一些16世纪、17世纪的牧师的确研究过那些被称为玛雅人的种族，并且在西班牙人到达尤卡坦半岛、洪都拉斯和危地马拉时，研究过居住在那里的农民和渔夫。然而这些牧师的目标是消灭当地的文化和宗教，让当地人民都皈依基督耶稣。这些狂热牧师中的典型就是狄亚哥·兰达，他以耶稣基督的名义折磨了成千上万的印第安人。
为了证实他的行为正当有理，兰达仔细地研究了他们的文化，结论是野蛮加迷信。他承认玛雅文化有自己的字母，而且他确实在自己的年鉴中抄录下了一些这样的符号，然而他坚信玛雅书籍一文不值，甚至充满邪恶。一次他见到了30本这样的书籍：捶打过的树皮表面用石膏刮平，上面画满图像和符号，可以像扇子一样折叠起来，现代考古学家把这样的书卷称之为精典抄本，然而残酷无情的兰达竟然不顾可怜的印第安人的苦苦哀求，把这些书籍付之一炬。
兰达以及与他同时代的牧师们的记录的确包括一些有关玛雅失落的城市、庙宇和废墟的信息，但非常支离破5，它们躺在西班牙殖民地的档案馆里，没人加以理会。18世纪晚期，一些勇莽的旅行者开始对这些废墟打上了主意。
安东尼·德里奥是墨西哥军队的一名军官，他于1786年探察了位于墨西哥南部巴伦克的废墟。20年后，另一名军官几勒尔莫·都潘克斯再次专访巴伦克。他俩对废墟遗址的描述于19世纪初期发表，但由于文章刊载的杂志名气不大，他俩的描述均未吸引起世界的注意。
但是好奇心十足者并未停止他们的努力，旅途的艰险也只能吓退那些胆小的。都潘克斯在形容通往巴伦克的小道时说除了飞鸟外，其他动物极难通过，小径盘旋于崖顶，蜿蜒于山间……”
18世纪30年代初，当时的北危地马拉总督胡安·加林杜来到了这些崎岖的丛林小道上。他先后访问了巴伦克和科潘这两处废墟遗址，并发表了一篇有关于它们的报告。
另一名叫金·佛雷德里克·王尔德克的冒险家几乎在同一时间也去了巴伦克，花了好几个月的时间对废墟遗址进行了素描。他们的书发表于1836年，里面有很多图片。在拜读了这些饶有兴趣的游记之后，斯蒂芬斯显然大惑不解，他不懂为什么这样的报告也未能激起人们更多的兴趣。他毅然决定由他和加瑟伍德共同担当起这一重任，即把中美洲这些鲜为人知的文化遗址废墟推向世界。
对于印加、阿兹台克和玛雅文化，一些学者已经提出了他们的理论，19世纪的学者对于文明这一概念非常感兴趣。从欧洲人在北美殖民开始，绝大多数的欧洲人就认为无论从文化、道德和智力各方面来讲，欧洲人都优于土著的印第安人。他们认为印第安人的文明原始野蛮，对其内在的价值不屑一顾，然而这些文明里存在着一些给人留下深刻印象的东西，如巨型石碑、精细艺术品、高深的天文、计时知识和技术。这些高级文明才可能拥有的东西怎么存在于低级野蛮的文明当中？对此，欧洲人还不得不做出解释。
西方人提出一个文明扩散论的理论来回答这个问题。扩散论的持有者认为文明并不是同时在全世界进发的，得由一个集中、令人振奋的中心点向周边地区扩散。由此，美洲所发现的任何高级文明的特征都可以溯源到欧洲或其他陆上一个更早的文明，激进的扩散论者提出一长串建议，说中美洲发现的废墟遗址一定是由埃及人，或腓尼基人，或斯堪的纳维亚人、罗马人或威尔土人和爱尔兰人中的流放者，甚至可能是传说中的城中--亚特兰提斯消亡时逃出避难的人修建的。
两位荷兰学者为此喋喋不休，一位宣称斯堪的纳维亚人是美洲印第安人的祖先；另一位却义愤填膺地坚持赛思人才是他们的祖先，赛思人是2500年前居住在黑海边草原上的一个游牧民族，至于他们是怎么到达北美洲土地上的，后一位学者也提不出令人信服的证据。
在18世纪和19世纪初，有许多人认为北美印第安人是《圣经》中所提到的、失散了的以色列部落的后裔，因此和犹太人大有关系。
就是那些极少数亲临过中美洲废墟遗址的人也完全搞不清究竟谁是这些建筑的修造秆，德里奥弄不明白，都潘克斯也茫然不知所措，但他坚信一条：肯定不会是居住在这一带的玛雅印第安人修建的，因为他们过于原始愚昧，不可能是如此一个伟大文化的传人。
加林杜持另外一种意见，他相信中美洲是世界文明的起源地，然后整个文化和文明向西移动，传到中国、印度、美索不达米亚，最终传到欧洲，与此同时，作为文明发祥地的中美洲却坠落、沦落为野蛮之荒。
沉湎于印度风情和大象的王尔德克提出的理论听来异乎寻常，他宣称湮没无闻的中美洲文明只是印度文明的一个旁支，那些雕刻在巴伦克石碑上的奇异符号其实是大象的头部。可见当斯蒂芬斯和加瑟伍德在通往科潘的丛林小道上艰苦行进之时，他们也踏人了相互矛盾的理论荆棘丛中。
当两位探险家到达科潘谷地时，即今天位于洪都拉斯西部的科潘·瑞纳斯镇，看见了一条河，河的那面是长长的石墙似的建筑，高度达到100英尺。虽然有些地方已是残缺不全，小树和灌木丛生，但他俩仍然一眼就认出这是一座巨大石建筑的遗迹。
后来，斯蒂芬斯在回忆中写道我们沿着宽大的石阶梯往上爬，有的地方还完整无缺，有的却被石隙里长出的树所拱翻，最后我们来到了一个平台之上。由于丛林杂草的覆盖，很难辨认出它的形状。”
尽管科潘几乎大部分都被热带雨林所吞没，但是斯蒂芬斯和加瑟伍德还是找到了一个石头砌成的半圆形的竞技场；一些前肢跃起，飞向前方猛扑的美洲虎的雕像；还有砖石建筑上部巨大的石雕头像。他俩的正前方，一级一级的石梯最终引向一个巨大金字塔的顶部，简直就是一座人工的石头山，顶部上原来是一座庙宇，墙体己全部倒塌，并被无花果的盘根所覆盖。周围都围立着石碑或有雕花的1石柱。有些雕刻内容显然是人和动物，还有一些图像两人可是见所未见，闻所，未闻。
斯蒂芬斯和加瑟伍德气喘吁吁地爬到100英尺高的金字塔顶部，坐下后放眼向掩盖在丛林中的其他金字塔和废墟望去，一幅凄凉和神秘的景色。斯蒂芬斯把半掩在丛林中的科潘比喻成大海中的一条沉船，“她躺在那里像大洋中一块折断的船板，立桅不知去向，船名被湮没了，船员们也无影无踪”，谁也不能告诉我们她从何处驶来；谁是她的主人；航程有多远；什么是她沉没的原因。“当被问及玛雅文化被毁灭的原因时，当地的向导也只能张口结舌。”
谁知道呢？他们总是这样一成不变地回答他们的咨询者，面对着科潘城的全部景貌，斯蒂芬斯心中只有一个信念：这些废墟只能是一个颇具成就的，有高度文，明的种族留下的遗址。
两人在科潘一呆就是好几个星期，忙于探察，绘制地图和搞素描，勾草图。两人都认为科潘绝不逊色于埃及任何一座著名的金字塔。斯蒂芬斯事后回忆道：、完全不可能用文字来形容当时在探测时我的浓烈兴趣。我面临的一切都是新鲜的，既没有向导，又没有导游图，一片处女地。眼睛看不出10码以外，完全不知道双脚下一步又会踩踏上什么文物。我们不时地停下来砍去覆盖在石碑表面的树枝和藤蔓，然后又挖掘一番，挖出一些破碎的，从地下半伸出地面的石雕像。
当伴随我们而来的印第安人进行挖掘时，我俯身向前，心里充满了焦虑和期盼：一只眼、一个耳朵，一只脚或一只手被发掘出来；当印第安人的大砍刀铮地碰撞上了石雕品时，我急得一把将他推开，用自己的双手把坑里的浮土一捧了上来。
发现令人振奋，斯蒂芬斯大受鼓舞，急于探察更多的废墟遗址。他和加瑟伍德穿过危地马拉，进人了墨西哥南部的契阿帕斯地区，继续进行范围广泛的探测旅行，他们访问了巴伦克和其他10来座别1人告诉他们顺路就可以到达的废墟。用斯蒂芬斯的话来讲，就是墨西哥谷地那边的伟大城市，可现在只剩下残垣断壁，荒芜孤寂，为热带雨林所覆盖，连个名字也没能留下来。
他们注意到这些遗址的石碑上刻有许多和科潘石碑上相似的图像，于是断定这一整个地区曾经为一个单一的种族所占领。并且他们的文化艺术是独立存在5的，决不雷同于其他任何已知种族，属于一个新的文明。
值得称赞的是，斯蒂芬斯断然拒绝了当时风靡一时的文明扩散论，坚信这些废墟遗址肯定源于美洲本土，其建造者和现在还居住在这里的玛雅印第安人的祖先有相当接近的关系。随着这一论断的宣布，玛雅文化研究就从此诞生了。
回到纽约后，斯蒂芬斯和加瑟伍德共同发表了《中美洲、契阿帕斯和尤卡坦游记》（1841）。他们于1842年又回到尤卡坦半岛，访问了契晨·伊特萨和其他地区的玛雅废墟遗址，其结果发表于《尤卡坦探险轶事》（1843）。这两部书吸引了众多的读者，为推进玛雅文化研究起到了很大的作用。
若干年后，斯蒂芬斯和加瑟伍德又一次回到了中美洲，不过这一次的身份是铁路公司的代表，准备修一条贯穿巴拿马的铁路，不幸的是斯蒂芬斯染上了疟疾和肝炎，于1852年在他纽约的家中去世；两年后，加瑟伍德在一次大西洋沉船事件中也不幸身亡。
严肃正规的考古工作于19世纪90年代在科潘展开，哈佛大学皮波蒂博物馆派了一系列的考古工作队来；这些考古人员也对诸如象契晨·伊特萨那些地处尤卡坦半岛的玛雅废墟遗址进行了考查，在此期间，摄影师和画家则忙于捕捉废墟遗址和工作中的考古学家的镜头。
一位名叫阿弗雷德·P·孟斯莱的退休英国人于1881年来到了中美洲；他自费整整花了10年的时间来拍摄玛雅废墟。他所整理收集的档案，其中包括许多从科潘拍下的照片，为那些试图追踪研究在过去一个世纪中废墟所发生变化的现代科考工作者提供了巨大的帮助。一位英国画家阿黛拉·布莱顿于1900-1905年之间在契晨·伊特萨精心画出了十几幅关于废墟的作品。她的作品也被现代考古学家作为重要的参考依据之一。
对于斯蒂芬斯来讲，科潘意味着一大堆无法解答的问题，而如今的科学家在很大程度上巳经了解了这座古玛雅城市，科潘地区是一个80平方英里的河谷地区，而城市本身不过几乎方英里多一点，位于河谷地区的最低处。这一地区内有3500座草木覆盖的高岗，每一处都是一座文化遗址，还有其他千余座高岗沿着河谷地区零散地分布着。
科潘城的中心是一个占地约30英亩的地区，考古学家称之为主建筑群，也是当年斯蒂芬斯和加瑟伍德看见一连串大型废墟的地方。包括大金字塔在内的最重要的建筑雄踞于土石砌成的平台之上，傲视着周围的一切。小型的金字塔、庙宇、院落及其他建筑散布于大金字塔的周围。金字塔之间建有大型广场，上面点缀着石碑，有的竟高达13英尺。
中央大型广场的一端修有一个球场，可是考古学家们并不清楚在这个球场上，以及在整个墨西哥和中美洲类似的球场上游戏是怎么进行的。游戏使用沉重的橡胶球和石栏’很显然，这一地区曾有许多种族参加玩这种游戏。
有的考古学家相信它具有宗教方面的意义，可能输家就会被当作供奉的祭品。球场周围则是突兀的金字塔，就像陡峭、笔挺的山峰。
其他地区的玛雅建筑多为石灰石，但是科潘地区却迥然不同，为这一地区暗绿色的火山岩石所造建。在它的鼎盛时期，科潘的一切可能更加多姿多彩，因为有证据表明石雕和壁画上曾被涂成过红色或其他的什么颜色。虽然这里建筑上用的石料十分经久耐用，可石料之间采用的粘合剂竟是泥浆，而其他地区采用的是石灰浆。多少世纪过去了，当泥浆被雨水完全冲刷掉后，建筑开始崩塌；当然偶尔发生的地震也加快了这一风化过程。于是直接的结果是：科潘建筑的保存状况远不如其他玛雅废墟遗址。
科潘仅是玛雅许多文明中心中的一个。考古学家把玛雅的势力范围分成了三个区域：从南到北是高地（即今天危地马拉、西萨尔瓦多和洪都拉斯的山区地区）；南部低地（即危地马拉、南墨西哥和比奈滋的丘陵和平坦低地相连结的地区）；北部低地（即尤卡坦半岛）。科潘位于高地和南方低地之间。就其地形来讲，它属于多山的高地，但它与南方低地的玛雅城市有着最紧密的文化联系，这些城市中包括有巴沦克和汰柯。
公元前1100年开始在郁郁葱葱的科潘河谷里有人定居，玛雅文化诞生于公元前2世纪，大约在公元前250年就进人了今天学者们所说的古典玛雅时代。从那一时期起，玛雅人开始在包括科潘在内的各地修建大型城市。到了5世纪，一位名叫宝兰色鹦鹉的国王统治了科潘（宝兰色鹦鹉是玛雅人供奉的一种热带鸟）。他下令修建了第一座大型的庙宇。他的后代接着统治了科潘15个朝代。科潘在他们的统治下成为数一数二的古典玛雅城市。
科潘另一位著名的国王叫灰色美洲虎，他在7世纪统治了大约70个年头，在他的治理下，科潘的领土扩大了，大概是因为战争征服的结果，城市不断地扩大，直到人口达到了20万左右，人口的增加也带来了城郊（如果能算成是郊区的话）的发展。皇亲贵戚们在中央金字塔周围修建了庙宇、广场和住宅，其余的人只得搬迁进了玉米地，在那里修建起一连串的新的住宅。渐渐地，原来那些住在城边的农民被迫交出谷地上开垦出来的良田，搬迁到了周围不大肥沃的坡地上。他们改变了原来的耕种技术，用石头围造了梯田，以免大雨冲刷走泥土，无论怎样，生产力开始下降。
灰色美洲虎的儿子兔子十八在8世纪初统治着科潘，那里的领土扩大到了100平方英里。为了记录下历史知炫耀科潘的辉煌，兔子十八下令修建了，许多石雕和石刻壁画。可惜好景不长，这位国王战败后被邻国俘获，斩首示众。他的儿子灰色贝壳为了复国，和巴伦克国的一位公主成了亲。灰色贝壳也修了一个新的神庙余字塔，其造型很有自己的特点：72级台阶，每级50英尺宽，上面刻了1250多幅图画，倾诉着科潘王国和它统治者的故事，这可是全美洲最长的石刻故事。不幸的是，该台阶于18世纪崩塌，现在只有几幅画还保持着原来的状态。碑文研究家们正竭尽全力地工作，想恢复这些图画的原始状态，他们把这项工作的难度比喻成解决世界上最大最难的拼板游戏。