接到电传圣谕，袁世凯连夜打点行装，然后匆忙和唐绍仪办了一下交接，便潜赴仁川，乘坐平远舰回国。上船之后，把家眷安顿下来，袁世凯忽然潸然泪下，他心里异常清楚，此次回国，他的外交生涯很可能就此结束了，他大概再也回不到这里了。时间是光绪二十年的六月十五日（1894年7月17日），朝鲜正是遍地刀兵、硝烟弥漫之际。
超前意识是官场的永久法宝
到了江宁之后，袁世凯命吴凤岭把家眷先护送到河南陈州老宅居住，他则只身来见两江总督刘坤一。刘坤一为了了解战事，向袁世凯详细询问了日本海军的作战能力，以及日本陆军的枪械、兵额等情况。袁世凯一一作了回答。最后，刘坤一这样对袁世凯说道：“看样子，倭寇是有备而来，不把朝鲜图到手，他是不会善罢甘休的。慰亭，你这次回来，大概是回不去了，有何打算啊？”
袁世凯答：“晚生以后如何，需要见过北洋李傅相之后才能决定。”
刘坤一说：“你人还未从朝鲜动身，你的事就已传遍两江。说东学党的人为了要你的命，曾经三次潜入公署欲行不轨。是不是真的呀？”
袁世凯摇头说道：“不光东学党匪想要晚生的命，连倭寇和大院君，也想置慰亭于死地。大鸟圭介真是太坏了，明着一套，暗着一套，否则，局面不会如此被动！——想起来，晚生真是太大意了，上了倭寇一个大当！”
刘坤忽然问一句：“慰亭，你说倭寇的海军，当真强过我北洋水师？照这么说，前景不是很堪忧吗？”
袁世凯默默点了点头。
和刘坤一别过，袁世凯在江宁只住了一夜，便匆匆赶往天津。
李鸿章此时正处在他人生的低谷期。进入朝鲜境内的清军，在袁世凯还未抵达天津时，就已被日军全线击败，在死亡近两千人，被俘五百余人之后，一路狂奔五百里，逃至鸭绿江边，于21日渡鸭绿江回国。中日双方海军随后便是生死对决的黄海海战。海战历时五个多小时，其规模之大，时间之长，为近代世界海战史上远东战区所罕见。
海战的结果：北洋舰队损失“致远”“经远”“超勇”“扬威”“广甲”（“广甲”逃离战场后触礁，几天后被自毁）五艘军舰，死伤官兵千余人；日本舰队“松岛”“吉野”“比睿”“赤城”“西京丸”五舰受重创，死伤官兵六百余人。此役北洋水师虽损失较大，但并未完全战败。然而李鸿章为了保存实力，命令北洋舰队躲入威海卫内，不准巡海迎敌。日本于是夺取了黄海的制海权。
为防日军陆军从鸭绿江侵入中国境内，清政府紧急从各部抽调两万八千人，在江北设防，钦命提督宋庆为诸军总统。为各路人马转运粮饷，李鸿章特加委袁世凯的父交、时任直隶按察使的周馥，为东征前敌营务处总理。得知周馥总理前敌营务，刚刚离开两江的袁世凯，马上给在凤凰城的周馥密电一封，说明自己已经奉命回国，正在赶往天津的途中，请周馥预为筹措位置，免入候补行列。如此一来，袁世凯人刚到天津，周馥举荐袁世凯襄办前敌营务的密函，也摆到了李鸿章的案头。
在直隶总督天津行辕的签押房，袁世凯向李鸿章扼要讲述了一下中日在朝鲜开衅的经过，以及后期自己和公署人员的危险情形。李鸿章默默无语，许久才长叹一口气：“倭寇海军实力，早在两年前，就已经超过我北洋水师了。他们的陆军所使用的枪炮，都是目前西欧各国最先进的。我北洋水师已经多年不购新船，军舰所需炮弹也很有限。我三年前就奏请更换所有防军枪械，可惜无人理睬。尤其是皇上亲政以后，更是唯翁同龢一人的话是听。此次若非翁同龢上蹿下跳，局面何至如此被动！”
袁世凯说：“晚生行前，少川对我说，我与倭寇之战，本不该发生。实因朝中好大喜功之辈怂恿所致。中堂有言，清流误国，晚生此次才有切身感受。”
李鸿章从桌上拿起一封密函，说：“本该让你歇几天，怎奈事机日迫，刻不容缓。玉山臬台现在凤凰城总理前敌营务，一个人忙不过来，你明天就去凤凰城，帮他料理一下营务，同时暗查一下沿途粮饷转运情形。你下去吧，老夫一会儿着案上把札委给你送去。”
奉到差委，袁世凯带着驻朝鲜时的原班卫队，李鸿章又从直隶防营抽调了百十名精悍之士，凑成二百人，飞赴凤凰城来见周馥。周馥一见袁世凯赶到，稍事寒暄，便开始给袁世凯分派任务。
周馥说：“慰亭，现在到处有倭寇强渡鸭绿江传闻。”说着话，周馥从桌上拿起一张纸递给袁世凯，“你看看，这是倭寇发布的檄文，估计是收买的间谍所散发。”
袁世凯接过一看，见纸上明晃晃写着‘开诚忠告十八省之豪杰’。
檄文这样写道：“先哲有言曰：‘有德受命，有功受赏。’又曰：‘唯命不于常，善者则得之，不善者则先哲有言曰失之。’满清氏元（原）塞外之一蛮族，既非受命之德，又无功于中国，乘朱明之衰运，暴力劫夺，伪定一时，机变百出，巧操天下。当时豪杰武力不敌，吞恨抱愤以至今日，盖所谓人众胜天者矣。今也天定胜人之时且至焉。
熟察满清氏之近状，入主暗弱，乘帘弄权，官吏鬻职，军国渎货，治道衰颓，纲纪不振，其接外国也，不本公道而循私论，不凭信义而事诡骗，为内外远迩所疾恶。曩者，朝鲜数无礼于我，我往惩之，清氏拒以朝鲜为我之属邦，不容他邦干预。我国特以重邻好而敬大国，是以不敢强争焉，而质清氏，以其应代朝鲜纳我之要求，则又左右其辞曰，朝鲜自一国，内治外交，吾不敢关闻。彼之推辞如此也。而彼又阴唆嗾朝鲜君臣，索所以苦我日本者施之。昨东学党之事，满清氏实阴煽之而阳名镇抚，破天津之约，派兵朝鲜，以遂其阴谋也。善邻之道果安在耶？是白痴我也，是牛马我也。是可忍也，孰不可忍也？是我国之所以舍樽俎而执旗鼓，与贵国相周旋也。
抑贵国自古称礼仪国，圣主明王世之继出，一尊信义，重礼让。今蔑视他邦，而徒自尊大，其悖德背义莫甚矣。是以上天厌其德，下民倦其治，将卒离心，不肯致心，故出外之师，败于牙山，歼于丰岛，溃于平壤，溺于海洋。每战败衄，取笑万国。是盖满清氏之命运已尽，而天下与弃之因也。我日本应天从人，大兵长驱。以问罪于北京朝廷，将迫清主面缚乞降，尽纳我要求，誓永不抗我而后休矣。虽然，我国之所惩伐在满清朝廷，不在贵国人民也；所愿爱新觉罗氏，不及耸从士卒也。若谓不然，就贵国兵士来降者证之。
夫贵国民族之与日本本民族同种、同文、同伦理，有偕荣之谊，不有与仇之情也。切望尔等谅我徒之诚，绝猜疑之念，察天人之向背，而循天下之大势，唱义中原，纠合壮徒，革命军，以逐满清氏于境外，起真豪杰于草莽而以托大业，然后革稗政，除民害，去虚文而从孔孟政教之旨，务核实而复三代帝王之治。我徒望之久矣。幸得卿等之一唱，我徒应乞于宫〈而〉聚义。故船载粮食、兵器，约期赴肋。时不可失，机不复来。古人不言耶：天与不取，反[而]受其咎。卿等速起。勿为明祖所笑！”
袁世凯放下檄文：“想不到，强盗也讲师出有名。”
周馥：“现在朝廷已从各地调兵，加强鸭绿江防线。大军云集，粮饷必须跟上。慰亭，你认为，把凤凰城设为总粮台，应该可以吧？”
袁世凯：“世叔啊，关内各路人马正在陆续出关，把总粮台设这里，有些偏吧？”
周馥：“这样，战事越来越近，风声越来越紧。我给你五天时间，你各处走一走，看看哪里适合设总粮台，哪里设分站。考察好了，你打个通禀过来，我们再计议。你歇一晚上，明儿动身如何？”
袁世凯起身说：“风声这么紧，我还等什么明儿啊，我一会儿就带人出发吧。”
周馥点一下头：“这样也好，辛苦你了。慰亭，我在这里等你。”
袁世凯施礼：“世叔，战事再紧，您老也要保重身子骨啊。”
周馥长叹一口气：“衅端一开，前景难测。”
经过连续几日的奔波、考察，袁世凯决定把总粮台设在新民厅，从新民厅到辽阳，拟设十二处分站。袁世凯在禀文中写道：“新民厅在榆关至凤凰城中间，东扼辽河，水陆通衢，奉北杂粮辐辏，于此宜设粮台，厚储粮饷，按前后要站，分设官车，随时协雇民车分段转运。盛京以东，亦有数处尚可采买，拟于驻兵处就近买存，总以新民厅为根据地，遂自前敌至辽阳，分设十二站，接济饷械，源源不绝。”
周馥想了想，认为袁世凯所提建议甚合机宜，便把禀文一字不易地报给李鸿章，请求批准。李鸿章一看禀文落款是袁世凯，盖的关防却是前敌营务处，便知道周馥已经同意。马上便行文一道，全盘照准。
不多几日，袁世凯便奉李鸿章和周馥之命，投入到新民总粮台和各分站的筹建之中。他一定要抢在战前，把该办的事情都办好。
出仕以来，袁世凯一直在朝鲜，从韩王到百官，直至黎民百姓，都对他钦敬有加，但在国内却没有几人知道他。袁世凯深知道，无论此次中日之战结局如何，他都不可能再回到朝鲜任职了。无论他愿不愿意，他以后都要在国内发展。他必须尽快适应环境，抓住一切机会，主动出击，为自己争取到一个更大的舞台。
想吃馅饼自己烙
袁世凯想把自己要做的事情，尽量做得完美一些，让李鸿章把自己留在北洋。袁世凯对朝廷赏给自己的浙江温处道职衔，实在不大看好，他认为北洋这里的机会要比浙江多许多，起码靠近京城，能和一些朝廷重臣、满族贵胄拉上关系。但日军并不以他的意志为转移，他刚把新民厅总粮台建起来，分站只建了一半，日军山县有朋大将统率的第一军，包括桂太郎中将的第三师团和野津道贯中将的第五师团，共三万人，已经从九连城上游的安平河口，泅水过江成功。几万人过河，又有马队、辎重相随，动静不可能没有，但守在岸边的清军，因为集体赌博，没有参赌的，则集体跑到当地的村庄里去找女人或者喝酒，竟然没有一个人往河边看一眼。日军大队人马全部过河，马上到指定的地点埋伏起来。当夜，日军又在虎山附近的鸭绿江中流架起浮桥，清军仍未觉察，还以为是自己人奉命架桥，调集大队人马过河去和日军拼命。清军如此麻木，想不打败仗，天理都难容。25日晨6时，日军越过浮桥，向虎山清军阵地发起进攻。清军守将马金叙、聂士成当时正在大帐猜拳、喝酒，玩得不亦乐乎，突见日军蜂拥而至，还以为自己眼睛让酒伤着了，慌忙派人核对情况。得知来进攻的人马确系日军后，这才率部奋起抵抗，因势单力孤，加之事起仓促，两部伤亡重大，被迫撤出阵地。日军遂占领虎山。其他清军各部听说虎山被日军攻陷，马上不战而逃。各部因为抢路而发生械斗，反倒把追击的日军吓了一跳。
26日，日军不费一枪一弹占领了九连城和安东县（今丹东）。在不到三天内，清廷重兵近三万驻守的鸭绿江防线竟全线崩溃。