战斗进行的很激烈，从清晨一直持续到傍晚，最后郑军主力丧失殆尽，只有守将刘国轩带部分随从逃回了台湾。而在此时，固守孤岛的郑经的继承人郑克，不得不派人向清军送上降表。收到降表后，康熙谕准郑军投诚，并决定对投诚的官员加恩予以安置。康熙的谕旨打消了郑克的疑虑，遂于八月十三日率属下列队恭迎清军登上台湾岛。至此，台湾又回到了祖国的怀抱。为加强对台湾的控制，玄烨决定设置台湾府和台湾、凤山、诸罗三县，隶属福建省，并向台湾派遣8000名驻兵，向澎湖派遣2000名驻兵。这样就大大加强了东南海防，并且促进了台湾经济文化的发展。
清朝的巨大版图注定了会是一个战乱纷争的国家。对北方的沙俄，康熙早就注视着了，他只是抽不出手来而已。现在三藩和台湾都得到了根本的解决。康熙考虑到了沙俄。
而东北地区是满族祖先的发祥地。在17世纪，正值明清交替之际，沙俄乘虚而入，把侵略的魔爪伸向了这块肥沃的土地。到17世纪80年代初，也就是康熙十九年至二十四年年间，沙俄进一步加强了对黑龙江地区的侵略活动，建立了以尼布楚城为中心的东进据点，补充兵力，扩大征税区，还组织俄国移民，先后在乌第河至精奇里江等很多地方建立城堡，其中以接近额尔古纳河的雅克萨最为重要。对沙俄的侵略，玄烨一直视为心腹之患。他亲政后，曾于康熙八年、九年先后两次派出使者，到尼布楚与沙俄进行交涉。沙俄也曾派人到北京，与清廷交涉。但均无任何效果。康熙十四年，沙俄派出了以尼果赖为团长的使团来华，玄烨在大和殿接见了他们，指出：沙俄应停止边界侵扰，归还通逃。而尼果赖除大谈两国自由通商，要求中国释放俘虏外，对玄烨提出的要求，一概不予理睬。不久，从黑龙江传来了沙俄无故烧死20余名中国猎人的消息。对此，玄烨感到十分震惊，决心严饬守备，不惜采取武装手段驱逐沙俄侵略者，保卫边疆安宁。康熙有所行动了，在康熙二十一年四月，玄烨以三藩平定，借祭告祖先的名义出关巡行，在吉林乌喇检阅水师，接见宁古塔将军巴海、副都统萨布素等。巴海曾长期戍守边疆，熟悉边情，还曾率兵与俄国军队交过手。萨布素世居吉林，了解东北边疆的山山水水。玄烨多方面询问他们情况，目的在于为武装抗俄进行相应的部署，在战争之前有一个充足的准备。
康熙二十二年，玄烨设了黑龙江将军，加强东北地区的统治，并任命萨布素为首任将军，从宁古塔调兵1500名，从盛京调兵600名驻戍，在吉林乌喇遣船舰100余艘建立水师营。接着萨布素又在黑龙江处建额苏里城和呼玛儿城，以加强攻守。为了保持黑龙江与吉林、盛京及京师的联系，玄烨发三藩降为站，设置驿站，开辟驿道；派人勘察黑龙江、松花江和辽河水道，沟通东北三大水系的水运。为了解决军粮问题，调遣兵了进行屯垦，教导索伦、达斡尔人屯田耕种。玄烨所采取的这一系列措施，极大地稳定了东北边疆各族人民的民心，为以后的战争作了很有用处的工作。
玄烨一面扎扎实实地进行各项基本部署，同时又遣人侦察俄罗斯方面的动静。郎谈等奉命后，依计而行，一直到达雅克萨城下，然后再由黑龙江顺流而回。根据郎谈的报告，玄烨大体了解了雅克萨及周围地区的俄军情况。自康熙二十二年至二十三年间，清军在当地各族人民的配合下，先后荡平了除雅克萨以外黑龙江地区的俄军各军事据地。攻打雅克萨的时机已经到来，康熙这时候的目光是坚定的。
根据俄方的建议，谈判原定于贝加尔湖东南的楚库柏兴（色楞格斯克）举行。康熙二十七年三月，玄烨派领侍卫内大臣索额图、都统公佟国纲及尚书阿喇尼等前往参加谈判。行前玄烨谕旨：“尼布潮（楚）、雅克萨、黑龙江上下，以及通此一河一溪，皆我所属之地，不可少弃之于鄂罗斯”，一要求照此“划定疆界，准其通使贸易”。六月，由于噶尔丹叛乱，索额图一行赴楚库柏兴受阻。后清廷于俄方商定于次年元月在尼布楚举行谈判。此次，玄烨又密谕索额图：“彼使者若恳求尼布潮（楚），即可以额尔古纳（河）为界”，在领土问题上较前有很大松动。正是由于玄烨的这一切实的让步，才使谈判最终取得成功。
清廷与俄方经过紧张激烈的谈判，于康熙二十八年七月二十七日正式签约，这就是历史上著名的《尼布楚条约》。条约中明确规定，以外兴安岭至海、格尔必齐河和额尔古纳河为中俄两国国界，确认了黑龙江流域和乌苏里江流域都是中国的领土。中国将尼布楚割让给俄国。条约还就两国贸易、边民等事宜做出明确规定。条约的内容曾用满、汉、蒙、俄、拉丁五种文字刻成界碑，高高矗立在中俄边界上。它带来了中俄东部边境100多年的和平，成为玄烨抵抗沙俄侵略、维护国家主权的历史记录，也是康熙在其位时的有名的功绩之一。
西北方的领地也并不太平，康熙十年，噶尔丹夺取了准噶尔部的统治权后，便用武力吞并了厄鲁特蒙古的其他各部。当时，我国蒙古族除了漠西厄鲁特蒙古外，还有漠南蒙古和漠北喀尔喀蒙古。漠南、漠北蒙古分别居住在内蒙和外蒙，早就归顺了清朝。为了吞并喀尔喀蒙古，噶尔丹与沙俄相互勾结。康熙二十七年，噶尔丹在沙俄军队的配合下，发动了对喀尔喀蒙古的战争。一时间，喀尔喀蒙古战火纷飞，民不聊生。这时沙俄乘机胁迫喀尔喀蒙古的上层人物叛国投俄，遭到了宗教首领哲布尊巴丹等人的坚决抵制。在哲布尊巴丹率领下喀尔喀蒙古又一次归附了清朝，被玄烨谕旨安排在科尔沁草原。康熙二十九年，噶尔丹以追击喀尔喀为名，率2万叛军杀进了内蒙古地区，其前锋一直打到了距北京900里的乌珠穆沁。
噶尔丹的叛乱，玄烨在规劝的同时，积极准备了平叛的举措。当时朝野上下对平定噶尔丹叛乱意见不一，玄烨认为噶尔丹一日不除，西北边垂就一日不宁，遂决定率军亲征。
康熙二十九年元月，玄烨亲临塞北，指挥大军迎战噶尔丹，由裕亲王福全和皇长子率左翼军从古北口出击，由大将军常宁率右翼军从喜峰口出击。右翼军出师不利，玄烨遂决定改由康亲王杰书率领，驻守归化，截住叛军退路。八月，清军在乌兰布通与叛军展开了一场血战，大败噶尔丹。噶尔丹左右拼杀，好不容易才突出重围。为了获得喘息的机会，他派人假意向清军乞和。噶尔丹的乞和正中了怯懦无能的福全等人的下怀，他擅自同意同叛军讲和，结果使噶尔丹得以东山再起。鉴于叛军已经远逃，玄烨又身患重病，清军遂班师回京。
噶尔丹逃回老巢后，表面上对清廷恭顺，实际上在养精蓄锐，意欲卷土重来。果然，康熙三十四年，噶尔丹又率3万大军在沙俄的支持下，在克鲁伦河畔发动叛乱。康熙三十五年，玄烨决定第二次亲征噶尔丹。
他依旧分三路进兵，命令萨布素、费扬古分别率领东西两路大军，自己统帅中路军，约定三路大军在翰海之地会师，夹击叛军。由于路途遥远，中路军失去与其他两路大军的联系，玄烨临危不惧，率军继续向克鲁伦方向进发，结果与噶尔丹相遇。慑于玄烨的威严，噶尔丹未敢交锋。即率军加速逃遁。
很幸运的是，在昭莫多附近，叛军遇到了先期到达的清西路军。西路军以逸待劳，将叛军团团包围，致使叛军几乎全军覆没。最后，噶尔丹只率几十名残兵逃走。昭莫多一战，清军给叛军以沉重打击，噶尔丹从此一蹶不振。
但被打得溃不成军的噶尔丹，并没有因此而悔改，他首先欲投沙俄，遭拒绝后又对玄烨的招抚置若罔闻。
康熙三十五年，玄烨进行了第三次亲征，依旧是三路大军。此时的噶尔丹仍负隅顽抗，他派使者面见玄烨，表示愿意投降，但为了征得部属的同意，希望玄烨将投奔清军的噶尔丹部众发还。玄烨当即识破了噶尔丹的缓兵之计，决定对叛军穷追不舍，噶尔丹在绝望中急病而死，其部从纷纷向清军投降。
经过三次亲征，延续10年的噶尔丹叛乱终被平息，粉碎了沙俄分裂中国的阴谋，使西北边疆得以巩固。后来，噶尔丹的侄子妄阿拉布坦又在沙俄的支持下在西藏发动叛乱，玄烨遂派皇十四子前往平叛，结果一举取胜。为此，玄烨亲自撰写碑文，在西藏立碑纪念。
几次成规模的战争，充分显示了康熙的雄才智慧。他在治理国家方面也有很成功的措施。
玄烨深知，“民生安危视吏治”，贪官污吏的勒索和压榨是激起民变的直接原因，因此他十分重视整饬吏治，主要表现在以下诸方面：
第一，玄烨非常的注重充实对官吏的各种考核制度，清入关定都北京之初，沿用明例对文职官员实行“京察”、“大计”。京察就是考察在京官员及三品以上的地方官；大计则是针对地方州县至府、道、两司官员的考核。但由于种种原因，考核有名无实，致使吏治敝败不堪。鉴于此，玄烨决心严申考核，并整顿“京察”、“大计”制度。
第二，玄烨注重惩治贪官污吏。他认为，对那些被纠劾出来的贪官污吏，必须严惩。
第三，玄烨重视选拔官员，其中对大员，更是慎而又慎。他认为：督抚清廉，下面的属员就会交相效法，皆为良吏。为了考察各地官员的实际政绩，玄烨还常常通过派遣到外地去的钦差大臣，或借外官升迁调动、来京朝觐等机会，向他们打听各地督抚等官的表现。
第四，玄烨注重奖掖廉洁、表彰清官。认为，为官之人“德胜于才，始称可贵”。这种“德胜于才”的官即为清官。玄烨在位时，他曾多次训谕臣下，要向朝廷多荐举清官。因此，一大批清官得以施展才华。玄烨不仅要臣下荐举清官，自己也亲自表彰清官。据粗略统计，经他亲口称赞的清官就有230人之多。如他称赞于成龙为“今时清官第一”；彭鹏“居官清正，不爱民钱”；称道陈宾“从古清臣亦未有如伊者”。
玄烨整饬吏治，构成了他整个政治生活中的重要组成部分。尽管在很多具体作法上，并没有超出传统的封建统治者所倡导的范围，他所处的地位又使他不能看得更深更远。但是，玄烨整饬吏治所收到的效果则是明显的。从康熙二十年至四十年中，贪风有所抑制，官场也比较清明，达到了一个盛世就局面。
玄烨处于一个非常特殊的历史时期，而清朝的制度也使他这一时期的治理非常的困难，几乎所有的汉族文人都不愿做清朝的官员。他亲政后，否定了辅政四大臣独崇满洲、贬抑汉臣等错误作法，目的在于缓和满汉民族矛盾，消除对清王朝的潜在威胁。他认为，士为四民之首，要争取民心，扭转汉族人民的反清情绪，关键在于笼络汉族知识分子。因此，他采取了种种措施争取和使用知识分子。
玄烨南巡时，曾多次拜谒明太祖的陵墓，并亲笔书就“治隆唐宋”的匾额，悬挂在祭殿之上。他还曾提出要查访明室后人，授予官职，让予官职，让其看守陵墓。后来由于没有查到，便改派清朝官员按时致祭。他还亲自到孔庙祭孔，对孔子的后代广施恩宠，从感情上对汉族士大夫进行笼络，这种做法从后来看出，是非常的可取的。
玄烨还于康熙十七年特设“博学鸿词科”，千方百计吸引明代的遗老和各种人才。玄烨要求各级官员将品学兼优之士荐举给朝廷；以便他亲自考察录用。但应试的这些人也只是当时汉族学者中的二三流人物，如顾炎武、黄宗羲、李颐等人始终拒绝参加应试。康熙对他们也采取了宽容的态度。关中大儒李颐托病拒绝应试，被人强行抬到西安，李颐便连续六天汤米不进，以示抗议。清朝官员无可奈何，只好又派人将他送回家乡。后来，玄烨巡幸西安，点名要见李颐，李颐托病推辞。康熙不仅没有降罪，还亲题了“志操高尚”的匾额赐给他的儿子，以示褒扬。
玄烨对汉族知识分子的怀柔政策是有前提的，这便是要有利于巩固清王朝的统治。一旦汉族士大夫的言行被认定危及了清王朝的利益，就会遭到残酷镇压。