一、奠都南京
1．南京国民政府的建立
随着北伐的节节胜利，蒋介石的个人野心也日益膨胀，反共独裁倾向日趋明显。四月十二日公开发动反革命政变，政变后，蒋介石控制了以沪宁为中心的东南地区，基本上完成了在南京建立中央政权的准备工作。1927年4月14日，蒋介石在南京召开在宁的中央执委和中央监委会议，会议决定于次日在南京召开国民党二届四中全会。4月15日，会议如期举行，当时，国民党中央执监委共有50余人，而在南京的中央委员仅有张静江、李石曾、吴稚晖、蔡元培和蒋介石等10人。由于不够法定开会人数，会议遂改名为谈话会。此次会议否认了武汉中央党部和武汉国民政府的合法性，决定在南京重建国民政府。
1927年4月17日，蒋介石在南京召开了国民党中央执行委员会政治会议，会议接受了胡汉民的提议，确认南京方面为国民党中央的正统，在蒋介石的提议下，会议增选萧佛成、何应钦、蔡元培等9人为中央政治会议委员，推选胡汉民为中央政治会议主席。
4月18日，根据国民党中央政治会议第73次会议决议，南京国民政府在丁家桥前江苏省会议厅举行了成立典礼，这标志着以蒋介石为代表的南京国民政府正式成立。蒋介石、吴稚晖、张静江、胡汉民、柏文蔚、蔡元培等出席了庆典仪式。在成立典礼上，蔡元培代表国民党中央党部授印，印文为“中华民国国民政府”，胡汉民代表国民政府接受这方大印。在随后发表的演说中，胡汉民表示一致拥护蒋总司令，以巩固革命阵营。
这次会议还宣布胡汉民、张静江、任朝枢、古应芬等人为国民政府委员会事务委员。南京国民政府的人员构成如下：古应芬任财政部部长，伍朝枢任外交部长，钮永建为秘书长。从南京政府委员的构成来看，有的是国民党元老，有的是金融界的巨头，有的是北洋军阀的政客、遗臣，也有国民党内的后起之秀，成分复杂，但有一点是共同的，这些人都与蒋介石有着特殊的个人关系，或者与他有着共同的利益。
在国民政府成立的当天，蒋介石在庆祝国民政府建都南京欢迎宴席上发表了长篇讲话。蒋介石强调了南京国民政府的合法性，重申了其反共反苏的一贯论调，他列举了鲍罗延所谓“压迫欺骗我们”的事实，要鲍罗延自己回到苏俄去，号召大家以快刀斩乱麻的敏捷方法，把国民党内的共产分子清除出去。此后，他在南京大操场举行的国民政府建都南京阅兵典礼上作了长篇训话，要全体将士在他的领导下实行清党运动。
南京国民政府成立后，在随后发表的国民政府宣言中声称定都南京是受国民党中央党部和民众的委托，是依据中央政治会议决议而决定的，提出了南京政府护党救国，实行国民革命之方略四条，即，使国民革命愈与人民密切的结合，造成廉洁的政府，提倡保护国内的实业，保障农工团体的利益并扶助其发展。在公布的国民革命军全体将士文中，大力鼓吹蒋介石的忠贞勇敢，创造了国民革命军，宣布以军事全权托付给蒋介石，要求全体将士接受蒋介石的指导。
4月21日，蒋介石以国民革命军总司令名义通电，将国民党军事委员会从广州迁到南京办公。随后就成立了吴稚晖为主任，刘文岛为副主任的国民革命军总政治部，召集了陆海军军事会议，何应钦、白崇禧等人联合通电表示拥护南京国民政府。
南京国民政府的成立，标志着蒋介石在中国大陆长达二十余年统治的正式开始。
2．调整与汉方和冯方的关系
南京国民政府成立后，国民党分裂成南京国民政府和武汉国民政府两个并立的中央政权。南京方面自恃反共有功，觉得应由他们继承国民党的正统，武汉方面则摆出国民党元老的资格，认为自己是国民党统治的当然继承者，西北的冯玉祥则在这种政治格局下迅速上升到有利的地位，三方围绕各自的利益展开了激烈的斗争。
武汉方面，共产国际代表罗易认为，讨伐蒋介石远比北伐更为重要。汪精卫、唐生智也主张张东征讨蒋，但各有自己的打算。唐对长江下游的江、浙地区财源十分垂涎，他认为只有东下驱蒋，占据江浙，才能“找出一条财政上的出路。”汪精卫则是企图打垮蒋介石，自己取而代之。
与汉方比，宁方政治、军事上均无优势可言，内部斗争也不逊于汉方，当时蒋辖有的约12万军队，嫡系只占很少的一部分，多数是地方实力派如桂系、粤系等，有些是收编不久的北洋军阀部队。而且，整个南京政府内部是派别林立，随时都有瓦解的可能，如果一旦分裂真的发生，凭借蒋介石当时的实力和威望是不可能将这些分裂出去的势力控制或者消灭掉的。在此时，蒋介石要做的就是如何巩固这种并不牢固的联合。至于征服武汉国民政府，蒋并不具备军事、政治等各方面的现实可能性，所以在南京政府成立之后，蒋介石还是不得已地将工作的重心放在北伐之事上。
蒋系一派中，桂系是北伐的坚定支持者，桂系坚持北伐，关键在于不愿为蒋作西征的前驱。其时，北伐并非明智之举，北伐三支力量汉、宁、冯，只有宁方独自北进，实有孤掌难鸣之势。
但由于桂系在南京国民政府中占有举足轻重的地位，蒋介石不得不对其做出让步。6月19日，蒋下达继续北进的攻击令。23日，宁军开始向鲁南一带进军。然而，攻势刚刚展开，27日，蒋介石以汉方准备东征，南京方面应予防范为由，下令鲁南一线部队改攻为守，除留部分前线部队分别镇守鲁南各要隘外，“其余各部均即开始南撤。”这是蒋介石的第一个撤兵令。
蒋介石的撤兵令发出之后，力主北伐的桂系对此的反应却出现了分歧。此时，李宗仁任第三路总指挥，驻徐州，白崇禧以总司令部总参谋长名义代蒋介石任第二路总指挥，驻鲁东南，两军相距在百公里以上。当时通讯条件落后，两人在短时间内无法沟通并达成共识，只得基于各自对形势的认识作判断。
白崇禧坚持其一贯立场，对撤兵持反对态度。一方面，他认为汉方根本没有东征的实力，另一方面，他担心在鲁东南未完全克服前，贸然撤兵势必动摇军心。因此，他非但未按蒋要求布置所部后撤，反而继续向鲁东南地区进兵，准备全力北进。
然而，李宗仁这时却转而赞成撤兵南下，李宗仁是桂系头号人物，他对局势的把握远比白崇禧准确得多。早在部署北伐时，他就有意保留实力。蒋介石原打算让李宗仁的第三路军应以主力军第七军由铁路正面向韩庄、临城攻击，第三十三、二十七两军配置徐州、蚌埠一带为预备队。但李在实际部署中，将最具战斗力的亲信部队第七军主力留置后方为预备队，而令第十军等部向鲁南攻击。李宗仁此举，既在保存实力，更为窥测风向。
6月下旬，李宗仁已洞察到汉方分共是迟早之事，此时，重要的是实现对长江中游乃至南京地区的控制，而不是继续北进。因此，蒋撤兵令下达后，李宗仁便立即将第七军南调，前线仅留王天培第十军等部镇守，并令其不准后退。李宗仁之所以部分地赞成南撤，关键是要实现其心腹部队回师长江中、下游，控扼南京的局面。
1927年6月30日，蒋重新下达撤兵令，同意白崇禧继续在鲁东南作战，承诺在临沂未攻克之前，防御及撤兵令暂不发表。同时修改撤兵计划，规定：第一路军即以第十七军于日照附近布防，第十四军着改归白崇禧指挥，协助第二路攻略临沂，其余部队即陆续向扬州附近移动；第二路军除第一、第三两师外，必须在规定期限内攻克临沂，再按照前令抽调南下；第三路军即以第七、第四十军之秩序，与上输送浦口集中。
在宁、汉激烈相争，桂系动向举足轻重情况下，蒋介石不得不对其有所让步，同意白崇禧继续在鲁东南策动进攻，为照顾其攻击战，不公开发表防御及撤兵令，前线阵地不实施收缩。然而，蒋介石这些命令虽满足了白崇禧要求，却严重违背了军事常识。如撤兵令既未明确撤兵时间，也未说明撤兵范围，在撤兵同时继续部署进攻，前方将领进退失据，撤兵时不实施必要的战略收缩，导致前方兵力空虚，军心不稳。6月底撤兵令直接导致了宁军在鲁南、苏北战场上的溃退，同时也埋下了日后蒋介石徐州败退的伏笔。
由于白崇禧在撤退的过程中严重耽搁，致使蒋介石的嫡系第一军大部分直至8月中旬仍滞留在苏北地区。相反是李宗仁的第七军顺利南撤，并逐渐完成了芜湖至南京一线的布防，这种局面的形成，又为日后桂系坐镇南京逼蒋下野打下了良好的军事基础。
与此同时，武汉方面也在积极进行北伐，只是北伐的目的不同，武汉方面的讨伐对象是退守河南的吴佩孚残部，其目的是为了与在北方的以冯玉祥为首的军事集团取得联系，并结成联盟。
武汉政府这一时期把争取冯玉祥作为其主要的考虑，是有其战略目的的。武汉国民政府事实上的统治版图在南京国民政府成立后，主要局限在湖南、湖北和江西三省，且其四面临敌，危机重重。北面雄踞着实力强大的张作霖军队和吴佩孚的残部，随时都有卷土重来，进行反扑的危险。东面和南面显然都是听命于蒋介石的吩咐，西边的四川军事首领显然不是汉方的同盟军，唯一的盟友便是冯玉祥。
冯玉祥自五原誓师后，长期独处西北，强邻环视，处境不容乐观，汉方既欲拉拢他，他倒也乐观其成。1927年4月汉方继续北伐，冯随后出师中原，双方在河南会师，孤立处境稍有缓解。
冯汉双方在河南会师后不久，6月10日至12日，汪精卫、唐生智等专程到郑州与冯玉祥会晤，予冯以豫、陕、甘三省军政大权，并答应每月为冯玉祥的部队提供给养。冯则同意唐生智第四集团军回撤武汉，停止北伐。冯玉祥以微弱的代价取得河南地盘，获得向内地发展的跳板，并得到武汉方面的正式委托和给养接济，所得不菲。武汉方面送给冯食之无味的豫省地盘，换取冯的好感，从而得其默许将重兵南撤，重点巩固湖广，也不无所得。
这一结果，使人以为冯玉祥在宁汉之争中倒向汉方。不过，冯玉祥自有他的打算，河南初定，基础未稳，在北进暂无可能时，放武汉军东下，由自己占据河南地盘，何乐而不为。至于北方奉军威胁，由于东有宁方北进部队牵制，西北有已换旗倒向国民党的阎锡山掣肘，尚非当务之急。他同意汉方军队南下，并非鼓励其发动东征，而是出于自身利益考虑。
蒋介石在南京静观其变，明察秋毫。他感到冯玉祥与武汉国民政府的关系远非表面上看来的那么明朗，南京方面完全有机会横刀介入。所以蒋介石老早就发送愿意接近的友好信号，冯玉祥也曾派人到徐州会见白祟禧和李宗仁，双方都认为冯玉祥与蒋介石的会面和商谈是非常有必要的。6月20日至21日，蒋介石、冯玉祥在徐州花园饭店举行会晤，双方就国内局势交换了意见。就商谈结果来看，冯氏在反共问题上倾向汉方，并明确表示不赞成汉方东征。同时，他也拒绝了蒋氏拉拢其攻汉的企图，冯玉祥最欲避免的还是宁汉开打，奉张南下之局。会后，他甚至调集岳维峻、孙连仲、方振武等精锐部队沿襄阳一信阳一许昌一线环形展开，声言要“保障政治，防止阅墙”，摆出武力调停的姿态。
然而，冯玉祥虽然竭力防范宁、汉武力相争，但宁、汉迅速合作，组成统一政府，也不为他所愿意看到的结果。首先，就国民党而言，冯玉祥在国民党中素无基础，正是宁、汉之争，使他身价倍增，获利颇丰，河南地盘及宣传声势不论，仅军费方面，他即同时自宁、汉两方得利。宁方允诺增加对冯玉祥的经济支援，徐州会议上答应每月按接济军费250万元。汉方在财政备感竭蹶情况下，仍每月向冯拨付60万元，后又增至90万元。
其次，从全国形势看，宁、汉、冯三方，冯的处境根本没有回旋的余地。当时，宁、汉双方都与北洋军阀暗中保持接触。何成浚、孙发绪、王克敏等奔走宁、奉间，接洽双方，奉方表示“不反对三民主义，然非赞同态度”，宁方则答复奉方“合作之期不远”，双方和谈之门始终半开半闭，唐生智与奉方多有往来。宁、汉双方皆欲拉奉为已用，奉方则真真假假，两面用功，在这种政治的太极推手中，冯玉祥的处境最为不利。奉、冯之间积怨甚深，奉方以倒冯作为与宁、汉议和的条件之一，而宁、汉也并不视冯为当然的同路人。6月初，蒋介石曾设想：“如冯军明白助共，则晋无论联奉联陕，或单独行动，均须以实力对冯，向洛阳、潼关方面压迫，合力讨共。”这和奉方由奉、晋、宁三方联合讨冯的主张非常契合。正是由于宁、汉相争，虎视耽耽，双方均不敢贸然开罪作为强邻的冯玉祥，冯才不至成为宁、汉、奉交易的牺牲品。
冯玉祥态度未明，但汉方却对与冯玉祥的合作寄予了太多希望，整个武汉领导集团都是抱着这种态度提出和赞成“西北学说”的。包括苏联顾问和中国共产党，他们把太多的希望押在冯玉祥身上，他们对于会师河南后革命前景一致看好。
但是最后，冯玉祥拜倒在蒋介石的财力援助之上。每月250万元的资助，自然能够帮助冯玉祥解决许多他早想解决却无能为力的。徐州会谈后，冯蒋联名发表通电，宣称：“中正、玉祥与数十万将士，为三民主义而奋斗。凡百诱惑在所不顾，凡百艰险在所不避，凡百牺牲在所不惮。”
冯玉祥立场的突然转变对于武汉方面的各种势力派别都是致命的打击，他不仅宣告了他们历尽艰难才做出的西进决定的破产，同时也是对武汉方面各自生存的一次严重挑战。事实上，在从决定西进开始，国民党与共产党的合作很大程度上是基于冯玉祥的支持给他们带来了希望之上的。如今，冯的态度把这种国共合作的基础给摧毁了，进而转变成了一种强烈迫使国民党与共产党分裂的外部压力，这就必须把武汉国民政府从一个十字路口逼到了悬崖峭壁之上。在决定是否西进的时候，武汉方面是有选择余地的，而眼前在蒋介石与冯玉祥的联合高压之下，武汉国民政府已经别无选择，武汉领导人为了自身的权力地位，同时也是为了迎合手下军队的普遍心理，必须尽快选择趋向。
7月14日，汪精卫在武汉召开秘密会议，悍然决定“分共”，次日举行国民党中央常务委员会扩大会议，正式宣布与共产党分裂，并指挥军队封闭了一切工会、农会和革命团体，大肆逮捕、屠杀共产党人和革命群众，轰轰烈烈的以国共合作为基础的国民革命失败了。
3．兵败徐州和第一次下野