李秀成兵力不足，写急信向无锡、常州驻军求救，不料告急信都为敌截获。不久浒墅关、虎丘都失守了，运河交通也被切断。主战场遂渐移到苏州城下。
李秀成召集高级将领商议，提出放弃苏州，全军作战略转移。这就是他后来向天王提出放弃天京，即所谓“让城别走”的前奏曲。
慕王谭绍光不同意。他坚决主张死守苏州，不后退，“奋斗到底”。纳王郜永宽等有叛降之心，也不同意。
谭绍光是参加金田起义的资深战士。他的事迹初见于文献乃是1858年二十四岁的谭绍光随李秀成援救天京，攻破江北大营。据吟唎说，李秀成很喜欢他，要把女儿金好婚配，但金好却与英国朋友自由恋爱和结婚。这是吟喇编造，不可信。李秀成有女婿是蔡元隆，与谭绍光没有瓜葛。谭绍光的罗曼史无记载，但在太平天国不允许男女混杂，晚期妇女更沦为男子附属品时代，他也是很难有情切切意缠绵的风流韵事的。
谭绍光作战勇敢，苏州虽遭围攻，他仍斗志昂扬。因此连“常胜军”领队戈登都表示敬佩，几次写信劝降，但他用战斗来回答。谭绍光多次组织将士打败“常胜军”。尤其是发生在11月22日的战役。
这天深夜，万籁俱寂，头裹白巾的“常胜军”向娄门外石垒偷袭，前锋已成功地攀上了垛墙，不料守军早已整装已待，他们英勇反击，坚守阵地，初攀者都成了刀下之鬼，后继者吓得见到自己影子也害怕。戈登只得动用大炮掩护退却。清晨，“常胜军”又动用全部的四十门大炮轰击娄门外石垒，猛烈的炮火把屋宇和装备炸毁以致天空飞满碎片。李鸿章亲临战场观看，见到这番场景得意非凡。炮轰以后，步兵冲锋。谭绍光跣足赤膊，冒着炮火，指挥守军坚守。这一仗杀死“常胜军”军官、士兵二百多人，是戈登领兵以来首次的惨败。
戈登和“常胜军”受到打击，士气低落，于是他们也主张政治诱降。
大厦将倾，一木难支。谭绍光坚贞不屈，但他的同侪郜永宽等却消极怠战。
郜永宽也是很会打仗的。他和谭绍光多年随李秀成南征北战。李秀成直属有多支军队，其中番号为“忠义宿卫军”的，是他的王牌军，主将是谭绍光，副手、大佐将就是郜永宽和陆顺得。
有兵就有权。太平天国后期的诸王和高级干部都懂得这个道理。拥兵才能自重。由他们指挥的军队，也是他的私人武装，帮助一起当家作主的，是兄弟、家族、亲友、同乡，由此组合了一个非常牢固的领导核心集团。因此，洪秀全虽然有几次革除陈玉成、李秀成爵位，他们仍是可以在军中发号施令，指挥一切。洪仁开、林绍璋没有自己直辖部队，革爵后就形影不立，听任天王摆布了。郜永宽也拥有很多军队，他和其他几个心怀异志的王沆瀣一气，就以己有实力，能在苏州举足轻重，作为和敌人谈判讨价还价的资本。
郜永宽等人通过老相识，太平军叛徒、现为清副将郑国魁的牵线，和戈登、程学启等作了多次谈判。11月28日，由康王汪安钧为代表，偷偷摸出城去，在城北阳澄湖的一条小船上，议定投降条件。汪安钧表示明日作战，俟谭绍光出城后，就闭城不再让他进来，后因谭未出城，阴谋没有得逞。
郜永宽等的鬼鬼祟祟，消极战斗，也有蛛丝马迹，李秀成有所觉察。李秀成有天闲谈，对他们说：“现今我主上蒙尘，其势不久，尔是两湖之人，此事由尔便，尔我不必相害。现今之势，我亦不能留尔。”郜永宽等信誓旦旦，向李秀成保证决无此事。
李秀成明知就里，却也到此为止了。后人指责李秀成没有对他们采取镇压，故意放纵，是受儒家仁义思想影响，下不了手。也有说李秀成自己也动摇不定。其实李秀成要采取紧急措施也难。郜永宽等敢于对他阳奉阴违，或者半公开地搞投降活动，是因为拥有庞大的私人武装，李秀成奈何不得。尾大不掉，这才是真正原因。
11月30日，纳王郜永宽抗命不出战，而且命所属部队放弃齐门外炮垒。
12月1日，山月已斜，夜将垂晓，李秀成与谭绍光痛哭相别，率本部万余人马出胥门，由光福、灵岩至马塘桥司令部。
李秀成离苏州，加速郜永宽等叛乱步伐。
翌日，纳王郜永宽等出城与程学启、戈登定约，同意让出苏州一门，交淮军接管；程学启要行骗到手，还提出，双方交换兰谱，结为异姓兄弟。
谭绍光早知郜永宽等有投降活动。
12月4日，就在敌人炮火声中，谭绍光于玄妙观慕王府设宴款待纳王郜永宽、康王汪安钧、比王伍桂文、宁王周文佳、天将汪有为、范起发、张大洲、汪花斑等八人。宴会后，一同祈祷上帝，然后到大厅会谈。
谭绍光作主席，他在讲话中说，只有两广将士可靠，其余就不可靠了。其他诸王反驳，双方展开争论。汪安钧突然从坐位上立起来，拉下自己所披的黄袍，谭绍光问他要干什么。汪安钧抽出佩刀直刺谭绍光的头颈，谭受伤，大叫一声，倒在座前桌上，众人一拥上前，拉他下座，由汪有为斩下首级。当天，慕王府被洗劫一空。
第二天，叛徒们将谭绍光首级送与程学启，开门投降。
郜永宽等投降后，以为很有功劳，向李鸿章提出要当总兵、副将，划苏州城一半给他们管理和安插部众；不但未将自己多年来搜括、储藏的财富献呈，反而要发给两个月军饷。他们是利令智昏而错位了。
当他们得意洋洋奉召来到淮军大帐时，还未见到李鸿章，八个降王、天将就被预伏的刀斧手乱刀砍死。也有说是在大帐接受顶戴时，乘其不备，被诛杀的。淮军随即洗劫了所有王府，攫取财宝。据传仅李鸿章就从纳王府抢到价值十几万金的几十颗大明珠。
戈登迟到了一步，没有捞到。他就假惺惺地指责李鸿章、程学启背信弃义，双方几乎要兵戈相加，后经英国公使等调停，又送上一笔巨款，方才言归于好。
郜永宽等罪所应得，随投降的将士命运更惨了，几万人被关进双塔寺后院，就遭到集体大屠杀；他们的家属被赶到长江滩边，天寒地冻，缺衣无食，活活饿死和冻死。
苏州失陷后，淮军继续西犯，先后攻陷了无锡、宜兴、溧阳、金坛等地，并在1864年5月，攻陷了围攻半年之久的常州。丹阳也为江南大营余部冯子材军攻陷。
陈炳文好男色，他的第一号男妾是吴少溪，人称“大姑娘”、“四王娘”，被委派总理嘉兴、湖州各局丝捐。
1864年春天，左宗棠的老湘军攻陷了太平天国杭州城。
老湘军是在两年前闯进浙江的，当时全省七十几个府县，只剩衙州、温州府城和玉环、舟山两岛有残敌盘踞，其余都遍插太平天国黄旗和归附太平天国的天地会所用的花旗。
浙江是太平天国后期占领的，它以钱塘江为界，浙西地区和绍兴、富阳由李秀成部把守，其余浙东各府县，都是侍王李世贤的辖区。他有二十万人马，人数是老湘军的二十五倍。他们的装备也有若干洋枪洋炮，也不比老湘军差。这是一支战守可恃的部队。
可是，经过两年的较量，老湘军却以少胜多，把李世贤的大军打得落花流水，还赶过了钱塘江。
左宗棠有丰富的军事经验和驾驭部众能力，用兵作战处处模仿蜀汉诸葛亮，他自称“老亮”，凡事相当谨慎，走一步，看两步。在与太平军作战中，从来不敢投入全部兵力和冗日持久的打攻坚战，害怕全军陷入险境，而损失做官带兵的资本。他作战注意稳守后路，保持、不轻易动用第二、三梯队。
李世贤的军队虽多，但指挥不一。对王洪春元和金王钟万信是他麾下两支有战斗力的队伍。洪春元是洪氏家族圈里比较能带兵上阵的人物，钟万信是天王大女婿。他们不甚服从李世贤调度，相互之间常有武装摩擦。两人闹不过李世贤人多势众，先后撤出浙江往天京去了。它也削弱了李世贤在浙江力量。
左宗棠军入浙后，并非一路顺风，在援解衢州围时。虽有进展，但步伐不大，和太平军相持在遂安、龙游一线。他的战略正确，先攻占龙游、寿昌、兰溪、汤溪，后取金华，即撤其藩篱，犁其巢穴，见于李世贤军力雄厚，布置严密，一时难以突破缺口。就在这时，洪秀全因湘军兵临城下，几次下诏命李世贤率军回援天京。李世贤请求击退老湘军即往，洪秀全不答应。就在寿昌失陷，浙江余姚为法国“常捷军”等攻陷时，天京再次送下告急文书，李世贤无奈，被迫率主力四万人，号称七万人马回援。他留下李尚扬主持兰溪、龙游、汤溪军务，要求他们死守四十天，以等待他回来决战。
李世贤率军的离去，留守将领，各争雄长，致使左宗棠军转入战略的主动攻势。
1863年1月，左宗棠派军偷袭了严州。
严州失陷，引起太平军内部惊惶失措。左宗棠见有机可乘，强化了政治诱降攻势，他对汤溪城守军，“时复射示城中，晓以祸福”（《左文襄公奏稿》卷四）。这时，朝将彭禹兰动摇了，偷偷出城密议投降，还设计把李尚扬等几个主要将领骗出城来：李尚扬等不知就里，果然中计，莫名其妙地跑到城外树林里做了俘虏。彭禹兰趁机打开西门，献城投降。
汤溪失陷，统帅被俘，金华、龙游、兰溪三城亦因孤立丢失。此后老湘军顺利北犯，势如破竹，仅一个多月时间，就控制了钱塘江杭州上游大部分地区，直指杭州。但他们在距杭州八十里的富阳城下，受到了阻挡。
太平军守富阳的是朝将汪海洋。
汪海洋力主抵抗。他所率领的部队是很有战斗力的；骨干多是他的家族、亲友，即当年在安徽和州参军时的老伙伴，如兄弟汪大力，结拜兄弟刘天祥和胡永祥。
他们群策群力，在富阳坚守了半年。
老湘军不敢打攻坚战，左宗棠只好请来法国德克碑的“常捷军”。经过十天激烈的战斗，“常捷军”用开花炮轰塌城墙，汪海洋的军队撤回杭州。
又是长达半年的杭州保卫战开始了。
太平军主持杭州的是听王陈炳文。
陈炳文英勇善战，但这时也因位尊权重，势焰熏灼，穷求享乐，腐化了。相传陈炳文好色，尤好男色，在镇守嘉兴时，有盛泽劣绅汪心耕（吴清祥）阿谀奉承，因见陈身畔“有公子数人，傅脂粉，穿艳服”（《盛川稗乘》），遂将小友吴少溪引进，吴貌若少女，清丽动人，陈炳文一见大为欢喜，蓄为第一号男妾，朝夕不离；吴少溪被听王府上下尊称为“大姑娘”、“四王娘”，因为枕边得宠，封溪天燕，被委派总理嘉兴、湖州各局丝捐。在陈炳文周围，就麇集了一群劣绅、讼棍。他的斗志销磨了，为了保持既得利益，还几次派密使与在上海的李鸿章通款，表示投诚。因为苏州杀降，害怕了。在镇守杭州时候，他又动摇了，派族兄陈大桂为全权代表，赴严州左宗棠大营议降；还指使杭州艮山门的监军朱某和几个秀才牵线，和围军谈判。
汪海洋发现内部有通敌，果断地逮捕、杀死了这批秀才，并查获、诛杀陈炳文弟朝将陈炳孝部的五名通敌军官。他的坚定立场，逼使陈炳文不敢暴露出通敌的本相。
老湘军久攻杭州不下，“常捷军”开花炮虽然杀伤力大，但也因府城墙垣坚厚，也起不到多大作用。左宗棠既定方针是要将守军全歼的，可兵力有限，要打硬仗、夺取杭州这样省城，要付出很大的伤亡代价。他又担心长期相持，如不迅速攻下，则淮军主力在攻占嘉兴后将会南下争功，攻占杭州之功会让淮军攫取。想到这里，左宗棠忧心重重，急忙匆匆由严州奔赴富阳前线督战，并调回援皖的老湘军部分主力，前来助攻杭州。
这时余杭危急，汪海洋率军来救。2月3日，左宗棠亲临余杭前线督战，进犯临清堰。老湘军逼垒而军，回程时，队伍长达五六里。新封康王的汪海洋先预伏将士于竹林里，在敌人来到时，率垒中精兵突出追击，竹林中的伏兵也排开枪炮，痛创敌军。这使左宗棠尝到了苦头，知道太平军仍有雄厚的战斗力。
左宗棠终于改变了夺城歼灭守城兼有的既定方针，采取围其三面，网开一面的战术；为渊驱鱼，只须取得杭州省城的目的。他仍热衷于政治攻势，收买动摇分子。原先在常熟叛变未成的钱桂仁，这时已封为比王，帮助守卫杭州。钱桂仁很快和老湘军挂上了关系。
大概左宗棠也摸清了杭州、余杭太平军弃城出走的动向。因而当3月31日拂晓，陈炳文全军弃杭州，同日午间汪海洋军离余杭北走，他都没有指令老湘军追赶、截击，这里有缺乏兵力和保存实力的用意，更主要的，他是达到了夺城的目的。此情此事，后来即为曾国藩、李鸿章指责纵敌一条罪状。但此时已身为闽浙总督的左宗棠是不可能也不会与太平军一个二三流将领作和平谈判的。它有悖于历史。
陈炳文、汪海洋两军在离城后于德清会合，进军江西，到外线作战去了。太平天国天京失陷后，陈炳文带领七万人马，内有洋枪六千，在江西金溪降敌；汪海洋仍坚持战斗，转战福建、广东，还打了不少漂亮仗。在太平天国晚期降将如潮，他却从未动摇过，处在敌人前堵后追的困境里，孤军奋斗，始终保持旺盛的斗志，这是很难能可贵的。
1866年春，汪海洋据守广东嘉应州（梅州），左宗棠调动各路人马，排成八面金锁阵团团围困。汪海洋在激战中伤死。几天后，嘉应州城失陷，余部随胡永祥南走途中溃败。这些都是后话了。