洪承畴对起义军的情况是有所掌握的，对陕西及其周边的地形也是有所了解的。在官军压境、大力围剿的不利形势下，起义军有可能藏匿山谷，暂时躲避，更有可能逃出陕西，向明廷薄弱的地区发展或隐藏。洪承畴清醒地认识到这一问题，遂于七年五月以副总兵贺人龙、刘成功等兵两千，游击王永祥骑兵八百赴蓝田驻守。农民军东出陕西的陆路通道有二：一为商州、雒南；一为汉中、兴安、平利。当时农民军深入南山大峪，与省会西安较近，官军必定全力以赴驱逐，使西安不受威胁，避免万一落入农民军手中。这样被逐之起义军必定东奔纲峪川，然后进入大山，再远逃商雒地区。此前攻略西安、泾阳、三原地区的李自成、张献忠等就西奔周至、户县。南大山、北渭河相距三十里，义军出入秦中必然走这条路。于是传檄抚标都司高崇远、李世春以三千五百人驻周至，监军刘顾节制，以堵击东西方面起义军的侵袭或逃逸。洪承畴企图：一、在陕西境内剿灭陕地的起义军；二、防止陕西的起义军逃奔邻省及邻省的义军进入陕境。如果各地督抚也能如洪承畴这样，而其余一些条件又大体具备，洪的这一设想大体可以实现。然而情况并非想象的那么简单。
陕西巡抚练国事就曾上奏说明当时感到最难的事。他说：“今日最难之事有五：一日缺兵。大盗起延绥、榆林，官兵人少，难以转调。榆林兵仅有五千，陈奇瑜率以剿贼，现又要西还防守边境，可用之兵愈少。二日缺饷。西安、凤翔兵荒，所留薪饷，即使支尽，也不够三日之用，又没有可借处。三日缺官。荒盗频仍，官员有的参罚戴罪，有的失城被逮，有的因赃罪死，陕地官缺三十余员。四日宗禄。陕西藩王较多，贫宗人数也多，所需宗禄、赈金不少，且有增多的趋势。五日驿递。驿递募夫今日苦甚，人人都在思逃。”巡抚所言只是从军事、行政的角度来看问题，并未触及深层次的社会问题，若就整个明朝社会而言，其难就更多、更大了。
不管怎么说，洪承畴是一个忠于职守的人，是一个尽心尽力为大明王朝办事的官员。他谋略得当，能与士卒同甘苦，能以身作则，不畏艰苦，冲锋在前，不辞鞍马劳累，东追西杀，南征北伐，取得了阶段性的胜利。
洪承畴借“西陕大捷”后，明军士气大振，军队声威大震的良好时机，发挥自己军队的长处，避开弱点，开展了对农民军的攻战，尽量做到少失城池，少伤亡。
崇祯七年（1634）五月，洪承畴自汉中往援甘肃。六月，洪承畴驻三原，虽只有兵两千五百人，但他张伏设疑，致使人数众多的农民军不敢南下泾阳、三原，只得暂时屯驻于淳化耀州境上，不久便由耀州奔富平，东走同州、朝邑，欲渡渭河而去。七月，洪承畴趋富平，又转入渭南，再到华州，农民军听到消息，遂自朝邑向北奔澄城、邰阳，向东奔河南阌乡、灵宝。是月，农民军首领混世王等从凤翔、郿县东奔周至、鄂县，扬言攻掠省会西安。洪承畴知道，西安若被起义军攻破，无论是对整个战局，还是个人的前途、性命都至关重要。于是率部下马不停蹄，疾驰一昼夜，第二天便到达西安。此时富平官兵及张应昌兵已遵洪承畴的命令自清水、淠阳、凤翔到达泾阳，承畴又命其速赴西安，合击农民军。因为官军日夜兼程，疲惫不堪，所以当农民军到达西安东境时，洪承畴只是让官兵严加防守西安，不要轻易出击。作为一名高级军事指挥官，打仗一定要有把握，“战必胜”的思想应该时刻牢记，当自己的军队过度疲劳、不能胜任无法确定的战争时，休整是最好的方法。洪承畴在西安城下的做法，不仅表现出了一名军事家的谋略才智，而且避免了一次可能的失利。洪承畴的“免战”，并不是让对方乘势发挥，反映自己怯弱，而是以“免战”削对方的锐气，长自己的志气，达到制敌、胜敌的目的。
洪承畴是一地的总督，他始终认为将自己管辖区内的“贼”赶入其他地区是不负责任的，也会给当地官员带来不便和困难。因此，他时时防范农民军逃奔陕西的邻省州县。洪承畴唯恐农民军自渭南、华州东出潼关，在经过短暂的休整后，即令张应昌、副总兵曹变蛟间道前往渭南、华州，阻挡农民军东奔。而他却带领人马自潼关红香沟追击。游击李效祖、柏永镇军与农民军展开激烈鏖战，从辰时（上午七点到九点）至申时（下午三点到五点），战斗进行了大约十小时，农民军不支，开始退却。由于潼关已为官军重兵把守，不能出关，只好登山。洪承畴自潼关驰赴蓝田，欲从山后间道剿之。农民军首领在山上望见远处有官军向山后僻静的小路移动，知道官军意图，遂于半夜逃往商雒山中。
当初，农民军马守应等部万余人先据南雒山中，今又有农民军万余人进入。其地叠嶂重岩，越险阻即可出，地形对攻、守均有利。于是，洪承畴又率张应昌、赵光远共兵三千赴潼关大峪口拦截其出路，并派兵在阌乡、灵宝诸处警戒、侦察，加强戒备。
而此时，李自成、张献忠等部又攻陷澄城县，并围邰县旬余，在百余里范围内相互联络。当听到洪承畴带领军队来到时，便解围而去，由清水、秦州窥平凉、邠州，或南或东，流动作战。
看来，陕西农民起义军的势力颇强，每支可达数千人或数万人。他们各自为战，或东或西，或南或北，今日攻陷某城，不久即又离去，过些日子又来攻取，流动性极大，没有根据地。这就给洪承畴不多的兵力，造成了奔波之苦，并在一城重复作战的现象。洪承畴深知这种情况对官兵的不利，他在上奏中说：
今日官兵必数千或万余合成一旅，方可决战。今南雒各贼，外有堵兵而内无剿兵；澄城各贼，臣督万兵分两哨，合力以挫贼锋；至平凉、邠州等贼无兵分应，则今日贼势断非见兵可灭，此事理之易见者也。而从双方的人数及战马等方面相比，官军也比不上农民军。洪承畴在一次上奏中就说：
入陕猖獗之贼，大抵可十四五万，明知官军一二万不能四驰，恃其势众，旁伏递进，则剿贼之难。贼多精骑，每跨双马，官军马三步七，则追逐之难。贼攻堡掠野，到处可资，官军待饷转运，则粮刍之难。则入山赴嵎，官兵相持一日，即坐误一日，则时日之难。
有此“四难”，使得洪承畴对付农民军更是难上加难。捉襟见肘、顾此失彼的洪承畴要想真正平息农民起义的烈火，就条件而言并不具备。而朝廷也无力，或难以将更多的人力、物力投入到这一战场。
忠勇的洪承畴只能成为一个“救火队”的首领，哪里有“火情”，就带领部众到哪里去。东战西杀，只能斩杀起义军几十人至几百人不等，并不能歼灭起义军的有生力量。而深刻的社会矛盾和自然灾害等，却使更多的饥民、逃兵和受迫害的人投奔到起义军中，总体而言，起义军的人数不仅不减，反而在不断增加。
洪承畴在陕西三边总督任内，虽然困难重重，但也开创了一个较新的局面：起义军受到不小的打击，官军的士气也有所上升。朝廷上下对洪承畴的功绩是肯定的。洪承畴官职的升迁是指日可待的了。
四、困难环境，尽责尽职
崇祯七年（1634）十二月，朝廷除仍任洪承畴为陕西三边总督外，并以功加太子太保、兵部尚书，总督河南、山西、陕西、湖广、保定、真定等处军务，成为当时镇压农民起义军的最高统帅。
事实上，这一职位的到来晚了约十个月。本年三月，南京都察院右都御史唐世济上言，说：“流寇有四：一乱民，一驿卒，一饥黎，一难氓。宜分别剿抚。”崇祯皇帝看后，十分赞许。其时，农民起义军蔓延秦、晋、楚、豫，流突不定。廷议认为，各镇抚事权不一，互相观望，应该以重臣开督府，统摄诸道兵讨伐。于是命阁臣拟谕，专门委派一名总督料理。本来打算任洪承畴，但众臣考虑到陕西三边情况的重要，目前只有洪承畴才可控制局面，未敢轻易让洪改职，而委陈奇瑜总督陕西、山西、河南、湖广、四川五省军务，专事镇压农民起义军。
陈奇瑜上任时，形势更为严峻。一是自然灾害更加严重。如山西自六年八月至七年三月不雨，人民无以为食，发生人相食的悲惨现象。更有甚者，永宁州民苏倚哥，“杀父母炙而食之”。七年闰八月，河南亦大旱，饥民纷纷加入起义军。陕西也如此。如文县去岁大旱，入秋早霜，一冬无雪，今春又无雨；而延绥西路更是数年粮食无收。二是各地义军在官军的围剿下，流动性更大了，出现更大规模的越省攻城略地。如四川义军三万人屯湖广郧阳之黄龙滩，分三道：一均州，趋河南；一郧阳，趋淅川；一趋商、雒、卢氏。而另一支四川义军在陕西攻陷两当、风县。河南义军一支则东至于湖广之蕲水、黄州、广济；另有一支则分略南直隶的潜山、太湖、宿松。陕西起义军有的出略阳，入四川梓潼、剑州；有的则由宁羌入侵四州之广元。
陈奇瑜要应付这一局面，必须要有一个全盘、细致、行之有效的方案。然而陈奇瑜的谋略欠佳，他不能运用手中的权力，用集中与分散兵力的手段，消灭义军的有生力量，而是盲目行事，造成了许多失误。抚治郧阳的卢象升和总督陈奇瑜曾将数省兵力萃于湖广，企图彻底消灭湖广义军。湖广义军深知自己的力量不能抵御官军，于是西奔汉中、兴平，从而与商、雒相接。而陕西义军也因洪承畴的剿逐，人商、雒山中。这时陕西东南部的广大山区，成了各路义军的聚集地。人多、地形复杂，给官军的围剿造成了极大的困难。而易守、易出的环境，也给官军带来突如其来的打击和意想不到的威胁。
陈奇瑜和卢象升虽然也有战绩，如剿竹山、竹鼷各“山寇”，斩一千七百余人；奇瑜复败“贼”于硖石，斩七百余人，淹死五千余人，坠崖死者两千余人等，但总的来说，却是失败者。
陈奇瑜与杨鹤一样，是一名主招抚的朝廷大员，故其在任上便尽力实施其招抚的方针。当初，陕西一支起义军为洪承畴所逐，逃向汉中。时川兵防守巴西诸险，起义军不能入川。此时，义军人饥马乏，得不到可以充饥的食物，在这危难关头，起义军向总督陈奇瑜乞降，接受招抚。陈奇瑜见此，十分高兴，认为这是自己招抚方针成功的范例。于是向上级报告；降“贼一万三千有奇，斩渠十人，余皆延安百姓，令其还乡”。
总督陈奇瑜是一个谋略较差、办事欠周密的人。他主招抚，但对招抚者应如何安置，应采取哪些措施防止招抚者的复叛，却没有具体的、针对性的方针。要知道，在一般的情况下，起义军之所以接受招抚是因为饥饿疲惫，困于危险境地而不得不采取投降这一招，就其本身而言，根本没有投降的意愿，投降只是一个缓冲。实际只是“假降”，是义军采取的一个策略。而陈琦瑜却让诸军原地不动，仅派遣极少的官员监护这些人，并命令所经过的地方，官府都应为其提供饮食和粮米。当这些人走出栈道，脱离险境后，便不再受总督所派监护官的约束，“仍事杀掠，所至罢市”。最终五十名监护官全部被杀，义军又先后攻陷麟游、永寿诸城，重新举起反抗的大旗。这降而复叛的万余人，给陕西的围剿带来了极大的困难。
陈奇瑜等的招抚政策，也给起义军造成可乘之机。如七月辛卯，起义军的一支来到凤翔县西关，谎称是奉总督和巡抚的命令，让他们到城内驻扎。明智的守城官员知其诈，欺哄起义军说：“奉上司命令，不敢打开城门，入城须以绳索吊上城。”起义军相信了守城官员的话，结果登上城的三十六名农民军将士全被杀死，从而保住了城池。如果守城官员不能识破其诈，后果可想而知。
陈奇瑜通过此事小但不能反省，进而完善自己主张的招抚策略，反而在此事上大做文章，弹劾地方官员和地方乡绅阻扰，毁坏了招抚局面，以便激起皇上的震怒。多疑、易怒的崇祯皇帝真的发怒了，命缇骑（明代锦衣卫校尉）逮宝鸡县知县李嘉彦及风翔乡绅孙鹏等五十余人，下刑部狱。陈奇瑜为了保住自己的乌纱帽，为了张扬自己招抚策略的可行，掩盖自己的无能如此，也可见明末官场的黑暗，官员品质的低下。
崇祯七年闰八月，陈奇瑜来到陕西凤县，得知农民起义军的势力范围已经“北接庆阳，西至巩昌，西北至邠州、长安。西南则周至，宝鸡”，人数已有二十万人，才开始认识到自己的愚笨，想到分兵出击。但官兵人少，难以应付。可以说，在这段时间里，陈奇瑜给了陕、豫等地的农民起义军一个发展的大好时机。农民军纵横陕西、河南、湖广等省，官军丢城失地。
十月，陕西巡按傅永淳上言：“汉南降盗陷城破邑，所在骚然。皆由奇瑜专主招降，谓盗已革心，不许道途讯诘，故郡邑不敢问，开门揖盗，剿抚两妨，皆奇瑜之流毒也。”山西巡抚也上言：“招安流盗，最宜慎重，彼狼子野心，势难驯服，况边地穷荒，无居无食，仅日免死，遂甘心易虑乎哉！”
陕西义军的蓬勃发展，崇祯帝既恐慌又恼怒。十月逮陕西巡抚陈国事，命李乔巡抚陕西。
在这样的情况下，陈奇瑜可能已感到前途的不妙。于是请各抚镇分地责成，看来好像是陈奇瑜改变了策略，实际却是陈奇瑜见抚局大溃，义军发展壮大之势不可阻挡，想以此来转嫁“罪责”，推诿责任。然而这种卑劣的手段出手似乎晚了些，陈奇瑜上任十个月的作为，朝廷历历在目，十一月，总督陈奇瑜被免职，听勘。
当陈奇瑜在陕推行主招抚政策的时候，陕西三边总督洪承畴却率领部将东奔西追，南征北战，哪里危急就到哪里救援，被围的城市解围了，失陷的城邑收复了。在处理明末民变的问题上，陈奇瑜与洪承畴相较，两人差距太大了。十个月的风风雨雨，陈奇瑜一败涂地，洪承畴却在朝廷中，树立起了更高的“英雄”形象。“五省总督”的职位虽来得晚了点，历史却给了他一个发挥个人聪明才智的舞台。
洪承畴接手的是陈奇瑜留下的一个更加难以收拾的局面。崇祯八年（1635）正月，陕西义军数十万出关，分为三支：一自陕州上平阳人山西；一自武关向襄阳人湖广；一自卢氏东向，分犯河南北。而黄河南北义军也分三支：一走伊、汝陷荥阳、汜水，东略郑州，分道犯商城；一自叶、蔡南围汝宁；一自怀庆东渡河，掠归德、睢、汝、陈、许等州。湖广襄阳境内也集聚了数十万义军。朝中的有识之士看到了问题的严重，给事中常自裕上言道：“中原天下安危所系，今群盗充斥，乃仅以左良玉一旅塞新、渑，陈治邦等数营扼汝州，陈永福孤军堵南阳，贼势日众，兵力日分，贼二三十万，大小七十二营，蜂屯伊、嵩、宛、雒之问，以数千官军，东、西堵拒，贼何畏而不长驱哉！”接着提议“乞更选边兵，统以廉勇之将，特选重臣视师，庶腹心不致决裂也”。
朝廷接受了常自裕的建议。兵部议调西北边兵及南兵共七万两千人，饷九十三万六千两，并发内库银二十万两，齐至督臣前。并命洪承畴统率大军出关，节制诸路抚镇，合力剿灭义军，一切军事行动均听督臣命令。朝廷授予洪承畴较大的权力，但也明确了任务：必须在六个月内平息义军，使国家安宁，同时立颁奖赏，如果仍留有“余孽”，督抚诸臣立置重典。
于是洪承畴奉命率军出关，赶赴河南。