同年年中，诸葛瑾奉命再次出使成都，与刘备集团恢复几近破裂的联盟关系。在此次的出使过程中，他第三次与弟弟诸葛亮见面。不过这一次诸葛瑾和诸葛亮的表现一致，除了在公开场合会面之外，私下里完全没有接触，更不用说叙旧了。就算如此小心谨慎，诸葛瑾回到江东之后，仍然受到孙吴部分人的怀疑，并且把小报告打到了孙权那里。为了这件事情，陆逊还亲自上表为诸葛瑾担保，孙权不得不站出来公开辟谣：
我与诸葛子瑜有生死之交，我对他非常了解。他不会辜负我正如我不会怀疑他一样。在孙权的亲自解释后，江东众臣对于诸葛瑾的种种指责才告停息。不过，或许是因为孙刘关系交恶的影响，诸葛瑾的这种中间人的角色开始逐渐淡化，他的职务也由原来的长史变成了中司马，从文职向军职转化。
诸葛瑾第一次领兵出征是在建安二十四年（公元219年）。当时曹操在汉中受阻，不得不将汉中地区拱手交给刘备。刘备在夺取汉中之后，又拿下了东三郡地区，并自立为汉中王，达到了事业的鼎盛时期。为了配合刘备在汉中、东三郡的行动，关羽也于同年七月发动了襄樊之战，对曹操占据的荆州襄阳和樊城展开进攻。在吕蒙、陆逊等人的精心策划下，关羽留守荆州大本营的主力被调往襄樊前线，留守兵力薄弱。江东集团抓住这个有利时机，立即集结重兵向关羽的荆州发动进攻，诸葛瑾也以中司马的身份参加了这次荆州之役，战后还被封为宣城侯，后来又以绥南将军之职代替病重的吕蒙担任南郡太守并屯兵公安。
荆州失守之后，刘备集团调动重兵向荆州方向集结，打算以武力夺回荆州这个北进中原的桥头堡。为了避免大战的爆发，孙权又想起了与刘备集团颇有渊源的诸葛瑾，在孙权的授意下，诸葛瑾给刘备写了一封书信，目的无非是为了阻止战争的爆发。诸葛瑾在这封信中极力劝说刘备放弃荆州，将注意力重新放在曹魏方向。当然，这样的一封书信是无法改变刘备复仇的决心的。不过，就在诸葛瑾奉命写信之后不久，在江东群臣中再次出现了对诸葛瑾的种种非议，甚至有传言说诸葛瑾秘密派遣亲信向刘备透露江东内部的机密信息。这种流言后来传到了孙权的耳中，自然又是孙权亲自出面替诸葛瑾辟谣，诸葛瑾才得以安然无恙。
黄武元年（公元222年），诸葛瑾被升任为左将军，率军进驻公安并被封为宛陵侯，奉命防御来自曹魏方向的进攻。当时，孙权刚刚获得与刘备之间为争夺荆州控制权的夷陵之战的大胜，而此时的魏文帝曹丕打算利用孙刘火并刚刚结束，孙权实力受损的有利时机向东吴的荆州地区发动进攻。曹魏大将曹真、夏侯尚在江陵一线围困东吴大将朱然，不久之后又分兵占据中州等地。作为东吴长江防线西侧的主要指挥官之一，诸葛瑾率领大军前往江陵进行增援。不过，由于诸葛瑾行动犹豫、迟缓，所部遭到曹魏军队的强烈抵抗。诸葛瑾所部占领江中小岛之后，就在江中兵分几路进行布阵，而夏侯尚则利用黑夜作掩护放出数只装满油料的小船火烧诸葛瑾的战船，同时又率领一万之众在下游偷偷渡江进行偷袭。
在夏侯尚两路夹攻之下，诸葛瑾大军大败。对此孙权非常不满。
直到第二年春天，东吴将领潘璋利用江水上涨之际在上游建造水城并让诸葛瑾通过浮桥展开进攻，曹真所部才放弃对朱然军队的围困而撤走。战事结束之后，尽管诸葛瑾没有取得较大的战绩，但也因为结尾有功而受到了孙权的嘉奖。
后来诸葛瑾又与张霸等将领一起袭击曹魏在荆州的重镇襄阳，结果遭到了曹魏抚军大将军司马懿的迎头痛击，张霸阵前被杀，诸葛瑾惨败而回。
嘉禾三年（公元234年）年初，诸葛亮遣使东吴，希望东吴在长江流域发起主动进攻以配合自己的第五次北伐。同年五月，孙权以陆逊、诸葛瑾为西路，从江夏、沔口进攻襄阳，同时以孙韶、张承为东路进攻淮阴，自己则为中路围攻合肥新城。魏明帝曹睿闻讯之后，立即派出军队增援新城，并于七月亲自率水军东征。孙权看已经达到了成功吸引曹军主力配合诸葛亮北伐的战略目的，便与东路孙韶、张承所部一起立即撤军。这样一来远在襄阳前线的陆逊、诸葛瑾所部顿时陷入了孤立无援的地步。
陆逊得到孙权撤军的消息之后，立即派出亲信韩扁送信给孙权，不料韩扁在归途中被曹军抓获。诸葛瑾听说韩扁被俘的消息之后惊慌失措，立即写信给陆逊，建议陆逊马上撤军，以免因韩扁被俘、军情泄露而遭到曹军的围攻。面对危机，陆逊镇定自若，不但没有给诸葛瑾回信，反而命令士兵在辖区内大面积种植葑、豆，并同往常一样与手下将领们下棋、射覆。诸葛瑾听说之后，心情终于平复下来。他认定一向足智多谋的陆逊此时一定已经是胸有成竹了，于是亲自前来拜会陆逊。陆逊平静地告诉诸葛瑾：曹军已经知道了主公孙权及孙韶等人已经撤军，他们就没有了后顾之忧，加上现在曹军又占据了险要之处，形势对他们非常有利，因此他们正想着全力对付咱们呢。而我军的情况则正好相反，仓促撤退必将遭受重大损失。还不如按兵不动，稳定军心，再寻找合适的时机安全撤出。之后，陆逊又与诸葛瑾秘密商量好了对策，仍然按照原定计划向襄阳前进。曹军一向对陆逊非常惧怕，看到陆逊继续前进，马上回城固守。陆逊与诸葛瑾的西路大军一路前行，当进至白围地区之后，陆逊秘密调遣部将周峻、张梁向江夏、新市、安陆、石阳等地发动突然进攻。曹军猝不及防，损失惨重。尤其当吴军进攻石阳时，石阳正值赶集之日，吴军的突然出现使得所有人惊慌失措，纷纷丢弃物品向城内逃窜，城门因为过于拥挤而无法关闭，慌乱中守军只能挥刀乱砍才勉强关上城门。这一战，吴军不但摆脱了极其被动的局面，还消灭了魏军一千多人。随后，陆逊与诸葛瑾一起大摇大摆地登船撤退，惊魂未定的曹军居然无人进逼追赶。如果没有陆逊的临危不惧、运筹帷幄，诸葛瑾大军必然遭受全军覆没的危险。
赤乌四年（公元241年），已经六十八岁高龄的诸葛瑾再次出现在战场，他的敌人是自己与弟弟诸葛亮共同的对手——司马懿。当时诸葛瑾奉命与步骘等人一起进攻柤中，全琮则进攻芍陂，朱然、孙伦围攻樊城。
不过战事的进展对东吴极为不利。在司马懿的亲自指挥下，江东大军再次遭受重大失利，不仅损失兵力万余人，战船等物资也大都被司马懿缴获，可谓劳而无功、落荒而逃。在这场战役结束之后不久，诸葛瑾因病去世，终年六十八岁。
从以上诸葛瑾一生所参与的战事情况来看，此人的军事指挥和谋略水平堪称平庸，甚至完全没有一名高级指挥员所应当具备的素质，然而，就是这样一位在战场上如此低能的将领，在江东政坛上却青云直上，先后被任命为左将军、骠骑将军、左都护、大将军等要职，成为东吴军界的重要一员，足见诸葛瑾在孙权心中的重要地位。那么，究竟是什么原因让这位能力平庸的谋士在派系斗争激烈的江东政坛屹立不倒、扶摇直上呢？
前文提到，诸葛瑾自从加入孙权阵营之后，就与孙权的关系非同一般，对于如何应付孙权，诸葛瑾做得是游刃有余。前文所提到的关于朱治及殷模事件的处理，诸葛瑾都表现得十分老练，尤其是在殷模事件中，他回答孙权的话就充分体现出其圆滑的一面。这样一来使得诸葛瑾深得孙权的欢心，为了加强诸葛瑾的政治地位和影响力，孙权不但经常提拔诸葛瑾，同时在出现针对诸葛瑾的种种非议时挺身而出，为诸葛瑾遮风挡雨，如此良好的君臣关系自然能为诸葛瑾政治地位的稳固打下坚实的基础。
诸葛瑾不仅与君主孙权的关系良好，同其他的皇室成员也是关系密切。孙氏宗室重要成员之一的孙皎早年以轻财能施、善于交结着称，在江东政坛颇具影响力，而诸葛瑾与孙皎关系至厚，如此一来不但为诸葛瑾减少了来自孙氏家族内部的非议和责难，对于树立诸葛瑾的政治形象也起到了积极的作用。
其次，诸葛瑾同孙吴草创时期的主要势力——淮泗人士的关系十分密切。东吴着名谋士鲁肃早在建安十三年（公元208年）第一次见到诸葛亮的时候就曾经直言不讳地说过自己与诸葛瑾的关系密切。而江东重臣张昭与诸葛瑾还是儿女亲家，虽然双方之间的关系有些隔阂，但诸葛瑾却能与之和睦相处，足以说明其高超的平衡关系的能力。
如果说诸葛瑾仅仅和淮泗人士关系良好的话，那就未免小瞧了诸葛瑾。他与江东世族的关系也非同一般。在很多政治事务、政治观点上，诸葛瑾和陆逊等江东大族是一致的，为此，诸葛瑾还遭到孙权的警告。
这就说明诸葛瑾同江东大族之间的关系是非常融洽的，因此才能保持一致。政治立场和观点相同，自然会带动个人关系的融洽。
诸葛瑾不但同孙氏家族关系良好，善于理解君主的意图，而且又同淮泗人士、江东大族十分密切，能够把握各种势力的想法，因此，诸葛瑾成为沟通君主、淮泗人士、江东大族三者关系的一种纽带，自然会获得孙吴各种政治势力的交口称赞，这是诸葛瑾能成为孙吴政坛不倒翁的最重要原因。
另外，诸葛瑾还有一个叫诸葛亮的弟弟，这也为自己地位的巩固提供了一个条件。蜀、吴交恶的时间不长，绝大多数时间都是同盟关系。
考虑到诸葛亮这一层关系，孙权把诸葛瑾放在一个比较重要的位置上也是理所当然的。
诸葛瑾在江东政坛屹立不倒并一直身居高位，是有着多重原因的，但是其中最为关键的一条就是其性格中的小心谨慎、官场上的左右逢源、处事深谋远虑，加上对孙权这位君主的耿耿忠心，这一切都足以让这位能力较为平庸的人物成为后汉三国时期为数不多的政坛常青树之一。