在全面进攻和重点进攻相继失败之后，蒋介石重新部署兵力，针对中共由内线转向外线的作战方式的转变，组织重点防御。蒋介石为扭转败局对1947年的军事行动进行了总结。
1947年10月6日，蒋介石在北平召开军事会议，会议上他作了《一年来剿匪军事之经过与高级将领应注意之事项》的报告，对内战爆发一年来的军事得失作了小结并说明了本年6月以后的军事形势。蒋介石把一年来同中共作战的情况分为两个时期，并认为第一时期是从1946年8月至1947年4月，这一时期是由参谋本部指挥的，结果是一连串的失利。第二个时期是从1947年5月至10月，是由他本人指挥的，取得了重大胜利。
蒋介石在会上说：“自从去年七月共党公开叛变，国军开始军事进剿以来，到今年四月为止，我们前方的部队，遭遇迭次的挫折，高级将领被俘的被俘，战死的战死，这不仅是我们革命莫大的耻辱，而且对于社会人心发生很严重的影响。于是我不得不集中全部的精力，来研究我们一般将领失败的原因。”
蒋介石的这番话表明前一阶段的作战失败的责任在参谋本部，而不在于他。此时期，参谋总长是陈诚，8月28日由林蔚代理。主要责任在陈，这是对陈诚的直接批评。1947年4月蒋介石直接指挥各重要战役，并于4月开始分期训练军官，并印了一些小册子，说明解放军的长处和自己军队如何改正缺点。蒋介石认为一年来一系列失败的直接原因，是高级将领对解放军缺乏明确认识，不知对方情况，盲目进攻，他说，“冒冒失失的进入共区，当然非彻底失败不可。”后来，制订中央突破战法，对沂蒙山区的军事根据地和胶东及沿海地区，展开了重点进攻，那是6月以后的事，结果一一获胜。
蒋介石对山东重点进攻也进行了分析，他认为6月25日、26日先后发动进攻，7月2日，国民党整十一师占领南麻。17日陈毅向南麻反攻，经五昼夜激战，陈毅部主力退走。7月17日，李弥师占领临朐。24日，陈毅因反攻南麻未成，又率其二、六、五、七、九共五个纵队再反攻临朐。双方激战整整一周，陈毅未能实现既定目标，随即干部北渡黄河。这时，蒋认为陈毅的“主力可以说已经整个地溃散了；如其我们各将领能捕捉战机，追击得法，则一定可以全部歼灭。”
“其另一股，窜过津浦路者——第一、三、四、八、十，共五个纵队——更陷于进退维谷绝境。……其时刘伯承所部……为策应陈毅作战，大部渡过了黄河；但他过河以后，首先在军山集遭受六十六师坚强的抵抗，死伤惨重，继而遇到国军的反攻，无法抵抗，本想退回黄河北岸，又因当时河水大涨，加以受国军空军的监视，不能达到目的，乃不得不回过头来，向我后方作无目的流窜。实际上，这时候共军已陷于整个崩溃的状态，如果当时国军能实行大胆的追击，则共军一定要被我们逐一消灭。”
所以蒋介石认为，他的将领们“未能及时追击”，他就批评他们“太审慎了，行动太迟缓了，……不明了共军的内容，所以才发生这种错误的观念。须知共军主力击破之后，他已经士无斗志，只求逃命。……现在陈毅、刘伯承、陈赓所部”……大多窜过了黄河，聂荣臻一股最近在冀中又遭受了惨重的打击，所以河北、鲁北、晋南、豫北、太行山各地区、可以说已经没有正规的共军了。”
进而他认为：“总之，现在共军的主力已被击破，根据地已被捣毁，已经临到了总崩溃的前夕。”
战局的发展似乎大出蒋介石之所料，1947年10月19日，刘邓大军却于羊山集击溃了他的六十六师，继续南进，这使蒋介石担心得很，他对其将领的积极精神缺乏信心。他又认为解放军虽“着着失败，但败而不乱，溃而不散，不久又能死灰复燃起来。”
10月20日，蒋介石在《剿匪军事之新阶段》中，对他6月以来的战略目的进行了进一步说明。他认为他的战略目的已经达到，并且认为已经对中国共产党做到陆、天、海的封锁，已是“关门打老鼠了”。显然，蒋介石夸大了自己的战略预想，对国共双方的兵力认识不够全面，盲目乐观。
“自从6月25日到现在，这个时期……统帅部有三个战略目的，第一个是要占领共军的政治根据地，使他不能建立政治中心，在国内外丧失其号召力。第二个是要摧毁其军事根据地，……第三个是封锁其国际交通路线，使之不能获得国际援助。”
蒋介石根据自己对中共军事战术之认识，制定了所谓的中央突破法，即不管对方如何攻击侧背，他仍命其军队迅速前进，攻击既定目标。当时蒋已占领延安，便重点攻击沂蒙山区。经过十天左右时间，他又占领了沂蒙山区。他称之为“摧毁”对方军事根据地。此后解放军主力移转鲁西，一部转移黄泛区，支援刘邓大军南下，第九纵队转移胶东，第二、七纵队转移到诸城、莒县、日照一带，统归胶东军区司令员许世友统辖。
蒋介石又命徐州总部编成胶东兵团，由范汉杰兼任司令，目的占领各港口，并进攻胶东许世友部，从海上封锁中共。1947年初，范汉杰发动了军事进攻。9月11日，占领范家集。蒋认为已完成海上封锁。他认为：经过一个半月作战时间，到这次范家集战役以后，已经顺利的成功了。
占领范家集之后，蒋介石在青岛励志社聚餐会上就讲了一段过于乐观而又盲目的话。他说：“今天我们检讨统帅部过去所定的战略目的，可以说已经完全达到。其政治根据地——延安，在今年三月已被国军克复；其军事根据地——鲁中沂蒙山区六月以后，也被国军摧毁。至于国际交通线，本有陆上与海上二路，其陆上一路，在去年10月张家口承德收复之后，久已被国军截断，到最近，国军占领烟台、龙口，他海上交通线已被封锁了；共军又没机场，……所以他今天连空中的接济也断绝了。我们今天真是关上了大门，关上大门即使是一个虎也要被我们打死，何况他是一个老鼠。”
紧接着蒋介石说明了他下一个战略目标，是“追剿”，并断绝解放军的兵源和粮食供应。“追剿”战不再采用中央突破战法，而用灵活的自动战法，随时捕捉战机，消灭对方。进攻地区则是冀中、冀南、鲁北三个地区，他告诫国民党将领：“如果我们派遣军队，犁庭扫穴，占领这几个地区，他就真正成了流寇。一成流寇，只要我们军队穷追猛打，绝不放松，就没有不被我们消灭的。”
可以说，从内战爆发到现在，蒋介石对战局的发展还是很乐观的。但他对东北的局势之危，则没有提及。
1947年11月4日，在国防部作战会议上，蒋介石又谈及国民党军队的缺点和对待伤兵的严重问题，根本的原因是他的部队对待自己的受伤官兵极不人道。他说：最近几个月来，我研究中共俘虏的口供，尤其是他们政工人员的口供，觉得他们对我军的批评，很有参考的价值，现在列几点如下：“国军对于阵地上伤亡官兵不能救治掩埋。这是最不道德的行为，以后收容所和掩埋队的工作，应积极改进和加强。”
1948年1月8日，蒋介石在《参谋长的任务与剿匪必胜的途径》讲话中，把军事斗争的重点重新转入“七分政治，三分军事”上。这主要是因为他在各地区的战役，均转向防守，已无进攻之力。而三分军事中，又以七分斗智，三分斗力来使用。蒋介石所认定的智略就是“要在战略上、宣传上、情报上、交通运输上来制胜敌人，而这些智略就有赖于一个优秀的参谋长来贡献。”尽管蒋介石对当时国民党军队存在的种种弊端也有清醒的认识，但由于积疴已久，势必难以有效改进，积弊日重，其失败也就是在所难免的了。
2.误以为刘邓大军是南下流窜
蒋介石对战局的认识，多少是有点盲目乐观的。他认为解放军放弃解放区或老根据地，作战略转移，打到国统区，是流窜，这显然是过于乐观了。但实际上，解放军已经在过去一年的战绩基础上不断壮大兵力，已由防御转入反攻了，中共的战略反攻是从刘邓大军千里跃进大别山开始的。
中共选择大别山作为战略反攻的起点，是毛泽东、周恩来、朱德、刘伯承、邓小平、叶剑英等统帅深思熟虑的结果，这正是蒋介石最担心的结果。作为大反攻的前锋，只能对准历来为兵家必争之地的中原，其他地区也有可选性，但各有局限。例如西北、西南虽有潜力但地处西北边陲，很难实现机动；江南可直逼宁沪杭，但有长江天堑，而且也缺乏战略回旋，东北、华北地势虽阔，但是远离国民党的政治、经济中心，无法对国民党政权形成致命威胁。相比之下，大别山具有特殊的战略地位，地处豫鄂皖三省交界处，面临长江，控制长江航道，虎视南京，是插向国民党统治地区的一把尖刀。除此之外，大别山本身具备作为新战场的条件，它曾是鄂豫皖苏区和中原解放区所在地，群众基础好；作为长江中下游和淮河流域大平原旁仅有的大山脉，适合于作为根据地和开展歼敌战。
挺进大别山，难度极大，是一项需要极大战略勇气的抉择。作为战略家的毛泽东对此十分慎重，在和刘、邓二将军商议进军一事时，曾对他们说：一种是付出代价，中途被迫退回根据地；一种是付出代价，到了大别山，打不进去；一种是付出代价，站稳脚跟，打开局面，建立根据地。无论是哪一种结果，均是胜利，只要冲出内线，打到蒋管区，无论是“站稳脚跟”，还是退回解放区，都不能算失败。因为这一行动本身，已经宣告大反攻开始。毛泽东在欢送刘伯承、邓小平时，风趣地说：“今天我们就不握手了，到胜利凯旋时再握手。”
蒋介石最不愿意看到的还是发生了。1947年6月30日，放弃延安不过3个月的中共方面，命令刘伯承司令、邓小平政委亲自率领第一、二、三、四4个纵队共13个旅，12万大军，在鲁西南张秋到临濮300里长的地段强渡黄河，揭开了战略反攻的序幕。国民党军界得报后，以为只是中共方面故伎重演，为了减轻山东陈毅部的军事压力，渡过黄河，牵制顾祝同兵团。特别是刘邓大军强渡黄河后在鲁西南停留近40天，更使国民党的高级军事幕僚们产生错觉，更加坚定了他们原来的看法：刘邓的行动只是为了配合陈毅部作战。然而，战略判断上的失误，使国民党军付出了惨重代价。
刘邓大军在鲁西南的停留，是为了突破蒋军的防线，并且尽可能地把挺进大别山所经地区的敌人调到鲁西南来，为下一步行动作战略策动。大军南渡黄河后，立即投入紧张、激烈的战斗。杨勇任司令、苏振华任政委的第一纵队攻克郓城，歼灭整五十五师的两个旅，活捉副师长理亚明。同日，陈再道为司令、王维刚为政委的第二纵队，王近山为司令、杜义德为政委的第六纵队，在山东定陶曹县大败国民党军，歼灭一五三旅。14日又在巨野的六营集歼敌整三十二师、七十师两个师部和三个旅，活捉七十师师长陈颐鼎。22日，在金乡活捉敌旅长王仕翘。28日，活捉六十六师师长宋瑞珂，在鲁西南战役中，刘邓大军总共消灭国民党队4个师部、9.5个旅，共5.6万人。
至此，蒋介石仿佛才明白中共战略意图。为阻止中共的战略行动，他急调20个旅堵截，在平汉线和黄河南岸布防。8月27日，刘邓亲自指挥六纵冲开国民党在河南境内设立的汝河防线，渡过汝河，进入大别山区，从而实现了挺进大别山的第一步。
刘邓指挥的中原解放军决定赶在敌人主力到来之前，迅速展开兵力。第一、二纵则在大别山北麓阻击蒋军，六纵在鄂东，陈锡联为司令、彭涛为政委的第三纵在皖西开辟新区。9月上旬，国民党增援大部队纷纷到达，白崇禧组织“国防部长前进指挥所”到九江督战，结果并不理想。10月9日至11日，陈锡联指挥第三纵于六安东南张家店地区全歼白崇禧部第八十八师六十二旅，11日解放舒城，歼敌5600人，打开皖西局面。以邓小平为首的中原局命令各部在努力歼敌的同时，放手发动群众，恢复人民政府，到11月间已经建立33个县政权，解放区面积已经达到1946年6月李先念率部突围前的规模，为刘邓大军在大别山站稳脚跟奠定了基础。
在阻挠中共战略反攻的过程中，蒋介石的失败不仅仅是在大别山地区和刘邓大军一条战线上，东有华东野战军外线兵团的进攻，西有陈赓、谢富治的太岳兵团的进攻。
1947年7月1日，华东野战军为配合刘邓大军作战，决定分兵作战。外线兵团由陈毅、粟裕率领，东线兵团由谭震林、许世友率领。1947年9月初，陈毅、粟裕率华东野战军1/2 主力8个纵队在鲁西南地区会合。9月9日，在菏泽取得沙士集大捷。9月下旬，陈粟大军除留下两个纵队在鲁西南牵制国民党军队外，主力分5路越过陇海路南下，进入豫皖苏平原，实行分散作战，并破击陇海路兰封至郝砦段和津浦路徐州至固镇段，威慑国民党徐州部队。到10月下旬，完成在豫皖苏地区的战略展开。
为配合刘邓大军挺进大别山的行动，中共中央军委指示晋冀鲁豫军区新任负责人徐向前，组织由陈赓和谢富治的第四纵、秦基伟和黄镇的第九纵、孔从周的西北民主联军第三十八军、第二十二旅等部合编而成的“太岳兵团”，向国民党防守比较薄弱的豫陕鄂地区挺进，开辟新战场。8月22日，陈赓、谢富治率太岳兵团在垣曲、济源间飞渡黄河，切断洛阳至潼关的陇海铁路，接连攻克新安、陕县、灵宝、渑池等城，仿佛要乘胜攻克西安。蒋介石为保西安，直飞古城，调集10.5个旅阻击。
9月底，太岳兵团调动敌军的目的已经达到，放弃西进，立即南下。南下的太岳大军，从11月18日起，在连破攻克临汝、禹县等城之后，正式宣布成立豫陕鄂军区，下辖8个军区。陈赓、谢富治、秦基伟、孔从周等部的行动，取得了重大胜利。一方面，直接歼敌6万人，更重要的是完成了策应挺进大别山和开展大别山斗争的任务，并且把胡宗南集团军与中原蒋军完全隔开，这对以后围歼胡宗南部作好了准备。
3．分区和重点防御计划失败
在三路大军进行战略行动的同时，西北、山东两解放区的野战军同时实施“两翼牵制”。中央军委命令彭德怀的西北野战军拖住胡宗南部，防止他东出潼关增援中原敌军。彭德怀指挥的西北野战军在牵制胡宗南部的同时，主动出击，从沙家店战役起转入内线反攻作战，歼灭胡氏集团军的一批有生力量，再加上太岳兵团一度切断陇海线西段，“西北王”根本无法脱身。
华东野战军东线兵团，后称山东兵团，在谭震林、许世友率领下，寻机歼敌，策应外线主力挺进中原。12月4日开始进攻莱阳得手，胜利完成了胶东保卫战，从根本上改变了山东战场的形势，有力地配合了外线兵团的作战。