲁、豫三省军务，以钦差大臣赴山东督剿。
奉到上谕，曾国藩大惊失色，他不得不正视眼前的窘境：湘军裁减大半，兵力单薄，如何剿捻？且捻军多为马队，官兵以步对骑，如何制胜？曾国藩还是不想北上，但上谕难违，曾国藩只好采取“拖”的办法。他又上了一个奏折，列举了自己的几点困难：
一是兵力不足，金陵仅湘军三千人。淮军虽称劲旅，但只有刘铭传、周盛波两军归曾国藩调遣，人数少，不成气候。为解决兵力不足，必须以先前湘军的做法，在徐州一带募集兵勇，协助作战。二是战马缺少。捻军战马极多，此次僧格林沁蒙古马队溃散，捻军又掳战马逾万匹。如没有骑兵部队，官军将不战而败。曾国藩提议在徐州添练马队，另派人到北方买战马千余匹。三是扼捻北上，只有依靠黄河天险，而防河之策，应该为目前第一要义。江南水师，于黄河水性不合，要防河，应有大量的准备工作，必须兴办黄河水师等等。四是北方土地面积广大，捻军的活动范围很大，自己的权力不能完全兼顾，因此朝廷要号令各地方官员，恪守自己的职责。
曾国藩把众多的困难一一列举，就是要把丑话说在前面，万一自己剿捻失败，也有一个明明白白的说法。曾国藩太清楚京城的那些遗老遗少了，他们哪里知道下面的艰难呢？曾国藩心里一直耿耿于怀的是朝廷对湘军的不公，十几年的战争，岂是轻轻松松就能打下的？那要牺牲多少子弟兵，浪费多少金钱，涂炭多少生灵啊！
同一天，曾国藩又向朝廷追加了一个奏折，曾国藩还是不想趟这一摊浑水，他向朝廷报告说，自己精力疲惫，近来更是衰败，说话二十句左右，舌尖就会麻木艰涩，不能再说。希望皇上恩准，另选懂军事的大员督办军务，自己愿以闲散人员的身份在营效力，鞠躬尽瘁，死而后已。
朝廷当然不同意曾国藩的推脱。这一回，朝廷看起来对曾国藩尤其信任，命令所有直隶、山东、河南三省旗、绿各营及地方文武员弁，均归曾国藩节制调遣。如该地方文武有不遵调度者，由该大臣指名严参。这等于又将这三省的军政大权都交给曾国藩了。
在这种情况下，曾国藩只能硬着头皮勇往直前了。虽然曾国藩不在与捻军作战的第一线，但对于北方的战局，还是相当了解的。在透彻地分析形势的基础上，曾国藩给朝廷写了一封奏折，胸有成竹地向朝廷指出：捻军虽获大胜，但黄河此时正在涨水，捻军不可能北渡；且这时李鸿章已派潘鼎新部十营北援，捻军不会威胁京城，朝廷尽可放心。其次，由于捻军都是马队，剿捻队伍必须扩大骑兵。同时，剿捻的重点地区应该是以徐州为中心，兼顾四省毗邻的十三个府州。所以，完全没有必要由自己来节制直隶、河南、山东三省。
1865年6月18日，曾国藩率领湘军三千人，从金陵北上徐州。这一次，似乎从一开始，就有不好的征兆一一曾国藩启程之时，欧阳夫人及女儿也准备离开金陵，打算乘船先到武昌，再转往湖南老家。一家人跟着曾国藩一起去下关码头，然后分道扬镳。在码头，曾国藩启程之时，水陆诸军照例鸣礼炮相送，不料，仅有两个月大的曾国藩的外孙女受了惊吓，随后竟一命呜呼。这一件事，让曾国藩很是难过，也百思不得其解。在此之后，航行在长江上的曾国藩接到安徽布政使英翰的求救信，张宗禹正指挥捻军围攻据守雉河集的清军。曾国藩被迫转道，率领人马先进驻临淮关，指挥湘军、淮军与豫军等陆续增援雉河集。捻军见曾国藩来势汹汹，只好撤走。曾国藩继续北上徐州，捻军又打马转道河南。捻军就这样跟曾国藩玩起了拿手的“捉迷藏”游戏。
真正地与捻军作战，曾国藩不得不面临一个新问题，那就是，如何根据对手的情况确定自己的战略战术，在曾国藩看来，这一点至关重要，也即兵法常说的“知己知彼”。经过一番周密的研究，老谋深算的曾国藩掌握了捻军的长处和短处，在曾国藩看来，捻军的长处有四点：一曰步兵长竿，于枪林弹雨中冒烟冲进；二曰马兵周围包裹，速而且匀；三曰善战而不轻试其锋，必待官兵找他，他不先找官兵，得粤匪初起之诀；四曰行走剽疾！时而数日千里！时而旋磨打圈。至于短处！曾国藩同样分析得很清楚：一曰全无火器！不善攻坚！只要官吏能守城池！乡民能守堡垒！其即无粮可掳；二曰夜不扎营，散住村庄，若得善偷营者乘夜劫之，胁从者最易逃溃；三曰辎重、妇女、骡驴极多，若善战者与之相持，而别出骑兵袭其辎重，必大受创。
在这种情况下，曾国藩有的放矢，制订出一套重点设防、以静制动的战略，在曾国藩的战略思想中，最精锐的部队不应该跟着捻军运动，要“以我为主”，在摸清捻军活动范围的基础上！扼守四个关键地点，即安徽的临淮、江苏的徐州、山东的济宁以及河南的周家口。曾国藩亲自守徐州，安排刘松山守临淮，刘铭传守济宁，张树声和周盛波驻防河南的周家口和归德；在此基础上，曾国藩再安排四支机动部队进行突击，他们分别是潘鼎新、易开俊、张诗日统率的三支陆师，再加上李鸿章的弟弟李昭庆率领的一支马队。这四支精锐部队直接由曾国藩指挥！至于其余的武装力量，则由四省巡抚率领。这样，对捻军作战，一直保持着“四镇四游”的力量一省有急，三省往援”，也就做到了“往来神速，呼吸相通”的格局。
曾国藩此次堪称“全民动员”一一在地方上，曾国藩责令各省巡抚在捻军经常出没之地修筑圩寨，设立圩长，实行坚壁清野，使捻军得不到一点给养；又制定查圩法，对圩寨进行彻底清查，把与捻军有关的人列入莠民册，按册缉捕捉拿，其他的列入良民册，推行保甲连坐。圩长则具保结于州县，有事则圩长连坐。应该说，曾国藩的这一策略，具有相当强的针对性。曾国藩还派幕僚薛福成等人，对于各地村寨的执行情况明察暗访，对一些违规的村寨和村民，大开杀戒，杀一儆百，尤其是在亳州、蒙城一带，有时一个村寨就诛杀十多人。这样一来，当地的百姓很少敢跟捻军联系了，捻军没有村民作掩护，不仅失去根据地，也失去了存在基础。