这与萧劲光的想法不谋而合，他心里有了底，匆匆赶回九堡，与季振同通了气，重新召集会议。
军官乱哄哄进了会议室，七嘴八舌地吵个不停：“总指挥，我们干不了啦！”“搞这一套，士兵骑到军官脖子上了。”季振同抓住钱袋底部一提，半袋银元倒在桌面上，“想去做国民党大官的，请起身自便，我派人护送出境，咱们战场上见；想回家种田过日子的，来这领钱回家去好好过日子；愿意跟我季振同革命的，坐在这儿，咱们说几句心里话。”说完这些，季振同威严地扫视了一下众人。会议室一下子静了下来。萧劲光在一旁不露声色，一场狂风暴雨终于变得风平浪静了，红五军团也最终完成了赣州阻击战的任务。
1933年12月，萧劲光用70人对敌人1个军3个师的兵力守宜川，但失守了，被关押了。博古主张杀萧劲光，毛泽东主张刀下留人。人命保住了，但活罪却也受够了。
萧劲光赞成毛泽东的意见，建议将中国革命的大本营留于延安，被任命为八路军后方总留守处主任。他率领留守兵团除匪患，守河防，打退日寇70余次进攻，使日寇铁蹄未能踏进延安一步。
随着全民族抗战的到来，北方红军和南方游击队的改编就成了迫切需要解决的问题了。但党内外、军内外对这一问题的看法并不一致，对改编后的军队的活动也缺少统一认识，中共中央决定开一次会议，来专门讨论此事，毛泽东责成萧劲光全权处理会务。
8月22日，洛川会议正式召开，当时任军委参谋长的萧劲光也参加了这次会议。会议决定：抗日战争是全民族的抗战，必须实行工农兵学商一致抗战的局面。必须实行共产党的全面抗战路线，反对国民党的片面抗战路线，必须坚持抗日统一战线中无产阶级的领导权。在敌后放手发动独立自主的山地游击战，开辟敌后战场，建立敌后抗日根据地。
毛泽东在会上提出，主力部队开赴前线后，要留下一支部队巩固陕甘宁根据地，使陕甘宁成为全国抗日大本营。
许多人对在延安建立大本营有异议，有人提出，陕北地瘠民贫，不宜做抗日大本营，担心主力走后根据地守不住，主张党中央随着主力走。毛泽东却认为建立陕甘宁根据地意义重大，1936年8月12日，萧劲光(左)在宁夏预旺堡西征红军司令部与美国记者埃德加·斯诺(右)亲切交谈。只要有了大本营，开出去的部队才有回旋余地。党中央扎根于陕甘宁，使它成为中国革命总的大本营，有利于指导敌后抗日根据地的建设，会上讨论得十分激烈。
“我同意毛主席的意见。”萧劲光清楚毛泽东的思路，会前毛泽东多次与他谈过，要将陕甘宁地区作为中国革命的大本营，并且让他留守陕甘宁根据地。
萧劲光从军事角度来论证陕甘宁边区作为中国革命大本营的意义。“陕甘宁根据地是十年内战后留下的惟一根据地，是我们出征抗日的惟一依托，党中央要在这里扎根是有条件的。陕甘宁有它的优势，从地理条件上说，它交通不便，又有黄河阻隔，是敌人进攻的薄弱环节，而且它离华北前线不远，指挥便利。再说，当地群众有较高觉悟，我们又有了两年的工作基础。主力开赴前线，对敌人是很大的威胁和牵制。我们再留下一支部队，党中央在西北立足是完全可能的。”
萧劲光的发言有理有据，既表达了毛泽东的原意，又发挥了自己的创见，很有说服力。最后，大家同意党中央继续留在延安。
8月25日，中革军委宣布八路军改编的命令。根据毛泽东提议：任命萧劲光为八路军后方总留守处主任并上报南京政府。三天后，蒋介石的委任状就到了：“任命萧劲光为八路军后方总留守处主任。”
留守兵团人数不多，每天除了日常的工作外，萧劲光还组织他们学习一个小时的文化，一个小时的军事。为了加强领导和指挥，军委决定将八路军后方总留守处对内改称留守兵团，仍由萧劲光担任司令员。
留守兵团的主要任务是保卫边区的安定和人民正常的生活、生产秩序。当时困扰萧劲光的最大问题是陕甘宁边区社会秩序很乱，尤其是匪患严重。在军事会议上，这个问题提了出来。李德提出采取平推战术，派大部队齐头并进，理由是采取这种战术声势大，力量集中。
萧劲光觉得应该用追击、堵截与合击相结合的方法。在每一匪区集结相当兵力，统一指挥，一经与匪接触，即轻装尾追，一旦判明匪路，即分路堵截、合击，得到毛泽东的赞同。
在留守兵团成立大会上，毛泽东亲自到会并作了热情洋溢的讲话。毛泽东告诫萧劲光和留守兵团全体指战员要抱着与延安共存的精神，要把留守任务看得同前线抗日救国一样重要。
毛泽东的话震撼着留守兵团每一个干部战士的心，也震撼着萧劲光的心。当晚，萧劲光写下了六个大字：“任务重于生命。”
1938年春，日军开始注意延安的动向，并经常派来侦察机前来侦察。中革军委作战室将日军有可能进攻陕北的情况报告了毛泽东，毛泽东对此十分重视。
一天，萧劲光正与曹里怀在研究河防部署，毛泽东派人来找萧劲光。“萧司令员，主席叫你和曹参谋长去一趟。”
萧劲光和曹里怀朝毛泽东的住处走去。一进门，毛泽东便问曹里怀：“中国哪些城市是日军进攻的战略要地？我们今天主要谈西北问题。”
“西北肯定是西安。因为西安是西北的门户啊！”曹里怀答道。“对！”毛泽东说，“日本占领沈阳夺了东北，攻下上海直逼华东，进入北平、太原，下一步自然是西北和西安。这可不是下棋一小招，这是一个战略。”
“主席，你看日军会在哪几种情况下威逼河防，进攻陕北呢？”萧劲光问。
毛泽东直奔主题，他说主要有两种可能性：一是日军要进攻大城市西安的时候，可能以一支部队进犯河防，配合行动；二是日军在山西进行“扫荡”，可能侵犯河防，威胁我边区的安全。
萧劲光和曹里怀听到这里，自感责任重大。留守兵团当时仅有1.5万多人，既要固守河防，还要清剿土匪，守卫两千公里的边防。日军在武器装备上占据优势，扞卫千里河防的任务实在是太重了。
萧劲光和曹里怀讲了自己的担心，毛泽东听罢说：“别紧张嘛，单靠留守兵团的少数兵力，这么长的防线，当然是难以固守，但我们还要看到有利条件，要和整个华北地区的抗日斗争形势联系起来看。”毛泽东要求他们加强防备，预防敌人来攻。
果不出所料，毛泽东谈话后不久，日军兵分几路，直扑黄河东岸，并占据了一些渡口。中共中央及时作了部署命令：八路军一二○师集中主力打击进至晋西北的各路敌军，收复县城7座，歼敌1500余人；驻晋西南的一一五师回师晋西，迅速控制了吕梁山地区，主力转至隰县、大宁一带作战，歼敌两千余人。一二九师为策应一一五师和一二○师作战，在晋东南也给予敌人以沉重的打击和削弱。我军主力部队的参战，滞留了日军向黄河西岸进攻的主力，日军仅在黄河东岸地区建立了一些据点。
但日军大规模进攻的可能并没有排除，为预防敌人的进攻，留守兵团在陕北与晋黄河交界处，开始了紧急而周密的布防。
为了便于统一指挥，中央还同意留守兵团成立了两延(延川、延长)、神府(神木、府谷)和五县(绥、米、葭、吴、清)等河防司令部，作为留守兵团派驻当地的代理指挥机构。
萧劲光刚把河防布置完毕，3月12日，进犯晋西北兴县的一路日军两千余人在飞机大炮的配合下，开始渡河。警六团指战员沉着应战，一直等到敌人大部队下河时，才突然集中全部机枪一齐开火。敌人遭此一击，慌乱逃窜。留守兵团的一支预备部队，乘势过河，袭敌侧背，敌人不支，向兴县方向仓皇退去。
战后，萧劲光详尽地向毛泽东汇报了战斗的经过，尤其是“半渡而击”的战法，毛泽东点着头说：“就照这打法。”
但真正的战斗才刚刚开始。5月初，日军的一个旅团经大武向军渡进犯，企图在宋家川附近渡河西进。
是被动地迎接敌人来攻，还是主动出击，在萧劲光的脑海里酝酿开了，他叫来机要员，“给警八团发报，”萧劲光命令道，“让文年生带一支部队，东渡黄河，注意隐蔽，等敌人到了岸边，乘其立足未稳，夜袭敌营。”
“对，先发制敌，打他个措手不及。”曹里怀赞同道。“是不是先向军委报告一下再定？”莫文骅问。
“不用了。”萧劲光说：“错失良机，兵家之大忌。马上把电报发出去。”
按照萧劲光的命令，警八团团长文年生亲率一支部队，在日军到达对岸之前，东渡黄河隐蔽候敌。半夜时分，出击部队突袭了敌先头部队一个大队，歼敌200余人，打乱了敌人的战斗部署，敌人被迫掉头退去。
1938年底，随着广州和武汉的陷落，日军调整了兵力部署，开始加强对华北的进攻。日本华北方面军司令官杉木元根据大本营“以确保安全为一切根本，以肃正作为指导作战准绳”，实现由点到“面”的占领战略，制定了1939年《治安肃正计划》，并将摧毁中共抗日根据地，作为首要的打击目标。
延安是中共抗日根据地的大本营，也成了日军华北司令部航空兵的首要摧毁目标。日军飞机秘密从太原附近的一个机场起飞，然后沿黄河绕到延安城的北面，对延安发起攻击。日军先后轰炸延安17次之多，炸死炸伤民众400多人和大批的建筑。
面对日机的频频光顾，延安城如同一座空中不设防的城市，我军只有在陆地上与日军作战。1939年元旦，已经进至延安东大门的晋西大宁、吉县、永和一带的日军兵分三路，各路约千余人，向河岸推进。一路向马头关，一路向凉水岩，一路向泥金滩。占领了这三个据点后，立即用大炮、机枪隔河向陕北境内猛烈射击，随后又派来10多架飞机，对河西地区进行轰炸扫射，并投掷多枚毒瓦斯弹。随后敌人准备渡河，留守兵团与日军之间展开了激战。
留守兵团的指挥所里，萧劲光正在紧张地指挥战斗，“告诉部队要沉住气，坚决顶住敌人的攻击，绝不能让敌人踏上河西。告诉一线指挥员，多坚持一分钟，就多给敌人带来一分动摇。”萧劲光大声地命令各部队。
萧劲光知道，河西失守，就意味着延安没了河防，就无法保证延安及延安周围的中央和边区及直属单位的安全。正在这时，毛泽东的电话来了：“劲光呀，你那里的情况怎么样啊，可以不可以通报一下啊？刚才有两名地方干部上我这来，想看看中央有什么打算，我说敌人还没有到，你们急什么呢，如果我们先乱了，群众会怎么看？”
萧劲光把战况作了简要汇报，并表示誓与河防共存亡。毛泽东谈了一下自己的设想，又对前线将士表示慰问，最后说，“劲光啊，狠狠打哟，边区人民可是看着你们的啊！”
留守兵团的河防部队与日军相持一天，击毁敌军部分船只，杀伤敌人一部。随后几天，河东友军和游击队不断袭击敌人的辎重和增援部队，日军苦不堪扰，三路敌军先后退去。留守兵团河防机动部队迅速渡河追击，与一部溃逃之敌激战约三小时，然后安然撤回河西。
萧劲光从1937年8月任留守处主任至1945年8月离任，在他的部署和指挥下，在晋西北、晋西、晋西南八路军的配合下，先后对日作战70余次，打退了敌人的多次进攻，保卫了中共抗日根据地大本营的千里河防，日军始终未能越过黄河以东，踏入陕甘宁边区一步。
进入相持阶段后，国民党顽固派加紧了对边区的进攻，磨擦不断。萧劲光率领留守兵团在毛泽东的指挥下斥退马禄，逼走何绍南，智斗阎锡山，使“人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人”的原则，成为各解放区同国民党顽固派斗争的原则。
1939年前后，日军频繁进攻陕甘宁边区的时候，国民党顽固派也不断制造磨擦事件，胡宗南20万大军紧盯着边区，掀起了一次又一次反共高潮。其中以关中、绥德、陇东三个地区斗争最尖锐、激烈、复杂。
萧劲光面临着两线作战的困境，一面要指挥部队在千里河防上对日作战，一面对付国民党的限制、封锁和磨擦，既要打击日寇的进攻，又要打退国民党的反共高潮，巩固统一战线，其艰难程度可想而知。
1939年，马禄率领的骑二师迅速开进，占领了鄜县南部的几处村镇。当时，警备区的总兵力只有阎红彦的警三团、陈先瑞的警四团和特务团，而且分布在几百里长的防线上，兵单力薄。鄜县距延安不过百余里，一时形势十分紧张。
“打他一家伙，灭灭他们的嚣张气焰。”警八团文年生向萧劲光请战。文年生对自己的兵力有个估计，虽兵力上不及骑兵二师，但警备部队在战术上有优势。若选择鄜县北部为战场，收拢警三、四团及特务团，与八团配合作战，取胜是有把握的。
萧劲光把方案送到了中央，毛泽东看后没有同意。“不需要打，你打个警告他的布告就行了，我们要先礼后兵。”毛泽东在电话中对萧劲光说。
萧劲光草拟一措辞强硬的布告送给毛泽东，请毛泽东修改批准后，再发出。很快毛泽东让秘书打电话给萧劲光，让他派人去取。
萧劲光到了杨家岭中央机关，毛泽东将修改好的布告给了萧劲光。布告称：
本军奉命镇慑，业已部署周详。外与友军团结，内与党政协商。惟其地方安静，既以巩固守防。倘胡汉奸国贼，敢于以身试尝，国家法纪所在，决不任其徜徉。