随着军事形势的较大变化，政治形势也发生了重大变化。罗斯福和丘吉尔在1943年的卡萨布兰卡会议上已作出了决定，要不顾一切地继续将战争打下去，直至德国和日本“无条件投降”。而且美国政府和英国的战时内阁也已经批准了这一决定。这就意味着，如果德国战败，只有听凭战胜国的任意摆布。对此，邓尼茨心里非常清楚。他早在1943年或1944年就深深感到德国在这场战中军事上已无法打赢了。还有一些高级将领，如隆美尔，曾积极建议德国应与西方缔结和约。但是要知道，在这种情况下去提醒希特勒必须结束战争缔结和约是不存在任何可能的。因为除了在1943年和1944年人们提出的未被采纳的无条件投降的办法外，他本人也没有其他办法，也许他的唯一办法就是死拼到底。也正因为如此，出现了一股反希特勒的严重情绪，从而最终导致了7月20日事件。
1944年7月20日中午。邓尼茨正在柏林以北的兰克指挥所，突然他接到了福斯海军中将从东普鲁士希特勒的大本营打来的电话。福斯中将说，让邓尼茨火速赶到大本营去。当时福斯中将只对邓尼茨说情况紧急，没说是什么事情。当日傍晚，邓尼茨赶到了大本营，福斯和希特勒的海军副官冯·普特卡默尔海军少将告诉他说，后备陆军的几个总参勤务官行刺希特勒。邓尼茨对这次事情一无所知，因此，感到特别的惊讶和不理解，他不理解为什么在战争期间军官们会竟然出现这种事。
当时的德国处境就像个被围困的要塞，急需付出巨大代价去抵御外来之敌，而要塞内部的斗争无论如何总会干扰和削弱对外作战，甚至可能导致前线的完全崩溃并随之导致失败。作为一名军队高级指挥官，邓尼茨谈了对这次事件的认识并公开表示反对此件事。他说，他是无论如何不会容忍，而会反对这些犯罪的。但是，用什么方式去反对，邓尼茨本人也说不清楚，仅有一点他是非常清楚的，就是他是一位担任要职的军人，他的责任重大，特别是战争时期，而德国却又正处在这样极为不利的战争阶段。
在7月20日事件发生后，作为一个军种总司令的邓尼茨对自己的军种内部采取了行动，以表现他对这次事件的明确态度。就在7月20日当晚他就采取了相应的行动，20日晚他对海军发表了广播讲话，在讲话中明确表示反对这次谋刺行动，他认为德甲军人目前的最迫切的任务是抵御外来之敌。为了使海军保持有对付外来之敌的战斗力，他果断下令逮捕海军中的每一个动摇者。他认为，为进行这场战争而维持他们的团结和战斗力是他义不容辞的责任。
邓尼茨在德国海军中做的种种努力究竟能对挽回德国的局面能起多大作用，这是不好考证的，但他还是尽了自己最大的努力。
1945年1月，德国政府搞到了英国代号为“日食”的作战命令。该命令的内容包括关于在德国无条件投降后“占领德国的计划和各项准备措施”。
随着俄国人对德国的大举进攻，德国的败局已定。于是希特勒在1945年3月19日下达了众所周知的代号为“焦土”的破坏命令。邓尼茨采取了一些措施力使海军免遭这次灾难。但是，他还是在3月23日得到了希特勒的一项命令，内容是破坏各海港，这个命令需要邓尼茨的批准。在1945年3月25日国防军统帅部就破坏海港的实施细则作了明确规定。4月份德国的政治气氛令人压抑得很。4月23日邓尼茨从柏林的帝国总理府那里得到消息，说戈林准备发动一次政变，希特勒决定解除他的一切职务。后来发现，对戈林可能发生政变的估计是错误的。但这一情况集中反映了德国当时政治气氛的紧张程度。也反映了置身于与外界隔绝的地下室里的希特勒是多么容易作出错误的决定。但是4月23日解除戈林职务的消息，已使邓尼茨确信，戈林已不再可能成为希特勒的接班人了。
也正是在这个时候，邓尼茨再也不相信还有可能形成一个统一的领导，但是他还打算在最后的时刻使用海军去执行拯救来自东部的人民这一政治意义重大的军事任务，如果海军的努力也无济于事的时候，邓尼茨也做了和海军一起投降的准备。1945年4月30日，邓尼茨收到了从帝国总理府用海军绝密电码拍来的一份电报：“新的背叛活动正在进行，根据敌台广播，帝国领导人（希姆莱）已通过瑞典向盟国提出投降。领袖指望着您飞快而果断地处理所有叛逆者。博尔曼。”同日晚，邓尼茨重新回到普伦，他的副官吕德一诺伊拉特海军少校把一份从柏林的领袖地下室用海军绝密电码拍给他的电报拿给他看。电报内容如下：FRR邓尼茨海军元帅：领袖任命您——海军元帅先生，为他的继承人，以代替前帝国元帅戈林。书面的委任状现在途中。您必须立即采取适应当前形势需要的一切措施。博尔曼。
这个任命邓尼茨感到十分意外。因为从1944年7月20日以来邓尼茨仅在公众场合与希特勒谈过话。他从来也没得到希特勒考虑把他当作继承人的任何暗示。戈林被解除职务后，希姆莱则四处活动，异常活跃，表现出了取代戈林的强烈企图。当然，邓尼茨读完电报后，就非常愉快地接受了这个任务，尽管当时的他对治理整个国家还是个空白。
5月1日早晨，邓尼茨收到柏林的帝国总理府在7时40分发来的第二封电报。电文如下：
FRR海军元帅邓尼茨（密件）：
遗嘱已经生效。我将尽快到您那里来。在我到来之前建议您不要公布这一消息。博尔曼。
但是邓尼茨并没有完全按博尔曼的第二封电报去做，也就是“暂时不要急于公布上述消息”，于是他便于1945年5月1日通过北德意志广播电台向德国人民公布了上述消息。在广播中邓尼茨说：
“领袖指定我为他的继承人。在这命运攸关的时刻我接受了这一领导德国人民的重任，我意识到我责任的重大。我的首要任务是拯救德国人民，使其免遭挺进中的布尔什维克敌人的歼灭。仅仅为了这个目的，战斗还要继续进行。只要英国人和美国人阻止我们实现这个目标，我们也将继续对他们进行抵抗并同他们继续作战。英美人继续作战已不再是为了他们本国人民的利益，而仅仅是为了在欧洲扩散布尔什维主义。”
除了发表讲话之外，邓尼茨还在5月1日对德国国防军发布了以下命令：
“领袖指定我为他的继承人充当国家元首和国防军最高司令。我接受德国国防军务军种的最高指挥权，决心把反对布尔什维克的战争继续下去，直至英勇奋战的部队及德国东部地区的数十万家庭摆脱奴役或毁灭。只要英美人阻止我进行反布尔什维克的斗争，我就要把战斗一直进行下去。”
但是，战场上的情况是不允许邓尼茨对前景有任何可以奢望的东西了。
战场形势的发展使得邓尼茨不得不在5月4日上午授权弗里德堡接受蒙哥马利的要求。弗里德堡飞往英国司令部，并奉命在与蒙哥马利达成局部投降的谈判后继续飞往兰斯去见艾森豪威尔将军，以用同样的理由和同样的方式向美国部队实行局部投降。5月4日夜弗里德堡的活动就有了结果，他从蒙哥马利司令部给邓尼茨打了份电报，说他已签署了局部投降书并准备再飞到艾森豪威尔那里去。投降书从5月5日8时生效。5月6日早晨，金策尔将军又奉弗里德堡之命匆匆从兰斯赶到米尔维克来见邓尼茨，他向邓尼茨汇报了与艾森豪威尔的谈判情况。这里的情况就不像在英国人谈的那么顺利了。艾森豪威尔的态度与蒙哥马利相反，他一口拒绝了德国人的要求，他决不同意局部投降。他让德国人必须立即宣布包括俄国战线在内的全线无条件投降。德国军队必须就地原封不动地放下武器，就地束手就擒当俘虏。德国国防统帅部的责任就是使这种无条件的投降行动顺利进行。
邓尼茨为了能向美国人进行局部投降再次做出了努力，但最终没能成功。
1945年5月7日夜1点钟，邓尼茨打电报给兰斯的弗里德堡表示同意宣布全面投降。于是在5月7日深夜2时41分由约德尔代表德国在兰斯签署了全面投降条件。
1945年5月8日在苏军司令朱可夫元帅的司令部，柏林的卡尔斯霍尔斯特重演了这场全面投降的签约活动。凯特尔元帅、施通普夫大将和弗里德堡海军大将分别代表德国三个军种在投降书上签了字。
5月9日零点，各条战线均停止一切军事行动。国防军5月9日的最后一次报告说：
“从午夜起所有战线开始停火……奉海军元帅之命国防军停止了毫无希望的战斗行动。于是，几乎长达6年的英勇搏斗终告结束。这场搏斗给我们带来了巨大胜利，同时又带来了惨重的失败。最后德国国防军被敌方强大的优势兵力所战胜。”
随着盟国部队对德国的全面占领，邓尼茨就完全在敌人的控制之下了。他已经失去了任何独立行动的可能了。但是他一刻也没有忘记他元首的职责。他多次明确：在没重新改造和盟国采用武力来解除我的职务之前，我必须在1945年5月竭力保住那时属于我的这一职务。
1945年5月23日，根据艾森豪威尔的指示，盟国逮捕了邓尼茨和德国政府、国防军统帅部的成员。从此邓尼茨开始了自己的战犯生活，结束了他一生最辉煌的短暂一刻。
1946年10月在纽伦堡国际军事法庭上邓尼茨受到了审判，他被判处10年有期徒刑，1956年刑满出狱。对这一判决，邓尼茨直到临死之前仍表示不服。刑满释放后，他定居联邦德国。后来，他接受了法国记者的采访，并以答记者问的形式整理出版了一部题为《第二次世界大战中的德国海军战略》的书。书中对第二次世界大战中德国潜艇的战略战术作了回顾和总结，并借机吹嘘自己，为自己开脱战争的罪名。
著有《第二次世界大战中的德国潜艇》、《十年和二十天》、《我风云变幻的一生》、《第二次世界大战中的德国海军战略》等。
1980年10月24日，邓尼茨病死，终年89岁。