李宗仁竞选副总统其优势也是很明显的，有实力，广西、安徽两省负责捐助大宗款项为助选费用，广西将领、桂系和一部分三青团方面的代表是助选基本队伍，另一方面抗战胜利后，李宗仁坐镇北方，还得到北方代表的支持。最重要的是美国也有意扶持他，司徒雷登1947年9月8日向美国国务院报告说：作为国民党统治的象征的蒋介石，已经大大地丧失了他的地位。大多数的学生，甚至毫不客气地认为他是完蛋了。
1948年3月11日，李宗仁在北平对新闻记者首次发表了竞选副总统的谈话，同时在南京成立了专门的竞选事务委员会，还提出了“肃清贪污，改革政治，实行民生主义，清算豪门资本”，“树立独立自主的外交”等竞选口号，以笼络人心，所以声势浩大。李宗仁参加竞选副总统一事，蒋介石原先是同意的，可是蒋最后又变了主意，这一点，出乎李的意料。原来蒋内定孙科为副总统候选人，这是因为：孙科是孙中山之子，又是现任国民政府副主席；总统一职，非蒋莫属，蒋桂矛盾，一向较深，蒋孙搭档，较为适宜；孙为粤人，粤人拥孙，李失粤援，自易失败。直到1948年3月25日，蒋还向李表明态度说：选举正副总统是民主政治的开端，党内外人士都可以自由竞选，他本人将一视同仁，没有成见。
在得到蒋介石的这项保证后，满心欢喜，可是到4月3日夜，蒋介石专门召见李宗仁，说：“总统副总统的候选人，均由中央提名。副总统候选人，内定孙哲生，希望你顾全大局，退出竞选。”李宗仁很是气愤地回道：半年以前，我已经向总裁请示，如果你不赞成，当然唯命是听，不料你一直没有什么表示，所以我就积极准备一切。事到如今，现在就很难从命了。李宗仁在他的《回忆录》中也有记载，此时竞选副总统，好比正在戏台上，锣鼓已经敲打起来，他正要登场开口而唱，观众正准备喝彩，这时怎么能在锣鼓热闹声中掉转头来跑回后台去呢？这就导致蒋介石和李宗仁在政治选举的直接对抗。
4月6日，国民党中央临全会上，决定总统、副总统候选人：孙科、李宗仁、程潜、于右任都可以联署竞选。孙科在国民党内有实力，大部广东代表、华侨及宪政促进会的前制宪代表都支持孙，并且有蒋介石的支持，程潜有军界及湖南人的支持；于右任完全依靠本人在国民党内的地位与声望作资本。为了获得足够的选票，每个候选人都使出了浑身解数。从20日起，李宗仁、孙科分别包下安乐酒家、龙门酒家，大宴各省国大代表，凡戴国大徽章的人，一日三餐，一律免费招待，中西餐随便。程潜、于右任及副总统候选入社会贤达莫德惠、民社党的徐傅霖，只能是小打小闹了一番，只是宴请了各省的头面人物。各候选人、助选人，甚至候选人的夫人，也都一齐出动，紧张地进行拉选票活动。
竞选期间，李宗仁共花去招待费约万两黄金；于右任助选会共用200余亿，都是党内和文化界捐助的，和其余人比起来，寒酸之至。22日晚，即投票前夕，“孙科送交各报的巨幅广告对开3000万广告费，程潜2250万，与李宗仁不相上下。于右任派人到各大报社游说，只要是长行，附上100万元，请看在老新闻记者面上帮帮忙。很多报都不忍收广告费。至于其他三人竞选费用，各在数千亿以上。”经过此番竞选准备，最后的时刻到来了。4月23日，国民大会投票选举副总统，到会代表2648人，戴季陶任主席。选举结果：李宗仁754票；孙科559票，程潜522票，于右任493票，莫德惠218票，徐傅霖214票。这次选举，由于无人得到超过代表总额半数的选票（1325票），依照选举法的规定，于、莫、徐被淘汰，定于次日对前三名李、孙、程，进行二次投票。
4月24日，第二次投票选举，到会代表2455人，张希文任主席。投票结果是：李宗仁1163票，孙科945票，程潜616票。名次依然未变，必须进行第三次投票。24日下午，蒋介石再次召见贺衷寒、袁守谦，对其软硬兼施，要他们把所有为程潜争得的选票，改投孙科。同时，蒋又示意程潜，放弃竞选，将选票全部投孙科。作为交换条件，答应起用其助选人，补偿其竞选费用。但遭程拒绝，当晚程潜发表声明，宣布被迫放弃竞选。
李宗仁见状，当晚同白崇禧、黄绍竑、程思远等人在白的寓所开会研究，黄提议采取以退为进的策略，组织力量进行反击。当即决定由李宗仁以候选人的名义写一封信给大会主席团，声称：由于有人以党的名义压迫民主，致使代表无法充分行使自由投票的权利，竞选已失去其原有的意义，所以声明退出此次竞选。这封信，分送大会主席团和南京各报登载。此后又通知桂方的拥趸明早不要出席大会，还派一些人到会场门口作纠察，劝阻来不及通知的代表。25日，全国各报以最重要的新闻刊出。
在此情况下，孙科极为尴尬，也不得不宣布“退出竞选”，副总统选举有可能流产，国大也只好被迫休会。25日下午，蒋介石主持国民党中常会举行临时会议，决定由国民大会主席团胡适、于斌、孙亚夫、曾宝蒸、陈启天5位代表，分访程、李、孙3人，劝其继续参加竞选，蒋介石再度召见李宗仁劝他放弃竞选的打算。27日，蒋还召见白崇禧，希望白劝他继续参加竞选，表示自己将全力支持李宗仁的竞选。于是白崇禧做了个顺水人情，并把蒋的意思告诉报馆记者。搞得蒋介石“此地无银三百两”，啼笑皆非。又经大会主席团出面调解，程、李、孙表示，对放弃竞选事，不予坚持，唯听大会决定。
4月28日，继续举行大会，第三次投票。到会代表2605人，胡适担任主席，结果是：李宗仁1146票；孙科1040票；程515票。仍无人得法定之过半数票。最后主席宣布依照选举法规定，29日晨，举行第四次副总统选举大会。程潜因得票少，依法退出。就前两名李宗仁及孙科，再行投票。依法规定，只以比较的多数就可当选，这样李宗仁和孙科展开了面对面的交锋。双方出动人员大肆游说。黄绍竑先后做陕西、山东方面代表的工作，对浙江代表“挖墙脚”。蒋介石亲自发号施令，蒋经国在南京中央饭店设置盛宴，为孙科助选。4月29日上午9时，举行第四次选举副总统大会，到会代表2638人，这次大会由于斌任主席。11时投票完毕。李、孙决选，唱票者逐票高呼，时李时孙，不相上下。“每唱孙科的票，孙派代表就来一阵掌声，唱李宗仁的票，李派代表照样也来一阵掌声。此起彼伏，使这次大会开得好不热闹。选举的最终结果是：李宗仁1438票，孙科1295票。依照《总统副总统选举罢免法》之规定，李宗仁以微弱多数（143票）当选为行宪第一任副总统。
至此，行宪国大也告一段落。李宗仁竞选副总统胜利了，但蒋桂矛盾进一步加深。蒋管区和解放区一切中外报纸刊物和通讯社，包括国民党各派的报纸刊物通讯社在内，毫无例外地宣扬和嘲笑行宪国大的闹剧。5月20日，蒋介石、陈立夫为院长、副院长；24日，立法院同意翁文灏、顾孟余（后为张厉生）任行政院院长、副院长；5月31日，蒋介石和翁文灏各自宣布了政府各部委的人选，6月9日，监察院院长于右任、副院长刘哲就职；24日，司法院院长王宠惠、副院长石志泉，考试院院长张伯苓、副院长贾景德同时就职。至此，“中华民国政府”才算演完了这出“还政于民”的闹剧。
这场闹剧的结果对蒋介石及南京国民政府来说是致命的，他使得国民党内部进一步分裂，蒋桂矛盾在继续加深。李宗仁成为形同虚设的国民政府副总统，正如李宗仁所说：“我在副总统任内几个月，真是平生难得的清闲日子。有关军国大事的重要会议，蒋先生照例不要我参加。招待国际友人的重要会议，蒋先生不邀请我陪客。……蒋先生既不来邀我，我也落得清闲。”蒋桂矛盾的激化是必然趋势。“行宪国大”，实际上是蒋介石实施宪政的重大失败，蒋介石玩弄的“行宪”把戏，不仅未能稳定国民党的统治，反而促使其内部更加分崩离析，促使中间派转向革命阵营，进一步加深了蒋介石统治的政治危机。
总而言之，蒋介石原来的目的是想通过“行宪国大”和改组政府一步将制宪国大所取得的“成果”具体化，进一步垄断国家权力，进而稳定其统治。但是，“行宪国大”使蒋介石如愿以偿地当上国民政府的总统的同时，进一步暴露了其独裁的意图，激化了国民党内部的派系矛盾，这是蒋介石所没有预料到的。
三、难以驾驭的国民党
1．国民党组织结构上的退化
尽管在抗战胜利以后，国民党仍然掌握着各级国家权力的中枢，但是国民党由于自身组织功能的衰败，已不复能承担任何现代化的使命了。
就其组织结构而言，国民党并非是一个类似西方议会制政党那样的法理型组织，而是一个按照俄国布尔什维克模式建立起来的“革命党”。作为一个革命型的政党，它必须具有完善的组织机构和坚定的政治信念，严格的组织纪律。从国民党历史来看，1924—1927年国共合作的国民革命中，国民党曾表现出空前的活力和战斗力，这与其革命信仰的坚定有力以及组织机构的高效集中是分不开的。
然而，自1927年国民党成为全国性的执政党后，在以党治国的国策下，它既没有向法理型政党转变，也难以继续保持“革命党”的本色，其衰败也就在所难免了，到40年代已基本荡然无存了。国民党的意识形态信仰是孙中山的三民主义，作为一个成功的意识形态，他应该成为党员及至普通民众的一种信仰，甚至是其完整的民族意识的一部分，同时，他还要与实际结合，体现出对民主的关怀。此外，三民主义也要适应社会各阶层的需求，有通俗简法的表现形式，才能在现实中产生足够的影响。
然而，现实中的三民主义在这几个方面表现的都不尽如人意，首先是蒋介石、戴季陶等人以孙中山的正宗嫡传自居，肆意歪曲孙中山的三民主义。1927年国民党执政后，又通过强大的行政力量将这些政治教条社会化，但是，国民党的政策与主义常年脱钩。国民党成为执政党后，国民党权力通天，国民党便成为一般名利之徒趋炎附势所在，加入的新党员的已不再是共同的信念，而是基于各取所需的利益结合。
三民主义失却了凝聚国民党组织的功能，而且1946年后与共产党内战的错误决策，更使国民党官兵不知为何而战，由此产生了厌战、避战和投降的心理。当国民党既不能用意识形态神话凝聚党员，其政策又不为下层所理解接受时，就失却了维系组织存在的精神纽带，其结果只能是自我解体。
国民党在组织运行方面，遵循的是以蒋介石为中心的派系分权规则。即中国各种政治、军事力量的名义上的团结和统一不是以国家民族利益为核心形成，而是以当时的政治军事强人蒋介石为核心的，可以说，离开蒋介石，国民党就会陷入群龙无首的境地，从而在激烈的派系斗争中就会土崩瓦解。尽管国民党的历届会议都一再强调党的意志和组织的集中统一，反对派系政治，但事实是派系又以某种半合法的形式悄然存在，并通过派系内和派系外的利益交换，成为国民党实际的运行机制，正所谓党内无派，千奇百怪。
国民党衰败的另一个重要体现就是其自我革新能力的丧失，这主要表现为政学系、CC派和黄埔系改革国民党的努力的失败。从1946年到1948年，政学系、CC派和黄埔系曾经分别作过改革国民党的努力。尽管这些努力伴随着复杂激烈的派系斗争，但其最终无不以失败告终。
政学系是国民党内一个能量很大的派系，主要人物有张群、吴铁城、熊式辉、王世杰等，政学系虽然没有正式的组织和严密的体系，但其主要人物彼此之间都有良好的私交和政治上的默契，集聚在张群身边，作为蒋介石的幕僚，为蒋介石的各种决策出谋划策。张群等政学系成员，在国民党内属务实派，他们中的不少人是知识精英或技术专家出身，且长期从事实际行政工作，故没有明确的意识形态色彩，政策、主张比较实用，以识大势、随潮流见长。抗战胜利前后，政学系在国民党党政要害部门盘踞要津，成为蒋介右的左右手。他们在战和问题上，主张比较温和，张群等人由于长期负责与各党派的联络工作，与党外人士的关系颇好，其政治目标是要求国民党能够改变党治体制，并与各党派合作，重建一个开明的政治共同体，国共重庆谈判几乎是政学系一手操办的。
1947年4月，国民政府改组，政学系的发展达到其政治命运的顶峰。在国务委员中，政学系的张群、王世杰、翁文颧等皆入选，张群则出任行政院长，政学系一批成员在内阁担当要职。其余委员也大都与政学系有良好的关系，而政学系的政敌CC分子则几乎榜上无名。美国大使司徒雷登为此十分兴奋，向国务卿报告国民党这次“的确尽力把国民党内最能干最新式的人才安排到权力机构和负责机构”。但是，政学系势力的蓬勃发展遭到了其他派别的强烈抵制。在国民党六届二中全会上，政学系主持签订的政协决议遭到了CC派及黄埔系分子的严厉批评。1946年全面内战爆发后，蒋介石政策也逐步倒向了国民党内比较保守、顽固的势力。