以陈果夫、陈立夫为首的CC派是国民党内最大的派系组织，他们垄断了国民党的党务，其势力还渗透到行政、立法、教育和经济部门。CC派成员具有很强的意识形态色彩，其党员多是三民主义的狂热信徒，对国民党事业更是赤胆忠心，他们对党内腐败深恶痛绝，但是，他们在观念上却十分正统、保守，其政治目标是维护国民党的一统天下，反对任何民主改革。在1944年，CC派就联合党内外其他势力将腐败无能的孔祥熙赶下行政院长的位置，并希望以此为契机，酝酿在国民党内发动一场“革新运动”。抗战胜利后，CC系对政学系的膨胀甚为不满。他们认为，政学系的老官僚们绕过党的正式组织程序，利用与总裁的特殊关系与中共套近乎，出卖党的利益，然后以总裁手令压人，正式拉开了“革新运动”的序幕，他们的茅头首先指向刚刚通过的政协决议。
如果按照政协精神改组政府，在权力上受到最大伤害的就是CC派的既得利益者。为此，他们怂恿流氓打手冲击陪都各界庆祝政协成功大会，一手制造了校场口血案，萧铮、黄宇等CC系中的强人连续召开革新座谈会，为在中央全会上发难作舆论和组织上的准备。1946年3月1日，国民党六届二中全会开幕，CC派集中火力猛烈攻击政协决议，指出张群、王世杰等人出卖党国利益，应将他们开除出党。他们甚至要求修改国民党党章，加强国民党中央执行委员会的权力，限制总裁的最后决定权，并大张旗鼓地反对国民党内的暴发户，要求进行清党。
“革新运动”在全会上得到了广泛的响应。蒋介石对CC系的主要人物秘密承诺：“只要我活着，共产党就绝不能参加政府”。国民党的六届二中全会以后，蒋介石便向党内保守势力妥协，政治姿态趋向强硬。蒋介石对CC系的夺权主张给予了强有力的反击，他明确警告CC系：“本党的组织原则民主集中制，你们主张民主固无不可，但不要因民主而忘了集权”。就这样，CC系领导的革新运动以政治上的成功和组织上的失败而结束了这次在中央全会上的发难。
在这以后，“革新运动”通过CC派在国民党内的组织系统逐渐推广到地方，并出现了《革新周刊》，但一个明显的事实是其势力也大为衰弱，其中原因一方面是CC派成功地破坏了政协决议，即使在实施“宪政”之后也保住了自己的既得利益和政治特权，另一方面，CC派与黄埔控制下的三青团对抗CC系的倾向日益增长，与此同时，CC系内部也发生了分裂，到1947年国民党六届三中全会之后便无疾而终。
在国民党内与政学系、CC派并列的另一大派系是黄埔系，这个政治派别主要由黄埔军校的学生组成，与蒋介石有着师生之谊，他们都是职业军人，但有很强的政治抱负，不满足于军人的地位，渴望进一步扮演一个政治角色。他们从维持党国出发，反对党政系统的腐败无能，希望在蒋介石领导下，重建一个“革命党”。这批人起初以“复兴社”为核心进行活动，他们以三青团为核心，掌握了实际大权，以三青团的身份进行派别活动。蒋介石成立三青团的意愿，是希望通过建立一个新的“革命组织”吸引全国青年，以担负起国民党已不能承担的“革命任务”。同时，也是借扶持三青团的势力平衡由CC派一手控制的国民党。但是三青团作为一个政党组织却没有明确的理论纲领，而且组织机构也不完善，更为要命的是，三青团的出现本身就是派系斗争的产物，所以成立不久便陷入连绵不断的派系斗争之中。
1946年9月，三青团举行了二大，黄埔系设想三青团撇开国民党组成一个新党，两党轮流执政，由蒋介石一人兼国民党和新党两党的领袖，而新党交由蒋经国全权领导，以削弱CC派的力量，重振三民主义事业。尽管这项决定甚合蒋介石的心意，但却引起了CC系的强烈反对，蒋只得收回原意，改为党团分离，以避免CC派与黄埔系的火并。但是，在派系斗争愈演愈烈的背景下，党团分离并不能从根本上解决问题。到1947年9月，国民党六届四中全会，经蒋介石提议，三青团并入国民党内，原三青团中央常务干事自然转为国民党中央常委，黄埔系的势力打入原由CC包办的国民党高层，从此党团纠纷演变为党内斗争。黄埔系的改革也最终以失败告终，党团合并的结果是使三青团仅存的一点活力也为暮气沉重的国民党给吞噬了。
蒋介石后来不得不承认：“不幸的是，党团统一组织不能达成政治革命性的改造目的。相反，自中央至省县，党内派系倾轧，更变本加厉，漫无止境。……这一次统一党团组织，彻底改造本党的努力可以说是毫无成就。”尽管蒋介石的反省未能涉及当时整个中国社会历史发展的大趋势及人心向背等问题，但当国民党内的一切变革都淹没在派系斗争的时候，确也注定了其政治衰败不可逆转的命运。国民党、南京政权、蒋介石是旧中国的三大象征，国民党作为当时的执政党，作为一个革命时代的象征，他的衰败标志着以蒋介石为首的南京国民政府的末日不远了。
2.党内倾轧剧烈
国民党内部的派系斗争可谓历史悠久，国民党的大小派系实质上就是在几个实力人物周围积聚起一批追随者组成特殊的政治势力。它们除了几个比较大的派系，如政学系、CC系之外，一般都没有严密的组织体系，不举行代表大会，没有法定或选举出来的领导人，没有宣言和纲领，没有常设的组织机构，也不定期举行组织活动，其本质上是国民党内山头主义的组织体系。
国民党内可谓派系林立，有实力雄厚的上层派系，如亲英美的四大家族，亲日的何应钦、张群，也有革命时期的遗老遗少们的组织，如邹鲁、谢持的西山会议派，汪精卫的改组派，胡汉民的复兴系，以及国民党特务的CC系，军事方面的黄埔系、日本士官系、保定军校系等。他们有大有小，有经济的、有文化的、有军事的、有特工的，有控制中央的，有控制地方的，可谓是名目繁多，各霸一方，打渔杀家，弄得举国上下一派乌烟瘴气。但是，所有派系斗争都是以蒋介石为平衡点的，故这些派系能够互相依存，又互相拼杀，但谁也无法吃了谁。在这些派系中能成为蒋介石的支住的只有四家：即党务靠CC系，军事靠黄埔系，行政靠政学系，外交靠亲英美系。
尽管蒋介石对各派都保持有绝对权威，可是国民党内的派系在日常政治生活中的作用却是不能低估的，对国民党的每一项决策、指令的制定，都有很大的影响，国民党每一项政策的制定出台都是政治平衡的结果。这就使得南京政府很多正常的政治活动、军事活动、经济活动和社会活动却都带上了很浓厚的派系纷争色彩，这就大大降低了国民党的凝聚力和政治作用。
蒋介石之所以允许党内复杂派系的存在，旨在把它们当作一种工具，当然是巩固自己的统治，不是团结他人，具体的手法就是利用矛盾，大搞政治平衡，这就是蒋对待派系存在的基本立场和态度。所以从某种意义上讲，他就是国民党内最大的派系组织头子，是政治体操优秀的教练员。蒋介石对待向自己挑战的派系的基本做法就是：政治上分化、拉拢，经济上收买、搞垮，军事上打击、招抚。对待忠诚于自己的派系的基本做法是：允许其间争吵，甚至是明目张胆的胡作非为，但不允许任何一派做大，尾大不掉，危险自己的地位，更不允许其同情中共。
抗日战争结束，经过八年的战争和自然规律的作用，国民党内的派系格局也有了明显的变化。主要有以下三点：新老派系完成交接；桂系实力的膨胀，派系斗争愈演愈烈；国民党逐渐瓦解。
第一，新老派系的交接。黄埔系成员经过抗日战争全面占据了军事接班位置，老一代军界将领几乎全部退出军队中的一线指挥岗位，绝天多数军长、师长都为黄埔军校毕业生；派系交接的突出表现是四大家族中孔陈失势，以及蒋经国的崛起。对国民党蒋介石统治集团最具影响力的四大家族骨干组成的孔（祥熙）、宋（子文）系，因在国民党内徇私枉法，结冤甚重，最后蒋介石不得不痛下杀手，迫使孔祥熙远走美国，宋外放广州而被迫解体。与此同时，蒋介石在利用派系的同时，开始实施扶持长子蒋经国计划。蒋经国自1925年去苏联留学，这一去就是12年，直到1937年春才回国，然后到江西赣南地区任职，开始进入政界，从此以后扶摇直上。
从抗战中后期开始，蒋经国在其父的支持下，接管三青团，到抗战结束前后三青团已经成为蒋经国的势力范围。当然，蒋介石此时已有培植长子接班的意图，要让蒋经国完成接班，需要拥有足够的实力和派系。蒋经国何时、以何种形式进入中央，如何在中央系势力分配中占据压倒优势，一直是令蒋介石头痛的问题。最后他通过党团合并的方式，让蒋经国带着三青团系全面进驻国民党中央。
第二，桂系势力的膨胀。李宗仁和白崇禧和蒋介石有很深的渊源，当初北伐时，在北伐军里面有三支能攻善战的队伍，这就是以黄埔学生为基本力量的国民革命军第一军、以粤军为基本力量的第四军、以广西子弟为基本力量的第七军。在蒋介石北伐乃至其建立南京国民政府，桂系曾立下了汗马功劳。桂系和蒋介石又有很深的恩怨：新军阀混战中是桂系第一个起来军事倒蒋，直到全面抗战爆发后，双方才不得不妥协。到全面内战爆发时，南京政府内的原地方实力派只剩下四川的川系众家军阀、山西的阎锡山和广西的李宗仁，而能与蒋介石对抗的只有桂系，特别是在中央军主力被中共大部歼灭后，桂系凭借实力在国民党内有着举足轻重的作用，也正是桂系的逼宫，才迫使蒋介石第三次下野。
第三，派系斗争愈演愈烈。CC系和政学系、黄埔系等派系在伪国民大会召开及政府改组中，为分得更多的利益和职位相互斗得不可开交。在国民党一系列的失败中又互相指责，推卸责任于他人，使派系斗争愈演愈烈。
1948年3月召开的行宪国民大会成为国民党内派系矛盾的总爆发。行宪国大的主要使命是选举中华民国的总统、副总统，以正式进入宪政体制。在选举总统的过程中，蒋介石最终如愿以偿，不仅当上了总统，还获得了临时条款的特权。
行宪国大更富戏剧性的场面是副总统的选举。蒋介石原本属意孙科。但是蒋介石的老对手，桂系的领头人李宗仁却站出来竞选副总统。本来，在蒋一手控制的国民大会中，李的出选机会是微乎其微的。但此时蒋介石作为领袖的威望已严重下降，“一般国民党员和无党派分子，可能包括大多数文武官员，希望获得更多的自由和权利，希望出现新的领导面貌，才能使国家渡过目前的危机。”而李宗仁恰好给人以一种不同于蒋领导风格的希望，暗示着有可能与共产党进行和解，并采取一系列的政治民主化的改革。这顺应了国民党内外一大批人不满现状、要求变革的心理，最重要的是国民党内愈演愈烈的斗争，也给李宗仁创造了条件。黄埔系与其他地方派系为了击败支持孙科的CC派，一致将选票投给李。
这样，经过一番激烈的较量，李宗仁在联合了黄埔系和反CC系的两股力量的基础上，以微弱的多数选票战胜了有蒋作后台的孙科，当选为副总统。这样，对于蒋介石来说，行宪国大的结果可谓是喜忧参半，尽管蒋在法统上取得了紧急处分的总统全权，但是在实际角逐中失去了支配党内权力资源的优势，败给了李宗仁。自此，国民党便走上了自我解体的不归路，此后国民党内的权力角逐便围绕着蒋介石李交恶展开。
蒋为报复桂系，将国防部长白崇禧外放，派往武汉任华中“剿共”总司令，但这却给了桂系很大的契机。无论是蒋抑或李，都认为对方是头号敌人。蒋欲除李而后快，派军统日夜监视李，时刻准备实施暗杀计划，而李宗仁则面对被内战弄的焦头烂额的蒋介石，稳坐钓鱼台，伺机取而代之。1948年底，蒋介石嫡系主力在内战中损失殆尽，唯独白崇禧手中尚握30万精兵，驻守长江中游，成为举足轻重的力量。在美国方面的私下支持下，白崇禧通电全国，打出与共产党和谈的旗号，要求蒋下野，由李宗仁就任总统。在桂系的逼宫之际，蒋介石被迫引退，由李宗仁代行总统职责。
然而，国民党权力系统20多年来已形成的以蒋为轴心的运转逻辑，并非总统人事的更替就能改变，而且，蒋介石隐居溪口后，仍然以国民党总裁的身份在幕后操纵一切，李宗仁虽然做了代总统，但却只是一个虚设，令不行，禁不止，人事财政大权更是无从谈起。随着“和谈”的失败，国民党政府迁往广州，蒋介石步步反逼，向李宗仁夺权。1949年7月，国民党在广州成立非常委员会，并以此为最高决策机构，蒋为主席，李为副主席，党的权利重新置于总统之上。
蒋桂的内斗加快了国民党的失败。1949年2月5日，司徒雷登作为蒋家王朝衰败的一个最直接的目击者作了如下证言：“战后，尤其是去年下半年，我们亲眼目睹了传统型的中国政府体制的衰败和没落。国民党的最初宗旨是反对封建王朝正如太平天国革命一样，但是，尽管它具有一种民主思想和现代革命精神，最终这些思想和精神还是丧失殆尽，并进而逆转，走向传统方式。至于蒋介石本人，他无疑为人正直，富有献身精神，但其观念和手段，仍是非民主的。政府也不乏正直、自由人士，但体制则滋生、培育着罪恶，并进而导致自身的毁灭。它变得如此的腐败无能，如此的不得人心，以至于哪怕任何自身的有序改革都少有希望，即使没有共产主义运动，恐怕也会爆发为另一场革命。”这段话虽然不是很全面，但却比较直接地反映了国民党失败的重要原因，即信仰的削弱，僵化体制致使党内积疴日益，导致了党内愈演愈烈的派系斗争，最终导致了国民党自身的瓦解。