但1964年12月22日，这位杰出的博物馆学家、考古学家，登上了南京东郊的灵谷塔，纵身一跳凌空而下，突然结束了她年仅55岁的生命。而55岁正是一个博物馆学家、考古学家的黄金年龄！
曾昭燏为什么会在黄金年龄选择纵身一跳、飘然而下呢？
在曾昭燏跳塔十年后，她中央大学时的要好同学沈祖棻有诗緬怀她：
湖边携手诗成诵，座上论心酒满觞。
肠断当年灵谷寺，崔巍孤塔对残阳。
沈祖棻丈夫、曾昭燏旧识程千帆为沈诗作笺释曰：
子雍（曾昭燏字）掌南京博物院，位高心寂，鲜有朋之乐，无家室之好，幽忧憔悴，遽以一九六四年十二月二十二日坠灵谷寺塔，享年仅五十有五。伤哉！
沈写诗程作笺释时为1974年。其时程千帆尚是右派在身，他们能写诗作笺纪念曾昭燏，那是需要很大的勇气的。在当年的政治气候、话语环境之下，位高心寂、鲜有朋友、无有家室，这三条自然可以成为曾昭燏坠塔的普通理由，也无疑可以作为曾昭燏坠塔的正式理由。不过事后也有个别人在分析曾昭燏坠塔原因时，竟说曾昭燏父亲患有抑郁症，而曾昭燏晚年遗传了父亲的抑郁症，由此似乎为曾昭燏的坠塔找到了心理方面的原因，这实在就太过分了。
1949年是中国许多著名知识分子人生选择的重要一年。林徽因、林巧稚选择留在了大陆。因为抗战逃难，林徽因原本就不好的身体遭到了致命的摧残，她和同样有病在身的梁思成都选择了留下，而当时的新政权也对梁思成、林徽因表现出了极大的信任。从标注国内著名文物古迹，到设计国徽、英雄纪念碑，他们都以出色的才华、惊人的毅力，圆满地完成了任务。而林巧稚是位医生，自己没有结婚、没有孩子，但经她手接生的孩子千千万，由此她被誉为“万婴之母”。林徽因、冰心等这些福建同乡姐妹生孩子，都是林巧稚亲自接生的。作为当时国内职位最高的妇产科专家，林巧稚觉得救死扶伤、治病救人是其天职，她没有理由离开她的病人、她的协和、她的事业。
相比林徽因、林巧稚的选择，曾昭燏要复杂得多、艰难得多。近百年来作为大家族的曾家，与同样是大家族的陈家（陈宝箴、陈三立、陈寅恪等）、俞家（俞明震等）、唐家（唐景崧、唐篑等）、谭家（谭延阊、谭季甫等）、傅家（傅斯年、傅仁轨等）等联姻组成了庞大无比、盘根错节的社会关系网。你看，陈寅恪、陈方恪是曾昭燏的表哥，俞大维是她表姐夫，傅斯年是她哥哥曾昭抡的连襟，曾昭楣的丈夫是谭延阊的公子谭季甫，等等等等。如此家世真是令人眼花缭乱、目不暇接。1949年，曾昭燏一批亲友像俞大维、傅斯年、曾昭承、曾昭楣等都去了台湾。
1949年3月的一天晚上，曾昭燏来到胞妹曾昭楣家中，将当年母亲留给自己的一些遗物送给她，说自己独身一人，留着这些金手镯、金戒指无用，请昭楣好好保管。这时她已经下定决心选择留下来，并将从此与昭楣人海两隔。
当中央博物院一批工作人员迁台时，曾昭燏执手相送，并对自己留守大陆的决定表现淡定：“我与你们不尽相同，是因为我的祖先曾经围攻过南京都城，世道循环，我主持（院务）只当如此……”
让曾昭燏留下来的原因当然是多方面的，不过至少以下这几个方面的原因是不可忽视的和比较重要的：
（一）自曾1938年回国已经十年，这十年她与中央博物院同生死、共患难、齐悲欢。作为博物院的负责人，她离不开她苦心经营且已经成果迭出的博物馆与考古事业。特别是在她一手主持下，博物院大殿在停工十年之后终于在1947年年底正式建成。
（二）南京是她祖先浴血奋战过的地方，也是她完成大学学业的地方，这儿还有她的恩师胡小石先生等一批师友同学。
（三）她的表哥陈寅恪、陈方恪、胞兄曾昭抡、胞妹曾昭懿、曾昭頮、胞侄曾宪洛等一批亲人都留在了大陆。
（四）她对政党、政权、政治一直比较淡然，历史清白。她是一个业务至上的专业知识分子，也没有家庭、婚姻、子女等这些拖累。
既然选择了留下，曾昭燏立即就以饱满的热情、真诚的精神、勤奋的工作迎接这个崭新的时代一1949年4月24日，南京解放后的第二日。一早，解放军军管会正式进驻博物院，曾昭燏便带领博物院未去台湾留在大陆的全部工作人员列队欢迎军管会。五六月间，军管会决定成立博物院文物清点委员会与博物院院务委员会，曾昭燏积极参与工作。
1949年7月7日，为配合解放军南下工作团赴西南工作，曾昭燏主持举办了“中国西南部及南部少数民族文物展览”。
1949年10月2日，新中国成立的第二日。早晨六点，曾昭燏率领全院23名员工，第一次在博物院大殿前升起了五星红旗。
1949年11月25日，曾应华东军政大学要求，主持举办“社会发展史一从猿到人展览”。
1950年1月1日，主持举办“中国历代陶瓷展览”。
1950年10月25日，主持举办“中国史前新陶展览”。
1951年1月22日，主持举办“南唐二陵墓地及出土文物展览”。
1951年3月9日，主持举办“南唐二陵墓出土文物展览”。
1953年1月14日，主持举办“原始社会陈列”。
1953年4月23日，主持举办“社会发展史展览”。
按常理，考古工作、博物馆工作一般是远离政治的，但曾昭燏在这么短的时间里，就接连组织了这么多紧密配合新形势的文物展览，这可不是一般的人物所能想得到，更不是一般的人物所能做得到的。由此可见当年的曾昭燏确实对新政权表现出了由衷的热忱，她一心就想紧跟形势、勇立新功。
身为曾氏家族后人，曾昭燏对为人处世的道理、世间的人情冷暧、官场的命运沉浮，从小就耳闻目染。多年博物院的实际领导工作，也使曾昭燏历练出了很强的行政管理能力。但解放后此起彼伏的政治运动，还是让曾昭燏始料未及、手忙脚乱，始终让曾昭燏如履薄冰、诚惶诚恐。
比如，曾昭燏对当时大陆关于“曾国藩是汉奸刽子手”的评价，就百思不得其解。她对原中央大学历史系主任贺昌群说，范文澜认为曾国藩是汉奸刽子手，她怎么也想不通；说他是镇压太平天国的刽子手，是不错的，但说他是汉奸，曾家绝不能接受，因为这不是事实。
身背沉重家世负担的曾昭燏，早在1951年就以戴罪之心写出了数万字的供状式自传，彻底交代了自己的家族身世、社会关系、思想变化、生活历程，以求当局审査。
1951年10月，毛泽东在全国政协会上提出知识分子要开展思想改造。
曾昭燏闻风而动，她积极报名参加了博物院赴安徽皖北的土改工作队。她要用立功赎罪的态度、贴近农民百姓的方式来洗刷掉自己知识分子的旧思想，来消除掉自己封建地主阶级的烙印。曾昭燏还在全院大会上表态，自己将每天问自己三次：我为人民为社会主义建设服务是否有不够积极的地方？我为扩大队伍加强团结上做了多少？我学习马列主义是否有高度积极性与自觉性？当中央提出要“完成台湾与祖国统一大业”时，曾昭燏主动按照上级要求通过国际广播电台进行对台广播，用现身说法规劝在台的亲友早日“弃暗投明”，离开那个水深火热的孤岛。当中央发动对胡适、傅斯年的大批判时，虽然胡适、傅斯年对曾昭燏均有知遇之恩，傅斯年还与她有亲属关系，但曾昭燏仍然第一时间上交了胡适送给她的《胡适文存》’明确地与傅斯年划清了界限，表示现在才终于认清傅斯年“始终站在反革命立场”的“国民党蒋介石的帮凶者”的历史真面目。当抗美援朝需要捐款购买飞机大炮时，曾昭燏第一个带头捐，捐得也最多。曾昭燏还多次向党组织提出入党申请，希望党组织能考验她、接纳她。
就在曾昭燏多年如一日积极要求进步，极力跟进新形势的时候，大陆相继开展的“肃反”、“反右”、“四清”等名目繁多的运动让曾昭燏无力招架、噩梦连连、不堪重负。曾昭抡是她的二哥，解放前的中央研究院院士、解放后的中国科学院学部委员，还历任北大教务长、高教部副部长、中科院化学所所长，一直是“左派”教授，曾深得中共欣赏。但1957年反右时他却成了国内最大的六大右派之一，被撤职、被批判，孤身一人从北京下放武汉。曾宪洛是曾昭燏大哥昭承的儿子，1949年随父赴台后又回到南京迎接解放。曾昭燏没有成家，视侄如子。而解放前就是中共地下党员的曾宪洛，竟然在1955年的“肃反”中，因家庭出身问题被勒令退党，在1957年的“反右”中又被打成右派关进农场劳动改造，后不知所终、死活不明。妹妹曾昭懿是北京协和医学院医学博士、林巧稚的得意门生，解放后曾任北京市第三医院院长，终身未婚。后她因不堪政治运动而精神失常，只能投奔南京与姐姐曾昭燏共同生活。
而曾昭燏的学术朋友当中，一大批人都正遭受各种批判，可谓“海内知交殊进退，天涯相望各悲欢”。沈祖棻、游寿是曾昭燏当年中央大学的同学、闺蜜。沈祖棻解放后在武汉大学工作，她的丈夫，一名纯粹的古代文学研究专家程千帆却于1957年被打成右派，下放湖北农村，自此夫妻之间城乡两隔。好不容易盼到了1976年粉碎“四人帮”，夫妻才得以团聚，但1977年6月的一场突来的车祸夺去了沈祖棻的生命。而游寿为躲避解放后的历次运动，早在1951年就辞去南京大学的教职，选择了自我放逐、自我救赎。她先前往山东济南任教，最后干脆孤身一人前往边地哈尔滨师范学院任教，不求闻达不问名利，苟且偷生，总算活到了改革开放的新时代。1994年游寿以89岁高寿离开人世，晚年倒是过了几年舒心日子。
而曾昭燏的表哥陈寅恪作为留在大陆最有学问的学者之一，解放后一直遭受来自各方对其独立精神、自由思想的挑战甚至是挑衅。好在陈寅恪是一个知行合一、表里如一、始终如一、惟精惟一的大知识分子，他的内心世界无比强大，他壁立千仞俨然南天一柱般顽强地生活着、奋斗着。1963年初，曾昭燏借去南方出差的机会，专程到中山大学拜访了表哥，此时的表哥又是瞽目又是折腿。他没有外部五色世界只有内心精神世界，不能维艰举步，只有床榻缠绵。不过，陈寅恪内心还是心如止水，依旧在助手的帮助下，克服种种困难，一如既往地著书立说。他为远道而来的表妹曾昭燏留诗道：“银海光销雪满颠，重逢膑足倍凄然。”唉，此时凄然的又何止是陈寅恪，曾昭燏同样凄然，甚至更凄然。
1962年3月，曾昭燏终生敬重的恩师胡小石去世。胡在南京乃至全国文史界享有很高地位。作为曾昭燏的恩师，胡小石一直用他渊博的学识、高尚的人格影响着曾昭燏，同时也凭借其深厚的人脉资源对曾昭燏的博物馆与考古工作给予着无私的帮助。胡小石的去世，犹如大树折断、大厦倾塌，这让终身以学术为生命、自己没有家室的曾昭燏一下子失去了家庭般的溫暧，失去了师长的呵护和精神的支柱。
1962年发起的“四清”，从最初面向农村的“清工分、清账目、清财务、清仓库”逐步波及社会各阶层的“清査历史、清査思想、清査政治、清査经济”，俨然十年“文革”动乱的前奏。在这一场声势浩大的运动中，学术界原本属于红色巨头的杨献珍、孙冶方、翦伯赞、罗尔纲等纷纷落马。这让一直紧跟形势的曾昭燏对“形势”产生了前所未有的、无边无际的恐惧。
而此时在博物院的工作上，也出现了曾昭燏所无法想象的新问题。解放后博物院从行政隶属上，首先是直属中央文化部，后下放到文化部文物事业管理局，再下放到华东行政委员会文化部，再后来下放到江苏省文化局；在机构设置上，先是中央博物院筹备处整体改称南京博物院，继而又与江苏省博物馆、江苏省文物管理委员会共三家单位合并。虽说1955年后曾昭燏正式成为了博物院的院长，但人、财、物、党、政、学、群也是政出多门、互相牵制、效率低下。曾昭燏虽为博物院场馆征地、办公经费、人员编制、机构设置、功能界定、计划制定等多方联系，倾力筹措，但不如意事常八九。
曾昭燏一生未婚，从30年代开始，就有不少“不怀好意的无聊小人”在背后对她指指点点，不断就其清白、真诚的师友关系、同事情谊妄加猜测’说她曾与这个好过，那个暧昧过。解放前就不说了，在解放后这样的议论与猜测更是让曾昭燏百口难辩、心灰意冷。
作为旧式封建大家族走出来的西式资产阶级知识分子，曾昭燏仿佛身负原罪一般，处处提心吊胆，时时如履薄冰，事事杯弓蛇影。虽说曾昭燏是一等智慧，也不乏事功，因而侥幸躲过了一场又一场的运动。但她早已是“心力交瘁”。所以，1964年的“四清”运动来临时，恩师故去，至亲零落，朋友落难，工作多舛，家族包袱，多年来积聚在内心无法排解也无处排解的恐惧与焦虑一起涌来，这一回曾昭燏终于在精神上全面崩溃了。
一叶落而知秋之将至，面对即将到来的风暴，此时的曾昭燏，肯定想到了“在劫难逃”，也肯定想到了“朝闻道夕死可矣”，她只好殉道了！她一定想到了王国维的“五十之年，只欠一死”，想到了陈寅恪的“独立之精神、自由之思想”，也想到了曾国藩晚年的“心力交瘁但求速死”。这么一路想来，可怜的曾昭燏一时竟真找不到一个继续活下去的理由了。
于是，1964年12月22日，南京东郊灵谷塔上的纵身一跳，也已经不需要“事后是非谁省识”的感慨了。还是表哥陈寅恪了解这个表妹，他只喟叹道：高才短命人谁惜。