1940年10月，马寅初在香港《工商日报》发表《西南经济建设与继续抗战的先决条件》一文，主张对发国难财者征收“资本税”。他认为征收资本税至少有四个方面的好处：一是战时财政问题可以解决，继续抗战不怕无钱；二是法币不再膨胀，价值稳定，人心稳定，法币整理易于解决；三是法币稳定，物价问题可以解决；四是币值稳定，物价稳定，则投机原因去其大半。他强调，要取哪种办法，都必须依靠政府的力量，方能有效。由此，他提出两种办法。一是和平的方法，就是发行强制公债，令发国难财者分别承购。为达此目的，他主张对发国难财的大亨们加以清查，由政府用革命的手段强迫他们购买相当于其发横财数量的公债，这样用政府的公债收回一部分法币，以此抑制通货膨胀。二是激烈的方法，就是由政府征收财产税（或资本税），先向发横财的大官征收，渐次及于奸商，这是最革命的财政政策。这样可以较彻底地稳定法币，活跃金融市场。
马寅初的主张、提案、演讲和文章，犹如一把锋利的尖刀，直刺入四大家族的心脏。全国进步人士和爱国群众，对马寅初说出了他们想说而不敢说的心里话，无不拍手称快，而国民党统治集团却对马寅初恨之入骨。马寅初的向发国难财者征收临时财产税主张的两篇文章，在立法院主办的刊物上分两期发表后，两期刊物不胫而走，各界人士纷纷争相传闻，赞不绝口。蒋介石集团却惊恐万状，到处派特务查禁，还不惜工本，竟以每本4元光洋的高价收缴。在国民党的高压政策下，人民敢怒而不敢言，但马寅初不怕，他说：“言人之所言，那很容易；言人之欲言，就不太容易，言人之不能言就更难。我就是要言人之欲言，言人之不能言。”他这样说了，也这样做了。
1940年，他在陆军大学校本部演讲，再次呼吁对发国难财者征税。马寅初说：“现在是‘下等人’出力，农民和劳动人民在前线浴血抗战；‘中等人’出钱，后方广大人民受到通货膨胀，物价上涨之害，减少了实际收入，为抗日负担了财力；‘上等人’既不出钱，又不出力，还要囤积居奇，高抬物价，从中牟利，发国难财。”马寅初声色俱厉地指出：“还有一种所谓的‘上上等人’，他们依靠权势，利用国家机密，从事外汇投机，翻手成云，覆手成雨，顷刻之间就获巨利，存到外国，大发超级国难财。我可以告诉诸位，这种猪狗不如的所谓‘上上等人’就是孔祥熙和宋子文等人。”面对蒋介石的子弹威胁，马寅初毫不畏惧，他一如既往地到处慷慨陈词，发表演讲。在孔祥熙主持的一次经济会议上，马寅初当面向他询问经济政策，并拿出一张钞票说：“今天这张钞票能买到一刀草纸，到明年买一刀草纸需要花一车这样的钞票。”他讲完事实后诘问道：“孔先生你看，这不就是你所实行的经济政策吗？”
1940年11月，他在重庆黄家垭的实验剧院作了一次公开演讲。在这次演讲中，他点名斥骂蒋介石：“有人说蒋委员长领导抗战，可以说是我国的民族英雄。但我马寅初认为他根本不够资格，要说英雄，蒋介石也是一个英雄，不过他只是一个‘家族英雄’。因为他包庇他的亲戚家族，危害国家民族！”“我们希望蒋先生能够做一个真正的民族英雄。他若要做民族英雄，必须做到四个字：‘大义灭亲’，惩办孔祥熙、宋子文。”他大声疾呼：“不除孔、宋就不能解救国家经济的窘迫。”在长达3个多小时演讲中，马寅初运用大量确凿的事实材料，以无可辩驳的逻辑力量和背水一战的决心，深刻地揭露了豪门权贵们利用民族危机，大发国难财的罪恶行径。他的演讲激起了全场听众一阵又一阵雷鸣般的掌声，直把在场的宪兵特务震慑得目瞪口呆。
马寅初在国统区所造成的影响以及铁骨铮铮的人品和风范，引起了中共领导人的高度重视。1939年，周恩来在与马寅初的一次会见中，对马寅初的爱国行为作出了高度评价：“我们不仅认为你的主张是正确的，而且非常敬重先生的为人和斗争精神，今后我们还将准备支持先生的抗日爱国行动！”
为真理不怕犯上
1953年，新中国进行了第一次人口普查。马寅初认为当时的调查方法不能概括全貌，并将自己的研究成果写成《控制人口与科学研究》一文。1955年7月，已当选为第一届全国人大常委会委员的马寅初，在一届全国人大二次会议上作了题为《控制人口与科学研究》的发言，提出了他的人口控制理论。
1957年4月27日，马寅初在北京大学大饭厅发表了关于人口问题的讲演，这是他40年来第一次公开的学术演讲。他说：“解放后，各方面的条件都好起来，人口的增长比过去也加快了。近几年增长率已达到30‰，照这样发展下去，50年后中国就是26亿人口，相当于现在世界人口的总和。由于人多地少的矛盾，就非控制人口不可。”
1957年6月，马寅初在一届人大四次会议上再次作了书面发言，阐述他的人口控制理论。7月5日，《人民日报》第一版整版刊登了他的发言，标题就是后来引起轩然大波的《新人口论》。《新人口论》的主要观点是：（一）我国人口增殖速度远远高于资金积累速度。（二）要加速积累资金。（三）批判马尔萨斯人口理论。（四）从工业原料、促进科学研究以及粮食等方面考虑，主张非控制人口不可。（五）建议国家定期进行人口普查，制定人口政策；节制生育，控制人口增长；提高人民科学知识水平；提倡晚婚、避孕，实行计划生育；政府对生育要有具体干预措施，等等。可以说，马寅初的《新人口论》是当时最新最全面的人口论著。它否定了社会主义社会不存在人口问题的教条主义观点；提出了中国人口问题性质和表现形式的新的思想；提出了解决中国人口问题的全面的方针和可行的办法，他的“限制人口数量，提高人口质量”的方针，实际上就是中国现在的人口政策。《新人口论》发表后，社会反响极大，但在当时的政治条件下，却横遭无理批判。
1959年12月到1960年1月，北大掀起了大规模批判马寅初的恶浪。面对这种局面，马寅初先生一再声称：“我认为这不是一个政治问题，而是一个纯粹的学术问题。学术问题贵乎争辩，愈辩愈明，不宜一遇袭击，就抱‘明哲保身、退避三舍’的念头。要坚持真理，即于个人私利甚至于自己宝贵的性命，有所不利，亦应担当一切后果。”
最令人感动的是，在被围攻的困难日子里，他考虑的仍是如何为北大的学生作出榜样。一次在北大哲学楼举行的批判会上，他说：“同学们，我希望你们能够战胜我，但是要用科学，而不是用大棒。”他正是以自己诤诤的铁骨和过人的学识赢得了师生的爱戴和尊敬。当时，在陆续发表的批判他的200多篇文章中，没有一篇是当年北大经济系的教师撰写的。1982年，诺贝尔和平奖评奖人、瑞典经济学家塔贝格先生来华访问时对他的学生、著名经济学家黄范章教授说，鉴于马寅初先生对世界和平事业的卓越贡献，曾提议向他颁发诺贝尔和平奖。后由于他辞世，而该奖只颁给活在世上的人，此动议只好作罢。