日本特工像鼹鼠一样善于潜伏，神出鬼没。日本特工组织可以追溯到1881年，失业武士（浪人）头山满、平冈浩太郎和吉田六辅等人，在日本当局的支持下，在九州福冈成立了“玄洋社”，它以“玄海（指福冈西北方的海洋）怒涛、势可捣天”自夸，标榜所谓“天皇主义、国权主义、民权主义”三原则，与日本军部、官僚相互勾结，对内迫害进步力量，对外配合军队侵略攻势，大搞恐怖活动，并遏制沙俄东进。随后在日本又出现了黑龙会、浪人会等较小的情报间谍团体。
日本发动全面侵华战争后，在中国建立了伪满洲国保卫局，华北、华中、华南派遣军参谋部情报科，宪兵队，警察署的特高科等为数众多的间谍情报机构。另外还有一些“公馆”或“机关”名义出现的谍报机构，如松、竹、梅、兰机关，六条公馆，鲁仁公馆，以及由日本谍报机关直接控制的汪精卫伪政府的特工总部、华北政务委员会情报局、新民会中央总部调查部等。这些间谍情报机构在中国招募了大量汉奸走狗，猖狂地进行间谍情报活动，为日本侵略者的侵略战争服务。
第二次世界大战日本战败后间谍机构和特工组织解散。可是冷战时期，一度销声匿迹的日本情报机关和间谍组织，在美国的扶持下，又死灰复燃，而且其规模大大超过战前。日本政府、外务省、军事部门、公安厅和警察厅均设有情报机构，民间也有规模可观的商社情报网。
1952年成立了内阁总理大臣官方调查室。美国中央情报局原想把它作为统辖日本所有治安系统和情报系统的“日本中央情报局”，但由于遭到日本警察、外务、法务等各界的反对，未能如愿，结果成了内阁的承办机构，直属内阁官房长官领导。经过1953年、1954年和1968年的几次改组和扩充，于1968年正式定名为内阁情报调查室。主要任务是搜集、综合国内外的政治、经济、文化和治安情报，并加以分析、整理，每周通过内阁官房长官向首相汇报，如有重大的情报，调查室长官可以随时直接向首相汇报。日本防卫厅的情报系统、警察的情报系统以及外务省的情报系统，都要将获得的情报汇总到内阁调查室，它将各种情报加以综合分析，供日本内阁作为决策依据。
二战期间，日本人培训了大量的间谍，川岛芳子就是其中令日本人得意的一个佼佼者。
内阁情报调查室常常依靠新闻机构、综合商社等民间机构搜集情报，称为“委托调查”。日本从事情报搜集和研究的机构有100多个，实力很雄厚。其中一半以上的民间机构接受日本内阁情报调查室的“委托调查”。由“委托调查”获得的情报及时、准确，特别是经济情报，都有很高的价值。“委托调查”也成为内阁情报调查室搜集情报和进行研究分析的一种专长。
公安调查厅是1952年7月在法务省特别审查局的原班底上扩建的。表面上是根据《防止破坏法》，以“调查应受到限制的某些群体”的名义成立的，实质上却是一个地地道道的情报间谍机关。
自卫队资料队成立于1952年，是一个军事情报组织。任务起初是对部队所在地及司令部进行警卫、调查，后来工作范围逐渐扩大。资料队以搜集国外公开发行的报纸、杂志、图书为主，有组织地翻译这些材料，并透过字里行间发现有价值的情报，逐条编辑，汇集成《情报资料日报》和《技术资料日报》，报送陆海空自卫队。
陆上自卫队参谋部第二部“别室”是日本陆、海、空三军联合技术侦察机构，成立于1958年，总部设在东京市谷，主要任务是负责截收电讯，破译密码等电子情报，特别是侦听以中国、苏联（俄）、朝鲜为重点的各国无线电通讯，截获破译其密码。所获得的情报通过内阁情报调查室上报国防会议和内阁总理大臣。
1992年成立了情报委员会，下设“情报企划小组委员会”。加强军事情报的搜集能力和分析能力及适应冷战后多变的国际形势，实现由防卫厅防卫局、陆海空参谋本部、参谋长联席会议获得的情报一元化。1995年8月，日本防卫厅又作出决定，将情报委员会改建为参谋长联席会议的“情报本部”，以便使陆海空三军自卫队等各自进行的军事形式和战略情报调查分析业务一元化。1996年5月，经日本国会批准，情报本部正式成立。
妓女特工刺探情报
19世纪末期，明治维新后的日本国力迅速上升，对亚洲大陆的野心也日益膨胀。为实现其侵略计划，日本人培训了大量间谍。这些日本间谍，尤其是女间谍纷纷潜入中俄朝等国刺探情报，成为日本侵略军的帮凶。鲜为人知的是，这些女间谍中有相当部分出自札幌妓女间谍学校。
甲午战争后，日本与沙俄为侵略我国东北地区展开了激烈的竞争。为加强对俄情报工作，在日军高层的支持下，日本黑社会组织玄洋社于1896年在札幌开办了一所语言学校，名为“俄语学会”。根据日本情报机构的规定，该校学员中“将校军官”和“民间志士”各占一半，所有学生均经过严格挑选。该校主要讲授俄语和俄国的风俗人情，并进行各种间谍技能培训，学员毕业前还要潜入西伯利亚进行实习。此后，该校又增设了汉语课程，校名也改为“俄华语学校”，重点培训女间谍，训练她们运用美人计获取情报的本领。由于这些女间谍很多都以妓女身份作为掩护，人们便把她们统称为“阿菊”，这所学校也获得了“妓女间谍学校”的绰号。
在大量的“阿菊”当中，最出名的要数“西伯利亚阿菊”、“满洲阿菊”和“大陆阿菊”。“西伯利亚阿菊”原名山本菊子，她于1886年出生在日本九州，7岁时因家贫被卖入妓院。一次偶然的机会，山本菊子遇到了日本特务头子内田良平，后者很看重菊子身上的间谍潜质，于是将她送入妓女间谍学校精心培养。很快，菊子就学会了一套运用姿色搞情报的绝技。1904年日俄战争爆发，18岁的菊子潜入西伯利亚充当妓女，获取了大量俄军重要情报，在日本情报界初露锋芒。
1918年，日本伙同一些帝国主义国家出兵西伯利亚，占领了俄远东地区的一些城市，对俄国革命实施武装干涉。为消灭苏俄红军，扶持傀儡政权，日军在远东广设特务机关，由于山本菊子精通汉语、俄语和朝鲜语三门语言，于是便被派往中俄边境一带活动。她几乎走遍西伯利亚和中国东北地区，与白俄匪军和中国东北的马贼相互勾结，搜集到苏俄红军的许多重要情报，“西伯利亚阿菊”的大名逐渐响亮起来。
后来，白俄匪军被红军击败，25万残匪退入中国东北地区。日本特务头子土肥原贤二看中了这股力量，于是他命令山本菊子设法拉拢白匪头子谢苗诺夫，拉几万白俄残匪到哈尔滨、大连一带，为日本侵略中国服务。然而，谢苗诺夫对日本人的建议并不感兴趣，因为大部分白俄残匪是俄中边境地区的地主和农民，他们只希望在家乡附近活动。遭到拒绝的山本菊子没有死心，她先是使出“美人计”，把谢苗诺夫迷得晕头转向，接着又向其提供“绝密情报”，称苏俄特工人员已潜入中国东北，伺机暗杀他，只有投靠土肥原贤二才有出路。在山本菊子的软硬兼施下，谢苗诺夫最终带着队伍投降了。
此后，山本菊子又装扮成中国人，收买了20多股马贼，在中国东北地区到处搜集情报，并疯狂袭击反日武装。1923年，37岁的山本菊子因病死在哈尔滨，结束了她短暂而罪恶的一生。
暗杀斯大林的“猎熊”行动
1938年7月29日，日本军国主义分子侵入苏联，占领了符拉迪沃斯托克、海参崴附近的两个重要制高点。苏军予以猛烈回击，日本侵略者在几天之后撤退。日本外交官建议举行谈判，而恼怒的日本将军们则决定用另外的方式对苏方作出反应：用武士道的方式予以报复——暗杀斯大林。
斯大林患有风湿病，每年都要进行一个疗程的治疗。1925年，一家温泉疗养中心在马采斯塔落成。从“绿色丛林”国家别墅经过一条秘密公路可以直达这里。温泉疗养中心的一半为政府专用区。
监督这家疗养中心的是时任苏联内务委员部上校格奥尔基·柳什科夫，他是一个贪图功名之人，他意识到，这项特殊的任务使他面临着特殊的机遇，可以被人注目，可以升迁，可以前往首都。因而，柳什科夫工作起来非常卖命，几乎过问所有细节，甚至亲自爬进下水管道查看，有几次还让人把已经完成了的工程返工。
然而，当斯大林卫队长弗拉希克将军前来验收时，发现了一个冲天而起的喷泉。他冲着吓得面如土色的柳什科夫大叫道：“主人不能容忍哗哗的水响声，赶快重做。事情还没有完，还要对此调查……”当时正值苏联大清洗的1937年，这种威胁让人不寒而栗。喷泉在一夜之间就被拆除了，代之以一个大型花坛。
后来，柳什科夫被派往远东任职，由于他的档案中有了“污点”，担心受到清洗，便很快与日本间谍接触，于1938年偷渡到了日本。柳什科夫建议在索契实施恐怖活动，并且还建议不在戒备森严的斯大林别墅，而是在马采斯塔的温泉疗养中心下手。
柳什科夫对这里的每一条小道和地下管线都了如指掌。特工行动小组计划在夜间通过通往海里的一条地下管道进入温泉疗养中心的地下室。当斯大林在此沐浴时，破坏分子可以通过专门的舱门进入房间。室内的警卫很少，干掉他们应该很容易。这样可以直接在澡堂将斯大林击毙。趁混乱之际，沿原路返回。
此次行动代号为“猎熊”。行动小组很快从流落中国的俄罗斯移民中招募了一批破坏分子：许多前白匪军官在哈尔滨的大街上忍饥挨饿。柳什科夫亲自对他们进行精心培训。当情报人员得知，斯大林即将前往索契休假时，行动队员立即被运往土耳其的特拉布宗港。对他们的承诺是：暗杀行动成功之后，每个人将得到一幢别墅和100万美元。
一天深夜，恐怖分子越过了巴统附近的边界。但在黎明时分，恐怖分子在一个狭窄地段遇到了埋伏，不得不交火。大部分恐怖分子在交战中丧生。身负重伤的柳什科夫带着3名队员逃出了苏联国界。“猎熊”行动宣告失败。
原来苏联特工早已截获“猎熊”行动计划。当时，著名特工佐尔格领导的一个苏联特工小组在日本东京活动，该小组包括许多高级间谍，其中有保积、与滕、布兰科·武克利奇。
艺术家与滕是一个自由职业者，交往甚广，与许多普通铁路员工、水兵和工程师交情不错。他们有时提供的情况非常有用。
东京有一个颇有名气的女裁缝叫北林，她的多数客户是军官的妻子。与滕从与他关系暧昧的女裁缝那里了解到关于军队不少重要情报。在向与滕提供情报的人中，有一个重要人物——日本外相的私人秘书。这正是整个事件的关键环节。知晓“猎熊”行动计划的秘书无意中向苏联间谍与滕提供了这一重要情报。佐尔格领导的小组立即将这一情报报告给了莫斯科。这样，斯大林逃过了一劫。
藏身珍珠港的特工
二战中，随着日本与美国在亚洲的冲突日益尖锐，为了打击美国，日本海军联合舰队司令官山本五十六于1941年2月制定“Z作战计划”，意图先摧毁美太平洋舰队在珍珠港的主力，逼迫美缔结城下之盟。为了顺利实施突袭珍珠港的计划，日本派到珍珠港的特工多达200人，从各方面搜集珍珠港的天气、水文、地形和美军基地、飞机、舰艇的部署，日本驻檀香山总领事馆就是其间谍活动的大本营。
在这些日本特工中，最有影响的是吉川猛夫。吉川是日本预备役海军少尉，就在事业如日中天时，这名狂热的法西斯分子却患上严重胃病，被迫回家疗养。就在这时，他被日本海军参谋部情报处看上了。随后，他玩命学习英语，研究美国的海军及其太平洋基地。1940年底，他被派往夏威夷搜集情报。
1941年3月，化名森村正的吉川以领事馆书记官的身份来到珍珠港。这名23岁的书记官一到，就遭到中情局的严密监视。中情局下令，“注意他的行踪，尽快查清背景”。但中情局很快发现，他是一个花花公子，常去的地方竟然是在珍珠港后面的阿莱瓦山坡上、一家日本人开的“春潮楼”。在几个被称作“尼赛女郎”的美籍日本艺妓陪伴下，这位“浪荡公子”常调情笑闹、酩酊大醉。一次，美国情报人员窃听他的电话，竟发现他和一个艺妓在电话里调情。中情局人员听烦了，拔掉了窃听插头，对他的调查到此结束。
美国人的麻痹为吉川的情报活动提供了便利。吉川所去的春潮楼，打开窗户就可看到美军在珍珠港内的各种舰艇、军事人员的活动情况。每次到春潮楼，在喝酒聊天之余，吉川总是秘密注意美国军舰的活动规律，默记在心，回去后再用密码记录下来。另外，吉川还利用自己外交官的身份作掩护，开着一辆美国1937年生产的福特车，在瓦胡岛上到处转悠，伺机搜集情报。经过几个月的摸索，终于将珍珠港美军活动情况了解得一清二楚。
1941年11月1日清晨，日本海军部派遣海军军官中岛前往檀香山，奉命把军部命令交给日本总领事喜多。中岛把一个纸捻儿塞给喜多，悄声说：“请把这个交给吉川君，明天下午开船前给我答复。”喜多会意地点点头，收起了纸捻儿。
被轰炸前平静的珍珠港。
回到领事馆，喜多将纸捻儿交给吉川。吉川展开一看，在这个不大的纸条上，提出了要求尽快给予回答的97个问题：停泊舰船总数、不同类型舰船的艘数和舰名、战列舰和航空母舰的停泊位置、希卡姆和惠勒机场的飞机机种及数量……这些可难不住吉川，他迅速整理思路，就飞快地写下每一个问题的答案。第二天，答案就转交到了中岛手上。
从12月1日开始，吉川按照海军部的要求，每天报告珍珠港美国舰队的动向。在日军偷袭的前一天夜晚，吉川还给东京发去特急电报，汇报说珍珠港停泊了战列舰9艘，轻巡洋舰7艘、驱逐舰9艘，3艘航空母舰和巡洋舰出港未归。当电报转到海上指挥官手中时，日军突击舰队距离珍珠港只有250海里了。