各部人马在溃逃过程中，不仅械斗、踩踏事件时有发生，跑到新民厅的先头部队，竟然哄抢起刚刚运到总粮台的二十万两饷银。袁世凯刚巧带着自己的侍卫队来到这里，听说粮台发生了哄抢事件，当即带人赶了过来。不由分说，先把带头闹事的一名参将衔武官就地正法，又从附近军营，紧急征调了一营人马赶到这里，把参与闹事的大小将官五十余人，一一擒拿，交由总理营务处周馥甄别发落。周馥一见这些将官除淮军外，还有绿营、旗营的人，不敢轻易处罚，派人全部押解到天津交给李鸿章了。
周馥命袁世凯速到营务处议事。
袁世凯接命不敢耽搁，马上动身向营务处飞赶。行至望宝台粮站，又遇见刘盛休部溃兵抢掠饷银的事。袁世凯气极，亲手正法首犯和十几名从犯。参加抢掠者一见不妙，丢下抢到手的银子四散奔逃。袁世凯徒自叹息，莫可奈何。
辗转来到营务处后，一看袁世凯风尘仆仆，满面憔悴，周馥动情地说：“慰亭，想不到，几年不见，你办起事来如此果断、利落。你抓的人，本司已经派人解到天津去了。慰亭，倭寇怎么说过江就过江了呢？这样一来，仗可就不好打了。”
袁世凯叹口气：“现在说什么都晚了。晚生预料，倭寇必分三路推进。我官军徒守一路，无济于事。”
周馥马上说：“本司把你适才说的话，马上电告中堂大人。”
见过周馥后，考虑到同样襄办营务处负责运送军火的盛宣怀，也是李鸿章非常信任的人，袁世凯又给盛宣怀发电一封，指出：“西人用兵，大概分为四排队。前一排散打，败则退至第三排后，整队以第二排接应。轮流不断，后排队伍严整，亦以防包抄、旁击。又，队后数里驻兵设炮，遏止追兵，掩护残卒。虽败不溃。今前敌各军，平时操练亦有此法，乃临阵，多用非所学，每照击土匪法，挑奋勇为一簇，飞奔直前，宛同孤注，喘息未定，已逼敌军。后队不敢放枪，恐误击前队。只恃簇前数十人拥挤一处，易中敌弹，固难取胜。后队又不驻兵收束，一败即溃。请告统帅，饬各军照西法认真练习。”想了想，袁世凯又写道，“刘盛休军专以溃掠为事，毫无战志；聂士成军不过千余，而精壮俱殁。吕道生军亦伤亡大半，实难再战，莫若调回整顿。宋庆南援，似知岭不可守，退，难过沈阳，故请作游击之师。事势至此，唯有停战议和较为合算。”袁世凯第一个提出了停战议和的想法。
盛宣怀把袁世凯的电报当天就交给了李鸿章。此时的北洋水师虽然全军退避威海卫，但因为大连、旅顺相继陷落，李鸿章被革职留任，等待朝廷进一步的惩罚。读过电报，李鸿章尽管心里很赞同袁世凯的观点，但他此时已经失去了发言权。
就是当日傍晚，慈禧太后懿旨递到天津：总理衙门著恭亲王奕管理，并总理海军衙门事务。
为尽快扭转战局，清政府决定设立“督办军务处”。圣旨曰：“现在畿辅大兵云集，著派恭亲王督办军务，所有各路统兵大员均归节制，如有不遵号令者即军法从事。庆亲王著帮办军务，翁同龢、荣禄、长麟并著会同商办。钦此。”
眼见淮军一败涂地，自以为聪明无比的翁同龢，马上向光绪建议：调驻防在各地的湘军出关，接替淮军阻挡日军的咄咄攻势；调两江总督刘坤一出关，授为钦差大臣，接替李鸿章，节制关外各路人马。
翁同龢振振有词：“吴大澄、魏光焘、陈湜，都是些热血男儿，早就有报国志愿。尤其是吴大澄，在战争之初，就主动上书请求辞去巡抚，率兵出关迎敌，痛击倭寇！”
“李鸿章怎么办呢？”光绪皇帝问。
翁同龢用手往脖子上一比划：“祸国殃民之徒，留之何益？杀之以振军威，算他以身赎罪吧。”
光绪皇帝咬了半天牙齿，才很无奈地从牙缝里迸出这样一句：“李鸿章误国实深，不杀无以平民愤。但太后有话，李鸿章的死活，朕无权决定。不过，起用湘军出关御敌，倒是个扭转战局的好办法。传命军机处拟旨，实授刘坤一钦差大臣，马上离京到山海关一带驻防，统筹、督办前敌军务；王文韶帮办北洋军务；命吴大澄即日交卸湖南巡抚关防，募勇北上。新疆布政使魏光焘所部、总兵吴元凯所部、总兵刘树元所部，以及候补道李光久老湘军五营，均归其节制。”
翁同龢乐颠颠地跑出去。
很快，在翁同龢的力劝之下，光绪经过慈禧太后默许，又颁发了一道让袁世凯大吃一惊的圣谕：李鸿章即行革职，直隶督篆暂由王文韶护理。
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钦差大臣刘坤一飞速赶到山海关驻节。
哪知刘坤一尚未把交战双方情形摸清，威海卫城已被日军占领。至此，北洋舰队全军覆没。消息传开，出关的各路人马，军心浮动，全无斗志。日军从海城分路进攻，先攻占湘军囤粮基地牛庄，接着不战而取营口，两日后又攻陷田庄台。仅十天时间，清朝百余营六万多大军，便从辽河东岸全线溃退。一时间，关外各路人马争弃防守地段，漫山遍野均是溃逃之军。有的不遵节制，随意先行；有的成群结队跑进百姓家中，抢金银奸女人，全然不成体统。最可气的是吴大澄，出关前信誓旦旦，要与倭寇决一死战；出关后却判若两人，跑起路来比兔子还快。清流误国，空谈误事，在吴大澄的身上得到了最好的印证。光绪气极，传旨申饬：“吴大澄向来语多夸大，一似杀贼致果，自信甚深；乃自牛庄溃退，辄先远避，何得仍以‘不准退扎’等词空言敷衍？著即统率所部移扎锦州，严密防守。”不几日，又撤去吴大澄帮办军务差使，令其交卸军务，赴京听候部议。
见一败涂地，局面越来越糟糕，袁世凯急忙上书刘坤一，提出自己挽救大局的观点：“管见用兵，必须赏罚公平，始足以资鼓励。我公驻关督师，应请随时分别贤否，立予抑扬，庶诸将咸知惩劝，冀可挽救。查马玉崑胆识兼优，宋得胜忠勇性成，均叠经苦战，始终如一，宜请旨嘉奖，裨益加奋勉。吴凤柱、徐邦道，兵多骚扰，不知自爱，似宜申斥，俾知警惕。营口防营，蒋希夷委弃重地，肆行克扣，似宜俟兵队解散后，从严参办。”
这时，受命在天津办理东征粮台的广西按察使胡燏芬，给袁世凯密函一封，建议袁世凯速募一军，以资策应。胡燏芬甚至表示，只要袁世凯军成，粮饷军械等物，全由他负责。这对袁世凯来说，的确是个千载难逢的大好机会。袁世凯心动了。他把自己关在房里一整天，前前后后、成败利害都想了一遍，提笔书信一封，果断地谢绝了胡燏芬的美意。袁世凯在信里这样写道：练勇必须“饷优械精，熟练数月，能操不溃之权，方敢措手。否则，绝不愿随人奔溃。”袁世凯提的这些，不要说胡燏芬，就是周馥，也不敢张口答应。
局面变得越来越不可收拾了。偏偏这时，被朝廷派到日本去议和的户部侍郎张荫桓、署湖南巡抚邵友廉，被日本政府以“无全权”为由逐回，拒与会商。清政府顿时慌张一团，连主战喊声最高的翁同龢、李鸿藻二人，也“汗流战栗，罔知所措。”
无可奈何之下，光绪急招李鸿章进京，不久即颁发圣谕：“特授文华殿大学士直隶总督北洋大臣一等肃毅伯李鸿章为头等全权大臣，与日本国所派全权大臣会同商议，便宜行事，订立和约条款，予以署名画押之全权。”
李鸿章择日奉旨乘船东渡。
收到袁世凯密函之后，刘坤一急电袁世凯速到山海关商议军务。收到电报，袁世凯知道刘坤一已经采纳了自己的建议。内心自是大喜，当日起程就向山海关赶来。袁世凯知道现在的刘坤一，已和早年那个刘坤一不可同日而语。现在的刘坤一，是曾国荃殁后，湘军最后的一位统帅。别看年龄已经六十有五，但位高权重，深得朝廷依赖和信任。刘坤一推荐的人，朝廷很少驳复；刘坤一看好的人，前程肯定错不了。袁世凯在国内要想尽快谋到一个好位置，光李鸿章认可还不行（何况此时李鸿章已经失势），还要让其他大臣认可自己。刘坤一就驻节在山海关，这么好的机会不利用，袁世凯自己都不会原谅自己啊。
官道、山野，乃至山村小路，到处都是散兵游勇。这些人走到哪儿，哪儿的百姓便遭殃。袁世凯每过一个村庄，都能听到几件官兵残害百姓的事。袁世凯走一路，安抚一路。
见到刘坤一后，谈完了公事，袁世凯又对刘坤一说道：“钦帅容禀。关外居民原本就很困苦，偏偏又逢兵燹，更加穷困不堪。此刻正是严冬，滴水成冰，呵气成霜，但职道却常看见，百姓有衣不遮体者。如此天气，不是要人命吗？而溃兵却忘了根本，逢村过屯，不是抓鸡杀猪，就是强奸女人。到处哭声载道，惨不忍睹。”
刘坤一点点头说：“慰亭，散兵游勇扰民之事，本钦差已经行文严禁。李傅相已去日本议和，估计这几天就能有结果，不外割地赔款而已。本钦差万没想到，倭寇这么能打。你先下去歇息，我们明日再议。”
光绪二十一年三月二十三日（1895年4月17日），中日签订《马关条约》。甲午战争结束。
消息传开，袁世凯马上交卸公务，连夜来见刘坤一，以“生母染疾，极需照料”为由，告假南归。刘坤一一见袁世凯双泪横流，只得准假。袁世凯于是收拾行装，很快上路。临行，袁世凯说：“和议已成，接着就是料理善后。只要钦帅有用得着晚生的地方，随传随到，绝无二话。”
袁世凯到家不多几日，圣旨下到山海关钦差行辕，命刘坤一对关外各军进行裁留、归并等事宜。刘坤一接旨后，马上拜发一折，奏请告假省亲的袁世凯迅速销假回营，商办裁留、归并等事。
刘坤一在折中这样写道：“查北洋前敌营务处浙江温处道袁世凯，名家之子，于军务及时务均肯留心讲求。前在朝鲜多年，声绩懋著，早在朝廷洞察之中。臣抵关津后，与该道时常往来，见其胆识优长，性情忠笃，办事皆有条理，为方面中出色之员。宋庆及各将弁多系袁世凯先人旧部，莫不愿同袍泽，乐听指挥。请旨饬下河南抚臣，迅催袁世凯销假来营，商办裁留、归并事宜，臣与宋庆得资臂助，该道亦藉盘错，以底于成。际此时局艰难，知兵文臣甚少如袁世凯者。”
“伏愿皇上擢以不次，俾展所长，及其年力正强，得以功名自奋，庶立尺寸之效，仰酬高厚之恩。近日每叹才难，得一才而不即重用，使其精神岁月，消磨于循资按格之中，未免可惜。”
“臣自憾衰老，无能为役，深思以人事君，不敢蔽贤。谨附片密陈，伏乞圣鉴。谨奏。”
刘坤一给了袁世凯很高的评价。先说袁世凯是“名家之子，于军务及时务均肯留心讲求”，又称颂他“际此时局艰难，知兵文臣甚少如袁世凯者”。为了让朝廷重用袁世凯，刘坤一在折子的最后，甚至用了“不敢蔽贤”四字。
由此可见，袁世凯给刘坤一留下了多么深刻的印象。
奏折进京，朝廷三日后就下旨河南：命河南巡抚转饬地方官传谕袁世凯，从速销假赶往山海关钦差行辕，商办各军裁留、归并等事宜。
送走地方官，袁世凯喜从天降。他隐隐感觉到，他此次回营，说不定又是他人生旅途中的一次重大转机……