这部分碑记内容，主要反映中国历代政权与伊斯兰教的关系，尤其是明、清两个朝代对回族的民族宗教政策。在明代，统治者对回族基本上采取宽容优抚政策，当然并没有放弃其骨子里的民族压迫与歧视。洪武皇帝御制回辉教百字碑与镌刻于各地清真寺的“明太祖百字赞”内容基本一致，都是对伊斯兰教与其先知穆罕默德的赞颂词语，但文字略有差异，为便于对照，故选入不多见的“御制回辉教百字碑”。内容涉及保护清真寺的“明永乐上谕碑”在各地清真寺也都有建树，这里选用了苏州惠敏寺碑。
清朝统治者对回族与伊斯兰教总的采取“因其俗而不易其教”的政策，以巩固其对多民族国家的政治控制，本部分入选的北京“敕建回人礼拜寺碑记”虽针对维吾尔族移民，实际上反映了清政权对伊斯兰教及穆斯林民族的基本政策。但是，清朝统治者的民族宗教政策从本质上说是建立在民族歧视与民族压迫基础上的，因此一旦遇到少数民族群众的反抗，就会暴露出残暴镇压的面目。本部分收录的康熙、雍正、乾隆三道圣旨碑记与嘉庆谕旨碑记，就是清的民族宗教政策的一种生动体现。归顺者得存，违反者必亡。康雍乾时期的三道圣旨，各地清真寺都有镌刻收存，只是个别文字有出入，我们选录了苏州太平坊清真寺收存的上述碑记，以反映这些圣旨在南方非回族聚居地区也具有的影响。
北京“敕建回人礼拜寺碑记”清乾隆二十九年（1764年）
乾隆二十五年（1760年）正月，定边将军兆惠平定回疆凯旋，献俘午门。清高宗特命在京安插降附之该部头领及其亲众，于西长安街路南辟回回营一所，建房147楹，为其居址，并盖礼拜寺，寺坐南朝北，门在西长安街上，门内立有此碑。碑文除叙述该寺缘起外，还正式阐述了清廷对伊斯兰教的政策。民国初年，该寺被袁世凯强行拆除。原碑文第一段字迹早已脱落不清，现据英国传教士马歇尔·布鲁姆霍尔《中国伊斯兰教--一个被忽视的问题》（1910年）一书的英文记述意译如下，以供参考。“天下至高无上者乃造物主，因此即使在遥远地方，民众仍然遵从我们的统治，了解我们的法律制度和习俗。因此我们的方针，是既按规定的制度训育那里的民众，又小心地保存他们的风俗习惯，使文明可以广泛传播。回纥开始进入中国，是在隋朝开皇（581年-601年）年间，在唐朝元和（806年-821年）年间，他们偕同某些摩民来中国进贡，被批准在太原修建了中国有史以来的第一座清真寺，名‘大云光明寺’”。应该指出，上述历史记述有误。伊斯兰教正式传入中国是在唐朝永徽二年（651年）。
为天下共……回纥自隋开皇时始入中国，至唐元和初偕摩民进贡，请置寺太原，额曰“大云光明寺”……朕寅承天地祖宗鸿庥，平准噶尔，遂定回部各城。其伯克霍集斯、霍什克等并赐爵王公，赐居邸舍，而余众之不令回其故地者，咸居之长安门之西，俾服官执役，受廛旅处，都人因号称回子营。夫齿繁则见庞，辨类则情涣，思所以统同合异，使瞻听无奇邪。初不在辟其教而矫揉之也，且准部四卫拉特内附，若普宁寺，若固尔札庙，既为次第创构，用是宠绥。回人亦吾人也，若之何望有缺耶！爰命将作支内帑羡金，就所居适中之地，为建斯寺。穹门垲殿，翊庑周阿，具中程度。经始于乾隆癸未清和之用，浃岁落成。回众以时会聚其下，轮年入觐之众伯克等无不欢欣瞻拜，诧西域所未曾睹。问：“有叨近日之荣，而兼擅土风之美，如是举者乎！”咸鞠虞抃曰：“然。”复重谂之曰：“尔回之俗，向惟知有鲁斯讷墨，今则朔奉朝正矣；向惟知有腾格，今则铸颁泉府矣。越及也赋觐享诸令典，其大者靡弗同我声教，而国家推以人治人之则，更为之因其教以和其众。揆诸万舞备铜绳之技，九宾缀廛头之班，此物此志云尔。其谁曰不宜！”乃为之记而系以铭：孰为天方？孰为天堂？花门秘刹，依我云阊。厥城默伽，厥宗墨克；派哈帕尔，傅依铁勒。经藏三十，咨之阿浑；西向北向，同归一尊。珉碱柟（楠）梁，司工所作；会极归极，万邦是若。
乾隆二十有九年岁在甲申仲夏之吉，御制并书
内蒙古呼和浩特清真寺“洪武皇帝御制回辉教百字”碑清康熙三十三年（1694年）
关于“洪武皇帝百字赞”，在全国各地许多清真寺都有树碑记载，大致内容相似，但呼和浩特清真寺的碑文却有明显差别。现提供王岱舆著《正教真诠·群书集考》载“洪武皇帝御字百字赞”以供对照研究：“洪武元年敕建礼拜寺于金陵，御书百字赞，褒美清真，以示优异。赞曰乾坤初始，天籍注名，传教大圣，降生西域。受授天经，三十部册，普化众生。亿兆君师，万圣领袖；协助天运，保庇国民。五时祈祐，默祝太平。存心真主，加志穷民。拯救患难，洞彻幽冥。超拔灵魂，脱离罪业。仁覆天下，道贯古今。降邪归一，名清真教。穆罕默德，至贵圣人。”
碑阳
御制赞文
洪武皇帝御制回辉教百字
乾元初始，天籍注名。西域传法，教主教化众生。至德大圣，仁慈正烈，演政天经。众圣领袖，协助天运，护祐国王，公直无私。白帝真君，普度群迷；五朝祈天，默祝太平。阐教祖师，灵明洪祐，救苦救难，幽冥超拔亡灵，脱离罪愆。降伏邪教，归正清真。老穆罕默德圣人。
赞曰：元气禀粹，圣智生成，道传万代，教授真经
大清康熙三十三年穀旦阖教重录勒石
碑阴
夫回回之学，尽其天理而斮其私，故万里人服其道。高理中如吾夫子可谓至矣。
子昂观
付山观
黄庭坚书印
心修忠孝志义齐仁
壬子清和月书
江苏苏州惠敏清真寺明永乐上谕碑明永乐五年（1407年）
砂皮巷惠敏清真寺是苏州古寺之一，据传建于明代，原有明永乐上谕碑刻一方（现移入太平坊清真寺内保存）。碑文内容和南京净觉寺，西安化觉巷寺及泉州涂门街清净寺的同名上谕碑基本一致（类似碑文在国内清真寺中还有）。光绪七年东鲁晋徽氏所辑的《清真释疑补辑》一书中也收有此碑文，但内容略有增加，字句少有改动。
大明皇帝敕谕住持米里闪思丁
朕惟人能诚心好善者，必能敬天事上，劝率善数，阴翊皇庆，故天锡福享无穷之庆尔。米里闪思丁，早从马哈之教，笃好善导引，善数文，能敬天上益切志诚眷兹行良可嘉尚。今特授尔以敕谕护持，所在官员军民一应人等，毋得慢侮欺凌，敢有政违朕命慢侮凌者，以罪罪之。故谕。
敕谕永乐五年五月十一日之宝。
江苏苏州太平坊清真寺康熙上谕碑清康熙三十三年（1694年）
太平坊清真寺位于阊门石路，1926年建成。1982年新建大殿为阿拉伯建筑形式，市伊协设大殿二层。该市将全市原各清真寺尚存的历朝碑碣12方集中保管，康熙、雍正、乾隆三块上谕碑即是其中一部分。这些上谕碑，同《清实录》中记载基本一致，是清政府民族宗教政策的具体反映，因此在北京、呼和浩特、山西等地清真寺也常有类似内容的碑碣建树，但个别字句有不同。
奉旨上谕康熙三十三年六月二十七日
奉圣祖仁皇帝圣谕朕评汉回民古今之大典，自始之宏道也，七十二门，修仙成佛，诱真归邪，不法之异端，种种生焉。既往不咎，再违犯者斩。汉诸臣授官分职时享君禄，按日朝参；而回逐日五时朝主拜圣，并不食朕俸，伊知报本，而汉不及于回多也。通晓各省，如汉官民因小不忿借端虚报回民谋反者，职司官先斩后奏，天下回民，各守清真，不可违命，勿负朕有爱道知意。钦此。
江苏苏州太平坊清真寺雍正上谕碑清雍正八年（1730年）
奉旨上谕，雍正八年五月初十日
奉上谕，据署理安徽按察司鲁国华奏称：回民居住内地，随处皆有，考试营业，与居民无异，自宜凛遵历度，乃伊不分大小建，不论闰月，以三百六十日为一年。始记某日为岁首，群相庆贺，名曰拜年。又平日尚白，早晚皆戴白帽。设立礼拜清真等寺名色，不知供奉何神。每立把斋名目。伊等既为圣世之民，应遵一统之正朔，服朝廷之衣冠，岂容私记岁月，混戴白帽，作此违制异服之事。请令回民遵奉正朔、服制，一应礼拜等寺，尽行禁革。倘估终不悛，将私记年月者照左道惑众律治罪；戴白帽者以违制律定拟。如地方官容隐，督抚徇庇，亦一并照律议处等语。查回民之在中国其来已久。伊既为国家之编氓，即皆为国家之赤子也。朕临御天下一视同仁，岂忍令回教独处于德化之外？是以曾颁谕旨，训以兴孝劝忠，望其型仁讲让，服教慕义，共为良善。即数年来，亦未见有回民作奸犯科，逞凶肆恶。且其中有志上进者甚多。应试服官同于士庶。而以文武科名，出身游登显秩者，为国家宣力效忠者，常不乏人。如从前之马进良、马雄，近日之哈元生者，不胜枚举，皆令名劳绩昭著者也。至回民之自为教，乃其先代相沿之土俗，亦犹中国之大，五方风俗不齐，习向亦因之各异。其来久矣，非近日加增之俗习。历代亦未通行禁，强其画一者也。鲁国华所奏，甚属苛刻怪诞。回民何尝不遵正朔，而只以其私记时日，即加以不遵正朔之名。回民何尝不遵服制，而只以其便用巾冠，即加以不遵服制之罪。至于礼拜清真等寺名，亦不过如各省村邑，崇奉土俗之神，皆为祀典之所不载，何独于回民刻意苛求，指为罪案乎？从前参奏回民甚多，陈世倌于雍正元年便亦如此，具摺条奏，朕曾切责。今鲁国华于朕已经降旨通行训导回民之后，仍复如此陈奏，不知其出于何心。若回民果有干法犯纪之处，国宪具在，当按律惩治。并无曲宥回民之条。倘回民本无过愆，而大小官员等，俱因习尚少有不同，以此区区末节，故意苛求，妄行渎奏者，朕必严加处治。鲁国华乃庸碌之才，因道员不胜其任，调回内用者，只因安徽一缺需员，署理一时不得其人，是以暂且委用。伊于本分职掌有益于地方之事，不知悉心办理，向分外条陈回民风习，妄事更张，且请严定法律，通行禁约，使无辜之回民俱不得其所。此等条奏，非有挟私报复之心，即欲惑乱国政，著将鲁国华交部严察议处。钦此特谕。
江苏苏州太平坊清真寺乾隆上谕碑清乾隆四十七年（1782年）
奉旨上谕乾隆四十七年六月十八日
奉上谕：本日闵鹗元奏，接据广西咨会，起出回经，亟拿获作序刊书各犯，讯供具奏一摺。此事前据朱椿奏到，业经降旨不必查办，通饬各省督抚，嗣后如有似此回教经典，俱毋庸苛求，致滋扰累。盖缘旧教回民在西北省分为多，而各省亦在在俱有，所奉经典，回民中亦属家喻户晓，即与僧道喇嘛无异，焉能尽其人而火其书乎。且伊等平日持诵经典，自唐宋以来，早已流传中国，迥非若白莲邪教，起立各色，专为敛钱惑众，甚且作乱者可比。若过为披求滋扰，则安分守法之回民，转致不能自安，无所措其手足。封疆大吏，如遇有地方邪教悖逆等事，自应认真办理，若此等久有之回教经典，遽照违悖之案，通行严办，殊属荒唐错谬。朱椿初任巡抚，不谙事理之轻重，即飞咨各省一律查办，甚属非是。朱椿著严行申饬，所有闵鹗元奏到起出回经，及拿获作序刊书之人，俱当妥为安抚，概予省释。至各省督抚接据广西咨会，均著一例停止，毋庸查办。将此由六百里加紧再行通谕知之。并各据实具奏有无查办，钦此。
湖北谷城清真寺上谕碑清嘉庆九年（1804年）
此碑现存谷城县清真寺内，高53厘米，宽120厘米。内容为抄录清政府为镇压甘肃田五起义所发布的皇帝文告，重申“只当分别从逆与否，邪正之殊，不必论其教之新旧”，“朕洞悉其教根源，不分畛域，断不肯……将无辜守法良民一并株连之”。文告还要求各地方官“将此通晓中外。……于凡有回民处所誊黄遍贴，宣示知之”。因此，此上谕碑是了解清代伊斯兰教政策的重要史料。至于嘉庆九年重立此碑，则是当地回民根据清廷公开政策寻求庇护的表现。
实贴谷邑清真寺晓谕
乾隆四十九年七月内抄录
奉上谕：甘肃回逆滋事，职总督李侍尧奏称，此事因小山回匪田五等谋兴新教起衅。朕以该犯等欲兴新教，何必纠众谋逆，降旨饬询。始据该折将本年正月内，由田五即在靖远哈得成、哈彦家，商同谋逆各情节覆奏。又据西安将军傅玉奏，泛之甘省居民金称：众回匪于上年五月节修理石峰堡，并纠定于本年五月五日起事，通渭等处亦据报系同日被贼抢劫等语，是贼人肆逆不法，早已预蓄奸谋，并非因争教而起。夫内地回人其来已久，我国家威福远播，平定准部、回部，西域咸隶版图。新疆回人年班入觐，往来络绎。内地民人亦多至新疆贸易，其有查对经卷、讲习条规者，视习为常例所不禁。遂有红帽、白帽、新教、旧教之名，其实新疆回人正其旧教也。因现在内地回民所习之教，所诵之经，皆与喀什噶尔、叶尔羌等处回人经教无异，原无新旧之别。况内外均属编民赤子，顺者恩有必加，逆者法无可宥。今贼首田五已就歼毙，其余党李胡子、马胡子等，胆敢于光天化日之下，聚众鸱张，攻城掠堡，即属回民之中邪教，如僧中之白莲教之类而已。昨已令大学士阿桂、陕甘总督福康安前往督办，并派亲兵及飞调四川屯练降番暨阿拉善、鄂尔多斯各处蒙古兵丁到彼协战，大兵云集，谅此妖魔小丑自无难逃就歼除。至阿桂、福康安于剿灭贼匪后，只须将贼人经过，煽诱之处，所有平时与贼人勾结知情及贼人起事后，代为往来送信，接济粮食之人，即系邪教，必须实力搜捕正法，勿使复如李侍尧之养。其余并不从逆之回人，不必更分旧教、新教，皆系良民，概无庸波及，以免株连。总之督办此事，只当分别从逆与否，邪正之殊，不必论其教之新旧，即如僧道原非例禁，为白莲教等邪教之必应查究者，亦以其左道惑民，聚众滋事也。嗣后阿桂等奏折内，原提逆回匪，俱称为邪教，不必复分新旧教名目，俾回民等咸知朕洞悉其教根源，不分畛域，断不肯因滋事贼匪将无辜守法良民一并株连之，至意将此通谕中外。并著阿桂、福康安及各省，于凡有回民处所誊黄遍贴，宣示知之。钦此。
嘉庆九年岁次甲子十二月吉日立