吕毅中被抄家，从家里抄捡出许多他父亲写的诗文，里面有很多大逆不道的言论。吕留良生于明崇祯二年（1629），死于康熙二十二年（1683），觉得清朝是敌国也是正常不过的事情。但雍正帝对吕留良案的有关人员进行了残酷镇压。吕留良及其长子吕葆中、弟子严鸿逵已死，被开棺戮尸，吕毅中和沈在宽被斩首；族中妇孺被发遣宁古塔为奴为吕留良建祠、刻书的一些人，也遭到牵连。
而首犯曾静、张熙却被好好地送往皇帝跟前，一条一条地问他们谋反的原因，让他们辩解。这些问题现在看来有的确实十分有趣。比如：清朝统治八十年后，造成地塌天荒，神哭鬼号吗？像岳钟琪一样臣事清朝的人就是低头屈节、效忠于匪类吗？这些看来是针对曾静策反岳钟琪的信里面所说的话，问一问也还说得通。但诸如“山西嘉祥兆瑞迭现，湖南连年水灾，这些说明什么？（曾静是湖南人）”这样的问题就很可笑了。
最奇怪的就是，针对当时朝野的流言，说雍正帝夺取皇位、谋父、逼母、弒兄、屠弟、镇压功臣等等，在皇帝的问话中也有所提及。这些百姓间的流言蜚语，不去提它，自然就会慢慢平息，可是皇帝却一字一句地提了出来。而曾静也不知道是因为怕死还是真的被皇帝所感化，痛哭流涕，逐条辩解，开始大肆为统治集团摇旗呐喊，对自己的行为追悔莫及。
雍正帝对曾静的辩解很满意，就不顾大臣的反对，把这些奏辩条文编为《大义觉迷录》，并于雍正七年（1729）颁行天下，命令所有的读书人都要学习。
从《大义觉迷录》的卷首来看，雍正帝是要显示自己的公正无私，告诉天下人，自己没有做亏心事，没有什么不可见人的，也不怕曾、张这两个鬼来敲门。可是他忘了另一个民间的俗语“越抹越黑”。在当时，许多读书人就算是从未相信皇帝真干过那么多丑事，也开始嘲笑皇帝这种不明智的做法了。《大义觉迷录》引用的大量反清言论，深深地触及了贵族及皇室的忌讳。从某种程度上来说，该书也起到了反宣传的作用，有可能成为反清分子反对清王朝的政治思想武器，所以雍正帝死后不到一个月，继位的乾隆帝就处死了曾静和张熙，并下令收回《大义觉迷录》，不得私藏，这场奇怪的文字狱才渐渐归于平静。
壅正是在雍正十三年（1733）猝死于京郊离宫圆明园内的。本来他生前就有许多事笼罩着层层神秘的面纱，他的死因更是说法各异，猜测纷纷，竟成了一桩奇案。
据清廷官方史籍，如《清史稿》等，都记载了他是因病而亡。说他从患病到去世仅仅三天，发病当天还处理政务，晚上病情发作，终于不治。有人推测是一种急症，可能是中风。据说雍正执政期间，事必躬亲，日理万机，面对父皇晚年留下的内外忧患和皇室内部的激烈矛盾，常常带病处理政事，积劳成疾，心力交瘁。因而突发脑病，骤然病故是在情理之中的。
还有一说是因为雍正阴险毒辣，民间传说他曾“谋反、逼母、弑兄、屠弟”，尤其是清廷采取民族高压政策，各地不断出现反清活动，一些人千方百计要报复他。因而传说他是被女侠吕四娘行刺而亡。
吕四娘是明末学者吕留良的孙女。明亡之后，吕留良参加反清斗争没有成功，就在家乡教书为生。清朝官员劝他出来为朝廷作事，他坚决拒绝了。后来竟跑到寺院里当了和尚，远离尘世。在寺院里，他专心致志著书立说，书里面虽然有些反清内容，但没流传出去。不料，他死之后，他的文稿引出了一段“文字狱”。看过他文稿的湖南人曾静入狱后，供称是受吕留良著作和学说的影响才萌发反清之志的。结果，雍正大怒，下令掘吕留良及其长子吕葆中之墓，戮尸示众，并将吕留良次子吕毅中斩首，吕氏一门都被发配边疆。吕四娘恰好不在家，幸免于难。雍正为了斩草除根，曾下谕令“外边传有吕氏孤儿之说，当密加访察根究，倘或吕留良子孙有隐匿致漏网者，在卿干保匪轻。”吕四娘为报这不共戴天之仇，隐身名山，拜师学艺，练成绝技，又闯荡江湖，广交豪杰义士。终于被她找准机会，潜入深宫，刺杀了雍正，提其首级而遁。
因此事仅见于《满清外史》和《清官遗闻》等野史或民间传说，令人不敢全信。有人认为吕四娘不可能在“吕留良案”中侥幸逃生，至于到戒备森严的圆明园行刺更是很难成功的。因而认为“被刺”说不能成立。
也有人据来自清室中的档案资料分析，雍正是长期服用丹药，毒发而亡。据说，雍正非常迷信鬼神，崇佛信道。道士娄近垣为他人宫练丹，得到巨额赏金。道土张太虚、王定乾也人宫大献方术，登坛作法。从雍正四年起，他就开始服用道士为他练制的“既济丹”，雍正八年患大病后，又服丹药疗疾，到了雍正十三年八月，他又传旨让道士在圆明园内用牛舌头黑铅二百斤练煮。他的死，极有可能是铅在体内长期积聚，毒发致命。此说有据可查，又符合科学道理，较为可信。
但是，至今这三种说法仍无定论，只能算作疑案，继续考证了。
雍正皇帝是历史上颇有争议的人物，人们对他一生功过毁誉参半。他在位期间，改革赋役，实行“摊丁人亩”；在西南少数民族聚居地区推行“改土归流”，巩固了国家的统一；他设立了军机处，强化了中央集权。他的一系列举措，对“康、乾”盛世起了很大作用。但另一方面，他即位不久，兴年羹尧案、隆科多案、八阿哥胤根案、九阿哥胤糖案、吕留良案等，处死重臣尽皇室贵胄，手段毒辣，殃及许多无辜，震惊朝野内外。
雍正秉性不喜华靡，日夜忧勤国事，毫无土木声色之娱。即使在盛夏酷暑或寒冬腊月，他每天深夜批阅奏章，也都要到三更时分才停歇。他的生活是寂寞和枯燥乏味的。为了消磨空闲时间和排忧解愁，他只好独自饮酒赏花吟诗。他曾写过这样一首诗来描写自己：
对酒吟诗花劝饮，花前得句自推敲。
九重之殿谁为友，皓月清风作契交。
其实，雍正也有知心朋友，他们之间的私人感情也很深厚。
如推行改土归流有功的鄂尔泰，大学士张廷玉等都是他的肱股之臣。雍正还有几个御用高僧，是为他筹谋划策的亲信。传说，在上述诸案中，许多个案的谋划都与这些和尚有关。这是怎么回事呢？
原来雍正很迷信。佛教、道教、民间的鬼神他都相信，尤其对佛教情有独钟。他即位前的府邸就如同一所殿阁重重的寺院，供奉佛祖，香烟袅袅。雍正三年，改名为“雍和宫”，后来成为名闻遐迩的喇嘛寺。他年轻时曾雇人代替自己出家，同时与佛教僧侣颇有来往。他当时曾宣扬佛家的出世思想，但只不过是为他积极谋位作掩护。即位后，他仍继续尊佛，把雍正君臣都比作真仙真圣，是到凡间为百姓做事来了。自称“破尘居士”，“圆明居士”，公开招了十几个门徒，经常谈佛说经，甚至干涉佛教内部事务。与此同时，有些佛教僧侣也参与了政治。其中，西岳华山的住持长老文觉禅师，曾被封为“国师”，在宫中直接侍奉雍正。雍正处理军机大事，常请文觉发表意见。文觉足智多谋，往往提出一些颇有见地的见解，深受雍正赏识，成为雍正的心腹。
雍正意欲除掉恃功骄横的年羹尧和隆科多两个重臣吋，就把他的智囊文觉请来议事。雍正对文觉开门见山地说道：“今有大事和禅师商谈。朕自登基以来，隆科多与年羹尧权重骄横，逾越礼法，深恐他们泄露天机，如何是好？”文觉答道：“圣上有所不知，只要师出有名，待机而动，不怕过河拆桥。要除此二人，只须如此这般，易如反掌。”说着，站了起来，对雍正耳语一番，雍正频频点头称是。后来，果然依文觉之计清除了年、隆二臣。文觉从来不公开露面，当众表态。他虽无官无品，却有权有势，朝内文武大臣都对他敬畏有加。雍正十二年，雍正命其往江南朝山，所到之处，地方官都以王公规格迎送，仪卫尊严非同一般。
还有一个京师大觉寺的住持和尚性音，也是雍正颇为器重，引为知己的人。他佛学造诣很深，常常语出惊人。雍正即位后，性音到庐山隐居寺修行，四年后圆寂。雍正曾追赠其为国师，赐谥号，并将其著述收入藏经。然而，数年之后，雍正竞削黜其封号，从藏经中撤出其著述，令人大惑不解。据推测，可能他参与了雍正即位前的许多最高机密，其先荣后黜的经历与年、隆二人相似，如此结局就不足为怪了。
据说雍正还有一个佛门高足超盛和尚。雍正曾亲自为超盛讲解佛旨，夸奖他听其讲经后能“直蹈三关，洞明妙义”，超过所有同辈僧人。北京卧佛寺重修以后，雍正命他去执掌法席。因系自己耳提面命的高足，自然在密谋大事上，免不了会参与其中，只是无人知晓此中隐秘罢了。
总之，对于雍正的故事，因无正史可考，野史又语焉不详，传说则难说可靠，留给后人的则成了一团谜。