当时在河南的义军，听说老对手洪承畴出关，甚觉局势的严峻，为了商讨对策，老回回、曹操、革里眼、左金王、改世王、射塌天、横天王、混十万、过天星、九条龙、顺天王及高迎祥、张献忠共十三家，七十二营会商于河南荥阳。经过讨论，大家同意了李自成提出的“分兵定向”策略。革里眼、左金王挡当川、湖兵；横天王、混十万挡陕兵；过天星扼河上，缀河南兵；高迎祥、李自成和张献忠略东方；老回回、九条龙往来策应。陕兵锐，益以射塌天，改世王。
经过这次调整，起义军的战斗力较前又有所强大，连陷霍邱、颍州；并于正月丙寅陷中都凤阳，焚毁皇陵楼殿及松树三十万株，杀守陵太监六十余人，烧公私邸舍两万两千六百五十余间。
凤阳的陷落，对明王朝是一个沉重的打击，而对起义军来说，却是一件鼓舞士气的大事，同时也是李自成、张献忠分裂的开始。
凤阳的失陷，明廷归罪于总督漕运、尚书杨鹏和巡按御史吴振缨，逮二人于狱，杨鹏论死，振缨遣戌。
风阳的失陷，可以说又给了洪承畴一个机遇。一些朝中大臣对战局有了新的认识，也使得洪承畴对自己的战略方针、行动部署有所调整。紧接着便晋升洪承畴为兵部尚书，赐尚方剑，令集诸路兵驻楚、豫适中之地，以利于兵力调迁。
三月初一日，洪承畴来到汝宁，分遣将领贺人龙往风阳，邓圮往麻、黄，左良玉往南阳，以便邀击义军。十七日，洪督师来到河南信阳，而总兵官曹文诏、张应昌也自晋中到来。于是，准备对起义军实行大规模的军事围剿。曹文诏奉命于二十八日冒雨追逐义军到随州，斩杀三百八十人，取得了一次胜利。
督师洪承畴的出关及其战略部署，使得先前由陕西东出，活动于湖广、河南等地的起义军又纷纷西回陕西。高迎祥、李自成先由凤阳趋归德（今河南商丘），然后入关；张献忠也由风阳陷麻城，再由麻城向西入陕。洪承畴在得知起义军回到关中的情报后，四月，与诸将会师于汝州（今河南临汝），决定了“还顾根本”、“分地击贼”的策略。令邓圮、尤翟文、张应昌、许成名驻樊城（今湖北襄樊），防汉江；左良玉、汤九州控吴村瓦屋——河南内乡淅水之要道；尤世威、陈永福、徐来朝分驻永宁、卢氏山中，以拒雒南、朱阳之险；洪承畴则亲自统率大军等待曹文诏由随州到达后，一同入关进剿农民起义军。
洪承畴牢记朝廷六个月内平定义军的旨令，不待曹文诏到，便率贺人龙、张全昌等西行，约文诏商州相会。当洪承畴驻师灵宝时，曹文诏亦自南阳赶来。承畴一见，大喜，共商入陕征讨大计。洪承畴认为，起义军现屯商雒地区，闻官军集众而来，必然先向汉中转移，如果大军由潼关入陕，必定会在起义军行动之后。官军不能与之相遇，劳而无功，达不到预期的效果。于是，洪承畴命令曹文诏由阌乡走山间小路至雒南、商州，直捣义军的大本营，然后从山阳、镇安、旬阳直奔汉中，阻止义军逃跑。洪承畴知道这次行军的艰苦，深情地对曹文诏说：“这次行军，道路迂回曲折，时问也较漫长，将军和部众是非常劳苦的。我将集关中兵马为将军的后盾，并等待将军的好消息。”洪承畴亲切地拍了拍曹文诏的肩，祝福他马到成功。曹文诏满怀信心，跃马而去。
五月，总兵官曹文诏、参将曹变蛟冒雨来到商州。农民军离城三十里。夜半，文诏率变蛟及守备鼎蛟、都司白广恩等与农民军在深林中激战，获得胜利。第二天，追击逃跑之农民军至金岭。四川农民军依靠险要的地势，以千骑与曹文诏部逆战，在关键时刻，曹变蛟大呼冲入对方阵地，其他官军亦协力并进，最终取得胜利。
当时，洪承畴驻泾阳，农民军听说督师到来，遂奔往礼泉、兴平。于是承畴率部下折而西去，夜渡渭河，计议征讨在商、雒的农民军。此时，商、雒地区的农民起义军马守应（老回回）部已离去，并逼近西安，距离官军只有五十里。洪承畴遂派遣贺人龙南入子午谷，夺其南部路径；派刘成功和游击王永祥往东南，遏其北走。张全昌亦自咸阳截击，绕出兴平之东。农民军见此阵势，遂不敢南渡，尽奔武功、扶风。当夜，农民军从扶风之教坊塘渡河走郿县。洪承畴恐怕这支农民军东奔，又率部渡渭河追之。贺人龙、刘成功等正好与南来之义军相遇，双方发生激战，官军取得胜利，义军只好舍骑登山。从此，商、雒义军部分逃入终南山中，少数逃往兴平、平利。
明末农民战争中，农民军的流动性大，但这一流动也是有规律可循的。洪承畴在陕多年，专司此事，因而对此非常清楚。大抵冬、春时节，起义军多奔向河南、湖广及江北诸地，流动范围广，队伍也比较分散，此刻官军要想剿灭义军，比较困难；每当夏、秋时节，各路义军又纷纷返回陕西，集中于某些地区，这样官军可以集中兵力，在陕西境内对其打击。然而义军可由栈道从徽州、阶州进入汉南，而后入川；如果出商雒，可进入河南的内乡、淅川及湖广的郧西、上津而达襄、郧。所以，陕西的这些战略要地需派兵把守，以防止农民军逃出。陕西义军精锐，人数众多，洪承畴在陕西采取就地消灭的战略，应该说是正确的。
六月，副总兵艾万年、柳国镇、刘成功，游击王锡命等以三千人与李自成部战于宁州之襄乐，斩杀义军达千人。天色将晚，遂旋师至巴家塞驻扎。不多时，李自成又率重兵来到，万年出砦大战，中埋伏，艾万年、柳国镇两员大将战死，失亡士官千余人。刘成功、王锡命等亦受重创。紧接着，总兵张全昌、副总兵贺人龙也以三千人至清水之张家川，斩杀义军一百六十余人，但在追击中失利，都司田应龙、张应春死。
起义军几次连胜，开始出现骄傲情绪，想侵犯西安、泾阳、三原诸战略要地。官军经过几次败仗，丧失多员大将，情绪颇为低落。洪承畴在邠州也甚感忧虑。此时，总兵官曹文诏听到艾万年的死讯，非常气愤，他拔刀斫地，并大骂义军，坚决要为万年报仇，遂即到洪承畴帐前请战。正在发愁的承畴一听，喜出望外，说道：“除非将军不能剿灭此敌，眼下我军已分散各地，没有可以策应者。将军行，我将由泾阳赶赴淳化，以为将军之后盾。”曹文诏乃以三千人自宁州前往战斗。在真宁之湫头镇遇到义军，参将曹变蛟为前锋，奋勇向前，斩杀义军五百余人，乘胜穷追三十里，文诏自率步兵殿后，却不幸中了义军埋伏，官军与数万义军骑士拼杀。文诏尽力格斗，亲手杀伤数十人。在方圆数里的战场上往来奔波，终因力不能支，拔刀自刎而死。这次战斗失败了。
起义军欲乘胜转掠，洪承畴全力以赴，将其阻挡在泾阳、三原一线，使西安不受威胁。
起义军再次远离洪承畴，希图由蓝田东奔河南卢氏。在洪承畴“分地击贼”方针的指导下，督师在四月已派尤世威、陈永福、徐来朝等分别驻扎永宁、卢氏山中，以拒雒南、兰草川、朱阳关之险。
七月，张献忠部欲走卢氏，由于尤世威的驻守，故难以取胜，乃入商雒山中。徐来朝部初因不肯入山大噪，这时，义军到来，来朝不战而逃，全军尽没。这样就使尤世威军完全暴露，又值疫情发生，与起义军战，失利。义军遂入朱阳关，并杀裨将徐来臣。起义军分十三营向东进犯，河南震惊。
但李自成部仍留在陕西。八月，李自成陷咸阳，又陷永寿。
本年正月，朝廷有六个月平定各地义军的指令，若到时不能完成任务，“督抚诸臣立置重典”，现在期限已过，但时局没有出现很大的转机。可以说，此时的崇祯帝和朝中一些大臣还是明智的，对形势还是有所了解的。不但未曾处分洪督师和诸大官，反而给洪承畴出谋划策，调整其作战方案及部署。八月，“廷议以贼势益张，洪承畴一人不能兼顾，乃擢（卢）象升总理五省，与承畴分辖，承畴督关中兵办西北，象升督关外兵办东南。”不久，又进卢象升兵部侍郎，加总督山西、陕西，赐尚方剑。事实上这与洪承畴的“分地击贼”是一致的。分为关内、关外两个战区。在实施中，更能有效操作。
总督洪承畴专主他所熟悉的陕西战事，显然比较得心应手。
前已述及，高迎祥、李自成取得几次胜利后，便骄气横生，目无一切，分道出犯各地。高迎祥略武功、扶风以西；李自成略富平、三原以东。崇祯八年九月，洪承畴遣将追李自成取得小胜。至礼泉，李自成部将高杰来降。洪承畴得知李自成的基本情况后，遂回过头向东追击李自成，并在渭南、临潼发生激战，自成大败，继续东走。督师麾下副总兵曹变蛟与高杰再破自成军于关山镇，逐北三十余里。
不久，曹变蛟又追高迎祥，与其战于凤翔之官亭，高迎祥败走。紧接着又与左光先在乾州再败之，高迎祥中箭而逃。于是东逾华阴南原绝岭，偕李自成一起出朱阳关，并与张献忠汇合凡拥众三十万，悉聚于阌乡、灵宝，“尘埃涨天，络驿百里”。此后，农民起义军在豫及其北攻城略地，横行一时。
崇祯九年（1636）夏，起义军大抵又归陕西。高迎祥在汉南，李自成踞南山险隘，穿商、雒问走延西，并曾计划由绥德渡河入晋，结果被定边副将张天礼所遏止。
五月，崇祯下诏说：“赦胁从诸贼，愿归者护还其乡，有司安置。其愿从军自效者，有功者一体叙录。”但效果不佳。
七月，陕西巡抚孙传庭在周至与义军发生战斗，大破其众于黑水峪，高迎祥被俘（后押至北京处死），给了关中起义军巨大的震慑。
对于明廷来说，高迎祥的被俘及被杀，是鼓舞士气的大事。但此时形势却发生了相反的变化。七月大清兵陷昌平，入攻顺义，下宝坻、定兴、定肃、大城、雄县、安州等地，京师戒严。在这危急关头，卢象升于八月入援，暂驻真定。九月改象升总督宣大、山西军务，河南、湖广军务便暂无人料理了。当时的湖广巡抚苗胙土不习军务。张献忠乃约马守应诸部二十万众自均州、新安、唐县分道犯襄阳诸地，气势渐盛，高迎祥死，义军复推李自成为闯王，从此，李自成、张献忠分寇西、南，各为雄长。
洪承畴此时所处形势也严峻起来。他在力所能及的条件下，与陕西境内的义军展开斗争。十二月，洪承畴在陇州大败李自成，自成奔庆阳、凤翔。
崇祯十年（1367）四月，洪承畴因义军破阶州，刚刚率军与之战于大散关，而小红狼部围汉中，瑞王朱常浩告急，奉旨谯责。洪承畴乃率贺人龙兵往救，汉中之围遂解。
当秦抚孙传庭到陕之初，洪督师曾与之共表“灭贼”的决心。两人在战区上作了分工：承畴战关以西，传庭战关以东。先是李自成由凤翔渡渭河，犯泾阳、三原、蝎子块，过天星皆来会合，孙传庭督副将曹变蛟连战七日，将其击败。蝎子块降。五月，李自成与过天星奔秦州，并谋入蜀。此外，孙传庭先后降义军首领一条龙、镇世王、上山虎等。
九月，洪承畴又在汉中打败义军。经过洪、孙二人的奋战，关中起义军的势力逐渐衰弱。
李自成见陕地洪、孙谋划周详，分兵、合力对付义军，义军又连连遭败，乃以其半入四川，其余的由汉、兴、商、雒以入湖广、河南。当时杨嗣昌主兵事，唯恐陕西义军出关动摇其剿抚局面，于是想诿罪于洪承畴。而此刻，洪承畴等正奔跑于秦、蜀两地，寻机而战。
十二月，总督洪承畴率总兵官曹变蛟等援四川，由沔县历宁羌过七盘、朝天二关，山高路险，上马饥疲，岁暮，抵达广厄。十一年正月，与李自成在梓潼大战，官军大胜，斩首五百余人，李自成的兵卒亡失殆尽。李自成率刘宗敏、田见秀、李锦、谷可成、张世杰、高一功、张鼎、李过、李双喜、任继光、田虎、刘汝魁等十八骑溃围，奔回陕西。
由蜀返秦之义军大抵分散开来，有的与官军东西转战，乘其不备破城夺邑；有的则暂时潜伏，避开官军的锋芒，以便寻找时机再战；更有以“假降”来渡过低潮期的。唯独李自成从洮州来到了番地。洪承畴令曹变蛟偕贺人龙紧紧追赶，屡屡发生战斗，前后斩杀六千七百余人。番地缺乏食粮，义军死亡颇多。
明朝末年，官场风气大坏，官吏拉帮结派，党派林立，一个没有靠山的督师，有再多的功劳和忠心，也会遭到对手的攻击或诬栽。洪承畴就曾遇到这样的事。四月，熊文灿奏舞阳、光山之捷及刘国能、张献忠就抚的情况。因熊文灿是杨嗣昌的好友詹事姚明恭所推荐，而文灿又为嗣昌所荐，召为兵部尚书，总理南畿、河南、山陕、川湖军务，故杨嗣昌在朝廷竭力赞扬文灿而诋毁洪承畴。昏庸的崇祯帝下诏：“镌承畴尚书、宫保，曹变蛟、左良玉各夺五官，仍戴罪办贼。”
主剿的洪承畴及曹变蛟、左良玉等，“戴罪办贼”期间，在陕、豫、川及湖广积极开展围剿，并不断传来捷报。洪承畴估计李自成已势穷，必奔潼关。于是和陕西巡抚孙传庭计议，设三伏于潼关之南原，每五十里而立一营，令总兵官曹变蛟穷追李自成。李自成军进入埋伏圈中，自相蹈藉。曹变蛟手执大刀，大呼斫贼，伏兵尽起，斩杀自成军无数。其幸免者，或弃刀枪，或丢坐骑，逃逸汉南山中，前后降者不计其数。李自成也与妻女失散，只带领七骑逃去，藏匿于商雒山中。
可以说，这次潼关南原之战，对明廷十分有利，如果洪承畴能继续留陕，陕西的围剿情况将会有大的改观，中国明末以后的历史也可能不是今大这样。然而事情却发生了极大的变化。
崇祯十一年十一月，清兵自良乡趋涿州，分三路深入：一由涞水出易州，一由新城出雄县，一由定兴出安肃。高阳城陷，孙承宗被执，投缳而死。十二月，宣大总督卢象升与大清兵战于巨鹿之贾庄，结果战败，卢象升格杀数十人，身中箭而死。当时京师危急，朝廷召洪承畴、孙传庭合兵五万人卫。
崇祯十二年（1629）正月，大清兵入济南。明与清的战事加紧。正月，改洪承畴总督蓟辽军务，孙传庭总督保定、山东、河北军务。洪承畴等离开了围剿农民起义军的前线，开始了他一生中的又一个阶段。
五、松锦战败，被俘降清
崇祯十二年六月，总督蓟辽洪承畴在经过对辽事的认真思考、研究后，上书朝廷说：“建州女真采取明暗两种手段，屡次向我大明讨要赏赐，今后他们如果不再向西侵犯我朝，就赏赐如故，否则就不给赏赐，并要进行围剿。”朝廷对这一针对性极强的务实主张表示同意。
崇祯十二年十月，清兵攻宁远。总兵官金国凤因愤于将士怯战，便亲自率亲丁数十人，在宁远城北山冈抵御清兵。鏖战多时，矢尽力竭，金国凤同他的两个儿子都战死了。洪承畴得报后，上疏朝廷说：“国凤怀忠勇，前守松山，兵不满三千，乃能力保孤城，此非其才力优也，而是能因事权专，号令出一，而人心齐肃。迨擢任大将，兵近万人，反致殒命，非其才力短也，由营伍纷纭，号令难施，而人心不一所致。请从今往后，设连营节制之法，凡遇警守城即出，唯总兵官之令是听，方可军心齐肃，这对于守卫疆土关系甚大。”崇祯帝接受了这个建议。