1941年9月17日希特勒在与邓尼茨他们谈话时，他再三嘱咐避免与美国发生任何意外事件。但是情况发生了变化。由于日本在1941年12月7日袭击了珍珠港（参见珍珠港战役），这使德国感到非常突然。当时在美国海域里连1艘德国潜艇也没有。12月9日，潜艇部队指挥机关才接到海战指挥部的通知，希特勒取消了所有限制潜艇打击美国和泛美安全区内舰船的决定。同一天，邓尼茨向海战指挥部提出了抽调12艘潜艇到美国沿岸海域作战的要求。但被拒绝了。直到12月底，首批5艘潜艇按指示向美国东岸航行。1942年）月9日，潜艇部队指挥机关估计，第一批5艘潜艇将于1月13日到达美国东部沿海，因此。实施突然袭击的时间就规定在这一天。这次袭击德国海军潜艇取得了辉煌战果。潜艇在美国东部沿海看到的几乎是一片和平景象。沿岸灯火通明，城镇里闪烁着耀眼的灯光。商船在往常的航道上亮灯航行。美国宣战虽有5个星期之久，但看来很少采用反潜措施。而且商船船队使用无线电报毫无限制。他们经常自报船位，使潜艇得到了整个航运的重要线索。黄昏时潜艇潜航接近海岸，乘黑夜上浮到水面，在川流不息的商船之间从水面进行袭击。5艘潜艇在首次“击鼓”战中取得的战果是相当可观的。U—123号潜艇报告共击沉8艘商船，总吨位达53360吨。U—66号潜艇报告击沉5艘商船，总吨位达50000吨。U—130号潜艇报告击沉3艘满载的油船和1艘货船，总吨位达30748吨。其余2艘潜艇的战果同样卓著。据英国统计，1942年1月在美国海域被潜艇击沉的商船共有62艘，达327375总吨位，这是一个相当可观的数字。5月到6月又在加勒比海击沉了148艘商船，共计752009总吨位。总之，在1942年前6个月中，轴心国潜艇共击沉585艘商船，共计3080934总吨位，其中绝大部分是被德国潜艇在美国海区击沉的。德国仅以损失21艘潜艇的代价换取了上述战果。而7—9月间，敌对国家被轴心国潜艇击沉的商船共有302艘，共计1505888总吨位。其中1298000总吨位是被德国潜艇击沉的。德国损失潜艇32艘。从1942年10月起。德国海军在北大西洋经常保持着两个潜艇群与护航运输队作战。这两个潜艇群在大西洋的东部和西部各组成一道巡逻幕，在护航运输队的“出发线”上打击护航运输队。而这一段时间潜艇战的战果较以前大为下降，主要是敌人反潜能力的提高，使“狼群战术”遇到了新困难。但这期间也有令人鼓舞的战绩，那就是11月4日夜间，U—155号潜艇进行远距离射击而击沉了“复仇者”号护航航空母舰和11272吨位的“埃特里克”号运输船。另外是U—413号潜艇在驶向直布罗陀海峡的预定阵位中击沉了敌运输队中的“沃里克城堡”号运输船。这是一艘价值昂贵的20107吨位的运输船。
从1941年起，英国海军终于从最初的惊慌失措中恢复了过来。英国海军在对邓尼茨的“狼群战术”进行了认真的分析和研究，并逐渐找出了这一战术的一些弱点。首先，德国海军潜艇必须在浩瀚的海洋上搜索一支支护航队，这无异于大海捞针，在情报手段不很发达的情况下或者稍有不及时或不准确就很难达到预期目的。据此，英国成立了潜跟踪室，大致掌握了德国海军潜艇的动向，这样可以根据跟踪室所提供的材料，护航运输队就可以谨慎地选择航路或者不断地变换航路，这样就可以避免或减少被德国潜艇发现的机会。其次，德国海军潜艇仅在极少情况下有不间断的空中侦察，目标的发现和搜寻主要依靠跟踪潜艇。这样，如果能将跟踪潜艇击沉，或迫使它长时间中止跟踪，护航运输队就可能避免遭受攻击。再次，跟踪潜艇几乎不停地发出信号，这实际上也是向护航运输队提供危险迫近的警号。只要英国无线电侦听员高度警惕，尽管不能破译其密码，但根据这些信号的类型和发报地点，就很容易判断可能发生的情况。这样就可以在潜艇开始攻击之前，就可以采取一些必要的防范措施，甚至还可以用飞机加强对护航运输队的保护。
在英国护航运输队连续遭到潜艇攻击之后，英国准确地找到了反措施。他们根据德国潜艇在集结阶段必须依赖无线电信号这一弱点，组织了专家研制了一种小型高频定向探测仪，这种探测仪装备到舰艇上，这样护航艇船就可以利用这一仪器准确地测出两个或数个方位，并由此可以准确地推算出跟踪潜艇的位置。如果说英国军舰探测仪的安装，可以使英国护航舰队有了个护身符的话，那么，精密雷达的安装和使用，则是给德国“狼群”找到了克星。遭到重大失败之后，英国一直致力于反潜战术和技术研究。雷达的使用，使邓尼茨的“狼群”再也不能利用黑夜的掩护在海上肆意横行了。这样“狼群战术”就失去了它根本赖以存在的天候条件。到1942年，英国所有护航舰和航空兵都已装备上了雷达，经过两年多的海上战斗，英国又逐渐摸索出一套海空协同反潜护航的新战术，这使邓尼茨的“狼群”越来越多地遭到挫折和失败。
在德国潜艇遭受重大损失的最初日子里，邓尼茨感到困惑不解，面对来自各方的潜艇损失报告，邓尼茨苦思冥想，他不得不绞尽脑汁琢磨对策。他让专家们为潜艇研制了一种雷达波接收器，使潜艇在被雷达跟踪后能迅速潜入水中逃走。但由于英国海军大量反潜措施的运用，邓尼茨的海上主动权已大大削弱。更糟的是英军已经破译德军的“思尼格码”密码，因而英国海军既能及时读到邓尼茨发给海上潜艇的指示，又能够凭借各潜艇发回司令部的报告正确地了解它们的位置。不幸的是邓尼茨竟对此一无所知。他在查找潜艇受损失原因时，他把全部注意力都集中在了武器装备的性能和质量上了，自己密码失密的可能根本没往脑子里去，使自己吃了大亏。
面对自己潜艇遇到了种种困难，邓尼茨不得不挤出点新的招势来，但他最终也没能把潜艇战术从越来越被动的战局中挽救回来。特别是到了1943年中，盟军开始使用新式雷达和继续加强海空军协同反潜的行动，德国“狼群”更是大难临头了。因为改进后的雷达更为先进，德军潜艇的雷达接收器根本收不到这种雷达的信号，使邓尼茨的雷达损失更为严重。除了客观上的种种不利外，邓尼茨主观上也犯了个更大错误，那就是战术上的错误，他竟命令所有的潜艇在驶过比斯开湾时一律浮出水面用潜艇本身配备的高射炮去与英国人的反潜飞机去战斗，其主动性和战果可想而知，这个愚蠢的命令使德国潜艇受害不浅，据统计仅仅4个月的时间里就有数十艘潜艇被击沉，其中大部分是被飞机击沉的。到了5月末，德国潜艇就只能穷于应付，根本再无战斗能力，不难看出大西洋上的战斗再也继续不下去了。
自1936年邓尼茨担任了德国海军潜艇司令后，他就有机会接触纳粹德国的首脑人物了，特别是击沉“皇家橡树”号战列舰后使他的名声大震，连傲慢的希特勒也开始较为认真地听取他的报告了。随着他的地位和名声的日益显赫，他开始有意识地努力培养和改善与首脑人物的关系，甚至对反海军情绪最强烈的戈林也不惜曲意迎逢。1943年1月，邓尼茨的好运又来了。1943年1月中旬，海军元帅雷德尔给邓尼茨在巴黎的指挥所打来电话，告诉他说他要辞职，并有意想让邓尼茨和卡尔斯将军其中的一位继任。邓尼茨感到非常意外和惊喜。原来雷德尔与希特勒就使用大型战舰打击从挪威北部海区驶往俄国的护航运输队的问题而在1942年12月底而产生了严重分歧。当时的大型舰只没有取得希特勒所预期的那种战果，因此，他命令大型舰只退役，认为这些舰只已失去军事价值。雷德尔元帅对这项命令持反对态度，当希特勒坚持这项命令时，他提出了辞职。希特勒对此感到意外，并好言相劝，但无济于事，只好同意其辞职。希特勒最后决定由邓尼茨出任海军司令，这大概是因为他认为，作为潜艇部队司令的邓尼茨会在大型舰只退役问题上与他有共同的看法。当然还有一个重要的原因就是邓尼茨是当时德国海军将领中人所共知的顽固的纳粹分子。就这样，邓尼茨多年的努力总算有了收获，他越过了许多比他资深的将领而爬上了海军总司令的宝座。
但他在接任德国海军总司令几个月后，大西洋之战就不得不收场了。他的潜艇再也不能以较小的代价换取较大的战果了。到这时，邓尼茨的潜艇每一次出击都要付出很大的代价。例如，在1943年9月和10月，邓尼茨仅仅击沉了盟军在大西洋上航行的2400多艘商船中的9艘，而自己的潜艇却被盟国护航舰队击沉325艘。这使邓尼茨不得不放弃了大群机动潜艇的作战方式，放弃了“狼群战术”，而改为以单艇游猎为主的战法。但这也没有改变德国海军的命运。在1944年的头三个月中，盟国横渡北大西洋的3360艘商船中只有3艘被击沉，而邓尼茨却损失了36艘潜艇。鉴于这种情况，邓尼茨只好干脆下令取消了对盟国护航船队的袭击。