1958年开始，马寅初被屡屡点名批判，先是“新人口论”，后来再加上“团团转”。有一次在批判他“团团转”的全校大会上，马寅初高声喊：“我没有在课堂里上课，但我要用自己的文章来教育北大学生坚持真理。”在全国批判他“新人口论”的刀光剑影中，马寅初著宏文表示要“单枪匹马，出来应战，直到战死为止”，决不向批判者投降，同时写道：“我平日不教书，与学生没有直接的接触，但总想以行动教育学生，我总希望北大的一万零四百名学生在他们求学的时候和将来在实际工作中要知难而进，不要一遇困难便低头。”他虽然平日不教书，没有在课堂里上课，但他其实一直在以北大为大课堂，向全体北大学子讲一门关于人生的大课。
马寅初坚持真理，无所畏惧。他发表“新人口论”后，陈伯达来校公开点名批他，康生暗地里发指令要像批帝国主义分子艾奇逊那样批他。可马寅初认为自己的理论并没有错，就是拒不检讨。庐山会议后，周总理非常担心在全国批右高潮中他的危险处境，劝他从大局着眼，写个检讨，马寅初因此认真地对“新人口论”反复梳理了一遍，看看是否有错，结论是没有错，就给《新建设》杂志寄了一篇文章，在结尾处写道：“最后我还要对另一位好朋友表示感忱，并道歉意。我在重庆受难的时候，他千方百计来营救；我1949年自香港北上参政，也是应他的电召而来，这些都使我感激不尽，如今还牢记在心。但是这次遇到了学术问题，我没有接受他的真心诚意的劝告，心中万分不愉快，因为我对我的理论有相当的把握，不能不坚持，学术的尊严不能不维护，只得拒绝检讨。希望我的这位朋友仍然虚怀若谷，不要把我的拒绝检讨视同抗命则幸甚。”
马寅初在坚持真理，维护学术尊严上是一个令人生畏的人。对学校，对学生，他又是个充满慈爱心肠的人。在北大校园里，特别是未名湖边，常能看到慈眉善目、一脸“面团团”气的他边走边浏览着北大的一草一本、一楼一舍，仿佛整个北大是他的一份家当。他在学校的大会上经常夸北大，竖起大拇指，说“北大顶顶好”，说“北大Numberone”。传说开国后毛主席问他想作什么官，他说他过去曾在北大当教授，当教务长，对北大有感情，想做北大校长，还有跟胡适比赛治校才力的意思（胡适在1948年当过国民党时期的北大校长）。还传说他当北大校长后，向毛主席提出要求：“为把北大办成最高学府，兄弟点名邀请谁到北大演讲，请不要拒绝。”毛主席同意了，说“我给你这个尚方宝剑”。
这个传说看来可信度很高，在他当校长时期，的确经常有大人物来校作报告，周恩来、李富春、彭真、粟裕、胡耀邦、范长江、廖鲁言、邓拓、周扬等都来过。他为了便于北大和苏联教育界的交往，已过古稀之年的他，还发奋用功学讲俄语，他的一举一动，都心系北大；他也很爱护学生，在校园内碰到他，学生叫他“马校长”，他总是嘴里“嗯嗯”，点头微笑。已故著名作家刘绍棠在一篇回忆北大生活的文章里，记述过他在课间操时经常从他的办公室走出来，张开双臂，拦住路过的学生跟他一起做广播操的事。
有一次，他说身体不好的学生只要锻炼，身体也会变好，他现身说法，说自己在天津北洋大学矿冶专业读书时，20岁，身体非常瘦弱，校内一位美国老教授传授他冷水冲身的锻炼方法，他一直坚持到现在，现在七十好几岁，身体很好，一天可以爬两次西山“鬼见愁”。1955年秋新生入学后，因校方宿舍暂时调剂不过来，中文系和其他几个系的新生暂住小饭厅。一天夜里，一个图书馆系的新生因睡相不好，从叠床的上铺跌到地上，当时他还自己爬回上铺睡觉，第二天发现死了，马寅初专门为此事赶到小饭厅，向从上海乘飞机赶来的那位学生的父母表示安慰，同时他发现叠床的上铺没有木栏，就命令总务处赶紧给全部叠床上铺加装木栏（此事后来北大向高教部通报，高教部为此发专门文件要求全国高校为叠床上铺加木栏）。
马寅初还是一个率性而为，不事矫饰的人。马老寅初1951年出任北大校长，1954年当选全国人大常委，1957年发表“新人口论”，1958年被点名批判，1960年被迫辞职，其命运有沉浮剧变，但本性却纹丝不变。1957年反右以后，北大卷入阶级斗争的漩涡，人们若不伪装一下，哪怕是违心的伪装，简直无法生活，可他还是那个他，对“新人口论”即使为过关作个假检讨也不干，就是一例。
此外，从马寅初对待人的态度上，也可以看出他的这种不变的本性。1955年到1957年，正处他当校长有职有权时，学校江隆基书记在校内作报告时，他总是拖一把椅子坐在讲台横头，慈祥地眼盯着江书记听讲话；1958年遭点名批判后，他名义上还是校长，其实已无权，原铁道部领导、中将头衔的陆平来任书记，陆书记在作报告时，他仍是拖一把椅子坐在讲台横头，慈祥地眼盯着陆书记听讲话。坐在江书记身边时，他毫无骄态，坐在陆书记身边，绝不见媚态，这真正是如他自己所说的“得意淡然，失意坦然”的生动而感人的人生写照，给人以教育的力量和难忘的印象。据说世界和平理事会执委、苏联著名报告文学家爱伦堡来北大作报告，他说了几句开场白后，依然故我，拖来一把椅子朝爱伦堡横头一放，坐在那里听。当时爱伦堡因马老陪坐的动作，“狠狠地瞪了马老一眼”。看来，对马寅初这位中国老人的任性天真，连外国人也不习惯，也不了解。
50年代的马寅初给我的第一个印象，是七十开外，身体很硬朗，虽无鹤发，但有童颜。《新体育》杂志报道他，除了经常爬山，不管冬天夏天，每天早上都洗冷水澡。
他给人第一印象是人挺怪的。例如请李富春做报告，一开口，他并不尊称李富春为李副总理，也不平等地称他为“李先生”。更使人大吃一惊的是，他不是自称“我”，而是自称“兄弟”。在记忆中，这样自称的，在电影上、话剧里，大抵是黑社会分子，或者是国民党反动军官。李富春开始讲话以后，他忽然搬了一张椅子，在靠近讲台的地方泰然自若地坐了下来。他似乎只在学校公众场合中出现，在日常工作和学习中，很难具体地感觉到他的存在，似乎具体地感觉到他的存在，似乎距离非常遥远。1956年百花齐放的政策才提出来不久，他在《人民日报》上发表了一篇文章，反对教师在课堂上念讲稿。他说一个教师花上50分钟，慢吞吞地念的篇幅，书生最多只要20分钟就看完了；一学期下来，他作了一个统计，光在一个课堂里就浪费同学多少生命。这篇文章，很是深入人心，同学们奔走相告。
1957年5月，北大大饭厅前面出现了“民主墙”，大字报漫天飞了，中文系的几个学生为出版一个学生刊物（名字叫做《广场》）在大饭厅与小饭厅之间竖起“救救孩子”的横幅时，他在人群中出现了，人们看到墙上有马老为《广场》捐助人民币500元的消息。这时，谁也不能不对他投去崇敬的目光。很可惜的是，几天以后，他的助理，宣布马老撤消了他的捐款，原因似乎是对于这个刊物“不大了解”。
凭良心说，马寅初也不是没有把柄，例如，当时传为美谈的是，他在一篇文章中说，中国如果不节制人口，将来就要侵略邻国；又说，中国农村人口增长太快，是因为农村没有电灯。弄到后来，对他的批评发展到开大会大轰大鸣的程度。他不来，派人去“请”来了，他仍然是拿着一张椅子坐在台前泰然自若。底下就有人喊口号。他很镇静地说：“我这个人每天洗冷水澡，不管多冷的天都不怕。现在天气并不冷，给我洗热水澡，我就更不在乎了。”
历史已经给马寅初以最高的赞扬，他的远见卓识已经得到举国一致的称颂。这也并不是说，马寅初的理论，就没有一点粗糙简陋之处。但他面对高呼口号的群众仍然能够从容自若，硬着头皮顶住，甚至还能幽默一番，这是当时很有思想的知识分子都绝对不可想象的。可惜的是，历史对他的平反来得太晚了。当平反的通知到达时，他已经是百岁老人，坐在轮椅上，对于崇高的赞扬，除了木然的表情，脸上已经没有什么鲜明的生命的痕迹了。