在这段时期，冈村宁次不能像过去那样打网球、骑马、打猎、钓鱼了。但照常可以坐禅静养、下棋消闲，喝绍兴酒、散步、洗澡、听留声机。养足了精神就竖起耳朵打探情报，刻意琢磨两件事：一是拉关系巴结蒋介石。他隔三差五地与何应钦、汤恩伯、白崇禧、陈诚们走动，设顿丰宴，送派克笔和咖啡具，对起袖口过小九九，盘算国军怎样才能避免挨共产党的打。二是走门子替战犯鸣不平。今天是徐州战犯拘留所给战犯戴手铐脚镣，十分残酷，因此向国防部提出抗议；明天又说田中久一中将替人受过，枪毙了实在冤屈；再就是说广州军事法庭一次判死刑者达四十人太过分，恳切要求重新审理。矶谷廉介判得蹊跷，斋藤弼州判得荒唐。他有一张马粪纸做的面具，时常拿出来戴在脸上作生气状，这非但不会惹起朋友们的不快，相反会因其戏剧性的合作而使彼此间的纽带显得更有必要。这段时期也有些别的事干，比如联络班的人饮醉酒出门与中国人打架斗殴，伤了对方，要费些口舌调解；也有时生个病，让汤恩伯们拎着甜酒来探慰。蒋介石对他优待有加。
冈村宁次逍遥自在，他在日记中多次写道："班内我是最有闲的人，因此能细心收听东京电台广播，并作好记录，隔一天向班员传达一次。""我为消磨时光，开始自学中国话。"嗜血成性的暴徒品嚼着寡淡的时光也感到无滋无味。
到了1947年的10月，联络班的人因无事可做都回国了。冈村宁次一个人支撑着空空荡荡的联络班。其实，不如说联络班在支撑着空空荡荡的冈村宁次。
为什么还不审判冈村宁次？民众和舆论界越来越急迫地发出质询与抗议。
蒋介石包庇冈村宁次的倒行逆施引起国际舆论的强烈谴责，驻日盟军总司令麦克阿瑟也于10月26日下令，停止冈村宁次的一切外交活动；11月23日，东京国际法庭要求冈村到东京出庭作证，国民党政府以冈村健康有问题予以拒绝。
东京军事法庭识破国民党政府的阴谋，把冈村宁次定为战犯要求中国把冈村送往东京审理，国民党政府不得不把冈村宁次作为战争嫌疑犯拘留审查，实际上是以此为借口让他离开地点已经暴露的南京金银街四号宅邸，何应钦特派两个高级军官陪冈村从南京前往上海。
1948年3月29日深夜，冈村宁次爬上一辆被棚布蒙得严严实实的重型卡车，终于离开了他长居的南京。次日上午到达上海，他头戴大沿礼帽，架着深色墨镜，裹着风衣，一头钻进黄渡路王文成宅邸。在这座深宅大院里，内有日本医生中山高志给他治疗肺结核病，外有穿黑衣的便衣保镖为他提枪警戒。
冈村宁次的转移是隐秘的。新闻界像一群追捕逃兽的猎人，他们发现逃兽的足印失踪了。冈村宁次是被解往上海战犯监狱了？是中国政府顶不住国际军事法庭的压力，被遣返回国了？还是藏在一个秘密的洞穴养伤？抑或是肺结核病致使其口吐污血暴亡了？新闻媒介猜测着，把住山林的每一处津道隘口，举着刀叉与火把大声呐喊，要把冈村宁次轰出来。
冈村宁次见蒋介石、何应钦对他如此照顾，不禁心潮起伏，感慨万千：
青年时代曾经外住的南京
指挥过百万大军的南京
签过投降书的南京
一生难忘的南京
再见！
对冈村宁次到达上海，国民党政府诡称把冈村关在上海战犯监狱候审，实际上将他安排在上海黄渡路王文成宅邸秘密供养起来，成了国民党政府的重点保护对像。
冈村宁次在上海黄渡路的住所十分秘密，国防部长白崇禧特别训令淞沪警备司令汤恩伯，对冈村进行监护，汤恩伯当年在日本陆军士官学校读书时因学业不良不能毕业，多亏冈村宁次大力帮助才得以混到毕业文凭，因而对冈村宁次感恩戴德，派出大批便衣为冈村日夜担任警戒，不时提供中国对冈村宁次的内部情报，还专门聘请日本医生中山高志为冈村治疗肺结核，真是悉心照顾，关怀备至。
1947年6月17日，国民党政府国防部长白崇禧特派国防部高级军官王俊中将来到王文成宅邸，向冈村宁次传达蒋介石、何应钦的口信称：
根据国际情况，以暂不归国为安全。为了敷衍舆论，也可能移交军事法庭审理，但审判只是走走形式而已。"
这时候，各国对冈村宁次的下落传说纷纭，有的说冈村宁次正在江北指导国民党军队与共产党作战，说国民党对如何审理冈村意见仍不一致。冈村宁次坐卧不安，便派他手下参谋小笠原向国防部二厅少将曹士徵打探消息，曹士徵第二天就带来了可靠消息：
对冈村的审理，争取于9月以后进行。由于蒋主席、白崇禧国防部长、陈诚总参谋长、何应钦将军等对冈村在停战后的工作甚为感谢，审判只是走走形式，但归国时机，以在和约签定后为宜。
1948年7月，国民党政府鉴于南京军事法庭对日本战犯的审理已接近尾声，南京、上海军事法庭庭长石美瑜一再催促尽快审判冈村宁次，国防部长何应钦重新上任后于7月1日向石美瑜发出训令称：
冈村宁次病已痊愈，对该俘的战犯嫌疑部分，应立即开始审理；根据规定进行，随时报告情况……"
7月7日，上海军事法庭杌察官向冈村宁次送来法庭传票，令他7月12日上午10时到法庭受审。这又使冈村宁次精神紧张起来，蒋介石对冈村宁次体贴入微，命国防部二厅联络军官吴文华悄悄到黄渡路王文成私邸来访，传达蒋介石、何应钦和国防部的安排，讲明在东京国际法庭结束之前，对冈村宁次进行审判，开始审理的训令已经下达，并不惜出卖核心机密推心置腹地说：
训令中所谓病已痊愈，乃是为了病中可拖延审理，法庭将根据病情斟酌行事，为此速向法庭提出诊断书为好；蒋总统也同意开始审判，并已指示要从轻处理；你作为被告理应拘禁于战犯监狱，但因病中疗养或以移住于京沪医院为宜，此事尚在研究；关于保释问题，届时法庭当有指示。"
冈村宁次在回忆录中谈及他此时此刻的心情时说："停战以来，我一直以为，作为战犯而受审的日子势必来临，现在终于来到了。然而两三年来对于中国政府及军方的领导层所给予我的关照和好意，更使我万分感激。"
1948年7月12日，中国上海军事法庭正式对冈村宁次侦讯审理。法庭采取五人合议制，审判长为国防部审判战犯军事法庭少将庭长石美瑜，审判官为4个上校专职法官：叶在增、陆起、林健鹏、张体坤。
冈村宁次不敢怠慢，按传票规定时间，由参谋松冈和翻译刘季坪陪同，9时20分到军事法庭候审。
7月12日10时半，对冈村宁次的侦讯正式开始，首先由检察官施泳对冈村宁次在中国的侵略作战经历及部下不法行为等有无责任问题提出质问。
66岁的冈村宁次因有蒋介石、何应钦背后撑腰，有恃无恐地为自己辩解说：
我想，部下犯罪纵属事实，也是下层发生的零星的不法行为，与军司令官、方面军司令官、总司令官无关，不属于共同责任犯罪问题，虽然如此，我仍应承担道义上的责任。"
旁听席哗然。
由于石美瑜向法官们事前传达了蒋介石、何应钦的指示，因而谁也不敢触动冈村宁次的个人犯罪问题。预审纯粹是走走形式而已。
一小时后，冈村宁次退庭。庭长石美瑜与施检察官、刘翻译之间展开了一场激烈的争论。争论的焦点是应否将冈村宁次关进战犯监狱。
石美瑜认为，冈村宁次是地地道道的战犯，且健康状况良好，应依法立即将其移往战犯监狱临押。刘翻译官则坚持冈村宁次身患肺结核病，应慈善为怀考虑给予监外治疗，且现在寓所为国防部指定，任何人无权擅自更动。
恃才倨傲的石庭长愤怒地拍击着桌面说："我以法律的名义申明，任何人无权亵渎神圣的法典！"
有恃无恐的刘翻译发出一声冷笑："请庭长先生自重，法律是公理，而不是你的歇斯底里！"
气氛达到白热化，施检察官的调解无异于往白炽的金属上泼凉水，使之定型。无奈，石美瑜只好来到何应钦的公馆，以求公允。
听了石美瑜的来意，何应钦以平静的语气公断道："石庭长依法从事，早已仰情。然冈村宁次虽系战犯，但在投降以来再无新罪，而且对我国民政府唯命是从，多献良策。故而对其处置，似以宽容为妥。"
石美瑜明白了，此路亦不通。最后法庭与国防部协商的结果，准予申请保释。
7月18日，国防部二厅联络官吴文华再次访问冈村，殷勤地为冈村起草了一份保释申请书，松冈抄写清楚后提交法庭批准。
7月23日，上海军事法庭派京沪医院的朱院长在日本医生中山志高陪同下，为冈村做疾病诊断。正直的朱院长根据冈村宁次的病状，拒绝为他担保。这可急坏了冈村，他费尽心机才找到日本战犯的辩护律师钱龙生为他担保，8月2日终于取得法庭的保释同意。
8月2日，上海军事法庭送来起诉书，指控冈村宁次在任侵华日军总司令任内，应对第二十三军、第二十七师团、第一百十六师团、第一百六十四师团、第八十九旅团等所属兵团的官兵犯罪行为负连带责任。
8月9日，国防部二厅联络官吴文华到上海黄渡路王文成私邸访问冈村，告诉冈村说，石庭长的申请已得到国防部批准："冈村应扣押于战犯监狱，于该处就医。"
8月10日，石美瑜在吴文华陪同下来黄渡路王文成私邸访问冈村，石美瑜表明来意说：
今天我未受任何人指示，完全以个人资格来访。带病人监，当很痛苦，然迫于形势，经与政府当局协商，只好如此，希能谅解。监内住处我已看过，可独居另室，医师来治疗及送进营养品均可自由。万一病情恶化，仍可申请保释。在此期间尚望安心保养。人监时间定于14日退庭之后，由法庭直接前往，希有所准备。"
8月14日，上海军事战犯法庭对冈村宁次进行初审，纯粹是走过场，只短短半个小时便草草收场。
冈村宁次松一口气离开法庭，刚到走廊就被100多名记者团团包围。中外记者自日本投降后就一直关注这个百万侵华日军最高统帅的动向，但却连人影都看不到，今天好容易逮住，岂能轻轻放过？100多人立刻蜂拥而上，争相提问。
冈村宁次害怕暴露蒋介石对他的庇护内幕，一时不知如何回答，急得满头大汗，狼狈不堪。国民党宪兵急忙为冈村开道，推开阻拦的记者，将冈村送进休息室，二三十名记者紧跟不放，举起相机拍照不止。冈村怕言多语失，急忙离开法庭登上早已准备好的大卡车，仍有几个记者登上卡车追赶提问，一直到上海高镜庙战犯监狱门口，由典狱长孙介君接了进去。
这种难堪局面，老谋深算的蒋介石不会预料不到，他之所以要忍受这种难堪，是因为庇护冈村宁次实在不是轻而易举的事。
冈村宁次是侵略中国历史最久，罪恶最大的战犯之一，与土肥原贤二、板垣征四郎、矶谷廉介一道，被日军誉为"中国通四杰"。他参与制造过"济南惨案"、"上海事变"，代表日本政府在塘沽仓库楼上签定过"塘沽协定"，对中国人民犯下了累累血债。1941年担任华北方面军司令官后，为了镇压沦陷区人民，他别出心裁地推行"治安肃正"运动，把华北分为日军占领的"治安区"、建立了根据地政权的"非治安区"和双方争夺的"准治安区"，对三种地区采取了不同的残暴政策。对"治安区"以清乡为主，实行连坐法，发展伪政权，加强掠夺物资和奴化人民；对"准治安区"以蚕食为主，惨无人道地制造"无人区"，把游击区的人民赶进"人圈"，毁掉原来的村庄，割断抗日武装与人民的联系；对"非治安区"以"扫荡"为主，实行野蛮的烧光、杀光、抢光的"三光"政策。在河北省丰润县的潘家峪大屠杀中，全村有1035人遇害，其中妇女儿童有658人，幸存者无几；而在阜平县的平阳村持续屠杀了87天，700多人魂断，5000余房屋化为废墟。1941年8月，冈村宁次调动十万日伪军，对晋察冀边区进行了一次空前规模的大"扫荡"，共烧毁民房15万间，抢掠粮食5800多万斤、牲畜一万多头，杀害抗日军民4500余人。
钢刀的白光一闪，一位16少女的头落地有声。兽兵将它放入少女的母亲的怀中，女儿睁大死去的眼睛，看着母亲怎样悲痛欲绝。女儿最后的鲜血在母亲怀中凝固成浆块。
一位孕妇被按在棺材里，棺材四周围着20多名赤身裸体的青年妇女，刺刀慢慢地切进孕妇，切进了青年妇女们的知觉。刚成形的儿被挖了出来。
冈村宁次有一颗长着狼毛的心脏，他是地狱的像征，他走到那里，就把地狱带到那里。
比之一般的恶魔，冈村宁次更擅长使用残忍的智慧。在"扫荡"中，他怪招迭出地创造出了一个又一个的新异战术，什么"铁壁合围"、"梳篦清剿"、"马蹄形堡垒线"、"鱼鳞式包围阵"，等等，尽管在与八路军试阵时连遭败绩，却足以使蒋介石眼花缭乱，自叹弗如，钦敬有加。
所以蒋介石要把他当成个宝贝来保护，而为这个宝贝蒋介石也确实费尽了心机。
蒋介石的心思被监狱长孙介君兜溲了出来。14日预审结束后，冈村宁次初进监狱，孙介君就带着翻译来套近乎。孙介君说：
蒋总统本无意使先生受审。然考虑国内外影响，不得不这样做。但绝不会处以极刑，至于无期也好，有期也好，结果都一样，请先生安心受审。不过，希望先生在受审时对中国人民所受灾难，要以表示痛心为宜。判决后可根据病情请示保释监外治疗。无论是审理或入狱都只是形式而已。"
既然是狼狈为奸的一出戏，那就要配合着演才好。而且还要发旁听券，招待中外记者、外交使团和国内社会名流。敲锣打鼓，鸣金放号，大戏要开演了。
1948年8月23日，拖延很久的对战犯冈村宁次的公开宣判终于开庭。
法庭设在上海塘沽路市参议会大礼堂，尽管那天下着大雨，但不仅大礼堂里座无虚席，而且在该礼堂门口、上海商会前广场上、上海的大街要道，到处万头攒动，都有冒雨鹄立静听收音机广播审判情况的群众，自晨至暮，始终不散。
国民党政府唯恐出事，派出荷枪实弹的军警，三步一岗，五步一哨，戒备森严，但从各地赶来观看审判日寇侵华总司令冈村宁次的人们仍像潮水般涌来。
8月23日上午8时10分，冈村宁次在中国8名宪兵监押下，乘红色警车一辆，自江湾高镜庙战犯监狱抵达临时法庭，在群众的一片怒吼声中进入上海市参议会大楼候审室，国民党官员立即请冈村坐在专门为他准备的大扶手椅上，冈村宁次后来说他对"如此周到照顾，感激莫名"。
国民党官员告诉冈村，为了使这次公审在国际社会和中国民众中产生较大影响，上海军事法庭有意像筹办展览一样做了种种准备，会前发出近千张旁听证，邀请外交使团、中外记者和各界代表出席旁听，为公审造成一定的声势，但不会为难冈村，请他放心。冈村听了，对如此大规模的审判才放下心来。