但李斯坚决反对。他首先力陈分封制的弊端，说：“周初分封子弟为诸侯，原来是想让他们藩卫王室。但过了几代人之后，这些诸侯实力坐大，血缘疏远，就都变成了一个个的独立王国，互相问如仇敌，你攻我伐，周天子也禁止不住了。五百多年来，闹得天下沸沸扬扬，不得安宁，最后反而拆了周王朝自己的台。”因此李斯认为，“现在天下好不容易重新统一了，应在各地区设置郡县等层级的地方政府，由中央直接任命官员去治理。至于王子和功臣，可以让他们多享受经济上的好处，衣食租税（中央征收的租税划出来一部分由王朝贵族享有），重赏财物（金钱布帛和车马府第等），这样他们也容易被皇帝控制。不实行分封，天子的意志可以直接贯彻到国家的每个角落，国家实行一元化治理，既没有争论也没有战争内斗，这才是安定天下的好办法”。
这两种意见，反映了儒法两家不同的政治观念。秦始皇是以法家理论为指导统一天下的，对这套理论十分熟悉，使用起来得心应手，特别是对它的效用十分肯定。因此听完李斯的意见后，他便毫不犹豫地说：“几百年来，天下长期苦于战乱，都是因为分封诸侯造成的。现在我们假如重新分封王国，等于又开启了动乱之源，怎么能使国家安宁！还是廷尉的意见对！”
在李斯的辅佐之下，秦始皇采取了一系列措施来巩固新王朝的统一和加强中央集权统治。如中央实行“三公九卿”制，即中央官员分设三公和几卿，所有官员包括丞相在内都是随时可以任免的官僚，而不是可以世袭的贵族；地方实行郡县制，即将地方政府分为郡、县两级，其长官也是由中央随时任免，他们只对皇帝负责，是代理而不是主人；在全国统一文字，统一度量衡和货币，充实和完善各项法律制度，收缴和销毁流散于民问的所有兵器，拆平原来分裂时期修建的城壕关津等防御工事，把在地方上具有潜在势力的六国旧贵族由他们的东方故土迁往西部的关中和巴蜀地区，等等。为使“六合之内，无不臣服”，秦始皇派兵南开五岭（横跨今广东、广西、湖南、江西等省区边境的五个山岭的统称，当时越过五岭就是进入南蛮之地了），把越族聚居的“百越”之地纳入秦朝版图，并在那里设置了南海、桂林、象三郡和许多县。为解除战国以来北方匈奴族对中原的侵扰问题，他又派蒙恬率领三十万军队征战朔方（当时泛指北方），并在今天的内蒙古河套以南以北地区设置三十四个县和九原郡。与此同时，秦始皇开灵渠，修驰道、直道，以转运军需；移民屯边，垦荒戍守，以巩固中原王朝对边疆地区的控制，解决对边疆军需物资的运输问题；还沿着北方的黄河阴山一线修筑万里长城，以防御匈奴的南侵。所有这些，无不需要征发大量的民力物力来实施。
这些措施，虽然具有一定的历史合理性，也不是完全不可以做，但把这些措施集中在短短几年时间内，推行得过快过急；再加上当时的人口数量在长期的战乱之后，大量减少，闪此繁重的兵役劳役超出了社会能够承担的负荷，使人民不堪忍受。随着时间的推移，这种战争动员式的社会状态不但没有改变，相反秦始皇穷奢极欲的本性恶性膨胀。他大修宫殿，如奢华的阿房宫，不计代价地筑建自己庞大的骊山陵墓等等。当时全国只有两千万人口，而服役者竟不下二百万。丁男不足，又征妇女，大量人口脱离生产，致使田地荒芜，社会经济遭受严重破坏。秦始皇为了支撑战争和工程的耗费，又加倍征收赋税。农民已经无法正常生存下去，然而稍有不满和反抗，即又遭到官府残酷的镇压。
秦始皇为自己的成功冲昏了头脑，自以为不可一世，恨不得一口吞尽天下，一世做完万代的事。殊不知，在秦统一过程中，他的力量来源于民众对统一战争的支持，而一旦失去这种支持，他就变成了孤家寡人。地主阶级就像一个人一样，其成长需要时问，其成熟既需要正面的经验积累，又需要反面的教训警戒（后者尤其重要）。这时的秦始皇正处于阶级成长的少年时期，没有经过农民力量的打击，过于迷信自己的主观意志，以为任何事情只要想做就一定可以做到。这一点，不仅秦始皇，地主阶级整个执政集团包括盲目迷信暴力和崇拜权力的李斯等法家人物都不能很清醒地看到，倒是继承了夏、商、周三代统治者丰富政治经验的儒家人物，还能不时向秦始皇敲敲警钟。后来刘邦等人物经过农民战争的暴风雨，认识到人民力量的伟大，知道欲安国家必先存百姓，认识到人民是水，统治者是船，水可载舟也可覆舟的道理。这时不是一个人或某儿个人，而是整个阶级都在成长、成熟，从而也更加娴于统治术了。
七、千古之罪焚《诗》
儒家人物对秦始皇的批评，往往采取借古讽今的形式。
秦始皇三十四年（前213），在咸阳宫的一次宫廷宴会上，博士仆射（博士官的头儿）周青臣当面称颂秦始皇的神威和功绩，遭到来自齐地的博士淳于越的抨击。淳于越旧话重提，说：“我听说，殷商和周代之所以称王天下千余年，靠的就是分封自己的子弟和功臣到各地去，作为中央王朝的分支和辅助力量。现今陛下富有海内，但是自己的子弟没有寸土之封，中央一旦出现了像齐国的田常和晋国六卿那样叛逆夺权的事情，地方上没有辅佐，您又靠谁来救援呢？凡做任何事情，假如不效法古代，这样的事情就不可能长久。现在周青臣不但不直言劝谏，反而当面阿谀奉承，以加重陛下的错误，这不是一个忠臣应该有的作为。”他的意思还是要秦始皇分封子弟为诸侯。秦始皇让朝臣们对淳于越的观点发表意见。
儒者想要恢复已经过时了的分封制，固然说明了他们的泥古和迂腐，也说明先秦的旧儒学与新的大一统帝国的政治格局在当时足格格不人的。儒学必须进一步加以改造，才能为封建皇帝所信用。但是其合理性的部分在于，社会形态的转换需要或长或短时间的过渡，尤其是面对先秦时期各个地区很不相同的政治、经济和文化背景，需要有一个相当时期的整合期。不然，过于剧烈的环境转换会伤害社会机体本身，没有思想和文化的整合而只是一个政治军事联合体的社会是脆弱的，缺乏凝聚力的，一有风吹草动，就难免土崩瓦解。这时已升任秦朝丞相的李斯却攻其一点，不及其余，仅仅抓住儒学泥占的这一弱点，对其厉行反击。
李斯上书说：“古时五帝治理天下的办法互相都不重复，夏、商、周三代也是各以其方略治国，不相承袭，但都能卓有成效建立太平盛世。原因就在于时代和环境不同，不能盲目仿效古代的制度和方法。今天陛下创建万世大业，您的英明之处，当然不是这些愚儒所能理解得了的。淳于越一味颂扬三代之事，何足效法！”假如李斯的话到此为止，就仍然不过是以前出现多次的朝堂政争的重演，但李斯更进一步，又提出了“焚书”的建议。他说：“古代天下割据，人心散乱，言论也从不统一。所以诸侯同时并存，政出多门，各种学派乘机招摇，说出话来都是援引占代的事情来危害现实的政策法令，以空虚无据的言辞扰乱既定的政治局面，人人都拿自己所学的思想来否定君主的决定。现在天下一统。法令制度明确，百姓努力生产，游学之上也应专学法令，维护皇帝的权威。可这些儒生专门是古非今，扰乱人心。对皇帝的法令，总是以自家的学说为标准来衡量取舍，议论诽谤，标新立异，而自认为唯我高明。他们到朝堂就大放厥词，回到基层就议论纷纷，长此以往，势必会破坏朝廷的威信，造成私党的肆意横行。因此，必须严禁私家学派！”于是，李斯建议：第一，凡各国的历史书籍，除《秦记》以外，一律烧毁，不准流传；第二，《诗》、及诸子百家的著作，除博士官所依法收藏的以外，也一律烧毁，不准流传；第三，胆敢两人以上在一起谈论或讲诵禁书（实际就指禁止私学）。要公开处死；胆敢借占讽今的，要诛灭宗族；第四，除了医药、占卜和农林园艺这几类书不烧外，其他书一律在命令下达三十口以内焚毁清除，否则籍的拥有者要处以脸上刺字、劳役五年的刑罚；第五，地方官吏如袒护违禁者。与违禁者同罪；第六，禁止私人办学，如果有人想学习秦朝法律，就以官吏为师。
秦始皇早已对儒生的批评指责不能容忍，听了李斯的建议后，立即下令执行。这是所谓的“焚书”。
第二年（秦始皇三十五年，前212），这位残暴的帝王又要利用方术之士为其求取仙药而谩欺无效为借口，在咸阳活埋了方士和儒生四百六十余人。此即所谓“坑儒”。古代本来没有仙人，人们认为人死为鬼，都到上帝那里去了。战国时期社会的贵族等级制度逐渐被打破，鬼世界也开始自由化，人们设想那种浪漫游戏于世界之外无拘无束的鬼就是神仙，鼓吹神仙学说的就是方士，他们往往是阴阳五行家的末流。秦始皇很想长生不死，公元前215年当他巡行到齐国故地时，有方士徐福上书说，东海中有三个仙山，山上有仙人仙药。秦始皇就派他率数千童男童女人海求仙药，结果一去不回。后来又有燕国人卢生和侯生也被派去求仙药，当然也不会有结果。按照秦朝法律，欺骗君主和所献之方无效验者一律处死。卢生和侯生花了朝廷不少钱，没有找到秦始皇所要的仙药，他们很害怕，就宣扬说，秦始皇专断暴戾，“以刑杀为威”，我们不为他求仙药了，不如早日逃亡。秦始皇听到他们逃跑的消息，大怒，说：“前些日子我把天下有害的无用的书籍都销毁了，又招纳众多的有文化有能耐的文士，想要建立一个太平盛世。有些方士主动要求去炼取仙药，结果徐福花钱万万却还是没有找到仙药，对卢生等人我赏赐多多，今天还要在背后诽谤我。那些咸阳的读书人，我曾经派人调查过，也在背后散布妖言以迷惑老百姓，扰乱人心。”于是他下令把在咸阳的方士和儒生都抓起来审问，被审者也互相告密揭发。最后，秦始皇便把犯禁的四百六十余人挖坑活埋了。前后两件事合在一起，就是历史上著名的“焚书坑儒”事件。
秦始皇“焚书坑儒”，目的是为了镇压政治上思想上的反对派，巩固自认为正确的政治体制，然而这又开了中国古代帝王实行文化专制主义的先河，其手段之野蛮残暴，又是旷古未闻，流毒千古。思想上精神上的反抗决不是靠焚书或肉体消灭所能消除的，这只能使古代的文化遭受一次空前浩劫，并使春秋以来人们那种蓬蓬勃勃的自由思考和探索精神遭受一次致命打击。特别由于秦政权的淫威，堵塞了正常的言路，致使秦始皇闭目塞听，一意孤行，反而加速了秦王朝的灭亡。在这件事情上，李斯起到了恶劣的作用，对于因此而带来的负面历史影响，李斯难辞其咎。
由于一系列错误政策的执行，事情正在向秦统治者的主观意愿相反的方向滑去。