清政府采纳了曾国藩的建议，将李续宾、杨岳斌部水师拨还给了他。令曾国藩更为欣慰的是，由于胡林翼在湖北长期发展、扩编水陆师，使得湘军水陆师军容甚盛，兵力更加强大。
由此可见，在与上方的沟通中，曲线表达意思比直言相告更容易获得好的效果。曾国藩就是采用间接的方式，向皇帝和清政府表达他的愿望和要求，最终如愿以偿。
清政府派遣曾国藩与胡林翼分兵四路进攻太平军，大军浩浩荡荡直奔天京。1858年底至第二年初，在和太平军的战斗中，清军取得了连续性胜利。曾国藩率部已进驻安庆二十余里外的高桥，多隆阿军于4月进至桐城外同，李续宾军进驻桐城的青草塥，作为两路策应。正当湘军摆开阵势，进攻桐城、安庆时，清廷下旨，要求曾国藩领军东援江南大营，曾国藩极不愿意。
曾国藩认为，根据战争经验必须以上游为立脚的根本，攻取安庆是尤为关键的一战，认为这一战关系到淮南地区的整个局势，也是以后收复金陵的前提和根本。江南大营正是因未据上游而失败，如果现在离开安庆而去增援苏常就等于重蹈覆辙。同时，他又根据当时的形势，进一步分析不能东援的理由：江南大营以苏常为根本，苏常已失，这个“根本”已不存在；湘军以两湖为根本，湘军东援，就远离根本，处于无可依托的困境；更为紧迫的是，太平军在东线获胜，夺取苏常后，势必西征，争夺上游。因此，必须在两个月之内巩固好江楚三省防线，以迎战西征的太平军。
因此，曾国藩看来，朝廷要求东援，在战略上是错误的。但是清廷催促很紧，在清廷看来，复苏保浙更重于攻取安庆，是战争全局的关键所在。
朝廷的旨意不可违抗，战略错误不能明知故犯，最终打败的话，朝廷还是会怪罪自己，追究自己的责任的。因为与朝廷有不同意见，曾国藩不愿意开始就顶着不干，给朝廷留下不好的印象。
曾国藩采取的方法是：在认识上耐心加以疏导，照顾到朝廷的尊严，在部署时加以敷衍。这样，做到既不放弃原则，又不给清廷留下桀骜不驯的印象，不久后的事实证实了这一方针的正确。虽然这是有点冒险的举措，但是围攻安庆，太平军并未北进；攻下苏常后，太平军又未及进攻浙江。
在处理君臣关系上，曾国藩认为忠者不必有超过别人的才智，竭尽自己的心思就可以了；殷勤不必有超过别人的精神，竭尽自己的力量就可以了；对君王能推心置腹，忠心到了，智慧也随着产生了；能苦劳筋骨，以对付大的困难，勤到了，真也就产生了。曾国藩认为，古代称得上“忠勤”的贤人不乏其人，自己是妄有虚名。如果能出去担负艰巨的任务，应当励行“忠勤”二字弥补自己的缺点与遗憾。“忠”应该积累在于年日，从不妄说开始；“勤”也应该年日积累，从不安逸开始。
作为一个封建时代的朝臣，忠君思想是曾国藩约束自己思维方式和行为准则的重要方面，他不可能超越这一根本性的规范。但在遵从这一规范的前提下，他可以充分发挥自己的处世智慧。
由此联想如今，社会竞争的激烈堪比古代战争，每个人都忙碌于自己的生活和工作之中，为立足于社会而努力，但又不能仅仅为了工作，放弃自己的原则。对于领导布置的错误任务，最好的应对方法就是保全对方的面子，还让事情往正确的方向发展，在和谐的氛围里达到自己的目的。
因时而变，风气之先
古往今来，无数事实多次证明，那些名垂千古，为人推崇的人往往不是那些墨守成规的人，而是那些主张因时而变，敢承风气之先的人。曾国藩却是一个“继承与发展”、“守旧与革新”的双重特性的人物，可以说他的“发展”与“革新”，是站在时代的高度，放弃夜郎白大的盲目自大观，开启了一代学西方先进科技文化的风气之先，给黑暗沉沉的中国带来了一缕“自强”的曙光。
儒家的优秀传统之一是培育了中国人把个人命运与国家命运紧紧结合的自觉。治国、平天下的追求和“天下兴亡，匹夫有责”的箴言，已经成为社会认可的理想人格和道德规范。曾国藩晚年被封为武英殿大学士，位尊为“相”而居汉大臣之首。但按照清代政制，这仅是没有实权的尊号。在其事业的鼎盛期，他虽是节制几省军务的主要军事统帅，但其实职始终是地方大吏——直隶总督、两江总督。按照思不出其位的原则，他完全可以循规蹈矩，以完成本职工作为满足。可是，他一再发出建立机器局、派遣留学生等倡议。这些行动只有一个合理的解释：急于改变国家贫弱面貌的爱国热忱超越了个人成败得失的考虑。他曾同李鸿章说过：“鄙意北方数省因循已久……东南新造之区，事事别开生面……制器造船各事，皆已办有端绪。自强之策应以东南为主。阁下虽不处海滨，尚可就近处理，购办器械，选择人才，本皆前所手创，仍宜引为己任，不必以越俎为嫌。”在专制制度下，越俎代谋小则招怨，大可惹祸。据内容看，此信大约写于1867年李鸿章被任命为湖广总督后。曾国藩一生谨慎，平定太平天国后又恐权重位高招忌，加上健康每况愈下，因而一再要求归田以完晚节。如果不是出于考虑国家安危、开创一代风气，是不会有这一行动的。他一生谨慎，但却要求李鸿章敢于“越俎”，表明他担当大事的品格。
其次，因时而变，实事求是的精神是推动他走上与学习西方相结合的基本因素。儒家的经世致用派一贯强调从实际出发，这种学风代代相传，成为这一流派的人物历来较有成就的重要原因。曾国藩继承这个传统，也一再强调“不说大话，不骛空名，不行驾空之事，不谈过高之理”，“禁大言以务实”。理学家们沉溺于心性之学，热衷于从考察思想动机中去鉴别君子与小人。而曾国藩对此做了重大的修正。他说：“恒言皆以分别君子小人为要，而鄙论则谓天下无一成不变之君子，无一成不变之小人。今日能知人，能晓事则为君子，明日不知人，不晓事即为小人。寅刻公正光明则为君子，卯刻偏私暧昧即为小人。”晓事、知人，这都是主客观密切结合的实践活动。这些活动不但有客观标准可寻，而且必须眼睛向下，虚心考察实际情况，从阅历中方能得之。他甚至直截了当地说：“不晓事则挟私固谬，秉公亦谬，小人固谬，君子亦谬。”把是否如实地认识客观事物作为判断是非的标准，对理学笼罩下的社会上层说来，这是非同小可的是非标准的变动。试想一想，醇亲王、倭仁之流完全可以标榜自己是秉公的君子，爱国的典范。倭仁至死仍在提醒皇帝“勿忘庚申之变”，即1860年英法联军占领北京之耻，但其对策却是“毋以诗书为迂阔”。要“非圣之书，屏而不读”。按照他们的思路，国家固然走不出困境，儒学亦必然继续在泥淖中打滚。曾国藩在君子小人的区分这一重大问题上做出新的概括，这既是对理学的勇敢挑战，也是为实事求是地体察国内外情况、汲取新知识、采取新措施祛障辟路。针对中国士大夫的思维特点，他特别强调不能迷信经籍。他说：“孟子曰‘尽信书不如无书’。君子之作事，既征诸古籍，诹诸人言，而又必慎思而明辨之，庶不致冒昧从事耳。”务实之意溢于言表。
曾国藩还继承发扬了儒家思想中的主变因素。儒家有强烈的“率由旧章”的保守性格，亦有丰盛的变动不居的辩证法遗产。以曾国藩来说，直至1850年，他仍然郑重其事地申明：“独至我朝，则凡百庶政，皆已著有成宪，既备既详，未可轻议。”对内外交困的境况感受不深，缺乏变以解危的紧迫感。随着太平天国义军在大江南北驰骋，他由一帆风顺的京官转到地方上兴办团练，阅历增长，对社会痼疾的了解加深，求变的思想便日益加强了。他在1859年写道：“吉，非有祥瑞之可言，但行事措之咸宜，无有人非鬼责，是即谓之吉。过是则为吝矣……《易》爻多言贞吝。易之道，当随时变易，以处中当变，而守此不变，则贞而吝矣……故曰：‘震无咎者，存乎悔。”’震就是动，要反乎贞吝而在变动中求吉与无咎，在于正视现实，不断改正既往的缺点错误。个人如此，国家大事也是如此。进入19世纪60年代以后，曾国藩积极推动和参与学习西方的洋务，这也是重要的思想基础。
今人对于洋务运动自然有褒有贬，然而曾国藩倡洋务足以说他绝不仅仅是那种以谦谦自守、修身养性为信条的一介儒生。他敢开风气之先的胆识与行动则被人们称之为“中国近代化之父”。
清廉自持，热心待人
清廉不贪是为官者的基本要求。号称清代第一清官的汤斌任江宁巡抚时，初至南京，就召集府县官，训斥道：贪贿者轻则被人弹劾而去，重则抄家追产，诛及子孙。而且，一沾贪名，上司收受了下官的贿赂，就有把柄在别人手中，下官有什么过失也不敢轻易纠正，久而久之，会有包庇之嫌。州县官听了这番训导，都说“公治吾等”，即救了他们的命。
曾国藩最崇拜汤斌，认为清朝有成就的人中，汤斌是一流人物。
曾国藩也崇尚清廉。据他的女儿崇德老人说，曾国藩无论是官位做得多大，“署中没有敢以苞苴进者”，他的夫人“无珍玩之饰”。崇德老人回忆说，曾家只有一次收受别人的礼，那是提督黄翼升的夫人进献的。
黄翼升是长沙人，少年时是个孤儿，最初以“材官”隶属曾国藩部下。曾国藩建立水师时，黄翼升帮了大忙，是曾的四大心腹之一。组建淮扬水师时，黄翼升任统带。1862年，黄归李鸿章指挥并很快成为李的得力助手。后来，曾国藩想调黄翼升部离开苏南，十三次与李鸿章来往信函相商，李鸿章却一口拒绝。由于黄翼升“素性宽和”，比较受将士拥戴，曾国藩一定要把这位爱将调回。李鸿章说黄“厚道热肠，为武人中第一流，为平吴第一功臣，为沪军第一苦人”，所以坚决不给，为此，曾、李两人差点闹翻。
这时出现了“夫人外交”，才使问题得以解决。
黄翼升此时处于很尴尬的境地，还是他的夫人出来调停，一定要奉曾国藩的夫人为义母。一天，正好是曾夫人生辰，黄夫人带着翡翠钏一双、明珠一粒、纺绸帐一铺来贺寿，当堂拜曾夫人为义母。当时人多众广，曾夫人不好不给面子，也就答应将黄夫人收为干女儿。
寿宴结束后，曾夫人向曾国藩述其原委，曾国藩起初很生气，但一想能收服将心，调和因黄翼升而起的曾、李关系的矛盾，也就不再说什么。这个纺绸帐后来曾国藩的女儿出嫁时，作了嫁妆，直到崇德老人的晚年，仍“用之未坏也”。
曾国藩很通人情世故，为了照顾别人，还主动让欧阳夫人收干儿女。一年，邵蕙西的夫人因躲避战乱率子女到了上海，曾国藩得知后派轮船密迎邵夫人以及她的二个儿子，一个已经出嫁的女儿，将她们一家安顿到安庆，还每月出银二十两，给邵夫人的一家租了房子。若干年后，邵夫人及她的长子相继病逝，邵夫人的二儿子及女婿送灵柩回浙江。曾国藩见邵家小女儿孤苦无依，就让她拜欧阳夫人为义母，这样，邵家小女儿就可居住在两江总督署中，得到曾家的照料。