2002年3月10日，阿里巴巴中文网站推出诚信通产品。通过诚信通，企业就可以从五个方面展示自己的诚信，分别是：企业身份认证、证书及荣誉、资信参考人、阿里巴巴活动记录和会员评价。
企业身份认证是指企业身份认证机构对“被认证机构是否合法存在”以及“企业身份认证申请人是否属于被认证公司”的查证。公司注册名称、地址，申请人姓名、所在部门和职位，并同时需要出具相应的工商部门颁发的营业执照等。提供商业信息的企业，必须首先通过这个认证。企业身份是最重要的诚信凭证。
证书及荣誉是指企业将所获得的荣誉放在网上，一方面证明自己的实力，另一方面可以招揽更多的买家。
资信参考人指的是企业在商贸活动中有来往的各类公司、组织、协会等。如某银行是某企业的开户行，可以证明该企业的金融信用；某企业隶属于某组织，该组织可以作为该公司经营状况的参考。企业可以通过添加资信参考人来彰显自己的实力、产品质量、诚信经营、服务态度、金融资信，帮助自己获得更多客户的信任，取得合作。
阿里巴巴活动记录是指会员在阿里巴巴网站的活动记录，可以显示此会员的注册日期、最近登录日期、使用服务的状况等，是了解会员活跃程度及稳定性的窗口。
会员评价是指有过交易或合作经历的会员，可以彼此对对方在交易或合作中的表现给予评价，这对于其他购买者具有参考价值。
通过这五个方面，采购方可以查看诚信通会员的资料和各种消息，再根据自己的要求来进行网上商贸交易。这种透明交易是一种诚信交易的表现。只有诚信，才能使消费者获得信任，才能使网上电子贸易得以深入人心，发展壮大。
诚信通是一个互动式的诚信管理平台。商人想知道合作对方有没有信誉，可以先去查看它的信用记录。阿里巴巴一般都是通过第三者来证实一些最基本的情况，比如：该公司是否存在，法人是谁，进行交易的这个人是否属于该公司，他会不会打着公司的旗号去做自己的生意等诸如此类的事情。阿里巴巴将这些事情交给了一些全球知名的合作者：邓白氏、华厦、ACP。这几家著名的合作者为阿里巴巴提供了负责检测众多企业商誉的强有力保障，企业应有的各种各样证件，各种各样的实力都可以认证出来。还有就是合作伙伴的推荐，由他们提供和哪家企业合作过生意、做过多少的大生意、有没有出现过问题等方面的情况和资料。当然，信誉情报的提供方不能恶意地去损坏别人的声誉，为了预防这样的事情出现，诚信通规定：只有诚信通会员才拥有评价的权力；评论以后相互留档案，不可以匿名，必须公开，在提供方给别人写内容的同时，在他自己的记录上也会有显示，这就是他的信用活档案，以此来相互约束。
诚信通每年的会员费为2300元，相对于企业来讲，这是一个比较低的门槛。所以成立以来，每年的会员数都大幅度地增长。到2007年初，诚信通的注册用户数已经达到了27万。在公司开会的时候，马云这样对员工们说：“如果阿里巴巴推‘诚信通"就表示阿里巴巴愿意接受诚信的考核，因为这里面有一套体系，如果阿里巴巴的网站不能坚持这个诚信，哪怕阿里巴巴只有两个诚信通会员，我们自己也首先要去做一个诚信通会员。”正因为阿里巴巴一直秉承着这种诚信思想，因此后来诚信通的影响越来越广，会员也越来越多，很多会员还在自己个人的名片上印了诚信通的标志。
从2002年诚信通正式全面推出的时候开始，“诚信通会员将会获得最优先的商机获得权”就成为了阿里巴巴的一条原则。网站上的更新不再是企业在阿里巴巴网站上获得排序优先权的规则，诚信通会员现在取而代之了。后来诚信通推出的竞价排名、诚信通指数等一系列举措也为诚信通的会员们提供了更加优质、周到的服务。
以竞价排名来说，2004年，阿里巴巴以拍卖的方式，使诚信通会员通过竞价来获得在每个产品类目下前三名的位置，拍卖上限价格为每个月1.6万元。据说，当时拿出拍卖的产品类目高达数万个，由此可以估算，如果竞价成功，诚信通业务将会给阿里巴巴带来至少每个月高达上亿元的收入。
马云已经把诚信通做成了一张全球性的信用名片，中国的中小企业在这里向世界展示着自己。而且在这个领域，他还没有一个紧追者。西方国家的银行信用基本上起到了商业信用的替代者作用，以至于它们来做这样一个信用体系没有多少空间。而在整个东方，诚信通已经成为一个庞然大物，没有多少同行可以与它对抗。
马云说：“不赚钱的公司是不道德的。支付宝将来一定会盈利，并且我们的盈利方式绝不会靠收小钱来达到，我们有更长远的目标。”
2005年，马云在瑞士达沃斯参加世界经济论坛的时候说：电子商务首先应该是安全的电子商务，一个没有安全保障的电子商务环境是无真正诚信可言的。而要解决安全问题，必须先从交易环节入手，彻底解决安全支付问题。
2002年年底，中国互联网用户已近8000万。这已经是一个庞大的数字了。然而尽管如此，当时从事电子商务的群体在互联网用户中所占比例仍然很小。之所以出现这种状况，是由当时我国电子商务尚无完善的安全保障体系决定的。
2003年7月，阿里巴巴宣布推出基于C2C模式的淘宝网。通过广泛调查，淘宝工作人员发现用户大都知道网上购物的优点，但支付安全问题始终让他们对此望而却步。
这一问题也让马云心焦。在公司的一次会议中，他曾有过这样的发言：“如果不解决支付体系问题，就得不到网商的信任。买卖双方扯来扯去，反而会把事情搞得越来越不好，等于是在浪费时间。然而目前国内的银行还没有解决这一问题，我们该怎么办？等银行去做，至少要5年时间。再等5年，中国的电子商务与海外相差会越来越大。而2002年的国际互联网上，光是中国供应商海外的采购就已超过了100万美金，而且以后单子还会越来越多。安全支付问题解决了，网商才能踏踏实实地做生意。”
其实，在2003年淘宝网站制作的过程中，马云和阿里巴巴的其他高层就开始了对网上支付的研究。后来他们在国外诸多支付性网站上看到了一个可以模仿的对象—“escow.com”。
这个网站提供了一种第三方担保的方式，流程比后来的支付宝要复杂，它是把买家的钱和卖家的货都收到它那里，经过检验，钱货两讫，再把货和钱分别送到买家和卖家那里。这给了马云他们一个解决中国电子商务支付问题的最初模型。
经过一番努力，2003年10月，淘宝网站正式推出了“支付宝”。支付宝的操作方式是，买家把钱先汇到支付宝上他自己的虚拟账户里，由支付宝通知卖家，买家的钱已经到账，可以向买家发货。而当买家收到货以后（也就是卖家把货发出后一段时间）通知支付宝：验货完毕，可以付钱，于是支付宝就把买家虚拟账户里的钱转移到卖家同样设在支付宝的虚拟账户里，卖家就可以通过银行把这个账户里的钱取走。因此，支付宝实际上承担的是一个第三方担保功能，与马云最早看到的那个国外网站一样，只不过支付宝不承担验货的功能。
支付宝能最大限度地给予交易双方安全性保障，降低交易风险。买家更加省心，因为收货后卖家才能拿到钱，所以不会发生货款被骗的事情。而对卖家而言，使用支付宝更能赢得买家信任，交易资金即时划拨，只需通过网络，点点鼠标就可以完成交易，不用每次跑银行查账，管理账目也更轻松。拥有这些优点的支付宝，一经推出，就受到了消费者的青睐。
很快，在淘宝网的交易中，70%的网商都用上了支付宝，并且大额交易几乎都是通过支付宝进行的。2004年年末，阿里巴巴赞助了冯小刚的贺岁片《天下无贼》。影片中伪装成旅游团的盗窃团伙，帽子和旗子上都印有“淘宝网”的字样。紧随其后，一部以“用支付宝，天下无贼”为主题的广告片再次吸引了人们的眼球。阿里巴巴在很短的时间内成功传播了支付宝“安全、快速”的品牌个性，受到了广大互联网用户的极大关注。
2004年12月支付宝脱离淘宝，成为了一个独立的公司。实际上，从一开始马云就没有想让支付宝成为淘宝的一部分。“我们想解决的是整个国内电子商务中的支付问题，而不是仅仅想给淘宝找一个支付的解决方案。所以支付宝必定是要从淘宝中脱离出来的。”支付宝的一位高层说：“脱离淘宝，支付宝才可能成为一个真正的第三方支付平台。”
马云表示，支付宝面对的客户不仅仅来自阿里巴巴和淘宝网，还将同时为其他电子商务公司的客户提供服务。如果“支付宝”能在短时间内被买卖双方广泛接受，他们习惯了这种方式，那么，或许买家在eBay易趣上看中一件货品后，却要求卖家使用支付宝平台进行交易，那么可想而知这将对竞争对手造成多大威胁。更重要的是，随着贸易的全球化和互联网的发展，电子支付已逐渐成为一种趋势。然而支付平台的开发和维护都耗资巨大，很多中小电子商务网站都无力自建，找一个通用的第三方支付平台或许是最好的选择。如果“支付宝”能成为一个日后通用的网上支付平台，这无疑将给阿里巴巴带来巨大的商业收益。
自立门户后，和淘宝一样，支付宝也是一个成本中心。“支付宝现在每天的交易大约在三四万笔，每笔交易时间大约为3天，因此长期驻留在支付宝上的资金大约为1亿元左右。虽然看起来这是一笔很大数目的钱，难免有人质疑阿里巴巴会不会动用这笔钱。甚至有人觉得支付宝依靠这笔钱的利息也可以维持运转。可以告诉大家的是，支付宝是一个经过银监会批准的第三方担保公司，它的资金流转是受到银监会监控的，因此我们必须以存款的形式保存这笔钱。确实支付宝与银行有协议，这笔大约1亿元的资金银行是按协议付给支付宝利息的，但总数每年不过150万元左右。而支付宝公司的人员就达90人，每年的工资开支就远远超过这个数字。另外，支付宝大量的资金过户需要付给银行手续费，这笔钱的数字也远超过利息收入。”支付宝的负责人这样解释支付宝为阿里巴巴的一个成本中心的原因。
然而，马云等阿里巴巴的高层并没有把支付宝的费用放在心里。同淘宝一样，支付宝是一个免费提供给所有人使用的平台。至于免费的原因，马云曾调侃说，是因为还没有想好怎样收钱。马云认为：阿里巴巴赚的钱足够来支持整个体系的运作，这就够了；淘宝与支付宝现在想的应该是怎样创造价值，只要创造了足够的价值，将来就不愁收不到钱。
马云说：“不赚钱的公司是不道德的，支付宝将来一定会盈利，并且我们的盈利方式不会靠收小钱来达到，我们有更长远的目标。”